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Method Article
Dieses Protokoll beschreibt die Visualisierung und Quantifizierung eines bestimmten Proteins innerhalb von Zellen auf zellulärer Ebene für das Phycoerythrin-haltige Cyanobakterium, Crocosphaera watsonii.
Vorgestellt wird ein Protokoll zur Visualisierung und Quantifizierung eines spezifischen Proteins in Zellen auf zellulärer Ebene für das marine Cyanobakterium Crocosphaera watsonii, einen wichtigen Primärproduzenten und Stickstofffixierer in oligotrophen Ozeanen. Eine der Herausforderungen für marine autotrophe N 2-Fixierer (Diazotrophe) besteht darin, von Sonden abgeleitete Fluoreszenzsignale von Autofluoreszenzsignalen zu unterscheiden. C. watsonii wurde ausgewählt, um Chlorophyll-, Phycoerythrin- und Phycourobilin-haltige Cyanobakterien zu repräsentieren. Das Protokoll ermöglicht eine einfache und semiquantitative Visualisierung von Proteinen in C. watsonii auf Einzelzellebene und ermöglicht so die Untersuchung der Proteinproduktion unter verschiedenen Umweltbedingungen, um die metabolischen Aktivitäten der Ziel-Cyanobakterien zu bewerten. Darüber hinaus sind die Fixierungs- und Permeabilisierungsmethoden optimiert, um die Fluoreszenzsignale von Zielproteinen zu verstärken und sie von der Autofluoreszenz, insbesondere von Phycoerythrin und Phycourobilin, zu unterscheiden. Das verstärkte Signal kann mittels konfokaler oder Weitfeld-Fluoreszenzmikroskopie sichtbar gemacht werden. Zusätzlich wurde die Fluoreszenzintensität mit Hilfe von Fidschi-Software semi-quantifiziert. Dieser Arbeitsablauf für die Einzelzellanalyse ermöglicht die Bewertung von Zell-zu-Zell-Variationen des spezifischen Proteingehalts. Das Protokoll kann in jedem Life-Science-Labor durchgeführt werden, da es nur eine Standardausrüstung erfordert und auch leicht an andere Phycoerythrin-haltige Cyanobakterienzellen angepasst werden kann.
Die physiologische Variation der Stoffwechselaktivitäten innerhalb von Mikroorganismen, einschließlich Cyanobakterien, von Zelle zu Zelle (allgemein als "Heterogenität" bezeichnet) wurde durch Studien an Klonkulturen dokumentiert 1,2,3,4. Diese Heterogenität umfasst verschiedene Stoffwechselaktivitäten wie Zellteilung5, Kohlenstoffassimilation 6,7,8 und Stickstoffassimilation 9,10. Zum Beispiel haben neuere Untersuchungen gezeigt, dass dieN2-Fixierungsaktivität in den kolonialen Cyanobakterien C. watsonii und C. subtropica (Cyanothece) eine Variabilität auf Einzelzellebene aufweist, die in Subpopulationen von Zellen vorhanden ist, während sie in anderen innerhalb der Gemeinschaft nicht vorhanden ist. Bemerkenswert ist, dass die Stickstoffaufnahme oder die N 2-Fixierungsaktivitäten auch eine Variabilität zwischen den Zellen in situaufweisen 11,12,13. Diese Ergebnisse wurden durch stabile 15-N-Isotopenanalysen untermauert, die mit Isotopenverhältnis-Massenspektrometern (NanoSIMS) durchgeführt wurden14,15. Obwohl NanoSIMS einen neuartigen Weg zur Analyse der Isotopenzusammensetzung auf der Ebene einzelner Zellen bietet, bleibt seine Verwendung aufgrund seiner technischen Komplexität und Kosten eingeschränkt.
Ein alternativer Ansatz zur Beobachtung der intrazellulären Heterogenität in metabolischen Aktivitäten ist die Immundetektion. Frühere Berichte haben die Immundetektion von Nitrogenase in einzelnen Zellen gezeigt, aber dies stellt aufgrund der Autofluoreszenz, die von ihren photosynthetischen Pigmenten emittiert wird, eine Herausforderung dar 16,17,18. Marine Cyanobakterien, insbesondere solche, die an ozeanische Gewässer angepasst sind, wie die großen ozeanischen Diazotrophen C. watsonii und Trichodesmium, enthalten erhebliche Mengen an Phycobiline, die Autofluoreszenz in kürzeren Wellenlängen emittieren: Phycoerythrin und Phycourobilin19. Um diese Autofluoreszenz zu umgehen, wurden bläulich emittierende Fluorochrome mit UV-Anregung für Cyanobakterien-Studien bevorzugt 16,20,21. Diese Strategie war jedoch nicht durchweg erfolgreich, da Zellen, die ausschließlich mit Primärantikörpern behandelt wurden, unter UV-Anregung eine starke blaue bis bläulich-gelbe Autofluoreszenz emittierten20,21. Es wurden Anstrengungen unternommen, um dieses Problem zu entschärfen, indem die Zellen vor der Beobachtung blauem oder UV-Licht ausgesetzt wurden und halbleitende Nanokristalleverwendet wurden 22. Die vorliegende Studie verwendet eine andere Strategie, die Proteinfluoreszenzsignale unter Verwendung des Tyramid-Signalamplifikationssystems (TSA) verstärkt, um Proteine mit niedrigem zellulären Gehalt zu visualisieren.
TSA, auch bekannt als katalysierte Reporterabscheidung (CARD), ist eine hochempfindliche enzymatische Methode, die den Nachweis von Zielen mit geringer Abundanz in der Immunzytochemie ermöglicht. Diese Technik nutzt die katalytische Aktivität der Peroxidase, um markiertes Tyramid in situ kovalent in der Nähe von Zielproteinen abzulagern 23,24. In Gegenwart von Wasserstoffperoxid katalysiert die Peroxidase die oxidative Kondensation von Tyramid in reaktive Tyramidradikale, die dann an elektronenreiche Einheiten wie Tyrosin, Phenylalanin und Tryptophanbinden 25. Dadurch werden die Signale im Vergleich zu Standardmethoden um das 10- bis 200-fache verstärkt, so dass das Signal mit standardmäßigen chromogenen oder fluoreszierenden Techniken nachweisbar ist. Folglich ermöglicht diese Technik die schnelle und gleichzeitige Bewertung mehrerer Proteine neben phänotypischen Markern in heterogenen Populationen und seltenen Zelluntergruppen. Bemerkenswert ist, dass sich die Verschmelzung von Immunmarkierung und TSA-Systemen für Cyanobakterien bisher auf eine einzige Studie beschränkt, die Saxitoxin in Cylindrospermopsis raciborskiisichtbar machte 26.
Das hierin skizzierte Verfahren ermöglicht die Untersuchung der Proteinproduktion unter unterschiedlichen Umgebungsbedingungen auf Einzelzellebene, was die Bewertung der metabolischen Aktivitäten in Ziel-Cyanobakterien ermöglicht. Die Verfügbarkeit der Detektion von Ganzzell-Immunfluoreszenzproteinen ermöglicht eine schnelle und semiquantitative Visualisierung von Proteinen in C. watsonii auf Einzelzellebene. Darüber hinaus kann diese Methode leicht für die Anwendung mit anderen Cyanobakterienzellen angepasst werden, die Phycourobilin und Phycoerythrin enthalten.
1. Kultivierung von Cyanobakterien
2. Vorbereitung der Reagenzien
3. Ernte von Zellen
4. Fixierung und Konservierung von Zellen
5. Permeabilisierung und Blockierung
6. Vorbereitung der Proben für die Bildgebung
7. Detektion des Fluoreszenzsignals mit einem Fluoreszenzmikroskop
8. Detektion unter einem konfokalen Mikroskop
9. Quantifizieren Sie die Intensität des Signals mit Fidschi
Das Fluoreszenzsignal wurde von extrazellulären Substanzen in der Negativkontrolle beobachtet, bei der der 1. Antikörper nicht verwendet wurde (Abbildung 1A-C). Das Fluoreszenzsignal des Tyramid-verstärkten Reagenzes, das an die große Untereinheit des Rubisco-Proteins (RbcL) konjugiert ist, wurde in C. watsonii erfolgreich unter einem Fluoreszenzmikroskop unter Verwendung eines DAPI-Filters mi...
Bei Cyanobakterien hat das TSA-System eine breite Anwendung in der TSA-Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (TSA-FISH, CARD-FISH) gefunden, die auf spezifische rRNA abzielt. Die Anwendung für Proteine ist jedoch nach wie vor begrenzt26. In dieser Studie wurde ein TSA-Verfahren angewendet, um den Ganzzell-Immunnachweis des N2-fixierenden Cyanobakteriums C. watsonii zu ermöglichen, wobei Modifikationen auf der Grundlage einer früheren R...
Wir bestätigen, dass es keine Interessenkonflikte im Zusammenhang mit dieser Studie gibt.
Wir danken Dr. Radek Kana und Barbora Šedivá für die Unterstützung bei der konfokalen mikroskopischen Analyse und Dr. Roman Sobotka und Dr. Kateřina Bišová für die Beratung bei der Immundetektion und Fluoreszenzmikroskopie. Diese Forschung wurde finanziell unterstützt von der Tschechischen Forschungsstiftung GAČR (Projekt 20-17627S zu OP und TM), dem Mobility plus-Projekt zwischen JSPS und der Tschechischen Akademie der Wissenschaften (JPJSBP 120222502) und JSPS KAKENHI (Projekt 23H02301).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Achromopeptidase | FUJIFILM | 014-09661 | |
Alexa Fluor350 | Thermo Scientific | B40952 | Tyramide-350 |
Alexa Fluor405 | Thermo Scientific | B48254 | Tyramide-405 |
Alexa Fluor488 Tyramide SuperBoost Kit | Thermo Scientific | B40922 | Goat anti-rabbit IgG |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Centrifuge | Eppendorf | 5804 R | |
Centrifuge tubes (15 mL) | VWR | 525-1085 | For harvesting cells |
Confocal microscope | Zeiss | LSM880 | Equipped with Airyscan |
Fluorescence microscope | Olympus | BX51 | DAPI filter: Ex.360-370 nm, Em. 420-460 nm |
Gelatine | Merk | 4070 | |
High precision microscope cover glasses for confocal microscope | Deckgläser | No. 1.5H | |
Liquid Blocker Regular/Mini | Daido Sangyo Co., Ltd. | Part 6505 | For keeping the cells on the slide glass |
Lysozyme | ITW Reagents | A4972 | |
Methanol | Carl Roth | 67-56-1 | |
Monopotassium Phosphate | Penta | 12290 | |
Monunting medium | Sigma-Aldrich | 345789-20ML | FluorSave Reagent |
Mounting medium | Vectashild | H-1300 | |
Objective lens used in the confocal microscope | Zeiss | Plan-Apochromat 63x/1.4 Oil DIC M27 | |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | 158127 | |
Poly-lysine coated slide glass | Sigma-Aldrich | P0425-72EA | |
Potassium chloride | Lach-Ner | ||
Safe lock tube (1.5 mL) | Eppendorf | 0030 120.086 | For treating cells and storing chemicals |
Sodium chloride | Penta | 16610 | |
Sodium hydrogen phosphate | Penta | 15130 | |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100 |
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