Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
* Bu yazarlar eşit katkıda bulunmuştur
Bu çalışma, homozigot çekirge mutantlarının CRISPR / Cas9 ribonükleaz bazlı yapımının sistematik olarak optimize edilmiş bir prosedürünün yanı sıra çekirge yumurtalarının kriyoprezervasyonu ve resüsitasyonu için ayrıntılı bir yöntem sunmaktadır.
Göçmen çekirge Locusta migratoria, sadece insanlara büyük ekonomik kayıplara neden olan dünya çapındaki veba çekirgelerinden biri değil, aynı zamanda böcek metamorfozu için önemli bir araştırma modelidir. CRISPR / Cas9 sistemi, belirli bir DNA lokusunda doğru bir şekilde konumlandırılabilir ve hedef bölge içindeki yarıklar, hedef gen nakavtını indüklemek veya yeni gen parçalarını spesifik lokusa entegre etmek için çift iplikçik kırılmalarını verimli bir şekilde tanıtabilir. CRISPR / Cas9 aracılı genom düzenleme, çekirge araştırmalarında karşılaşılan soruları ele almak için güçlü bir araç ve çekirge kontrolü için umut verici bir teknolojidir. Bu çalışma, göçmen çekirgelerde Cas9 proteini ve tek kılavuz RNA'lar (sgRNA'lar) kompleksi ile CRISPR / Cas9 aracılı gen nakavtı için sistematik bir protokol sunmaktadır. Hedef bölgelerin seçimi ve sgRNA'nın tasarımı ayrıntılı olarak açıklanmış, ardından in vitro sentez ve sgRNA'ların doğrulanması takip edilmiştir. Sonraki prosedürler arasında, düşük ölüm oranına sahip başarılı bir mikroenjeksiyon elde etmek için yumurta salının toplanması ve tabaklanmış yumurta ayrımı, yumurta kültürü, mutasyon oranının ön tahmini, çekirge yetiştiriciliği ve düzenlenmiş çekirgelerin popülasyon stabilitesini sağlamak için mutantların tespiti, korunması ve geçişi yer almaktadır. Bu yöntem, göçmen çekirgelerde ve diğer böceklerde CRISPR / Cas9 tabanlı gen düzenleme uygulamaları için referans olarak kullanılabilir.
Gen düzenleme teknolojileri, hedef geni amaç1'de yapay olarak değiştirmek için belirli bir genom lokusuna eklemeler veya silmeler yapmak için kullanılabilir. Geçtiğimiz yıllarda, CRISPR / Cas9 teknolojisi hızla gelişti ve yaşam bilimlerinin çeşitli alanlarında giderek artan bir uygulama alanına sahip 2,3,4,5,6. CRISPR / Cas9 sistemi 19877'de keşfedildi ve bakteri ve arkelerde yaygın olarak bulundu. Daha ileri araştırmalar,fajlara karşı savaşmak için RNA güdümlü nükleaz Cas9'a bağlı prokaryotik bir adaptif bağışıklık sistemi olduğunu gösterdi 8. Yapay olarak modifiye edilmiş CRISPR / Cas9 sistemi esas olarak iki bileşenden, tek bir kılavuz RNA (sgRNA) ve Cas9 proteininden oluşur. SgRNA, hedef diziye tamamlayıcı bir CRISPR RNA'sından (crRNA) ve nispeten korunmuş bir yardımcı transaktive edici crRNA'dan (tracrRNA) oluşur. CRISPR / Cas9 sistemi aktive edildiğinde, sgRNA, Cas9 proteini ile bir ribonükleoprotein (RNP) oluşturur ve Cas9'u RNA-DNA etkileşimlerinin baz eşleşmesi yoluyla hedef bölgesine yönlendirir. Daha sonra, çift sarmallı DNA, Cas9 proteini tarafından parçalanabilir ve sonuç olarak, çift iplikçik kırılması (DSB), 9,10,11,12 hedef bölgesinin protospacer bitişik motifinin (PAM) yakınında ortaya çıkar. DSB'lerin neden olduğu hasarı azaltmak için, hücreler genomik hasarları etkili bir şekilde tespit etmek ve onarım prosedürünü başlatmak için kapsamlı DNA hasar tepkilerini aktive edecektir. Hücrede iki ayrı onarım mekanizması vardır: homolog olmayan uç birleştirme (NHEJ) ve homolojiye yönelik onarım (HDR). NHEJ, DNA çift iplikçik kırılmalarını hızlı bir şekilde onarabilen ve hücre apoptozunu önleyen en yaygın onarım yoludur. Bununla birlikte, DSB'lerin yakınında küçük ekleme ve silme parçaları (indel) bıraktığı için hataya eğilimlidir, bu da genellikle açık bir okuma çerçevesi kaymasına neden olur ve bu nedenle gen nakavtına yol açabilir. Buna karşılık, homolog onarım oldukça nadir görülen bir olaydır. DSB bağlamına homolog dizilere sahip bir onarım şablonu olması koşuluyla, hücreler bazen yakındaki şablona göre genomik kırılmayı onarır. HDR'nin sonucu, DSB'nin tam olarak onarılmasıdır. Özellikle, şablondaki homolog diziler arasında ek bir dizi varsa, HDR aracılığıyla genoma entegre edilir ve bu şekilde, spesifik gen eklemeleri gerçekleştirilebilir13.
SgRNA yapılarının ve Cas9 protein varyantlarının optimizasyonu ve geliştirilmesi ile CRISPR / Cas9 tabanlı genetik düzenleme sistemi, Drosophila melanogaster, Aedes aegypti, Bombyx mori, Helicoverpa Armigera, Plutella xylosella ve Locusta migratoria 14,15,16,17,18 dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere böceklerin araştırılmasında da başarıyla uygulanmıştır ,19. Yazarların bilgisine göre, Cas9 proteini ve in vitro transkribe edilmiş sgRNA'dan oluşan RNP'ler çekirge genomu düzenlemesi için kullanılmış olsa da20,21,22, göçmen çekirgenin homozigot mutantlarının CRISPR / Cas9 ribonükleaz aracılı inşası için sistematik ve ayrıntılı bir protokol hala eksiktir.
Göçmen çekirge, küresel bir dağılıma sahip olan ve gıda üretimi için önemli tehditler oluşturan, özellikle buğday, mısır, pirinç ve darı gibi graminli bitkilere zararlı olan önemli bir tarım zararlısıdır23. Genom düzenleme teknolojilerine dayanan gen fonksiyon analizi, göçmen çekirgelerin kontrolü için yeni hedefler ve yeni stratejiler sağlayabilir. Bu çalışma, göçmen çekirge genlerinin CRISPR / Cas9 sistemi aracılığıyla yok edilmesi için, hedef bölgelerin seçimi ve sgRNA'ların tasarımı, sgRNA'ların in vitro sentezi ve doğrulanması, yumurtaların mikroenjeksiyonu ve kültürü, embriyonik aşamada mutasyon oranının tahmini, mutantların tespiti ve mutantların geçişi ve korunması dahil olmak üzere ayrıntılı bir yöntem önermektedir. Bu protokol, çekirge genlerinin büyük çoğunluğunun manipülasyonu için bazal bir referans olarak kullanılabilir ve diğer böceklerin genom düzenlemesi için değerli referanslar sağlayabilir.
1. Hedef yer seçimi ve sgRNA tasarımı
2. sgRNA'nın in vitro sentezi ve doğrulanması
3. Mikroenjeksiyon ve yumurtaların kültürü
4. Mutasyon oranı tahmini ve mutantların taranması
5. Mutant hatların kurulması ve geçilmesi
6. Yumurta kriyoprezervasyonu ve resüsitasyonu
Bu protokol, Cas9 proteini ve in vitro sentezlenmiş sgRNA'dan oluşan RNP ile göçmen çekirgelerin homozigot mutantlarını üretmek için ayrıntılı adımları içerir. Aşağıdakiler, hedef seçimi, sgRNA sentezi ve doğrulaması (Şekil 1A), yumurta toplama ve enjeksiyonu, mutant tarama ve geçiş, kriyoprezervasyon ve homozigot yumurtaların resüsitasyonu dahil olmak üzere çekirgelerde CRISPR / Cas9 aracılı hedef gen nakavtının bazı temsili sonuçlarıdır.
Çekirgeler, insan uygarlığından bu yana tarıma en yıkıcı zararlılar arasında yer almıştır23. CRISPR / Cas9 tabanlı genom düzenleme teknolojisi, çekirgelerdeki biyolojik mekanizmalar hakkında daha iyi bilgi ve umut verici bir haşere kontrol stratejisi sağlamak için güçlü bir araçtır. Bu nedenle, homozigot çekirge mutantlarının CRISPR / Cas9 aracılı inşası için etkili ve kullanımı kolay bir yöntem geliştirmek büyük fayda sağlamaktadır. Bazı harika çalışma...
Yazarlar çıkar çatışması olmadığını beyan ederler.
Bu çalışma Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (32070502, 31601697, 32072419 ve Çin Doktora Sonrası Bilim Vakfı (2020M672205) tarafından desteklenmiştir.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
10×NEBuffer r3.1 | New England Biolabs | B7030S | The buffer of in vitro Cas9 cleavage assays |
2xEs Taq MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0690 | For gene amplification |
2xPfu MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0686 | For gene amplification |
CHOPCHOP | Online website for designing sgRNAs, http://chopchop.cbu.uib.no/. | ||
CRISPOR | Online website for designing sgRNAs, http://crispor.org. | ||
CRISPRdirect | Online website for designing sgRNAs, http://crispr.dbcls.jp/. | ||
Electrophoresis power supply | LIUYI BIOLOGY | DYY-6D | Separation of nucleic acid molecules of different sizes |
Eppendorf Tube | Eppendorf | 30125177 | For sample collection, etc. |
Fine brushes | Annigoni | 1235 | For cleaning and isolating eggs. Purchased online. |
Flaming/brown micropipette puller | Sutter Instrument | P97 | For making the microinjection needles |
Gel Extraction Kit | Cwbio | CW2302 | DNA recovery and purification |
Gel Imaging Analysis System | OLYMPUS | Gel Doc XR | Observe the electrophoresis results |
GeneTouch Plus | Bioer | B-48DA | For gene amplification |
Glass electrode capillary | Gairdner | GD-102 | For making injection needles with a micropipette Puller |
Incubator | MEMMERT | INplus55 | For migratory locust embryo culture |
Metal bath | TIANGEN | AJ-800 | For heating the sample |
Micro autoinjector | Eppendorf | 5253000068 | Microinjection of embryos early in development |
Micro centrifuge | Allsheng | MTV-1 | Used for mixing reagents |
Microgrinder | NARISHIGE | EG-401 | To ground the tip of injection needle |
Microloader | Eppendorf | 5242956003 | For loading solutions into the injection needles. |
Micromanipulation system | Eppendorf | TransferMan 4r | An altinative manipulation system for microinjection |
Microscope | cnoptec | SZ780 | For microinjection |
Motor-drive Manipulator | NARISHIGE | MM-94 | For controling the position of the micropipette during the microinjection precedure |
Multi-Sample Tissue Grinder | jingxin | Tissuelyser-64 | Grind and homogenize the eggs |
ovipisition pot | ChangShengYuanYi | CS-11 | Filled with wet sterile sand for locust ovipositing in it. The oocysts are collected from this container. Purchased online. |
Parafilm | ParafilmM | PM996 | For wrapping the petri dishes. |
pEASY-T3 Cloning Kit | TransGen Biotech | CT301-01 | For TA cloning |
Petri dish | NEST | 752001 | For culture and preservation of the eggs. |
Pipettor | Eppendorf | Research®plus | For sample loading |
plastic culture cup | For rearing locusts seperately and any plastic cup big enough (not less than 1000 mL in volume) will do. Purchased online. | ||
Precision gRNA Synthesis Kit | Thermo | A29377 | For sgRNA synthesis |
Primer Premier | PREMIER Biosoft | Primer Premier 5.00 | For primer design |
SnapGene | Insightful Science | SnapGene®4.2.4 | For analyzing sequences |
Steel balls | HuaXinGangQiu | HXGQ60 | For sample grinding.Purchased online. |
Tips | bioleaf | D781349 | For sample loading |
Trans DNA Marker II | TransGen Biotech | BM411-01 | Used to determine gene size |
TrueCut Cas9 Protein v2 | Thermo | A36496 | Cas9 protein |
UniversalGen DNA Kit | Cwbio | CWY004 | For genomic DNA extraction |
VANNAS Scissors | Electron Microscopy Sciences | 72932-01 | For cutting off the antennae |
Wheat | To generate wheat seedlings as the food for locusts. Bought from local farmers. | ||
ZiFiT | Online website for designing sgRNAs, http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx. |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır