Isolamento ottimizzato dei nuclei da campioni di tumore solido freschi e congelati per il sequenziamento di più omi

Man mano che la nostra conoscenza della biologia dei tumori cresce e l'interesse per comprendere le complessità di come le cellule interagiscono all'interno del tumore e influenzano gli esiti dei pazienti, è aumentata anche l'importanza di analizzare cellule eterogenee nel microambiente tumorale. Il sequenziamento multiomico, che consente l'acquisizione di RNA a singola cellula e il sequenziamento dell'attacco dalla stessa cellula in modo accoppiato, fornisce un progresso significativo verso questo scopo. Tuttavia, la qualità dei dati ottenuti da questi esperimenti dipende fortemente dalla qualità delle condizioni sperimentali e del materiale biologico inserito.

Questo protocollo fornisce un approccio affidabile e ottimizzato all'isolamento di nuclei da campioni di tumore solido per il sequenziamento di più omi utilizzando la piattaforma 10x Genomics. Questo protocollo è affidabile utilizzando sospensioni a singola cellula fresche o congelate. Forniamo raccomandazioni per le condizioni di dissociazione tissutale, la crioconservazione di sospensioni unicellulari e la valutazione di nuclei isolati.

In questo protocollo, abbiamo utilizzato campioni di adenocarcinoma duttale pancreatico umano, che sono un tipo di tessuto primario di focus nel nostro laboratorio. Il cancro del pancreas rappresenta un tipo di tumore altamente desmoplastico, che fa presagire tessuti e cellule relativamente appiccicosi. Inoltre, poiché anche i campioni di tumore del pancreas disponibili per la ricerca tendono ad essere relativamente piccoli, vengono fatti sforzi per massimizzare la quantità di cellule catturate.