عزل النوى الأمثل من عينات الورم الصلبة الطازجة والمجمدة لتسلسل متعدد النوى

مع نمو معرفتنا ببيولوجيا الورم واهتمامنا بفهم تعقيدات كيفية تفاعل الخلايا داخل الورم والتأثير على نتائج المرضى ، زادت أيضا أهمية تحليل الخلايا غير المتجانسة عبر البيئة المكروية للورم. يوفر تسلسل Multiome ، الذي يسمح بالحصول على الحمض النووي الريبي أحادي الخلية وتسلسل الهجوم من نفس الخلية بطريقة خلية مزدوجة ، تقدما كبيرا نحو هذه الغاية. ومع ذلك ، فإن جودة البيانات التي تم الحصول عليها من هذه التجارب تعتمد بشكل كبير على جودة الظروف التجريبية والمواد البيولوجية المدخلة.

يوفر هذا البروتوكول نهجا موثوقا ومحسنا لعزل النوى من عينات الورم الصلبة لتسلسل multiome باستخدام منصة 10x Genomics. هذا البروتوكول موثوق به باستخدام معلقات خلية واحدة طازجة أو مجمدة. نحن نقدم توصيات لظروف تفكك الأنسجة ، والحفظ بالتبريد لمعلقات الخلية المفردة ، وتقييم النوى المعزولة.

في هذا البروتوكول ، استخدمنا عينات الورم الغدي القنوي البنكرياسي البشري ، والتي تعد نوعا أوليا من الأنسجة في مختبرنا. يمثل سرطان البنكرياس نوعا من الأورام شديدة التنسج ، والتي تنذر بأنسجة لزجة نسبيا وكذلك خلايا. علاوة على ذلك ، نظرا لأن عينات أورام البنكرياس المتاحة للبحث تميل أيضا إلى أن تكون صغيرة نسبيا ، يتم بذل الجهود لزيادة كمية الخلايا التي تم التقاطها.