בידוד גרעינים אופטימלי מדגימות גידול מוצק טרי וקפוא לריצוף מולטיומי

ככל שהידע שלנו בביולוגיה של הגידול גדל והעניין להבין את המורכבות של האופן שבו תאים מתקשרים בתוך הגידול ומשפיעים על תוצאות המטופלים, גדלה גם החשיבות של ניתוח תאים הטרוגניים ברחבי המיקרו-סביבה של הגידול. ריצוף מולטיום, המאפשר רכישת RNA של תא בודד וריצוף תקיפה מאותו תא בצורה של תא מזווג, מספק התקדמות משמעותית לקראת מטרה זו. עם זאת, איכות הנתונים המתקבלים מניסויים אלה תלויה מאוד באיכות תנאי הניסוי ובחומר הביולוגי המוקלט.

פרוטוקול זה מספק גישה אמינה ואופטימלית לבידוד גרעינים מדגימות גידול מוצקות לצורך ריצוף מולטיומי באמצעות פלטפורמת 10x Genomics. פרוטוקול זה אמין באמצעות מתלים טריים או קפואים של תא בודד. אנו מספקים המלצות לתנאי דיסוציאציה של רקמות, שימור בהקפאה של תרחיפים של תא בודד והערכה של גרעינים מבודדים.

בפרוטוקול זה, השתמשנו בדגימות אדנוקרצינומה של צינור הלבלב האנושי, שהן סוג רקמה עיקרי במעבדה שלנו. סרטן הלבלב מייצג סוג גידול דסמופלסטי מאוד, אשר מבשר רקמה דביקה יחסית, כמו גם תאים. יתר על כן, מכיוון שדגימות גידול הלבלב הזמינות למחקר נוטות גם הן להיות קטנות יחסית, נעשים מאמצים למקסם את כמות התאים שנלכדו.