Daniel Chen üzerinden Dijital Video üretim ekibi, Buchholz lise video düzenleme konusunda yardım almak için teşekkür ederiz. Bu araştırma stomatal gardiyan hücreleri, proteomik ve metabolomics Chen laboratuarında hibe bize Ulusal Bilim Vakfı (0818051, 1158000 ve 1412547) tarafından desteklenmiştir. Wenwen Kong Çin burs Konseyi tarafından desteklenir. Dr. Qiuying Pang Çin burs Konseyi ve Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı Çin (31570396) tarafından desteklenmektedir.

1. bitki yetiştirme
<ol><li>Karışımı çömlekçilik içinde tohum çimlenme. Bitkilerde büyüme odası ile 140 µmol fotonlar m−2 s – 1 ışık yoğunluğu ve bir photoperiod 8 h ışık 22 ° C ve 16 h 18 ° C'de 2 hafta boyunca karardığını.</li>
	<li>Fidan benzer boyutlarda tek tek toprak içeren 4" çapında tencere nakli ve ek 3 hafta aynı koşullarda 1.1. adımda açıklanan için büyür. Not: musluk suyu ile bitkilerin toprak nemli tutmak için haftada iki kez su.</li>
</ol>2. zenginleştirilmiş stoma bantlı hazırlanması
<ol><li>Bir neşter ile bireysel 5 - hafta eski A. thaliana bitkilerin yaprakları çıkarın.</li>
	<li>Her yaprak açık kapaklar, iki adet abaxial (alt) tarafına kalarak tek parça ve yaprak adaxial (üst) tarafına kalarak diğer parça ile ekleyin. Yaprak 5 için teybi çıkarma s.</li>
	<li>Kabuğu ayrı kasetleri işaret parmağı ve başparmak her yandan abaxial yan kaldırım ve nöbetçi hücreleri ve mesophyll hücreleri adaxial tarafını ile ayırarak iki adet hafif.</li>
	<li>Toplanan oldukları gibi açılış stoma bantlı 60 mL yapraklarında abaxial tarafındaki kabukları (50 mM KCl, 10 mM MES-KOH, pH 6.2 1 M KOH ile düzeltilmiş) 40 mm × 12 mm boyutunda Petri arabellek yer yemekleri.<ol>
<li>Tüm örnek kabukları toplanan kadar yukarıdaki adımları yineleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>1.1. adımda belirtilen ışık koşulları altında büyüme odasına kabukları içeren Petri yemekler yerleştirin. Kabukları tam stoma bantlı açık 2 h için ışık altında bırakın.</li>
	<li>150 mm x 20 mm Petri kabına hücre duvarı enzim karışımı (%0,7 cellulase R-10% 0,025 macerozyme R-10, % 0,1 (w/v) polyvinylpyrrolidone-40 ve % 0.25 (w/v) Sığır serum albümin % 55 temel çözüm (0.55 M sorbitol, 0,5 mM sindirerek 50 mL içeren içine yer kabuğu CaCl2, 0,5 mM MgCl2, 0,5 mM askorbik asit, 10 µM KH2PO4, pH 5.7 5 mM 4-morpholineethanesulfonic asit (MES) 1 M KOH ile ayarlanır).</li>
	<li>Kabukları bir petri 50 devirde karşılıklı bir shaker 20 dk için salla.</li>
	<li>50 mL su içeren 150 x 20 mm boyut Petri kabına için kabukları 20 dk. aktardıktan sonra kabukları cımbızla enzim çözümden kaldırmak.</li>
	<li>Bir aktarım pipet kullanarak, durulama kabukları 15 10 mL su herhangi bir kalıntı enzim çözümü kaldırmak için bir iki kez iyimsersin.</li>
	<li>150 x 20 mm boyut Petri kabına 50 mL taze stoma bantlı 2.4 adımda kullanılan arabellek açılış ile kabukları yerleştirmek için cımbız kullanın. 1.1-e doğru kurtarmak stoma bantlı izin adımda belirtilen ışık koşullarında 1 h için kuluçkaya.</li>
</ol>3. Absisik asit (ABA) tedavi ve stoma bantlı hareket tahlil
<ol><li>Bir 150 x 20 mm boyut kabında. 30 ° c 15 dk 50 mL stomatal açılış arabellek veya stomatal açılış arabellek 50 mL 10 µM ABA son bir konsantrasyon için uygun tedavi süresi ile zenginleştirilmiş stoma bantlı kabukları kuluçkaya.</li>
	<li>Kabukları 5, 15 ve 30 dk 50 rpm bir shaker yerleştirin. Her zaman aralığından sonra cımbızla bir kabuğu kaldırmak ve adım 3.3 görüntüleme adımları izleyin.</li>
	<li>Görüntü stoma bantlı ABA tedavi öncesi ve çeşitli zaman noktalarda ABA tedaviden sonra hafif bir mikroskopla alabilir.<ol>
<li>Bir kabuğu almak ve cam mikroskop slaytta yerleştirin.</li>
		<li>Slayt mikroskop sahnesinde yerini ve kabuğu görüntüsü görüntülenir sahne ayarlayın.</li>
		<li>İnce ayarlamak ve muhafız hücre net bir görüntü elde etmek için mikroskop odak ders.</li>
		<li>Birden çok stoma bantlı birkaç görüntü 40 X büyütme oranında alabilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>60 stomatal diyafram ImageJ8kullanarak ölçmek.</li>
	<li>Standart hata ve önemi, bir p-değeri < 0,05 60 stomatal diyafram ölçüm hesaplayın.</li>
</ol>4. protein çıkarma ve SDS-sayfa ayırma
<ol><li>15 kabukları eziyet bir soğutulmuş harç ve havaneli kullanarak kabukları karşılamak için yeterli sıvı azot s.</li>
	<li>50 kabukları 3 mL doymuş Tris fenol (pH 8.8) ekleyin ve 3 mL protein ayıklama tampon (0.9 M sukroz, 0.1 M Tris-HCl, 0.01 M EDTA, %0,4 2-Mercaptoethanol, 1 mM fosfataz ve proteaz inhibitörü 10 µL) harç için bir pipet ile ve sonra kabukları 5 kenan için eziyet bir duman hood dakikada varmıdır.</li>
	<li>Bir pipet kullanarak özü aktarmak ve bir Oakridge için metal Cımbız kullanarak kabukları tüp santrifüj kapasitesi ve 50 rpm bir shaker 4 ° C'de 1 h için kışkırtmak</li>
	<li>Kabukları Oakridge santrifüj tüpü çıkarması ve 5000 x g 10 dk de özü santrifüj kapasitesi. Ardından üst bakalit faz bir pipet kullanarak yeni bir temiz mikro santrifüj tüpü aktarın.</li>
	<li>Çökelti fenol proteinlerin % 100 metanol içinde buz gibi 0.1 M amonyum asetat 5 cilt ekleyerek ayıklanır. Kısaca girdap ve gecede-20 ° C'de kuluçkaya</li>
	<li>20.000 x g 20 dk için 4 ° C'de, santrifüj kapasitesi, yavaş yavaş dışarı tüp dökerek süpernatant dikkatle boşaltmak ve tüp içinde protein Pelet korumak.</li>
	<li>Protein Pelet 0.1 M amonyum asetat ile iki kere metanol içinde yıkayın ve sonra % 80 aseton ile iki kez ve bir kez % 100 soğuk aseton ile. Not: 10 mL belirtilen reaktif protein tüp ekleyerek yıkama yapılır. Bir shaker 50 RPM Santrifüjü 15.000 x g 10 dk 4 ° C'de, ardından 5 min için tahrik. Sonra sadece protein Pelet istinat tüp dışında reaktif dökün.</li>
	<li>1 mL % 100 soğuk aseton için Pelet ekleyin ve yavaş yavaş yukarı ve aşağı pipetting tarafından yeniden askıya alma.</li>
	<li>Protein süspansiyon pipet ile 2 mL mikro-santrifüj tüpü daha sonra 20.000 x g 5 min için 4 ° C'de, santrifüj kapasitesi.</li>
	<li>Aseton tüpünden decanting tarafından kaldırmak ve Pelet duman başlıklı 10 min için kuru.</li>
	<li>Çözünme arabelleği (8 M üre, % 0.5 SDS, 30 mM Tris-HCl pH 8,5) 200 µL bir mikro-santrifüj tüpü protein geçiyoruz ve için 30 dk santrifüj 20.000 x g 20 dk ve toplamak yeni bir tüp süpernatant için 15 ° C'de, girdap.</li>
	<li>Protein miktar Protokolü9takip protein konsantrasyonu ölçmek.</li>
	<li>Protein örnekleri10protokolü takip jel elektroforez tarafından protein ayrılması için kullanın.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Acharya, B., Assmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormone+interactions+in+stomatal+function.">Hormone interactions in stomatal function.</a> Plant Molecular Biology. 69 (4), 451-462 (2009).</li><li>Schroeder, J. I., Allen, G. J., Hugouvieux, V., Kwak, J. M., Waner, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guard+cell+signal+transduction.">Guard cell signal transduction.</a> Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology. 52, 627-658 (2001).</li><li>Obulareddy, N., Panchal, S., Melotto, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guard+Cell+Purification+and+RNA+Isolation+Suitable+for+High-Throughput+Transcriptional+Analysis+of+Cell-Type+Responses+to+Biotic+Stresses.">Guard Cell Purification and RNA Isolation Suitable for High-Throughput Transcriptional Analysis of Cell-Type Responses to Biotic Stresses.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 26 (8), 844-849 (2013).</li><li>Pandey, S., Wang, X. Q., Coursol, S. A., Assmann, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+and+applications+of+Arabidopsis+thaliana+guard+cell+protoplasts.">Preparation and applications of Arabidopsis thaliana guard cell protoplasts.</a> New Phytologist. 153 (3), 517-526 (2002).</li><li>Schroeder, J. I., Raschke, K., Neher, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Voltage+Dependence+Of+K++Channels+In+Guard-Cell+Protoplasts.">Voltage Dependence Of K+ Channels In Guard-Cell Protoplasts.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 84 (12), 4108-4112 (1987).</li><li>Wu, F. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tape-Arabidopsis+Sandwich+-+a+simpler+Arabidopsis+protoplast+isolation+method.">Tape-Arabidopsis Sandwich - a simpler Arabidopsis protoplast isolation method.</a> Plant Methods. 5, 10 (2009).</li><li>Svozil, J., Gruissem, W., Baerenfaller, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteasome+targeting+of+proteins+in+Arabidopsis+leaf+mesophyll,+epidermal+and+vascular+tissues.">Proteasome targeting of proteins in Arabidopsis leaf mesophyll, epidermal and vascular tissues.</a> Frontiers in Plant Science. 6, (2015).</li><li>Schneider, C., Rasband, W., Eliceiri, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 671-675 (2012).</li><li>Agnew, B., Murray, D., Patton, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+solid-phase+fluorescence-based+protein+assay+for+quantitation+of+protein+electrophoresis+samples+containing+detergents,+chaotropes,+dyes,+and+reducing+agents.">A rapid solid-phase fluorescence-based protein assay for quantitation of protein electrophoresis samples containing detergents, chaotropes, dyes, and reducing agents.</a> Electrophoresis. 25 (15), 2478-2485 (2004).</li><li>He, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laemmli-SDS-PAGE.">Laemmli-SDS-PAGE.</a> Bio-protocol. Bio101 (80), (2011).</li><li>Thompson, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tandem+mass+tags:+A+novel+quantification+strategy+for+comparative+analysis+of+complex+protein+mixtures+by+MS/MS+(vol+75,+pg+1895).">Tandem mass tags: A novel quantification strategy for comparative analysis of complex protein mixtures by MS/MS (vol 75, pg 1895).</a> Analytical Chemistry. 78 (12), 4235-4235 (2006).</li><li>Wiese, S., Reidegeld, K. A., Meyer, H. E., Warscheid, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+labeling+by+iTRAQ:+A+new+tool+for+quantitative+mass+spectrometry+in+proteome+research.">Protein labeling by iTRAQ: A new tool for quantitative mass spectrometry in proteome research.</a> Proteomics. 7 (3), 340-350 (2007).</li></ol>

Hiçbir çıkar çatışmaları ilan etti.

Gardiyan hücreleri sinyal iletim mekanizmaları tesislerinde çalışmak için bir model sistem ve çalışmada kullanılan örnekleri hazırlanması Biyolojik sorulara cevap için en uygun olduğundan emin olmak önemlidir. Gardiyan hücreleri bitki araştırma topluluğu içinde artan ilgi rağmen nasıl stomatal hareketi ve Fizyoloji sağlayacak stomatal gardiyan hücreleri hazırlamak için evrensel bir yöntem yoktur işte birinde incelenecektir için moleküler değişikliklerinin yanı sıra sistem. Onları ayır...

Stoma bantlı Genel Fizyoloji ve fitness bitkilerin önemli bir rol oynamaktadır. Bu küçük bitki belirli yapılara guard hücreler olarak bilinen iki özel epidermal hücre tarafından kurulur ve en bol yaprakları abaxial yüzeyinde bulunur. Stoma bantlı gazlar terleme ile su kaybı kontrolünü yanı sıra bitki ve atmosfer arasındaki alışverişi için gereklidir. Gardiyan hücreleri düzenleyen stoma bantlı diyafram farklı dış (Örneğin, ışık, nem, patojen iletişim, karbondioksit düzeyleri) tümleştirme yoluyla ve iç (Örn., endojen hormonlar) uyaranlara1,2. Son 20 yıl içinde bu hücre tipi eğitim hücre süreçleri bitkilerde sinyal için bir model sistemi haline gelmiştir. Bu hücreler bir yaprak toplam hücrelerde küçük bir kısmını oluşturur; Böylece, kendi benzersiz cep araştırmak için biyokimyasal ve moleküler özelliklerini bir tek hücreli şekilde bu diğer yaprak hücre türlerinden yalıtmak gereklidir. Geçmişte, guard hücre çalışmaları bu hazırlık guard hücre önceki (GCP)3,4,5kez işe. Bu genellikle hücre duvarı aşağılayıcı enzimler ve/veya karıştırma ile mekanik kesintileri büyük miktarda kullanımı gerektirir ve genellikle GCP örnek kez hazırlamak için saatlerce sürer gibi pahalı ve zaman alıcı olması ile küçük verim kez kanıtlamıştır. Daha da önemlisi, çünkü gardiyan hücreleri stoma bantlı diyafram düzenleyen tam çiftleri olarak hareket, GCP kullanımı guard hücre sinyallemesi eğitimi için yapay bir sistem olarak görülebilir.
Burada, sağlam koruma hücreleri zenginleştirilmiş ve fizyolojik yanıt uyaranlara karşı korumak stoma bantlı hazırlamak için bir yöntem geliştirdik. Bu yöntem mesophyll hücre önceki6,7ayırmak için kullanılan bir yöntem tarafından ilham kaynağı oldu. Bizim Yöntem, stoma bantlı ilk mesophyll hücreleri çoğunluğu ayırmak için bant kaldırım ve nöbetçi hücreleri içeren abaxial katmandan yaprak adaxial katmana bağlı NET kullanılarak hazırlanır. Bu bant yaprak her tarafına bir parçası yapıştırılması ve onları ayrı peeling yapılır. Abaxial katman hücrelerden stoma bantlı-açılış arabellekte ışık altında kurtarmak için izin verilir. Daha sonra kalan kaldırım hücreleri hücre duvarı enzimler, kasette zenginleştirilmiş guard hücre bırakarak aşağılayıcı küçük bir miktar kullanarak kaldırılır.
Basit bu yöntemde, uygun ve duyarlı stomatal gardiyan hücreleri hızlı ve verimli bir şekilde 50 kabukları minimum maliyet ile zenginleştirilmiş stomatal gardiyan hücreleri almak için bir saat almaya hazır olun. İşte Yöntem bitki hücreleri için önceki nerede hazırlanan önceki yöntemlerine göre daha az zarar getirir. Buna ek olarak, malzeme bu yöntem verim arzu protein tutarlardan toplanan. En önemlisi, yaprak karıştırma için tabi tutulur değil veya uzun Sindirim süreleri ve nöbetçi hücreleri korunacak çünkü, çalışmaların sonuçları daha yakından bir muhafız hücrenin doğal biyoloji ilgili olacak. Bu yöntemle, stomatal hareketleri gerçek zamanlı olarak moleküler seviyede değişikliklerle ilişkili olabilir. Böylece, bu hazırlık yöntemi kullanarak çalışmalardan elde bilgi koruma hücre sinyallemesi daha kapsamlı bir anlayış için önemli olacaktır.
Bitki Arabidopsis thaliana bir model olarak kullanılan; Ancak bu iletişim kuralı stomatal guard hücrelerinde diğer bitki türleri Brassica napus gibi küçük değişiklikler ile zenginleştirme sindirim zaman uygulanabilir. Kavramının bir kanıtı olarak stomatal gardiyan hücreleri bu yöntemle zenginleştirilmiş uygun ve floresein diacetate (FDA) tahlil ve bitki hormon Absisik asit (ABA), sırasıyla kullanan çalışmalar tarafından gösterildiği gibi uyaranlara karşı duyarlı olduğunu göstermiştir. Buna ek olarak, yüksek kaliteli protein bu bekçi hücrelerden ayrılmış olabilir göstermiştir. Burada, bu sürecin detaylı bir protokol açıklayın.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:889px;" width="889">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Stainless Steel Surgical Scalpel</td>
			<td style="width:297px;">Feather&#160;</td>
			<td style="width:119px;">&#160;NC9999403</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Scotch Tape (3M)</td>
			<td style="width:297px;">ULINE</td>
			<td style="width:119px;">S-9781</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Petri Dish</td>
			<td style="width:297px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>BR455701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cellulase (Onozuka R-10)&#160;</td>
			<td>Yakult Pharmaceutical Industry Co., Ltd.</td>
			<td>21560003-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Macerozyme R-10</td>
			<td>Yakult Pharmaceutical Industry Co., Ltd.</td>
			<td>21560003-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">DM6000B Microscope&#160;</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktails</td>
			<td style="width:297px;">Thermo Fisher Scientific&#160;</td>
			<td>&#160;PI78443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Oak Ridge High-Speed PPCO Centrifuge Tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>3119-0030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">EZQ Protein Quantitation Kit</td>
			<td style="width:297px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>R33200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fluorescein Diacetate (FDA)</td>
			<td style="width:297px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>F1303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Abscisic Acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A4906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Metro Mix 500</td>
			<td style="width:297px;">BWI Companies&#160;</td>
			<td style="width:119px;">TX-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Laemmli Sample Buffer</td>
			<td style="width:297px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;">161-0737</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Bio-Safe Comassie (G-250)</td>
			<td style="width:297px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;">161-0786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Microcentrifuge Tube (2mL)</td>
			<td style="width:297px;">USA Scientific, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">1620-2700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">ImageJ software</td>
			<td style="width:297px;">National Institute of Health</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">Tweezers&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F4017-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:307px;">12% Mini-PROTEAN TGX Precast Gel</td>
			<td style="width:297px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;">456-1043</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microscope slides</td>
			<td style="width:297px;">Fisherbrand</td>
			<td>12-550-A3</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

stomata tape-peel: an improved method for guard cell sample preparation

Gardiyan hücreleri belirli katkıları bitkilerin genel işlevi için bu hücre tür bilgi için önemli bir çalışmadır. Ancak, genellikle izole etmek zordur ve böylece kez üstlerinde bir meydan okuma sağlar.
Bu çalışmada stomatal guard hücre zenginleştirme yöntemi oluşturur. Protokol bant koruma hücreleri izole ve proteinler hücrelerden ayıklamak için kullanır. Bu yöntem sırasında yalıtım bütünlüğü ve muhafız hücre verimini artırır ve hücre sinyal gönderme süreçleri ve nasıl onlar için stomatal hareketi fenotipleri ilişkilendirmek için güvenilir bir örnek sağlar. Bu yöntemde, bitki yaprakları teyp iki bölümleri arasında bölümlenmiş ve ayrı abaxial yan kaldırmak için soyulmuş. Bu iletişim kuralı Arabidopsis yaprak dokusu ile nöbetçi hücreleri izole etmek için uygulandı. Hücreleri Absisik asit (ABA) stoma bantlı hareketi yanıt ABA olarak değerlendirmek için ile floresein diacetate canlılığı belirlemek için (FDA) ile tedavi edildi. Sonuç olarak, bu iletişim kuralını zenginleştirilmiş stomatal gardiyan hücreleri hazırlama ve protein izole için yararlı olmaktadır. Hücreleri ve protein kalitesini burada etkinleştir fizyolojik ve biyolojik diğer çalışmalar elde.

Bir temsili resim Arabidopsis guard hücre önce ve sonra sindirim mesophyll ve epidermal hücre Şekil 1' de gösterilen. Guard hücre canlılığı önce ve sonra mesophyll ve epidermal hücrelerin enzimatik aktivite ve hücre zarının bütünlüğü (Şekil 1B ve 1 D) ölçmek için FDA kullanarak görülebilmektedir. Şekil 2 Arabidopsis stomatal hareketi yanıt ABA tedavi olara...

Watch this Scientific Journal Video about Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation at JoVE.com

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

Bu iletişim kuralı fizyolojik ve diğer biyolojik araştırmaları için yararlıdır zenginleştirilmiş stomatal gardiyan hücreleri hazırlama yöntemi açıklanır.

Stoma bantlı teyp-kabuğu: Guard hücre numune hazırlama için geliştirilmiş bir yöntem

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...

stomata-tape-peel-an-improved-method-for-guard-cell-sample-preparation

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Biology

14.9K Görüntüleme.  University of Florida. Bu iletişim kuralı fizyolojik ve diğer biyolojik araştırmaları için yararlıdır zenginleştirilmiş stomatal gardiyan hücreleri hazırlama yöntemi açıklanır.

Video: Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS) 1,2. The ultra-thin layer method involves the production of a substrate layer of matrix crystals (alpha-cyano-4-hydroxycinnamic acid) on the sample plate, which serves as a seeding ground for subsequent crystallization of a matrix/analyte mixture. Advantages of the ultra-thin layer method over other sample deposition approaches (e.g. dried droplet) are that it provides (i) greater tolerance to impurities such as salts and detergents, (ii) better resolution, and (iii) higher spatial uniformity. This method is especially useful for the accurate mass determination of proteins. The protocol was initially developed and optimized for the analysis of membrane proteins and used to successfully analyze ion channels, metabolite transporters, and receptors, containing between 2 and 12 transmembrane domains 2. Since the original publication, it has also shown to be equally useful for the analysis of soluble proteins. Indeed, we have used it for a large number of proteins having a wide range of properties, including those with molecular masses as high as 380 kDa 3. It is currently our method of choice for the molecular mass analysis of all proteins. The described procedure consistently produces high-quality spectra, and it is sensitive, robust, and easy to implement.

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS).

MALDI Numune Hazırlama: Ultra İnce Tabaka Yöntemi

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Biyoloji

Assembly, Loading, and Alignment of an Analytical Ultracentrifuge Sample Cell

The analytical ultracentrifuge (AUC) is a powerful biophysical tool that allows us to record macromolecular sedimentation profiles during high speed centrifugation. When properly planned and executed, an AUC sedimentation velocity or sedimentation equilibrium experiment can reveal a great deal about a protein in regards to size and shape, sample purity, sedimentation coefficient, oligomerization states and protein-protein interactions.
This technique, however, requires a rigorous level of technical attention. Sample cells hold a sectored center piece sandwiched between two window assemblies. They are sealed with a torque pressure of around 120-140 in/lbs. Reference buffer and sample are loaded into the centerpiece sectors and then after sealing, the cells are precisely aligned into a titanium rotor so that the optical detection systems scan both sample and reference buffer in the same radial path midline through each centerpiece sector while rotating at speeds of up to 60, 000 rpm and under very high vacuum
Not only is proper sample cell assembly critical, sample cell components are very expensive and must be properly cared for to ensure they are in optimum working condition in order to avoid leaks and breakage during experiments. Handle windows carefully, for even the slightest crack or scratch can lead to breakage in the centrifuge. The contact between centerpiece and windows must be as tight as possible; i.e. no Newton s rings should be visible after torque pressure is applied. Dust, lint, scratches and oils on either the windows or the centerpiece all compromise this contact and can very easily lead to leaking of solutions from one sector to another or leaking out of the centerpiece all together. Not only are precious samples lost, leaking of solutions during an experiment will cause an imbalance of pressure in the cell that often leads to broken windows and centerpieces. In addition, plug gaskets and housing plugs must be securely in place to avoid solutions being pulled out of the centerpiece sector through the loading holes by the high vacuum in the centrifuge chamber. Window liners and gaskets must be free of breaks and cracks that could cause movement resulting in broken windows.
This video will demonstrate our procedures of sample cell assembly, torque, loading and rotor alignment to help minimize component damage, solution leaking and breakage during the perfect AUC experiment.

The analytical ultracentrifuge (AUC) sample cell holds sample and reference buffer and during experiments and is exposed to high vacuum and rotor speeds up to 60,000 rpm. This video will demonstrate the rigorous attention to detail necessary for assembly, loading and alignment of this very important component of an AUC experiment.

Kurul, Yükleme ve Analitik ultrasantrifüjdeki Örnek Hücre Hizalama

The analytical ultracentrifuge (AUC) is a powerful biophysical tool that allows us to record macromolecular sedimentation profiles during high speed ...

Western Blotting: Sample Preparation to Detection

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel electrophoresis to separate native or denatured proteins by the length of the polypeptide (denaturing conditions) or by the 3-D structure of the protein (native/ non-denaturing conditions). The proteins are then transferred to a membrane (typically nitrocellulose or PVDF), where they are probed (detected) using antibodies specific to the target protein.

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract.

Western Blot: Numune Hazırlama Algılama

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel ...

Preparation of Quality Inositol Pyrophosphates

Myo-inositol is present in nature either unmodified or in more complex phosphorylated derivates. Of the latest, the two most abundant in eukaryotic cells are inositol pentakisphosphate (IP5) and inositol hexakisphosphate (phytic acid or IP6). IP5 and IP6 are the precursors of inositol pyrophosphate molecules that contain one or more pyrophosphate bonds1. Phosphorylation of IP6 generates diphoshoinositolpentakisphosphate (IP7 or PP-IP5) and bisdiphoshoinositoltetrakisphosphate (IP8 or (PP)2-IP4). Inositol pyrophosphates have been isolated from all eukaryotic organisms so far studied. In addition, the two distinct classes of enzymes responsible for inositol pyrophosphate synthesis are highly conserved throughout evolution2-4.
The IP6 kinases (IP6Ks) posses an enormous catalytic flexibility, converting IP5 and IP6 to PP-IP4 and IP7 respectively and subsequently, by using these products as substrates, promote the generation of more complex molecules5,6. Recently, a second class of pyrophosphate generating enzymes was identified in the form of the yeast protein VIP1 (also referred as PP-IP5K), which is able to convert IP6 to IP7 and IP87,8.
Inositol pyrophosphates regulate many disparate cellular processes such as insulin secretion9, telomere length10,11, chemotaxis12, vesicular trafficking13, phosphate homeostasis14 and HIV-1 gag release15. Two mechanisms of actions have been proposed for this class of molecules. They can affect cellular function by allosterically interacting with specific proteins like AKT16. Alternatively, the pyrophosphate group can donate a phosphate to pre-phosphorylated proteins17. The enormous potential of this research field is hampered by the absence of a commercial source of inositol pyrophosphates, which is preventing many scientists from studying these molecules and this new post-translational modification. The methods currently available to isolate inositol pyrophosphates require sophisticated chromatographic apparatus18,19. These procedures use acidic conditions that might lead to inositol pyrophosphate degradation20 and thus to poor recovery. Furthermore, the cumbersome post-column desalting procedures restrict their use to specialized laboratories.
In this study we describe an undemanding method for the generation, isolation and purification of the products of the IP6-kinase and PP-IP5-kinases reactions. This method was possible by the ability of polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) to resolve highly phosphorylated inositol polyphosphates20. Following IP6K1 and PP-IP5K enzymatic reactions using IP6 as the substrate, PAGE was used to separate the generated inositol pyrophosphates that were subsequently eluted in water.

Inositol pyrophosphates play an important role in human pathologies such cancer, diabetes and obesity; however, the exact mechanism of action is a matter of dispute. The lack of commercially available inositol pyrophosphates renders detailed studies problematic. Here we describe a simple protocol to produce and isolate milligrams of inositol pyrophosphates.

Kalite İnositol Pyrophosphates hazırlanması

Myo-inositol is present in nature either unmodified or in more complex phosphorylated derivates. Of the latest, the two most abundant in eukaryotic cells ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an oil-coated graduated cylinder; landing height provided a measure of flight performance by assessing how far flies will fall before producing enough thrust to make contact with the wall of the cylinder. Here we describe an updated version of the flight tester with four major improvements. First, we added a &#34;drop tube&#34; to ensure that all flies enter the flight cylinder at a similar velocity between trials, eliminating variability between users. Second, we replaced the oil coating with removable plastic sheets coated in Tangle-Trap, an adhesive designed to capture live insects. Third, we use a longer cylinder to enable more accurate discrimination of flight ability. Fourth we use a digital camera and imaging software to automate the scoring of flight performance. These improvements allow for the rapid, quantitative assessment of flight behavior, useful for large datasets and large-scale genetic screens.

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Here we describe a method for rapid and accurate measurement of flight performance in Drosophila, enabling high-throughput screening.

Uçuş Performans Doğru ve hızlı ölçüm için geliştirilmiş Yöntemi<em&gt; Drosophila</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

Sample Preparation for Single Virion Atomic Force Microscopy and Super-resolution Fluorescence Imaging

Immobilization of virions to glass surfaces is a critical step in single virion imaging. Here we present a technique&#160;adopted from single molecule imaging assays which allows adhesion of single virions to glass surfaces with specificity. This preparation is based on grafting the surface of the glass with a mixture of PLL-g-PEG and PLL-g-PEG-Biotin, adding a layer of avidin, and finally creating virion anchors through attachment of biotinylated virus specific antibodies. We have applied this technique across a range of experiments including atomic force microscopy (AFM) and super-resolution fluorescence imaging. This sample preparation method results in a control adhesion of the virions to the surface.

The attachment of virions to a surface is a requirement for single virion imaging by Super-resolution fluorescence imaging or atomic force microscopy (AFM). Here we demonstrate a sample preparation method for controlled adhesion of virions to glass surfaces suitable for use in AFM and super-resolution fluorescence imaging.

Tek Virion Atomik Kuvvet Mikroskopisi ve Süper Çözünürlüklü Floresan Görüntüleme için Numune Hazırlama

Immobilization of virions to glass surfaces is a critical step in single virion imaging. Here we present a technique&#160;adopted from single molecule ...

Improved Swiss-rolling Technique for Intestinal Tissue Preparation for Immunohistochemical and Immunofluorescent Analyses

Understanding the role of factors that regulate intestinal epithelial homeostasis and response to injury and regeneration is important. The current literature describes several different methodological approaches to obtain images of intestinal tissues for data validation. In this paper, we delineate a common protocol relating to the derivation and processing of mouse intestinal tissues. Proper fixation of intestinal tissues and Swiss-roll techniques that enhance intestinal epithelial morphology are discussed. Postresection processing and reorientation of embedded intestinal tissues are critical in obtaining paraffin-embedded blocks that display intact intestinal structural features after sectioning. The Swiss-rolling technique helps in histological assessment of the complete intestinal or colonic sections examined. An ability to differentiate intestinal structural features can be vital in quantitative measurements of intestinal inflammation and tumorigenesis along the entire length. Finally, paraffin-embedded sections are ideal for robust processing using both immunohistochemical and immunofluorescent detection methods. Nonfluorescent immunohistochemical sections provide a vibrant image of the tissue detailing different cellular structural features but do not provide flexibility for intracellular co-localization experiments. Multiple fluorescent channels can be appropriately utilized with immunofluorescent detection for co-localization experiments, lending support to mechanistic studies.

Accurate identification and location of epithelial cells along the intestinal mucosal lining are essential to define different cell lineages. Proper imaging of intestinal tissues is crucial for identification of protein expression patterns with maximum resolution. This study aims to delineate the optimal methods and conditions for processing mouse intestinal tissues.

Immünohistokimyasal ve immünofloresan Analizleri için Bağırsak Doku Hazırlama için geliştirilmiş Swiss-haddeleme Tekniği

Understanding the role of factors that regulate intestinal epithelial homeostasis and response to injury and regeneration is important. The current ...

Sample Preparation for Mass Cytometry Analysis

Mass cytometry utilizes antibodies conjugated with heavy metal labels, an approach that has greatly increased the number of parameters and opportunities for deep analysis well beyond what is possible with conventional fluorescence-based flow cytometry. As with any new technology, there are critical steps that help ensure the reliable generation of high-quality data. Presented here is an optimized protocol that incorporates multiple techniques for the processing of cell samples for mass cytometry analysis. The methods described here will help the user avoid common pitfalls and achieve consistent results by minimizing variability, which can lead to inaccurate data. To inform experimental design, the rationale behind optional or alternative steps in the protocol and their efficacy in uncovering new findings in the biology of the system being investigated is covered. Lastly, representative data is presented to illustrate expected results from the techniques presented here.

This article describes the collection and processing of samples for mass cytometry analysis.

Kütle Sitometri Analizi için Numune Hazırlama

Mass cytometry utilizes antibodies conjugated with heavy metal labels, an approach that has greatly increased the number of parameters and opportunities ...

An Alternative Approach for Sample Preparation with Low Cell Number for TEM Analysis

Transmission electron microscopy (TEM) provides details of the cellular organization and ultrastructure. However, TEM analysis of rare cell populations, especially cells in suspension such as hematopoietic stem cells (HSCs), remains limited due to the requirement of a high cell number during sample preparation. There are a few cytospin or monolayer approaches for TEM analysis from scarce samples, but these approaches fail to get significant quantitative data from the limited number of cells. Here, an alternative and novel approach for sample preparation in TEM studies is described for rare cell populations that enables quantitative analysis.
A relatively low cell number, i.e., 10,000 HSCs, was successfully used for TEM analysis compared to the millions of cells typically used for TEM studies. In particular, Evans blue staining was performed after paraformaldehyde-glutaraldehyde (PFA-GA) fixation to visualize the tiny cell pellet, which facilitated embedding in agarose. Clusters of numerous cells were observed in ultra-thin sections. The cells had a well preserved morphology, and the ultra-structural details of the Golgi complex and several mitochondria were visible. This efficient, easy and reproducible protocol allows sample preparation from a low cell number and can be used for qualitative and quantitative TEM analysis on rare cell populations from limited biological samples.

Here, we present a protocol to prepare samples with low cell numbers for transmission electron microscopy (TEM) analysis.

TEM analizi için düşük Hücre sayısı ile örnek hazırlanması için alternatif bir yaklaşım

Transmission electron microscopy (TEM) provides details of the cellular organization and ultrastructure. However, TEM analysis of rare cell populations, ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some plant cells have rigid cell walls, tough fibers and crystals (calcium oxalate, silica, etc.), and high water content that often disrupt tissue integrity during plant tissue sectioning.
This study establishes a simple Hybrid-Cut tissue sectioning method. This protocol modifies a paraffin-based sectioning technique and improves the integrity of tissue sections from different plants. Plant tissues were embedded in paraffin before sectioning in a cryostat at -16 &#176;C. Sectioning under low temperature hardened the paraffin blocks, reduced tearing and scratching, and improved tissue integrity significantly. This protocol was successfully applied to calcium oxalate-rich Phalaenopsis orchid tissues as well as recalcitrant tissues such as reproductive organs and leaves of rice, maize, and wheat. In addition, the high quality of tissue sections from Hybrid-Cut could be used in combination with in situ hybridization (ISH) to provide spatial expression patterns of genes of interest. In conclusion, this protocol is particularly useful for recalcitrant plant tissue containing high crystal or silica content. Good quality tissue sections enable morphological and other biological studies.

This protocol describes a simple Hybrid-Cut tissue sectioning method that is useful for recalcitrant plant tissues. Good quality tissue sections enable anatomical studies and other biological studies including in situ hybridization (ISH).

Hibrid-Cut: Dirençli Bir Bitki Doku Örnekleri Bir Geliştirilmiş Kesit Yöntemi

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...