이 작품 G.H. 하 세영 훈련 그랜트 화목에서 미국 국립 암 연구소 (NIH) (CA009110)와 NIGMS (R01GM11755) P.W.J에 의해 지원 되었다

여기에 설명 된 모든 메서드는 기관 동물 관리 및 사용 위원회 (IACUC)의 존스 홉킨스 대학에 의해 승인 되었습니다. 야생-타입 C57BL/6J 쥐에 실험을 수행 했다.
1. 확산 수확 태아 또는 신생아 난소와 의향 Chromatin의 준비
<ol><li>14.5-19.5 일 배아 추출 게시물-coitum (dpc) 자 궁 경관 탈 구 또는 IACUC 지침에 따라 CO2 질을 통해 임신 여성을 희생. 참고: 출생 후 하루 1-5 난소에 대 한 1.3 단계로 건너뜁니다. 그림 1 에 다른 배아 및 출생 연령대에 농축 meiotic 의향 단계 요약 되어 있습니다.</li>
	<li>살 균가 위, V 자형 오프닝 만들기를 사용 하 여 abdominopelvic 구멍을 엽니다. 어머니 자 궁 경적 밖으로 dissect, 태아는 태에서 분리 하 고 35mm 페 트리 요리 미리 데워 1 인산 염 버퍼 식 염 수 (PBS) 37 ° c.에 x의 3 mL에 배아를 전송 참고: fliptop 인큐베이터 37 ° C에서 설정 온도 유지 하기 위해 사용할 수 있습니다. 또한, 온도 통제 유리 무대 또한 난소 조작 하는 동안 온도 유지 하기 위해 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>3.5 인치 수술가 위, 배아 또는 IACUC 지침에 따라 잘린 통해 새끼를 희생. 더 절 개 전에 미리 데워 공영에 잘린된 배아 또는 새끼를 배치 합니다.</li>
	<li>37 ° c.에 미리 데워 공영 3 mL를 포함 하는 별도 35 mm 페 트리 접시에 한 번에 하나의 배아 또는 강아지 해 부 앞 발 아래 앞쪽 절반 바로 위에 뒷 다리 사지 및 꼬리 그림 2A-B에 명시 된에 따라 배아의 후부 절반의 복 부 정중 선 따라 절단 하 여 진행 합니다.</li>
	<li>3.5 인치 수술가 위를 사용 하 여 복 부를 엽니다. 뾰족한 집게를 사용 하 여 치환 하거나 간, 창 자, 37 ° C에 미리 데워 공영 3 mL를 포함 하는 새로운 35mm 페 트리 접시에 난소를 노출의 루프를 제거 ( 그림 2B에 설명서 참조). 난소와 복 막 구멍 (그림 2B-C)의 후부 벽 쪽으로 신장 뒤에 바로 아래 있습니다. 남성과 여성의 생식 기 사이 차별에 대 한 가이드는 그림 차원에서 제공 됩니다. 참고: 최적의 조건에 대 한 신속 하 게 해 부 난소 밖으로 후 임신 여성 희생 이다.</li>
	<li>절 개 범위 및 시계 안경에서 뾰족한 집게의 쌍을 사용 하 여 각 여성 태아에서 양쪽 난소를 제거 하거나 멀티 잘의 별도 우물 접시 미리 따뜻하게 PBS의 0.5 ~ 1.0 mL를 포함 하 고 37 ° c.에 유지</li>
	<li>깨끗 한 시계 유리 또는 난소 comp를 담가 9-잘 접시의 작은 우물에서 0.5 mL hypo-추출 버퍼 (17mm trisodium 시트르산이 수화물, 50mm 자당, 5 mM EDTA, 0.5 m m DTT, 30 mM Tris HCl, 프로 테아 제 억제 물, pH 8.2)에 난소의 각 쌍을 배치 letely입니다. 적어도 15 분, 하지만 더 이상 30 분 품 어. 참고: 포 추출 버퍼 신선한 만들고 DTT 추가의 2 시간 이내에 사용.</li>
	<li>그림 3A와 같이 부 화, 소수 성 장벽을 PAP 펜을 사용 하는 동안 깨끗 한 유리 25 x 75 m m2, 1 m m 두께 현미경 슬라이드 22 x 22 m m2 사각형을 그립니다. 참고: 슬라이드 미리 준비 될 수 있습니다.</li>
	<li>깨끗 한 슬라이드에 100mm 자당의 45-50 µ L 플라스틱 하 고 드롭 난소의 한 쌍을 전송.</li>
	<li>자당 솔루션에 셀 출시 떨어져 난소를 애타게 두 27 G 바늘의 날카로운 끝을 사용 하 여. 집게, 난소의 큰 조각을 제거 하 고 신중 하 게 플라스틱 셀 분산 자당 솔루션.</li>
	<li>통 솔루션의 장소 40 µ L (1 %paraformaldehyde (PFA), 0.2% 세제 ( 재료의 표참조), pH 9.2) 준비 된 슬라이드의 각 광장으로. 200 µ l 피 펫 팁, 슬라이드 표면 통 솔루션을 균등 하 게 확산.</li>
	<li>20 µ L 자당 믹스에는 정착 액을 포함 하는 슬라이드의 각 사각형의 플라스틱 참고:이 슬라이드 당 난소의 한 쌍을 사용 하는 것 같습니다.</li>
	<li>하룻밤 실 온에서 닫힌 습 챔버에서 슬라이드를 품 어. 참고: 야간 보육 주위 배열할 수 있다 (12-15 시간) 실내 온도에.</li>
	<li>챔버 뚜껑 열고 슬라이드 완전히 건조 허용 합니다.</li>
	<li>씻어 0.4% 일로 에이전트-PBS 솔루션 50 mL를 포함 하는 Coplin jar에 슬라이드 2 분, 건조 한 공기 및 immunolabelling 프로토콜 (6 단계)로 이동 ( 재료의 표참조). 참고: 나중 사용을 위해-80 ° C에서 슬라이드를 저장할 수 있습니다 하지만 이것은 관심사의 단백질에 따라 다릅니다. 최적의 결과 대 한 immunolabelling 프로토콜 (6 단계)로 즉시 이동 합니다.</li>
</ol>2. 분열 나 Oocyte 컬렉션
<ol><li>각 마우스에서 격리 antral 낭의 수를 최대화 하려면 intraperitoneally 임신 암 말의 혈 청 생식 샘 자극 호르몬 (PMSG, 일컬어 말 chorionic 생식 샘 자극 호르몬 (eCG))의 5 IU와 성적으로 성숙한 처녀 여성 쥐를 주사. 참고: 최적의 oocyte 수율에 대 한 쥐 해야 1 ~ 3 개월, oocytes 수확의 수 나이로 줄일 것 이다. -20 ° c.에 600 µ L의 단일 사용 aliquots에 살 균 PBS (5 U/0.1 mL) 저장소의 100 ml에서 5000 IU의 병 해산 PMSG를 준비 하려면</li>
	<li>44-48 h 후 준비 컬렉션 매체, 최소 필수 중간 알파 (MEMα) 매체 3 mg/mL 소 혈 청 알 부 민 (BSA; 5% 태아 둔감 한 혈 청 (FBS)와 보충 MEMΑ/BSA/FBS). 0.2 µ m 기 공 필터를 통해 미디어를 소독. MEMα/BSA/FBS 5% CO2 배양 기에서 37 ° C에 따뜻하고 마우스 당 한 유리 그릇에 중간의 2.5 mL을 가만히 따르다. 참고: 다른 수집 및 상용 (m 2와 M16)는 문화 미디어도 자주 사용 됩니다. 주의: 조작 단계 동안 주변 공기 노출을 최소화 하기 위해 제한 된 기간 동안 한 번에 하나는 5% CO2 배양 기에서 문화 요리를 제거 것이 좋습니다.</li>
	<li>자 궁 경관 탈 구 또는 IACUC 지침에 따라 CO2 질을 통해 쥐를 희생.</li>
	<li>큰 V 자형 여 만드는 살 균가 위를 사용 하 여 abdominopelvic 구멍을 엽니다. 집게를 사용 하 여 창 자를 마우스의 머리 쪽으로 치환. 각 자 궁 경적을;를 찾습니다 난소는 흉 곽에 인접 제시 됩니다. 좋은 집게와는 수 란 관을 보유 하 고 해 부가 위 (그림 4)를 사용 하 여 난소에 지방 등을 잘라. 수 란 관, 그리고 좋은 집게의 또 다른 세트 MEMα/BSA/FBS 매체를 포함 하는 컬렉션 접시로 부르사와 장소에서 난소 릴리스 계속. 참고: 1 단계에서 그것은 37 ° C에서 난소를 유지 하 고 5% CO2에 유지 하는 것이 필수적. 5% CO2 혼합 연결 fliptop 인큐베이터 온도 CO2 레벨의 최적의 유지 보수를 위해 수 있도록 사용할 수 있습니다. 또한, 온도 통제 유리 단계 또한 oocyte 조작 하는 동안 온도 유지 하기 위해 사용 한다.</li>
	<li>수동으로 큰 antral 낭을 puncturing 의해 적 운 oocyte 단지 릴리스 27 게이지 바늘 (또는 비슷한 크기), 1 mL 주사기를 사용 하 여.</li>
	<li>해 부 현미경을 통해 관찰 하는 동안 GV 준비 oocytes 입 운영 하는 유리 피 펫 또는 모 세관, 또는 수동 마이크로미터-주사기 (그림 5)를 사용 하 여 수집 합니다. 만 antral 낭에서 출시 된 oocytes를 수집 합니다. GV oocytes 약 90의 직경이 있다 µ m. GV oocytes granulosa 셀의 2-3 층으로 둘러싸여 있을 수 있고 약 200 µ m의 총 직경.</li>
	<li>깨끗 한 시계 유리 또는 분열에 도달 6 h에 대 한 MEMα/BSA/FBS 매체를 포함 하는 9-잘 접시에 oocytes를 문화 나 5% CO2 배양 기에서 37 ° C에서.</li>
	<li>4 단계로 진행 합니다.</li>
</ol>3. 분열 II (MII) Oocyte 컬렉션
<ol><li>Oocytes 각 마우스에서 분리를 최대화 하기 위해 intraperitoneally PMSG의 5 IU와 성적으로 성숙한 처녀 여성 쥐를 주사. 44-48 h 후 인간의 융 생식 샘 자극 호르몬 (hCG)의 5 IU와 주사 intraperitoneally. 참고: 최적의 oocyte 수율에 대 한 쥐 해야 1 ~ 3 개월, oocytes 수확의 수 나이로 줄일 것 이다. HCG를 준비 하려면 10000 U 200 mL PBS의 병 해산 (5 U/0.1 mL). -20 ° c.에 600 µ L의 단일 사용 aliquots에 저장</li>
	<li>12-14 시간 후 2.2, 단계에서 설명한 것 처럼 MEMα/BSA/FBS 컬렉션 매체를 준비 합니다.</li>
	<li>자 궁 경관 탈 구 또는 IACUC 지침에 따라 CO2 질을 통해 쥐를 희생.</li>
	<li>큰 V 자형 여 만드는 살 균가 위를 사용 하 여 abdominopelvic 구멍을 엽니다. 집게를 사용 하 여 창 자를 마우스의 머리 쪽으로 치환. 각 자 궁 경적을 찾습니다, 그리고 난소 근 흉 곽에 제시 됩니다. 좋은 집게와는 수 란 관을 보유 하 고 해 부가 위 (그림 4)를 사용 하 여 난소에 지방 등을 잘라. 다음 난소와 수 란 관을 제거 하 고 MEMα/BSA/FBS 매체를 포함 하는 컬렉션 접시에 놓습니다. 참고: 단계 1과 2에서 그것은 37 ° C에서 난소를 유지 하 고 5% CO2에 유지 하는 것이 필수적. 5% CO2 혼합 연결 fliptop 인큐베이터 온도 CO2 레벨의 최적의 유지 보수를 위해 수 있도록 사용할 수 있습니다. 또한, 온도 통제 유리 단계 또한 oocyte 조작 하는 동안 온도 유지 하기 위해 사용 한다.</li>
	<li>1 mL 주사기 27 G와 함께 (또는 비슷한 크기)를 사용 하 여 또는 날카로운 집게, MII oocytes를 해제 수 란 관의 ampulla에 구멍을 찢 어. 주: 수는 ampulla에 oocytes를 손상 하지 않도록 주의 하십시오. ampulla가 나타납니다 부 어 반투명 되도록 oocytes는 표시 (그림 4).</li>
	<li>입 식 유리 피 펫 또는 모 세관, 또는 수동 마이크로미터-주사기 (그림 5)를 사용 하 여 컬렉션 매체와 새로운 그릇에는 수 란 관의 ampulla에서 MII oocytes를 수확.</li>
	<li>4 단계로 진행 합니다.</li>
</ol>4. oocyte Denuding 및 Zona Pellucida 제거
<ol><li>보충 3 mg/mL BSA 주변 적 운 세포 (2.5 mL/마우스)는 시계 유리, 37 ° C, 5% CO2에서 계속의 oocytes를 발가 벗기다 MEMα 매체에 hyaluronidase의 300 IU/mL를 준비 합니다. 참고: Hyaluronidase 효능 준비의 1 시간 후 급격히 감소합니다. MII oocytes hyaluronidase 치료 필요 하지 않습니다.</li>
	<li>Oocyte-적 운 세포 단지 주변 적 운 세포의 oocytes를 발가 벗기다를 3 분 MEMα/BSA에 hyaluronidase의 300 IU/mL를 노출 합니다. 주의: 그것에 oocytes를 손상 것 이다 hyaluronidase, 노출 3 분을 초과 하지 마십시오.</li>
	<li>Oocytes는 세척, 신선한 oocytes 전송 MEMα/BSA 중간 접시를 따뜻하게 합니다. 작은 입 운영 하는 유리 피 펫 또는 모 세관 (oocyte는 대략 90 µ m의 직경 보다 약간 큰)을 사용 하, 복합물을 플라스틱 하 고 적 운 세포를 완전히 분리를. 다음 단계를 위해 준비 하는 동안 인큐베이터에 복구 oocytes를 허용 합니다.</li>
	<li>따뜻한 산 Tyrode의 솔루션, MEMα/BSA, 고 37 ° c (500 µ L/마우스) Waymouth의 미디어. 장소 300 µ L 작은 9 잘 유리 접시의 각 잘.</li>
	<li>Zona pellucida (ZP)를 제거 하려면 Tyrode의 솔루션으로 5-10 oocytes를 전송. 솔루션에만 30 ~ 45 s oocytes를 노출 합니다. 참고: 솔루션에 너무 작은 노출 제거 되지 않습니다는 ZP 완전히는 파열 및 확산에서 염색체는 oocytes를 방지할 것 이다. 너무 많이 노출 손상 하 고는 oocyte 죽 일 것입니다. 해 부 현미경 ZP 디졸브를 보고 노출 시간 최적화에 도움이 있습니다. 주의: 신선한 Tyrode의 솔루션을 사용 하는 중요 기능 나 이와 함께 감소입니다. Oocytes는 ZP의 균일 한 소화 되도록 치료의 각 그룹에 대 한 Tyrode의 솔루션의 신선한 잘을 사용 합니다.</li>
	<li>ZP 제거 직후에 oocytes 따뜻하게 MEMα/BSA/FBS 매체에 전송 하 여 세척. 이 세 단계를 반복 합니다. 참고: 전송, oocytes 쉽게 뭉쳐 것과 유리 피 펫 또는 모 세관 다음 제거는 ZP의 다는 것을 조심 하십시오. 유리 피 펫 또는 모 세관 Waymouth의 중간에 미리 일로 함께 튀어나와 oocytes 최소화 됩니다.</li>
	<li>전송 및 5% CO2 배양 기에서 37 ° C에서 Waymouth의 중간에 30 분 동안 복구 oocytes를 허용.</li>
	<li>5 단계로 진행 합니다.</li>
</ol>5. 미와 MII Oocyte Chromatin
<ol><li>PAP 펜을 사용 하 여 그림 6A와 같이 유리 슬라이드에 11 x 44 m m2 사각형을 그립니다.</li>
	<li>정착 액의 얇은 층으로 슬라이드 코트 (1 %paraformaldehyde, 0.2% H2O, pH 9.2 트리톤 X 100) 슬라이드에 정착 액의 100 µ L를 pipetting 앞뒤로 슬라이드 락을. 초과 정착 액의 제거를 누릅니다.</li>
	<li>가능한 작은 미디어와 작은 입 피 펫 바늘 5-10 oocytes 사이 선택 하 고 끌어 바늘 줄에 고정 제-코팅 슬라이드 통 솔루션으로 슬라이드 위에 1 cm에서 oocytes를 입금 하는 동안. Oocytes는 입금 되었습니다 하 고 그들은 버스트 있다 해 부 현미경을 사용 하 여이 단계를 수행 합니다. 참고:는 oocytes 슬라이드에 즉시 폭발 한다. 높이 oocytes는 영향 chromatin 확산의 정도 입금. 자세한 내용은 그림 6 에 대표적인 결과 참조 하십시오.</li>
	<li>닫힌된 습도 챔버에 하룻밤 준수 chromatin 있도록 실 온에서 슬라이드를 품 어.</li>
	<li>완전히 건조 린스 0.4% 일로 에이전트-H2O, pH 8.0의 50 mL를 포함 하는 Coplin jar에 슬라이드를 슬라이드 수 있습니다.</li>
	<li>6 단계로 진행 합니다.</li>
</ol>6입니다. Immunolabelling
<ol><li>표 1에 설명 된 항 체 희석 버퍼 (ADB)를 준비 합니다.</li>
	<li>워시 버퍼 (WB) 솔루션 (ADB PBS에 희석 10%)의 50 mL를 포함 하는 두 개의 Coplin 항아리와 50 mL WB와 0.05% 세제 솔루션을 포함 한 Coplin jar 준비 (예를 들어, 50 mL WB에 10% 세제의 250 µ L을 추가).</li>
	<li>워시 슬라이드 섹션 1과 5 10 분 동안이 프로토콜의 WB의 50 mL를 포함 하는 하나의 Coplin jar에서에서 준비 했다. 주의: 슬라이드 immunolabelling 중 어느 시점에서 말리 게 하지 마십시오.</li>
	<li>워시 Coplin jar 포함 50 mL WB와 0.05% 세제 용액에서 10 분에 대 한 슬라이드. 그런 다음 나머지 Coplin jar 10 분에 대 한 WB 솔루션 50 mL를 포함 하는 슬라이드를 씻어.</li>
	<li>ADB에서 희석 하는 선택한 기본 항 체의 100 µ L 초과 액체와 커버 슬라이드 누릅니다. 닫힌된 습 챔버에 하룻밤 4 ° C에서 품 어. 참고: 부 화 3 2 단축 될 수 있다 37 ° c.에 시간 취재는 coverslip 또는 parafilm으로 슬라이드 하 여 항 체 (예, 50 µ L)의 작은 볼륨을 사용 합니다.</li>
	<li>0.2% 일로 에이전트-PBS 솔루션, pH 8.0의 50 mL를 포함 하는 Coplin jar에 슬라이드를 씻어.</li>
	<li>6.2에서 6.5 단계를 반복 합니다.</li>
	<li>ADB에 희석 된 이차 항 체의 100 µ L 초과 액체와 커버 슬라이드 누릅니다. 슬라이드 2 1 품 어 닫힌된 습 실에서 37 ° C에서 시간.</li>
	<li>워시 Coplin 단지 0.2% 일로 에이전트-PBS 솔루션, pH 8.0의 50 mL를 포함 하는 10 분에 대 한 2 번 슬라이드.</li>
	<li>워시 Coplin 단지 0.2% 일로 에이전트-H2O 솔루션, pH 8.0의 50 mL를 포함 하는 5 분에 대 한 2 번 슬라이드.</li>
</ol>7. 마운트 슬라이드
<ol><li>의향 chromatin 확산 단계 2에서에서 준비, 100 µ L 4', 6-diamidino-2-phenylindole를 포함 하는 설치 매체의 추가 (DAPI, 1.5µg / mL). 미와 MII chromatin에서 준비 단계 5 확산, 대 추가 DAPI를 포함 하는 설치 매체의 50 µ L (1.5µg / mL). 부드럽게 멀리 초과 액체를 되 리.</li>
	<li>22 m m x 60 m m coverslip 위에 배치 하 고 명확한 매니큐어와 인감. 형광 현미경 검사 법을 통해 평가까지 4 ° C 또는-20 ° C에서 슬라이드 상자에 저장 합니다. 참고: 탭 커버 슬립에 가볍게 매니큐어와 씰링 전에 초과 설치 매체를 제거 합니다.</li>
</ol>

<ol>
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H., Ishiguro, K., Kudo, N., Watanabe, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+meiosis-specific+cohesins+in+mouse+embryonic+oocytes.">Studying meiosis-specific cohesins in mouse embryonic oocytes.</a> Methods Mol Biol. 957 (1), 47-57 (2013).</li><li>Susiarjo, M., Rubio, C., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyzing+mammalian+female+meiosis.">Analyzing mammalian female meiosis.</a> Methods Mol Biol. 558, 339-354 (2009).</li><li>Hassold, T., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+err+(meiotically)+is+human:+the+genesis+of+human+aneuploidy.">To err (meiotically) is human: the genesis of human aneuploidy.</a> Nat Rev Genet. 2 (4), 280-291 (2001).</li><li>Hassold, T., Hall, H., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+origin+of+human+aneuploidy:+where+we+have+been,+where+we+are+going.">The origin of human aneuploidy: where we have been, where we are going.</a> Hum Mol Genet. 16, R203-R208 (2007).</li><li>Pincus, G., Enzmann, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Comparative+Behavior+of+Mammalian+Eggs+In+vivo+and+In+vitro:+I.+The+Activation+of+Ovarian+Eggs.">The Comparative Behavior of Mammalian Eggs In vivo and In vitro: I. The Activation of Ovarian Eggs.</a> J Exp Med. 62 (5), 665-675 (1935).</li><li>Chambon, J. P., Hached, K., Wassmann, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome+spreads+with+centromere+staining+in+mouse+oocytes.">Chromosome spreads with centromere staining in mouse oocytes.</a> Methods Mol Biol. 957 (1), 203-212 (2013).</li><li>Stein, P., Schindler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mouse+oocyte+microinjection,+maturation+and+ploidy+assessment.">Mouse oocyte microinjection, maturation and ploidy assessment.</a> J Vis Exp. (53), (2011).</li></ol>

저자는 공개 없다.

Chromatin 확산 준비 시간순으로 여성 포유류 감수 분열 및 관련된 단백질의 동적 지역화를 공부 하는 연구자를 수 있습니다. 배아 및 신생아 chromatin 스프레드 meiotic 의향에 걸쳐 이벤트의 가까운 분석 하실 수 있습니다. 분열 중 기 나 고 분열 II chromatin 스프레드 단일 자매를 구별 하는 데 사용 수에서 chromatids 쌍 자매 및 쌍된 동종 염색체 뿐만 아니라 ploidy 평가. 비교 함으로써, 여기서 설명 하는 프?...

Spermatogenesis, 동안 meiotic 세균 세포의 큰 반동기 파도 신속 하 고 지속적으로 충만 한 사춘기와 성인 기1에 걸쳐 발병에 고환에. 남성, 달리 여성에서 감수 분열은 태아 개발 중 유일 하 게 시작 됩니다. 출생, 다음 oocytes 체포 의향의 장기간된 dictyate 단계에 남아 나는 그대로 germinal 소포 (GV; 핵 봉투) 사춘기까지. 사춘기의 개시에 oocytes의 하위 집합을 성장과 성숙, meiotic 재개의 개시를 표시 주기적으로 선택 됩니다. Meiotic 재개 가득 oocytes에서 germinal 기 쇠 약 (GVBD)로 알려진 프로세스에서 GV의 실종에 의해 명시 됩니다. oocyte는 염색체 응축 및 분리, 극 지 몸 밀어 남에 의해 다음 다음 겪 습. Oocytes는 MII 진행 시 체포 되 고 수정 후에 두 번째 그리고 마지막 meiotic 부문 완료 자극.
여성 불 임은 매우 meiotic 의향의 성공에 따라 달라 집니다 내가 진행. 이 핵심은 동종 염색체 크로스 오버 재결합2를 통해 유발된 DNA 이중 가닥 틈 (DSBs)의 수리에 의해 중재 chiasmata로 알려진 사이의 물리적 링크의 형성 이다. 이 프로세스는 동적 단백질이 풍부한 비 계 라고 자신의 synapsis3촉진 하기 위하여 상 동 염색체 사이 형성 하는 synaptonemal 복잡 한 (SC)의 컨텍스트 내에서 발생 합니다. 사우스 캐롤라이나 지퍼 처럼 노사 정 구조 이다 중앙 지역 단백질에 의해 연결 된 2 개의 병렬 측면 요소 구성 된 지속적인 DNA 수리에 걸쳐 함께 homologs를 보유 하 고. Synapsis, 이전 축 요소 라는 측면 요소의 선구자 형성 자매 사이 chromatids. SYCP2 및 SYCP3 같은 synaptonemal 복잡 한 단백질 초기 의향 동안 자매 chromatid 결합 축에 colocalize 축 요소를 형성 합니다. 나중에 이러한 역할을 가로 필 라 멘 트 단백질, SYCP1, 중앙 요소 어셈블리 및 정렬된 homologs4사이 synapsis 용이 대 한 사이트를 바인딩. 마우스 oocytes에서 완전 한 synapsis 표시 됩니다 20의 존재에 의해 완전히 겹치는 chromatin를 사용 하 여 구상 될 수 있다 SYCP3와 SYCP1 뻗어 확산 준비. Synapsis는 pachytene substage, 그것에 의하여 homologs 사이의 양식 chiasmata 운명 성숙한 크로스 꾸며져 홍보 그들의 정확한 처리5,6 mutL 체 (MLH1/3) 이합체에 진입 시 완료 , 7. cohesin, condensin, 및 SMC5/6 복잡 한, 포함 하는 염색체 (SMC) 단지의 구조 유지 염색체 역학 및 감수 분열8,9, 전체 구조 규제에 대 한 중요 하다 10,,1112. 이러한 이벤트는 사우스의 해체 다음 스핀 들 극 반대를 상 동 염색체의 올바른 bi 방향을 보장 하는
Meiotic 세포 주기 프로그램된 유도 및 DNA DSBs의 후속 수리 유지 보수 게놈에서에서 다양 한 단백질의 역할을 검사 하는 강력한 모델입니다. 또한, 포유류 감수 분열 후 성적인 수정 및 각 인13의 연구에 대 한 관련 모델 이기도합니다. 그러나, 포유류 (그림 1) 태아 및 신생아 난소에서 여성 감수 분열 동안 이러한 이벤트를 평가 하기 위해 기술적으로 어렵습니다. 의향 나 5 substages로 나눌 수 있습니다: leptonema, zygonema, pachynema, diplonema 및 dictyate. 여기, 우리가 격리 태아 및 신생아 난소와 고환 (그림 2) 사이 구별 하는 방법을 설명 합니다. 앞에서 설명한 방법에서 적응이 원고 또한 프로토콜 (1 단계) 여성 meiotic 의향의 준비에 대 한 비디오 데모와 함께 설명 난 chromatin 확산14,,1516,17 . 6-7 단계에 설명 된 대로 immunolabelling와 결합 하면이 프로토콜 사용 의향의 상세한 현미경 분석 나 oocytes에서 이벤트.
Oogenesis 오류가, 이며 첫 번째 meiotic 부문 중 염색체 missegregation 이벤트 자손18,19에서 유전자 질환의 가장 일반적인 소스를 나타냅니다. 이 원고 (프로토콜 단계 2), 우리는 성숙한 GV 준비 oocytes 성인 여성 쥐의 끝났다 난소에서 추출 되는 프로토콜을 설명 합니다. 지원 조건 가득 oocytes 고립과 문화20다음 감수 분열의 황 호르몬 독립 재개를 받 다. Meiotic 재개 다음 oocytes 감수 분열을 통해 진행, 다음 분열 II에 체포. . 을 수정 하지 않는 한 oocytes 유지 분열 II에서 체포 단계 2-5, 우리가 이전에 보고 된 프로토콜, 문화를 수집 하 고 chromatin 확산 준비21MI와 MII oocytes를 준비 하는 방법을 설명 하는 비디오 데모와 함께 적응. 기술 확산이 chromatin 염색체와 관련 된 단백질의 명확한 immunolabelling 수 있습니다. 또한,이와 일가 염색체 사이 구별 하는 데 사용 수 프로토콜과 단일 자매 해결 더 수 oocyte ploidy의 평가 촉진 하기 위하여 chromatids. 따라서, meiotic 단백질의 지 방화 패턴을 공개, 뿐만 아니라이 프로토콜 수 역할도 elucidating MI와 MII 동안 염색체 missegregation의 잠재적인 원인에 대 한 귀중 한 도구.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>10X Phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>119-069-161</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>60 mm x 15 mm petri dishes</td>
			<td>Denville</td>
			<td>T1106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>35mm x 12mm petri dishes</td>
			<td>Denville</td>
			<td>T1103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fine forceps</td>
			<td>VWR</td>
			<td>300-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micro dissection scissors</td>
			<td>Ted Pella</td>
			<td>1340</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dissecting&#160;scissors, sharp tip, 41/2&#34;</td>
			<td>VWR</td>
			<td>82027-578</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Watch glass square 1 5/8</td>
			<td>Carolina Biological Supply Company</td>
			<td>742300</td>
			<td>Autoclave before each use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S8501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trisodium Citrate Dihydrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S1804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>E6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trizma Base</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1,4-Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>646563</td>
			<td>Add to hypotonic buffer immediately before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50x Protease Inhibitor</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11873580001</td>
			<td>Add to hypotonic buffer immediately before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turberculin syringe with needle (1cc, 27 G x 1/2 in)</td>
			<td>Becton, Dickinson (BD)</td>
			<td>309623</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gold seal ultra frost glass slides (25X75mm, 1mm thick)</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>3063-002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Super PAP pen, large (liquid blocker)</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>71310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16% Paraformaldehyde aqueous</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>15710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td>Detergent in manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immuno stain moisture chamber</td>
			<td>Evergreen</td>
			<td>240-9020-Z10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coplin jars</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>08-815</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photo-flo 200</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences (EMS)</td>
			<td>74257</td>
			<td>Wetting agent in manuscript</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pregnant mare serum gonadotropin (PMSG)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G4877</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human chorionic gonadotropin (HCG)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C0434</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PYREX Spot Plates with nine concave cavities</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-748B</td>
			<td>Autoclave before each use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass capillary</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>22260943</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brand Parafilm M</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>BR701501</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Latex rubber tubing (3.2 mm inner diameter x 6.4 mm outer diameter)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-178-5B</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Latex rubber tubing (6.4 mm inner diameter x 11.1 mm outer diameter)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-178-5D</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flexible silicone rubber nosepiece, hard plastic mouthpiece and 15 inches of latex tubing</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A5177-5EA</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitutoyo micrometer head</td>
			<td>Mituoyo</td>
			<td>150-208</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe 5 mL</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>309646</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filter 0.45 &#956;m filter</td>
			<td>Corning</td>
			<td>431220</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Pasteur Pipette 5 3/4&#34;</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>13-678-6A</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>83 x 0.5 mm pipette tip</td>
			<td>Denville</td>
			<td>P3080</td>
			<td>For making oocyte collection needles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-MEM</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11415049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waymouth&#39;s media</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>11220035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A3160602</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A3311</td>
			<td>For oocyte culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500ml filter units 0.22um</td>
			<td>Denville</td>
			<td>F5227</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hyaluronidase</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H3506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tyrode&#8217;s solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T1788</td>
			<td>Store aliquots at -20C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Horse serum</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H-1270</td>
			<td>For ADB/wash buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A1470</td>
			<td>For ADB/wash buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VECTASHIELD antifade mounting medium with DAPI</td>
			<td>Vector Labs</td>
			<td>H-1200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope cover slides (22mmx60mm)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>12-544-G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clear nail polish</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscopes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SteREO Discovery.V8</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>495015-0001-000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Observer Z1</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primary Antibodies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-MLH1</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>MA5-15431</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-SYCP1</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>PA1-16763</td>
			<td>Dilution factor- 1:1000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-SCP3</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>sc-20845</td>
			<td>Dilution factor- 1:50</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human anti-centromere protein</td>
			<td>Antibodies Incorporated</td>
			<td>15-235</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti- TOPOII</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab109524</td>
			<td>Dilution factor- 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse anti-Histone H4 (di methyl K20, tri methyl K20)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab78517</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit anti-Rec8</td>
			<td>Courtesy of Dr. Karen Schindler</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Dilution factor- 1:10,000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secondary Antibodies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-goat IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11057</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-mouse IgG (H+L) Alexa Fluor 488 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-21202</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-rabbit IgG (H+L) Alexa Fluor 647 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-31573</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-mouse IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11004</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-Human IgG (H+L) Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11013</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat anti-rabbit IgG (H+L) Alexa Fluor 568 conjugate</td>
			<td>Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td>A-11011</td>
			<td>Dilution factor- 1:500</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

chromatin spread preparations for the analysis of mouse oocyte progression from prophase to metaphase ii

Chromatin 확산 기법 gametogenesis spermatogenesis 위해 특히 동안 다양 한 단백질의 동적 지역화를 평가 하기 위해 널리 사용 되었습니다. 이러한 기술을 synapsis 및 DNA 복구 동종 염색체, 페어링 등 meiotic 이벤트 기간 동안 단백질 및 DNA 지역화 패턴의 시각화 하실 수 있습니다. 문학에서 몇 가지 프로토콜 설명 되었습니다, 포유류 의향 oocytes를 사용 하 여 일반 chromatin 확산 기술을 제한 하 고 태아 난소에서 감수 분열 개시의 타이밍 때문에 어려운 있습니다. 비교에서는, 의향 spermatocytes 기정을 위한 필요 없이 더 높은 수익률을 젊은 남성 쥐에서 수집할 수 있습니다. 그러나, 특정 단계 청소년 및 성인 고환에 meiotic 및 포스트 meiotic 생식 세포 인구의 때문에 셀의 순수한 동기화 된 인구를 어렵습니다. 감수 분열의 후기, oocytes 성숙한 oocytes의 그룹의 성인 여성 쥐에서 수집 하 고 문화 감수 분열 재개를 자극 수 있기 때문에 내가 (미) 또는 감수 분열 II (MII), 감수 분열을 겪고을 평가에 유리 하다. 여기, oocytes를 사용 하 여 확산 meiotic chromatin 준비 방법에서 태아, 신생아 해 부와 성인 난소 동반 비디오 데모와 함께 설명 되어 있습니다. 염색체 missegregation 이벤트 포유류 oocytes에는 자주, 특히 미 중입니다. 이러한 기술 평가 oogenesis의 다양 한 단계 다른 돌연변이 또는 환경 노출의 효과 특성을 사용할 수 있습니다. 내 설명은 감수 분열 동안 염색체 단백질 역학의 성적으로 동종이 형 기능과 포유류 oogenesis의 우리의 이해를 증가 하는 귀중 한 oogenesis spermatogenesis 사이 뚜렷한 차이가 있기 때문에, .

우리는 시각화 및 oocytes meiotic 염색체를 평가 대 한 두 가지 기법을 설명 했습니다. 첫 번째 기술은 배아 및 신생아 난소에 의향 진행 평가 쪽으로 음식을 제공 했었죠. 의향 chromatin 확산 준비 중 감수 분열, 페어링, synapsis 염색체를 포함 하 여 수많은 동적 프로세스를 시각화에 대 한 매우 귀중 한 하 고 desynapsis, 동종 재결합 하 고 개장 하는 epigenetic 염색체. 여기, 우리는 증...

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Chromatin Spread Preparations for the Analysis of Mouse Oocyte Progression from Prophase to Metaphase II

Chromatin 확산 마우스 Oocyte 진행 의향에서 분열 II의 분석에 대 한 준비

포유류에서 oogenesis 오류가, 특히 염색체 missegregation 인 것으로 알려져 있다. 이 원고 chromatin 확산 마우스 의향에 대 한 준비 방법에 설명 합니다 분열 I 및 II 준비 oocytes. 이러한 기본 기술을 chromatin-바인딩 단백질 및 포유류 oogenesis 전체 염색체 형태학 연구에 대 한 수 있습니다.

Chromatin spread techniques have been widely used to assess the dynamic localization of various proteins during gametogenesis, particularly for ...

chromatin-spread-preparations-for-analysis-mouse-oocyte-progression

Universidad de Cartagena UDEC

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Genetics

Molecular Biology

Biology

Unit 2

Meiosis

SCIENTISTS IN ACTION

15.2K 조회수.  Johns Hopkins University Bloomberg School of Public Health. 포유류에서 oogenesis 오류가, 특히 염색체 missegregation 인 것으로 알려져 있다. 이 원고 chromatin 확산 마우스 의향에 대 한 준비 방법에 설명 합니다 분열 I 및 II 준비 oocytes. 이러한 기본 기술을 chromatin-바인딩 단백질 및 포유류 oogenesis 전체 염색체 형태학 연구에 대 한 수 있습니다.

비디오: Chromatin Spread Preparations for the Analysis of Mouse Oocyte Progression from Prophase to Metaphase II

Sequential Salt Extractions for the Analysis of Bulk Chromatin Binding Properties of Chromatin Modifying Complexes

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous nature of most mammalian chromatin-modifying complexes. In order to overcome these hurdles, we have adapted a sequential salt extraction (SSE) assay for evaluating the relative binding affinities of chromatin-bound complexes. This easy and straightforward assay can be used by non-experts to evaluate the relative difference in binding affinity of two related complexes, the changes in affinity of a complex when a subunit is lost or an individual domain is inactivated, and the change in binding affinity after alterations to the chromatin landscape. By sequentially re-suspending bulk chromatin in increasing amounts of salt, we are able to profile the elution of a particular protein from chromatin. Using these profiles, we are able to determine how alterations in a chromatin-modifying complex or alterations to the chromatin environment affect binding interactions. Coupling SSE with other in vitro and in vivo assays, we can determine the roles of individual domains and proteins on the functionality of a complex in a variety of chromatin environments.

Sequential salt extraction of chromatin bound proteins is a useful tool for determining the binding properties of large protein complexes. This method can be employed to evaluate the role of individual subunits or domains in the overall affinity of a protein complex to bulk chromatin.

바인딩 속성 수정 복합물 Chromatin의 대량 Chromatin의 분석에 대 한 순차적 소금 기사

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous ...

연구

유전학

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. Therefore, DNA-protein interactions regulate multiple physiological, pathophysiological, and biological functions, such as cell differentiation, cell proliferation, cell cycle control, chromosome stability, epigenetic gene regulation, and cell transformation. In eukaryotic cells, the DNA interacts with histone and nonhistone proteins and is condensed into chromatin. Several technical tools can be used to analyze DNA-protein interactions, such as the Electrophoresis (gel) Mobility Shift Assay (EMSA) and DNase I footprinting. However, these techniques analyze the protein-DNA interaction in vitro, not within the cellular context. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a technique that captures proteins at their specific DNA binding sites, thereby allowing for the identification of DNA-protein interactions within their chromatin context. It is done by fixation&#160;of the DNA-protein interaction, followed by&#160;immunoprecipitation of the protein of interest. Subsequently, the genomic site that the protein was bound to is characterized. Here, we describe and discuss ChIP and demonstrate its analytical value for the identification of the Transforming Growth Factor-&#946; (TGF-&#946;)-induced binding of the transcription factor SMAD2 to SMAD Binding Elements (SBE) within the promoter region of the tyrosine-protein kinase Kit (c-KIT) receptor ligand Stem Cell Factor (SCF).

DNA-protein interactions are essential for multiple biological processes. During the evaluation of cellular functions, the analysis of DNA-protein interactions is indispensable for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to analyze such interactions in vivo.

Chromatin Immunoprecipitation을 이용한 c-KIT 리간드 프로모터 분석

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational modifications (PTMs) of histone tails, the exchange of canonical histones with histone variants, and nucleosome eviction. Such regulation requires the binding of signal-sensitive transcription factors (TFs) that recruit chromatin-modifying enzymes at regulatory elements defined as enhancers. Understanding how signaling cascades regulate enhancer activity requires a comprehensive analysis of the binding of TFs, chromatin modifying enzymes, and the occupancy of specific histone marks and histone variants. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays utilize highly specific antibodies to immunoprecipitate specific protein/DNA complexes. The subsequent analysis of the purified DNA allows for the identification the region occupied by the protein recognized by the antibody. This work describes a protocol to efficiently perform ChIP of histone proteins in a mature mouse T-cell line. The presented protocol allows for the performance of ChIP assays in a reasonable timeframe and with high reproducibility.

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

This work describes a protocol for chromatin immunoprecipitation (ChIP) using a mature mouse T-cell line. This protocol is suitable to investigate the distribution of specific histone marks at specific promoter sites or genome-wide.

마우스 T- 세포주에서 Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV integration sites can be used as functional markers of active regulatory elements. Here, we present a retroviral scanning tool, which allows the genome-wide identification of cell-specific enhancers and promoters. Briefly, the target cell population is transduced with an mLV-derived vector and genomic DNA is digested with a frequently cutting restriction enzyme. After ligation of genomic fragments with a compatible DNA linker, linker-mediated polymerase chain reaction (LM-PCR) allows the amplification of the virus-host genome junctions. Massive sequencing of the amplicons is used to define the mLV integration profile genome-wide. Finally, clusters of recurrent integrations are defined to identify cell-specific regulatory regions, responsible for the activation of cell-type specific transcriptional programs.
The retroviral scanning tool allows the genome-wide identification of cell-specific promoters and enhancers in prospectively isolated target cell populations. Notably, retroviral scanning represents an instrumental technique for the retrospective identification of rare populations (e.g. somatic stem cells) that lack robust markers for prospective isolation.

Here, we describe a protocol for genome-wide mapping of the integration sites of Moloney murine leukemia virus-based retroviral vectors in human cells.

레트로 바이러스 스캐닝 : MLV 통합 사이트 맵핑으로 세포 특정 규제 지역 정의

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution based analysis methodology (nucleosome density ChIP-seq; ndChIP-seq) that enables the generation of combined measurements of micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification genome-wide. Nucleosome position and local density, and the posttranslational modification of their histone subunits, act in concert to regulate local transcription states. Combinatorial measurements of nucleosome accessibility with histone modification generated by ndChIP-seq allows for the simultaneous interrogation of these features. The ndChIP-seq methodology is applicable to small numbers of primary cells inaccessible to cross-linking based ChIP-seq protocols. Taken together, ndChIP-seq enables the measurement of histone modification in combination with local nucleosome density to obtain new insights into shared mechanisms that regulate RNA transcription within rare primary cell populations.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) methodology for the generation of sequence datasets suitable for a nucleosome density ChIP-seq analytical framework integrating micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification measurements.

네이티브 Chromatin Immunoprecipitation Nucleosome 밀도 분석을 위한 라이브러리를 시퀀싱의 세대

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

In research models of liver cancer, regeneration, inflammation, and fibrosis, flexible systems for in vivo gene expression and silencing are highly useful. Hydrodynamic tail vein injection of transposon-based constructs is an efficient method for genetic manipulation of hepatocytes in adult mice. In addition to constitutive transgene expression, this system can be used for more advanced applications, such as shRNA-mediated gene knock-down, implication of the CRISPR/Cas9 system to induce gene mutations, or inducible systems. Here, the combination of constitutive CreER expression together with inducible expression of a transgene or miR-shRNA of choice is presented as an example of this technique. We cover the multi-step procedure starting from the preparation of sleeping beauty-transposon constructs, to the injection and treatment of mice, and the preparation of liver tissue for analysis by immunostaining. The system presented is a reliable and efficient approach to achieve complex genetic manipulations in hepatocytes. It is specifically useful in combination with Cre/loxP-based mouse strains and can be applied to a variety of models in the research of liver disease.

Constitutive and Inducible Systems for Genetic In Vivo Modification of Mouse Hepatocytes Using Hydrodynamic Tail Vein Injection

Hydrodynamic tail vein injection of transposon-based integration vectors enables stable transfection of murine hepatocytes in vivo. Here, we present a practical protocol for transfection systems that enables the long-term constitutive expression of a single transgene or combined constitutive and doxycycline-inducible expression of a transgene or miR-shRNA in the liver.

유체역학 꼬리 정 맥 주입을 사용 하 여 마우스 Hepatocytes의 유전 Vivo에서 수정에 대 한 제정 및 유도할 수 있는 시스템

In research models of liver cancer, regeneration, inflammation, and fibrosis, flexible systems for in vivo gene expression and silencing are highly ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a protocol for performing the chromatin conformation capture technique in situ Hi-C on staged Drosophila melanogaster embryo populations. The result is a sequencing library that allows the mapping of all chromatin interactions that occur in the nucleus in a single experiment. Embryo sorting is done manually using a fluorescent stereo microscope and a transgenic fly line containing a nuclear marker. Using this technique, embryo populations from each nuclear division cycle, and with defined cell cycle status, can be obtained with very high purity. The protocol may also be adapted to sort older embryos beyond gastrulation. Sorted embryos are used as inputs for in situ Hi-C. All experiments, including sequencing library preparation, can be completed in five days. The protocol has low input requirements and works reliably using 20 blastoderm stage embryos as input material. The end result is a sequencing library for next generation sequencing. After sequencing, the data can be processed into genome-wide chromatin interaction maps that can be analyzed using a wide range of available tools to gain information about topologically associating domain (TAD) structure, chromatin loops, and chromatin compartments during Drosophila development.

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

This work describes a protocol for the generation of high resolution in situ Hi-C libraries from tightly staged pre-gastrulation Drosophila melanogaster embryos.

단단히 준비 초기 초파리 배아에서 게놈 넓은 Chromatin 구조 캡처 라이브러리의 생성

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes that add or remove these marks in response to signals received by the cell. These PTMS are key contributors to the regulation of processes such as gene expression control and DNA repair. Chromatin immunoprecipitation (chIP) has been an instrumental approach for dissecting the abundance and localization of many histone PTMs throughout the genome in response to diverse perturbations to the cell. Here, a versatile method for performing chIP of post-translationally modified histones from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is described. This method relies on crosslinking of proteins and DNA using formaldehyde treatment of yeast cultures, generation of yeast lysates by bead beating, solubilization of chromatin fragments by micrococcal nuclease, and immunoprecipitation of histone-DNA complexes. DNA associated with the histone mark of interest is purified and subjected to quantitative PCR analysis to evaluate its enrichment at multiple loci throughout the genome. Representative experiments probing the localization of the histone marks H3K4me2 and H4K16ac in wildtype and mutant yeast are discussed to demonstrate data analysis and interpretation. This method is suitable for a variety of histone PTMs and can be performed with different mutant strains or in the presence of diverse environmental stresses, making it an excellent tool for investigating changes in chromatin dynamics under different conditions.

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Here, we describe a protocol for chromatin immunoprecipitation of modified histones from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Immunoprecipitated DNA is subsequently used for quantitative PCR to interrogate the abundance and localization of histone post-translational modifications throughout the genome.

히스톤 수정 Saccharomyces cerevisiae 에서 chromatin Immunoprecipitation (칩)

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Adaptation of Hybridization Capture of Chromatin-associated Proteins for Proteomics to Mammalian Cells

The hybridization capture of chromatin-associated proteins for proteomics (HyCCAPP) technology was initially developed to uncover novel DNA-protein interactions in yeast. It allows analysis of a target region of interest without the need for prior knowledge about likely proteins bound to the target region. This, in theory, allows HyCCAPP to be used to analyze any genomic region of interest, and it provides sufficient flexibility to work in different cell systems. This method is not meant to study binding sites of known transcription factors, a task better suited for Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) and ChIP-like methods. The strength of HyCCAPP lies in its ability to explore DNA regions for which there is limited or no knowledge about the proteins bound to it. It can also be a convenient method to avoid biases (present in ChIP-like methods) introduced by protein-based chromatin enrichment using antibodies. Potentially, HyCCAPP can be a powerful tool to uncover truly novel DNA-protein interactions. To date, the technology has been predominantly applied to yeast cells or to high copy repeat sequences in mammalian cells. In order to become the powerful tool we envision, HyCCAPP approaches need to be optimized to efficiently capture single-copy loci in mammalian cells. Here, we present our adaptation of the initial yeast HyCCAPP capture protocol to human cell lines, and show that single-copy chromatin regions can be efficiently isolated with this modified protocol.

This is a method to identify novel DNA-interacting proteins at specific target loci, relying on sequence-specific capture of crosslinked chromatin for subsequent proteomic analyses. No prior knowledge about potential binding proteins, nor cell modifications are required. Initially developed for yeast, the technology has now been adapted for mammalian cells.

교 잡의 적응 포유류 세포 단백질 Chromatin 관련 단백질의 캡처

The hybridization capture of chromatin-associated proteins for proteomics (HyCCAPP) technology was initially developed to uncover novel DNA-protein ...

Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Appropriate gene expression in response to extracellular cues, that is, tissue- and lineage-specific gene transcription, critically depends on highly defined states of chromatin organization. The dynamic architecture of the nucleus is controlled by multiple mechanisms and shapes the transcriptional output programs. It is, therefore, important to determine locus-specific chromatin accessibility in a reliable fashion that is preferably independent from antibodies, which can be a potentially confounding source of experimental variability. Chromatin accessibility can be measured by various methods, including the Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (FAIRE) assay, that allow the determination of general chromatin accessibility in a relatively low number of cells. Here we describe a FAIRE protocol that allows simple, reliable, and fast identification of genomic regions with a low protein occupancy. In this method, the DNA is covalently bound to the chromatin proteins using formaldehyde as a crosslinking agent and sheared to small pieces. The free DNA is afterwards enriched using phenol:chloroform extraction. The ratio of free DNA is determined by quantitative polymerase chain reaction (qPCR) or DNA sequencing (DNA-seq) compared to a control sample representing total DNA. The regions with a looser chromatin structure are enriched in the free DNA sample, thus allowing the identification of genomic regions with lower chromatin compaction.

The plasticity of nuclear architecture is controlled by dynamic epigenetic mechanisms including non-coding RNAs, DNA methylation, nucleosome repositioning as well as histone composition and modification. Here we describe a Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements (FAIRE) protocol which allows the determination of chromatin accessibility in a reproducible, inexpensive, and straightforward manner.

포유류 세포에 측정 Chromatin 접근 규제 요소의 포 름 알 데히드 기반 격리

Appropriate gene expression in response to extracellular cues, that is, tissue- and lineage-specific gene transcription, critically depends on highly ...