Получение замороженных островков плода плода примата для комбинированного одноядерного РНК-секвенирования и ATAC-секвенирования, а также объемной метаболомики

Мы используем высокотрансляционную, нечеловеческую модель приматов для оценки того, как рацион матери и потребление лекарств во время беременности влияют на эмбриональное развитие и постнатальную функцию островков поджелудочной железы у потомства. Запрограммированные в развитии изменения могут изменить восприимчивость к болезням в более позднем возрасте. Сложность при работе с труднодоступными образцами, такими как образцы приматов, заключается в эффективной оценке нескольких вопросов от одной и той же особи.

К сожалению, одновременное извлечение информации из метаболома и генома может быть затруднено из-за несовместимости реагентов анализа при чувствительной ко времени деградации молекул, подлежащих количественному определению. Наш протокол позволяет экстраполировать распространенность метаболитов, доступность хроматина и дифференциальную экспрессию генов из одного и того же исходного материала. Этот многоуровневый подход дает представление о том, как метаболизм может изменить геном в островках поджелудочной железы.