I regolatori trascrizionali sono proteine che si legano a brevi tratti specifici di DNA non codificante, note come sequenze cis-regolatrici. Questi componenti essenziali per la regolazione genica sono presenti in tutto il genoma. i regolatori trascrizionali, possono legarsi a sequenze regolatrici cis sul DNA nella sua forma a doppia elica.

La forma elicoidale del DNA ha due scanalature che differiscono nelle dimensioni. Il solco più largo, conosciuto come il solco maggiore, è più accessibile del solco minore;come risultato, la maggior parte delle interazioni che si verificano nel solco maggiore. I bordi delle basi azotate sono esposti lungo le scanalature e possono realizzare legami idrogeno e altre interazioni non covalenti.

Questo legame dei regolatori trascrizionali è specifico della sequenza. Tuttavia, sono riconosciute anche sequenze strettamente correlate. Questa associazione è altamente stabile a causa delle molteplici interazioni non covalenti coinvolte.

Le sequenze regolatrici-Cis possono governare ogni aspetto della trascrizione genica, compresa l'inibizione o l'inizio della trascrizione, così come il tasso di trascrizione. Possono essere ampiamente classificate in quelle che sono nelle immediate vicinanze del sito di trascrizione e altre che sono migliaia di coppie di basi lontane. Le sequenze regoltrici-Cis più vicine sono solitamente parte delle sequenze del promotore che iniziano la trascrizione genica.

Le più lontane possono partecipare o a migliorare o silenziare la trascrizione. Spesso, il compact packing del DNA e del cromosoma fa sì che queste sequenze siano spazialmente vicine al gene che regolano, anche se sono lontane nella sequenza. Una combinazione di diverse sequenze regolatrici-Cis controlla l'espressione della maggior parte dei geni.

Raramente, un gene sarà sotto il controllo di una sola sequenza.