顺式调节序列是非编码 DNA 的短片段，与它们调节的基因存在于同一染色体上。这些片段作为转录调节因子的结合位点，转录调节因子是负责控制真核生物中不同细胞类型的基因转录和差异基因表达的蛋白质。顺式调控序列可以靠近目标基因，也可以位于 DNA 序列中的数千个碱基之外;然而，由于 DNA 在染色体中的紧密包装，那些距离较远的序列通常在空间上位于它们调节的基因附近。序列中接近的那些调节基因转录的起始，而那些距离较远的则增强或沉默基因转录。几个顺式调节序列的作用转录调节大多数基因;然而，有时，单个顺式调节序列会调节基因的转录。

当 DNA 为双螺旋形式时，转录因子与顺式调节序列结合。转录调节因子结合特异性序列，但也能够结合密切相关的序列。双螺旋有两种类型的沟:较小的小沟和较大的大沟。由于它们的大小，调节因子更有可能与主要 DNA 沟结合。转录调节因子通过存在于含氮碱基对边缘的特征化学特征来识别特定的顺式调节序列。例如，碱基具有不同的氢键供体和受体，它们沿着凹槽暴露，可以与转录调节因子形成氢键。由于这种结合也涉及许多非共价相互作用，因此这种结合非常稳定。