Alignement de données de séries chronologiques synchronisées à l’aide du modèle de synchronisation de perte de cycle cellulaire caractérisant pour les comparaisons entre expériences

Un défi majeur de l’analyse des expériences de séries chronologiques est qu’elles diffèrent souvent par la durée de récupération de la synchronie et la période du cycle cellulaire. Ainsi, les mesures de différentes expériences ne peuvent pas être facilement comparées ou analysées dans leur ensemble sans alignement. L’alignement de la ligne de vie des horloges est une méthode de comparaison spécifique à la phase et biologiquement pertinente entre les expériences et d’agrégation de plusieurs expériences répliquées qui étaient auparavant difficiles ou impossibles.

Auparavant, des comparaisons spécifiques à une phase et biologiquement pertinentes ont été effectuées en suivant les événements marquants. Cependant, en utilisant ces méthodes ad hoc, des différences subtiles mais importantes restent non détectées. La comparaison entre les expériences de séries chronologiques est particulièrement difficile entre les expériences présentant des différences significatives dans le calendrier, comme dans les populations mutantes ou les conditions de croissance qui affectent le temps de récupération synchrone ou la période du cycle cellulaire.

L’alignement de la ligne de vie des horloges permet une comparaison spécifique à la phase dans ces cas. Nous avons utilisé des horloges pour aligner les données transcriptomiques et protéomiques des séries chronologiques, ce qui a permis la comparaison directe entre la dynamique de l’ARNm et la protéine correspondante. De plus, nous alignons des expériences de séries chronologiques sur différentes espèces, fournissant des informations essentielles sur les changements évolutifs du cycle cellulaire.