Análisis introductorio y validación de datos de secuenciación CUT&RUN

Nuestra investigación explora el papel de los elementos repetitivos del ADN en el inicio y la progresión del cáncer. Nos preguntamos si estos elementos están directamente involucrados en los mecanismos de inicio del cáncer y, de ser así, si podemos usar esta información para mejorar los resultados de los pacientes. Se han desarrollado muchas tecnologías de secuenciación de próxima generación y análisis para capturar las características y los cambios de los factores epigenéticos, como los cambios transcripcionales o postraduccionales de la cromatina, y la unión en la localización específica en la cromatina y secuencias de ADN o ARN que son capturadas por la proteína defensiva tanto en resolución masiva como individual.

Las tecnologías utilizadas para avanzar en la investigación en nuestro campo son aquellas que pueden mapear las posiciones genómicas de histonas modificadas o factores de transcripción en la cromatina. Para nuestros propósitos, la técnica más relevante dentro de este paraguas de tecnologías es una técnica llamada CUT&RUN. Muchos canales de análisis CUT&RUN disponibles públicamente son relativamente complejos para el principiante en bioinformática que desea comprender el flujo del análisis y desarrollar su propio canal de análisis para su proyecto.

Pero nuestra línea de análisis CUT&RUN se desarrolla paso a paso en un lenguaje de programa único, que es mucho más fácil de entender y más fácil de modificar para obtener sus datos de calidad de publicación y construir la experiencia para la bioinformática. Nos centramos en encontrar la respuesta sobre cómo la expresión crónica de ARN bicatenario afecta a la evasión biomímesis y a las tasas de inmunoterapia en el desarrollo del cáncer, y cómo la proteína TP53 puede regular la expresión crónica de ARN bicatenario y la evasión biomímesis. Y al final, queremos entender cómo podemos curar el cáncer resistente a la inmunoterapia entendiendo y dirigiéndose a la expresión crónica de ARN bicatenario y al proceso de evasión de la biomímesis.