HTX laboratuvarı, yeni yapıları çözmek ve daha büyük ölçekli parça ve legan taraması yapmak için uygulanabilen yapılandırılmış boru hatlarına tam otomatik proteine çevrimiçi erişim sunar. Bilim adamlarının tüm kristalografi sürecini internet üzerinden kontrol edebilecekleri CRIM yazılımında otomatik kristal hasadı ve CRI soğutma için CrystalDirect teknolojisinin kombinasyonu sayesinde. Kristal Grafik Bilgi Yönetim Sistemi'ni bir web tarayıcısında açıp giriş yaparak başlayın ve Örnek Yönetim Araçları'nda projeyle bir arayüz açmak için Örnekler Menüsü'nü tıklayın.
Yeni örneği tıklatın ve örnek pencerede, istenen bilgileri girin ve kaydet'i tıklatın ve istekte bulunun. İstek Paneli'nde kristalizasyon protokolünü, kuluçka sıcaklığını, kullanılacak kristalizasyon ekranlarını ve numune gönderisi için gereken süreyle uyumlu olması gereken deneyler için istenen tarihi seçin. HDX laboratuvar operatörlerinin bilmesi için önemli olan örnekler hakkında endikasyonlar sağlamak için yorum alanlarını kullanın.
Gönderimden sonra, kristalizasyon isteği Yüksek Verimli Kristalizasyon Laboratuvarı ekibi tarafından doğrulanacaktır. Denemenin planlanmasıyla ilgili bir onay e-posta yoluyla gönderilecektir. Numunenin tesise vardığında.
Laboratuvar personeli deneyi kuracak, kurulumun onayını e-posta yoluyla gönderecek ve kristalizasyon tepsilerini otomatik görüntüleyicilere aktaracak. CRIMS tüm deneysel parametrelere erişim sağlayacak ve yeni görüntüleme oturumlarını gerçek zamanlı olarak takip edecektir. Yeni resimler kullanılabilir olduğunda, e-posta bildirimleri otomatik olarak gönderilir.
Kristalizasyon Plakaları'ndaki görüntüleri görmek için Plakalar Menüsü'nü açın ve örneğe gidin. Son görüntüleme oturumunu görmek için görünüm'ü tıklatın veya farklı bir görüntüleme oturumu seçmek ve bırakma geçmişini denetlemek için genişletme sembolünü tıklatın. Seçili projenin örneklerine filtre uygulamak için.
Belirli bir proje kutusuna tıklayın. Arama işlevleri tablo sütunlarının çoğu için de kullanılabilir. Kristalizasyon deneylerinin sonuçlarını değerlendirmek ve puanlamak için plaka görünümü arayüzünü seçin ve kristalizasyon plakalarının farklı duvarlarında gezinin.
Görüntü türünü seçin ve görüntü kalitesini seçin veya puanları kaydedin. Görünüm arayüzü ayrıca kristalizasyon çözeltisinin bileşimi de dahil olmak üzere kristalizasyon deneyleri için kullanılan tüm deneysel parametreleri sağlar. Kristal Optimizasyon Ekranları'nı ilk taramada tanımlanan birincil isabet koşullarına göre tasarlamak için İyileştirme Menüsü'nü açın ve Ekranlar alt menüsünü seçin.
Deneysel tasarıma en uygun plaka tipini, stok çözümlerini veya degrade konfigürasyonlarını seçin. CRIMS'den, ekranları otomatik olarak plakaya pipetlemek veya yazdırılabilir bir belgenin çıktısını almak için formülatör robot formültrix ile doğrudan uyumlu bir dosyayı çıktısını almak veya manuel çalışma hacimlerini istemek mümkündür. Kristal X-ışını kırınım deneyleri için uygun olduğunda, Plaka Görünümü Arayüzü'ne gidin ve doğru kristalizasyon düşüşüne karşılık gelen görüntüyü seçmek için önceden depolanan puanları kullanın.
Kristal doğrudan hasat robotundan otomatik kristal hasat planını kaydetmek için kristal hasadını tıklayın. CRIMS, hasat edilen kristallerin yerini otomatik olarak omurga veya birim disklere kaydeder ve saklar. Daha sonra tesisimizin hasat planları olan plakaları görüntüleyicilerden söküp KristalDirek robotuna aktaracağı operatörler.
Kristal hasadı tamamlandıktan sonra, örnekleri içeren paklar bir CX 100 Dewar'a yerleştirilir veya seçtiğiniz Senkrotrona aktarılır. Kriyo soğutmalı örnekleri incelemek için Kristal Yöneticisi Menüsünü açın ve Hasat Kristalleri'ni seçin. Hasat edilen kristallerle pimlerin görüntüleri de dahil olmak üzere hasat işleminin görüntüleri burada mevcut olacak.
X-ray kırınım analizi için örnek gönderiler oluşturmak için Gönderiler Menüsü'nü açın ve ilgilendiğiniz Senkrotron'u ve çanta numarasını seçmek için Sevkiyat Oluştur'u tıklatın. Veri toplamayı destekleyen yorumların yanı sıra tam otomatik kiriş hatlarında veri toplama için önceden tanımlanmış parametreler de girilebilir. HDX laboratuvarı ayrıca tam otomatik büyük ölçekli parça taramasına erişim sağlar.
Küresel aşamalı yazılım Pipeline Pipe Dream'e dayalı otomatik veri işleme ve isabet tanımlama için CRIMS kaynakları, tek bir projede yüzlerce ila binlerce veri kümesi üzerindeki sonuçların hızla değerlendirilmesini ve önceliklendirmesini mümkün kılar. CRIMS, Synchrotron bilgi yönetim sistemleriyle iletişim kurar ve gerçek kırınım deneyleri hakkında bilgi alır. Kristal Yöneticisi Menüsü'nü açın ve özet bilgileri ve Senkrotron'daki ilk veri işleme sonuçlarını görüntülemek için kristal kırınım verilerini seçin.
Bu temsili analizde, farklı proteinlerin yapısal tanımlanması için otomatik kristalografi boru hatları gösterildiği gibi kullanılmıştır. Gözlemlendiği gibi, kristal tarama optimizasyonu ve kırınım ölçümlerinin hızlı bir şekilde art arda gelmesi sayesinde patojenik bir bakteriden bir proteazın üç farklı onay durumları çok kısa sürede tespit edildi. Bu boru hattı ayrıca yakın zamanda parçaların tanımlanmasına da uygulanmış ve her ikisini de Trypanosoma brucei'nin birkaç alasterik bölgesinde aktif olana bağlamıştır.
Farnesyl pirofosfat, insan Afrika tripanosomiazine neden olan parazitin önemli bir enzimini sentezler. Bu işlem kristal büyümesi ve ölçümü arasındaki gecikmeyi en aza indirerek ilerlemeyi hızlandırır. Ayrıca bilim insanlarını kristal işleme ve ışınlama operasyonu işleme kristalografisi gibi karmaşık işlemlerden kurtarır, uzman olmayanlar için daha erişilebilirdir.
Bu yaklaşım, çevirisel araştırmaları teşvik etmeye ve daha sonra ilaç bulma sürecini hızlandırmaya katkıda bulunabilir. Daha fazla sayıda hedefe karşı daha iyi ve daha güvenli ilaçların geliştirilmesine katkıda bulunmak.
