Bu eser tropikal AgriSciences Fakültesi iç Grant ajansı tarafından desteklenmiştir (proje sayısı: 20175013) ve her ikisi de verir, Çek Yaşam Bilimleri Üniversitesi CIGA 20182023.

1. et hazırlık
<ol><li>Yerel bir kasaplık sığır eti ( pazı kemiğitaze Dana) kısa bir bel edinmek ve laboratuara aktar. Not: Bu, ortam sıcaklığında (20-25 ° C), sığır fileto taşımak için değil bir hermetik mühürlü torba 20 dk daha uzun bir süre için tavsiye edilir.</li>
	<li>Sığır eti kas, Laminer Emanet dolabı, dış yüzeyi sterilize etmek için kas %10 70 (v/v) etanol ile püskürtülerek yıkama s 500 mL sıkmak şişe kullanarak. 0.025 g etanol 1 cm2 kas yüzeyi başına uygulanır.</li>
	<li>Et dış yüzeyine aseptik kas iç kalan etanol önlemek için bir bıçakla çıkarın. Yaklaşık 3 mm kas'ın yüzey düzgünlüğü tutmak için kas iç kaldırın.</li>
	<li>Bir plastik mühürlü torba kas paketi ve bir dondurucu transfer.</li>
	<li>Kas-18 ° C'de 1 gün için saklayın. Sonra 6 h için 4 ° C'de donmuş kas çözülme. Not: çözdürme için bu kas dondurucudan buzdolabına taşımak için tavsiye edilir.</li>
	<li>Bir laminar Emanet dolabı, bir kasap ile 0,5 cm kalınlığında dilimler halinde her kas dilim. Sonra bir bıçak ile bu2 dikdörtgen örnekleri küçük 5 × 2,5 cm kesmek.</li>
	<li>Dikdörtgen et örnekleri plastik torbalarda paket ve daha sonra kullanmak için-18 ° C'de dondurucuda depolayabilirsiniz.</li>
</ol>2. standart Inoculum ve laminer güvenlik kabini yordamda aşılama hazırlanması
<ol><li>Standart inoculum (1,5 × 108 CFU/mL) E. coli et örnekleri aşılamak için ATCC 25922 hazırlayın.<ol>
<li>Hisse senedi inoculum hazırlanması için ilk 10 mL, steril arabelleğe alınmış Mueller Hinton suyu (BMHB) ile önceden doldurulmuş bir 15 mL steril tüp içine lyophilized bakteri kültürü (tedarikçi tarafından teslim) dağıtmak. Bu süspansiyon 37 ° C'de 24 h için yetiştirmek<ol>
<li>Bakteriyel hisse senedi çözüm aşağıdaki gibi hazırlamak: almak yaklaşık 0.1 - 0.2 mL bakteriyel süspansiyon ve seyreltik 20 mL şişe içine kapalı kauçuk tıpa ile önceden 15 mL steril BMHB ile dolu bir alüminyum kapaklı. Bu süspansiyon 37 ° C'de 24 h için yetiştirmek</li>
			<li>Standart inoculum hazırlanması için 4 ° C'de buzdolabı içinde saklayın.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Hisse senedi çözümden (bkz. Adım 2.1.1) E coli almak yaklaşık 0.1 - 0.2 mL bakteriyel süspansiyon ve seyreltik 15 mL plastik steril tüp 10 mL, steril arabelleğe alınmış Mueller Hinton suyu (BMHB) ile önceden dolu. Tüp 24 h 37 ° C'de kuluçkaya.</li>
		<li>Standart inoculum (1,5 × 108 CFU/mL) hazırlanması için bir 15 mL steril tüp 10 mL steril BMHB ile önceden dolu bu süspansiyon küçük miktarda ekleyebilirsiniz.</li>
		<li>İyice girdap karışımı ve ölçü 600 optik yoğunluk (OD) tarafından Densitometre32nm.</li>
		<li>2.1.3 - 2.1.4 temiz BMHB değerine göre 0,5 tarafından McFarland değeri arttıkça ifade OD kadar yineleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aşılama işlemi için iki farklı alüminyum folyo (20 cm x 30 cm), bir kontrol örnekleri ve aşı et örnekleri ikinci dikdörtgen et örnekleri yerleştirin.<ol>
<li>İkinci alüminyum folyo üzerinde 800 µL bakteri süspansiyon (Bu 1,2 × 108 CFU et örnek başına karşılık gelir) seçilen baskı çiğ dikdörtgen et örnekleriyle inoculum yüzeyinde eşit dağıtarak aşılamak.<ol>
<li>Örnek bir tarafındaki 400 µL pipet ve yüzeyde bir steril hücre ayırıcı kullanarak yavaşça yayıldı. Koyup 10 dk. için tekrar diğer tarafta süspansiyon geri kalanı için aynı yordamı örnek kuruyuncaya kadar bırakın.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. kurutma ve TEO uygulama
<ol><li>Laminer Emanet dolabı kurutma dikdörtgen et örnekleri içeren her iki alüminyum folyo transfer: her alüminyum folyo ile kapak ve örnekleri kurutucu içine yerleştirin.</li>
	<li>Standart laboratuvar kurutma makinesi kurumasını taşırlar. Not: İlk olarak, 55 ° c fırında Bu yordam için 20 dk sürebilir.<ol>
<li>Kontrol örnekleri için 6 h 55 ° C'de 30-%45 arasında değişen hava bağıl nem değerleri kurutma ile kuru. Not: Bağlı olarak buharlaşma eti sıvı oranı zaman kurutma hava bağıl nem değerleri değişir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Uygulanan TEO hacmi hesaplamak ve uçucu yağ konsantrasyonu TEO bir birim başına kurutma makinesi hacmi (mL/L hava) olarak ifade. Örneğin, 53 M (kurutucu hacmi) TEO 1,5 mL doz 0,028 mL/L hava bir konsantrasyon sonuçlanır. TEO mikrofon E. coliiçin belirlemek için doz 1,5 mL (0,028 mL/L hava), 1 mL (0,019 mL/L hava) ve 0.75 mL (0,014 mL/L hava) kullanın.</li>
	<li>Kurutma önce TEO uygulama için buharlar (ile thymol ana madde %79 olarak), emmek TEO ve yer 1,5 mL doz ile bir filtre kağıdı (12 cm x 20 cm) içine kurutucu fan önünde.</li>
	<li>Kontrol örnekleri (Adım 3.1 ve 3.2) gelince aynı yordam kullanılarak tedavi TEO et örnekleri kuru. Not: kurutma işlemi sona erer ve örnekleri kaldırıldıktan sonra fırın 80 ° C'de 3 h için geçiş ve hava Vana gösterge % 100 hava kanalı için fırından uçucu yağ artıkları temizlemek için ayarlayın.</li>
</ol>4. mikrobiyal analiz
<ol><li>Bakteri ile et aşı daha önce herhangi bir katıştırma için et örnekleri inceleyin. Sümük görünümünü ve herhangi bir güçlü ve keskin koku algılama et bozulma gösterge. Dokusu yapış yapış hissederse, bakteri et yüzeyinde çoğalmaya başlamış olabilir.</li>
	<li>Aşı etkinliğini değerlendirmek için ham inoculated örnekleri E. coli ATCC 25922 varlığı için test ve onları kurutma işlemi önce sigara aşısını kontrol örnekleri ile karşılaştırın. Bu amaçla:<ol>
<li>Et örnekleri (2 kontrol örnekleri ve 2 aşısını örnekleri) yıkayın. Tamponlu pepton su (8,5 gram NaCl, pepton 1 gr., 5 tablet fosfat tamponlu tuz ve su 1 litre Polysorbate 80 1 g) ile sterilize edilmiş bir şişesi her et Örnek 1:10 (w/v) pH aralığı üzerinden 7-7,3 oranında askıya alma. Bir shaker oda sıcaklığında 10 dakika için 140 rpm'de kullanarak sallamak. Not: Yıkama hemen sonra aşı prosedür.</li>
		<li>Chen, Nace ve Irwin33 Plate Count Agar (PCA) ve MacConkey Agar (MCA) tarafından özetlenen ayarlanmış bir 6 × 6 damla plaka yordam tarafından bakteri sayısını değerlendirin. Not: 6 × 6 bırakma yöntem daha az emek yoğun ve daha ekonomik geleneksel yöntem33' e, göre bir çok kanallı pipet ile incelenen örnek 10 kat seri dilutions hazırlamak için suyu mikro seyreltme yöntemini kullanır 34.</li>
		<li>6 × 6 damla plaka yordam E. colideğerlendirilmesi için tarafından 10 kat seri örnek dilutions yetiştirmek. Not: Ekimi kullanım altı 5 µL-damla için 6 × 6 bırakma yöntem için özellikle altı dilutions bir çok kanallı pipet ile incelenen örneğinin seçili. Uygun şekilde kurutulmuş Petri yemekler, damla hızlı bir şekilde agar emmek ve bu yöntemle dikim çok uygun ve yönetilebilir34olduğunu.</li>
		<li>Petri yemekler için 24 h 37 ° C'de kuluçkaya. Ekimi süresinden sonra e.coli kolonileri Petri yemekleri (CFU g-1 kurutulmuş et) sayısı 5 bölümde açıklandığı gibi değerlendirin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kurutma sonra aşı iki kurutulmuş örnekleri almak ve bunları uygun E. coliiçin sırasıyla iki kurutulmuş sigara aşısını kontrol örnekleri ile karşılaştırın. Bu dört samples E. coli olup olmadığını belirlemek için aşağıdaki gibi her et örnek ön zenginleştirme işlemi taşımak:<ol>
<li>Her et örnek tamponlu pepton suyla sterilize edilmiş bir şişesi içinde askıya alma (bkz: adım 4.2.1) ve oda sıcaklığında 10 dakika için 140 devir / dakikada bir shaker kullanarak sallamak. O zaman her şişeyi 37 ° c 6 h ön zenginleştirme için sırasında kuluçkaya.</li>
		<li>Değerlendirme ve bakteri tarımı için adımlarda 4.2.2 - 4.2.4 açıklandığı gibi aynı yordamı izleyin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>5. sonuçlar gözden geçirin
<ol><li>Kuluçka tamamlandıktan sonra Petri yemekler kuluçka makinesi kaldır ve sonuçları aşağıdaki gibi gözden geçirin:<ol>
<li>Koloniler toplam sayısı değerlendirmek için plakalar PCA (beyaz lekeler) ve tipik E. coli mesophilic aerobik bakteri varlığı için inceleyin MCA koloniler (koyu pembe kırmızı). Patojen yok ise, her iki agars yok büyüme mevcut.</li>
		<li>Kolonilerin sayımı ve E. coli (CFU/g-1 kurutulmuş et) mevcut miktarını belirlemek. Not: 30 veya daha az kolonileri başına damla (şekil 1) içeren iki ardışık dilutions, koloniler (N) saymak. Kurutulmuş et CFU/g-1 sayısı N aşağıdaki35 belirlenir <img alt="Equation" src="/files/ftp_upload/57054/57054eq1.jpg"> nerede, C koloniler üzerinde tüm damla sayılan toplamıdır, v (burada, 0.05 mL) damla kullanılan Numune dilüsyonu hacmi n1 ilk seyreltme kullanılan damla sayısını, n2 damla sayısıdır İkinci seyreltme kullanılan ve d hangi ilk kez ele geçirildi seyreltme temsil eder.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Mikrobiyolojik verileri çözümlemek üzere, CFU g-1 oturum ve onları tedavi36ana etkileri için Varyans analizi için (ANOVA) tabi koloni sayısı dönüştürün.<ol>
<li>Tukey dürüst önemli fark testi (Tukey HSD) için birden çok kötü karşılaştırmalar36 gerçekleştirmek ve tedaviler arasındaki önemli farkları belirlemek.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Eklund, M. W., Peterson, M. E., Poysky, F. T., Paranjpye, R. N., Pelroy, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+bacterial+pathogens+during+processing+of+cold-smoked+and+dried+salmon+strips.">Control of bacterial pathogens during processing of cold-smoked and dried salmon strips.</a> J. Food Prot. 67 (2), 347-351 (2004).</li><li>Mahmoud, B. S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preservative+effect+of+combined+treatment+with+electrolyzed+NaCl+solutions+and+essential+oil+compounds+on+carp+fillets+during+convectional+air-drying.">Preservative effect of combined treatment with electrolyzed NaCl solutions and essential oil compounds on carp fillets during convectional air-drying.</a> Int. J. Food Microbiol. 106 (3), 331-337 (2006).</li><li>Rahman, M. S., Guizani, N., Al-Ruzeiki, M. H., Al Khalasi, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microflora+Changes+in+Tuna+Mince+During+Convection+Air+Drying.">Microflora Changes in Tuna Mince During Convection Air Drying.</a> Dry. Technol. 18 (10), 2369-2379 (2000).</li><li>Faith, N. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viability+of+Escherichia+coli+O157:+H7+in+ground+and+formed+beef+jerky+prepared+at+levels+of+5+and+20%+fat+and+dried+at+52,+57,+63,+or+68+C+in+a+home-style+dehydrator.">Viability of Escherichia coli O157: H7 in ground and formed beef jerky prepared at levels of 5 and 20% fat and dried at 52, 57, 63, or 68 C in a home-style dehydrator.</a> Int. J. Food Microbiol. 41 (3), 213-221 (1998).</li><li>Hierro, E., De La Hoz, L., Ord&#243;&#241;ez, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Headspace+volatile+compounds+from+salted+and+occasionally+smoked+dried+meats+(cecinas)+as+affected+by+animal+species.">Headspace volatile compounds from salted and occasionally smoked dried meats (cecinas) as affected by animal species.</a> Food Chem. 85 (4), 649-657 (2004).</li><li>Nummer, B. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+Preparation+Methods+on+the+Microbiological+Safety+of+Home-Dried+Meat+Jerky.">Effects of Preparation Methods on the Microbiological Safety of Home-Dried Meat Jerky.</a> J. Food Prot. 67 (10), 2337-2341 (2004).</li><li>Greig, J. D., Ravel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+foodborne+outbreak+data+reported+internationally+for+source+attribution.">Analysis of foodborne outbreak data reported internationally for source attribution.</a> Int. J. Food Microbiol. 130 (2), 77-87 (2009).</li><li>Eidson, M., Sewell, C. M., Graves, G., Olson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beef+jerky+gastroenteritis+outbreaks.">Beef jerky gastroenteritis outbreaks.</a> J. Environ. Health. 62 (6), 9-13 (2000).</li><li>Allen, K., Cornforth, D., Whittier, D., Vasavada, M., Nummer, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+high+humidity+and+wet+marinade+methods+for+pasteurization+of+jerky.">Evaluation of high humidity and wet marinade methods for pasteurization of jerky.</a> J. Food Sci. 72 (7), (2007).</li><li>Levine, P., Rose, B., Green, S., Ransom, G., Hill, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogen+testing+of+ready-to-eat+meat+and+poultry+products+collected+at+federally+inspected+establishments+in+the+United+States,+1990+to+1999.">Pathogen testing of ready-to-eat meat and poultry products collected at federally inspected establishments in the United States, 1990 to 1999.</a> J. Food Prot. 64 (8), 1188-1193 (1990).</li><li>Keene, W. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+outbreak+of+Escherichia+coli+O157:H7+infections+traced+to+jerky+made+from+deer+meat.">An outbreak of Escherichia coli O157:H7 infections traced to jerky made from deer meat.</a> JAMA. 277 (15), 1229-1231 (1997).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viable+but+nonculturable+state+in+bacteria.">The viable but nonculturable state in bacteria.</a> J. Microbiol. 43, 93-100 (2005).</li><li>Oliver, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+findings+on+the+viable+but+nonculturable+state+in+pathogenic+bacteria.">Recent findings on the viable but nonculturable state in pathogenic bacteria.</a> FEMS Microbiol. Rev. 34 (4), 415-425 (2010).</li><li>Khamisse, E., Firmesse, O., Christieans, S., Chassaing, D., Carpentier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+cleaning+and+disinfection+on+the+non-culturable+and+culturable+bacterial+loads+of+food-contact+surfaces+at+a+beef+processing+plant.">Impact of cleaning and disinfection on the non-culturable and culturable bacterial loads of food-contact surfaces at a beef processing plant.</a> Int. J. Food Microbiol. 158 (2), 163-168 (2012).</li><li>Li, L., Mendis, N., Trigui, H., Oliver, J. D., Faucher, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+the+viable+but+non-culturable+state+in+human+bacterial+pathogens.">The importance of the viable but non-culturable state in human bacterial pathogens.</a> Front. Microbiol. 5, 258 (2014).</li><li>Hern&#225;ndez, H., Claramount, D., Ku&#269;erov&#225;, I., Banout, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+modified+blanching+and+oregano+essential+oil+on+drying+kinetics+and+sensory+attributes+of+dried+meat.">The effects of modified blanching and oregano essential oil on drying kinetics and sensory attributes of dried meat.</a> J. Food Process. Preserv. , (2016).</li><li>Garc&#237;a-D&#237;ez, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Impact+of+Essential+Oils+on+Consumer+Acceptance+of+Chouri&#231;o+de+vinho+-+A+Dry-Cured+Sausage+Made+from+Wine-Marinated+Meat+-+Assessed+by+the+Hedonic+Scale,+JAR+Intensity+Scale+and+Consumers'+&amp;#34;Will+to+Consume+and+Purchase.&amp;#34.">The Impact of Essential Oils on Consumer Acceptance of Chouri&#231;o de vinho - A Dry-Cured Sausage Made from Wine-Marinated Meat - Assessed by the Hedonic Scale, JAR Intensity Scale and Consumers' &amp;#34;Will to Consume and Purchase.&amp;#34.</a> J. Food Process. Preserv. 41 (4), (2017).</li><li>Govaris, A., Solomakos, N., Pexara, A., Chatzopoulou, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+effect+of+oregano+essential+oil,+nisin+and+their+combination+against+Salmonella+Enteritidis+in+minced+sheep+meat+during+refrigerated+storage.">The antimicrobial effect of oregano essential oil, nisin and their combination against Salmonella Enteritidis in minced sheep meat during refrigerated storage.</a> Int. J. Food Microbiol. 137 (2-3), 175-180 (2010).</li><li>Holley, R. A., Patel, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improvement+in+shelf-life+and+safety+of+perishable+foods+by+plant+essential+oils+and+smoke+antimicrobials.">Improvement in shelf-life and safety of perishable foods by plant essential oils and smoke antimicrobials.</a> Food Microbiol. 22 (4), 273-292 (2005).</li><li>Petrou, S., Tsiraki, M., Giatrakou, V., Savvaidis, I. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chitosan+dipping+or+oregano+oil+treatments,+singly+or+combined+on+modified+atmosphere+packaged+chicken+breast+meat.">Chitosan dipping or oregano oil treatments, singly or combined on modified atmosphere packaged chicken breast meat.</a> Int. J. Food Microbiol. 156 (3), 264-271 (2012).</li><li>Ballester-costa, C., Sendra, E., Viuda-martos, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+Antioxidant+and+Antibacterial+Properties+on+Meat+Homogenates+of+Essential+Oils+Obtained+from+Four+Thymus+Species+Achieved+from+Organic+Growth.">Assessment of Antioxidant and Antibacterial Properties on Meat Homogenates of Essential Oils Obtained from Four Thymus Species Achieved from Organic Growth.</a> Foods. 6 (8), 59 (2017).</li><li>Hern&#225;ndez, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+oregano+essential+oil+on+microbial+load+and+sensory+attributes+of+dried+meat.">The effect of oregano essential oil on microbial load and sensory attributes of dried meat.</a> J. Sci. Food Agric. 97 (1), 82-87 (2017).</li><li>Garc&#237;a-D&#237;ez, J., Alheiro, J., Falco, V., Fraqueza, M. J., Patarata, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+characterization+and+antimicrobial+properties+of+herbs+and+spices+essential+oils+against+pathogens+and+spoilage+bacteria+associated+to+dry-cured+meat+products.">Chemical characterization and antimicrobial properties of herbs and spices essential oils against pathogens and spoilage bacteria associated to dry-cured meat products.</a> J. Essent. Oil Res. 29 (2), 117-125 (2017).</li><li>Cavanagh, H. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antifungal+Activity+of+the+Volatile+Phase+of+Essential+Oils:+A+Brief+Review.">Antifungal Activity of the Volatile Phase of Essential Oils: A Brief Review.</a> Nat. Prod. Commun. 2 (12), 1297-1302 (2007).</li><li>Tajkarimi, M. M., Ibrahim, S. A., Cliver, D. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+herb+and+spice+compounds+in+food.">Antimicrobial herb and spice compounds in food.</a> Food Control. 21 (9), 1199-1218 (2010).</li><li>Nedorostova, L., Kloucek, P., Kokoska, L., Stolcova, M., Pulkrabek, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+properties+of+selected+essential+oils+in+vapour+phase+against+foodborne+bacteria.">Antimicrobial properties of selected essential oils in vapour phase against foodborne bacteria.</a> Food Control. 20 (2), 157-160 (2009).</li><li>Burt, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Essential+oils:+Their+antibacterial+properties+and+potential+applications+in+foods+-+A+review.">Essential oils: Their antibacterial properties and potential applications in foods - A review.</a> Int. J. Food Microbiol. 94 (3), 223-253 (2004).</li><li>Ramanathan, L., Das, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+the+control+of+lipid+oxidation+in+ground+fish+by+some+polyphenolic+natural+products.">Studies on the control of lipid oxidation in ground fish by some polyphenolic natural products.</a> J. Agric. Food Chem. 40 (1), 17-21 (1992).</li><li>Yamazaki, K., Yamamoto, T., Kawai, Y., Inoue, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhancement+of+antilisterial+activity+of+essential+oil+constituents+by+nisin+and+diglycerol+fatty+acid+ester.">Enhancement of antilisterial activity of essential oil constituents by nisin and diglycerol fatty acid ester.</a> Food Microbiol. 21 (3), 283-289 (2004).</li><li>Garc&#237;a-D&#237;ez, J., Alheiro, J., Falco, V., Fraqueza, M. J., Patarata, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synergistic+activity+of+essential+oils+from+herbs+and+spices+used+on+meat+products+against+food+borne+pathogens.">Synergistic activity of essential oils from herbs and spices used on meat products against food borne pathogens.</a> Nat. Prod. Commun. 12 (2), 281-286 (2017).</li><li>Hussein Hamdy Roby, M., Atef Sarhan, M., Abdel-Hamed Selim, K., Ibrahim Khalel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+antioxidant+activity,+total+phenols+and+phenolic+compounds+in+thyme+(Thymus+vulgaris+L.),+sage+(Salvia+officinalis+L.),+and+marjoram+(Origanum+majorana+L.)+extracts.">Evaluation of antioxidant activity, total phenols and phenolic compounds in thyme (Thymus vulgaris L.), sage (Salvia officinalis L.), and marjoram (Origanum majorana L.) extracts.</a> Ind. Crops Prod. 43, 827-831 (2013).</li><li>Gouveia, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Antimicrobial+Effect+of+Essential+Oils+Against+Listeria+monocytogenes+in+Sous+vide+Cook-Chill+Beef+during+Storage.">The Antimicrobial Effect of Essential Oils Against Listeria monocytogenes in Sous vide Cook-Chill Beef during Storage.</a> J. Food Process. Preserv. 41 (4), (2017).</li><li>Chen, C., Nace, G., Irwin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+6+x+6+drop+plate+method+for+simultaneous+colony+counting+and+MPN+enumeration+of+Campylobacter+jejuni,+Listeria+monocytogenes,+and+Escherichia+coli.">A 6 x 6 drop plate method for simultaneous colony counting and MPN enumeration of Campylobacter jejuni, Listeria monocytogenes, and Escherichia coli.</a> J. Microbiol. Methods. 55 (2), 475-479 (2003).</li><li>Herigstad, B., Hamilton, M., Heersink, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+optimize+the+drop+plate+method+for+enumerating+bacteria.">How to optimize the drop plate method for enumerating bacteria.</a> J. Microbiol. Methods. 44 (2), 121-129 (2001).</li><li>. Practical food microbiology Available from: <a target="_blank" href="https://drive.google.com/file/d/0BzyVOLllJ0B1YmlEemZ5M1RZekU/view?ts=590d8019">https://drive.google.com/file/d/0BzyVOLllJ0B1YmlEemZ5M1RZekU/view?ts=590d8019</a> (2003)</li><li>Smith-Palmer, A., Stewart, J., Fyfe, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+properties+of+plant+essential+oils+and+essences+against+five+important+food-borne+pathogens.">Antimicrobial properties of plant essential oils and essences against five important food-borne pathogens.</a> Lett. Appl. Microbiol. 26 (2), 118-122 (1998).</li><li>Burt, S. a., Reinders, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibacterial+activity+of+selected+plant+essential+oils+against+Escherichia+coli+O157:H7.">Antibacterial activity of selected plant essential oils against Escherichia coli O157:H7.</a> Lett. Appl. Microbiol. 36 (3), 162-167 (2003).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Önceki araştırmalar mikroorganizmaların gıda kaynaklı hastalıklar neden kurutma10hayatta göstermiştir. Bu nedenle gıda güvenliğini sağlamak üzere kurutma önce koruyucu uygulamak gereklidir. Bu çalışmada TEO kullanarak üzerinde odaklanın. Neden iki kat geçerli: ilk olarak, tüketicilerin gıda kalite16; geliştirmek için alternatif katkı doğal ürünler kullanmak için yüksek bir talep olduğunu İkinci olarak, bir önceki çalışma süreci<sup clas...

Gıdalar korumak için geleneksel bir yöntem olarak kurutma antik çağlardan beri kullanılmaktadır. Günümüzde, gıda koruma1,2,3için etkili bir yöntem olarak kurutma giderek artan bir ilgi vardır. Özel olarak işlenmiş etler çeşitli yapmak için kullanılır. Biri en iyi bilinen düzensiz olur.
Eti, et koruma, en eski yöntemlerden birini tedavi ve daha düşük su aktivitesi için kurutma üzerinde dayanır ve bu nedenle4raf ömrünü uzatmak için. Günümüzde, sarsıntılı korunmuş bir tedavi et hala çok popüler olduğu gibi nerede gıda güvenliği, tat ve doku gereklidir. Sarsıntılı hazırlık et, sığır eti, domuz eti, tavuk veya oyun5, dahil olmak üzere hemen hemen her tür için kullanılabilir ve eti yağsız şeritler doğrama ve kurutma gerektirir. Genellikle, bir kür çözüm ya da sigara içinde et marine kurutma ile birlikte sarsıntılı6onun karakteristik lezzet vermek için kullanılır.
Gerçekten gıda korumak için kurutma geniş ilgi rağmen kötü kurutulmuş et gıda kaynaklı salgınlar E. coli tarafından riskini ve kritik kontrol gerekmektedir. Gıda kaynaklı gastroenterit salgınlar ile işleme ev-kurutma sırasında yetersiz ısı atfedilen özellikle E. coli O157: H7, raporlama bazı çalışmalar vardır. Benzer durumlarda bile ticari olarak hazırlanan sarsıntılı7,8,9oluşmuş. Levine ve ark. 10 gıda kaynaklı mikroorganizmaların ticari sarsıntılı üreticileri tarafından kullanılan orta kurutma koşulları (yaklaşık 60 ° C) yaşayabilir evlenme teklif etti. E. coli O157: H7 1990'ların ortasında gıda kaynaklı hastalık salgınları zemin kurutulmuş et ürünleri6,11' e atfedilmiştir. İlginçtir, tüm önceki durumda da, ama culturable (VBNC) olarak tanınan bakteriyel patojenler başlıca risk nedeniyle oluşur. Sıcaklık değişiklikleri veya açlık gibi çeşitli gerilmeler altında E. coli hücreleri belirli bir devlet VBNC devlet12,13bilinen girebilirsiniz. VBNC hücreleri daha sonra geri culturable hücrelere uygun koşullarla maruz resüsite ve gıda kaynaklı kirlenme14,15nedeniyle insan sağlığı için bir tehdit mevcut. Bu ürün hemen kuruduktan sonra et tüketilen Eğer güvenli olduğu anlamına gelir. Ancak, artan nem gibi yetersiz depolama durumunda yoktur patojenler ve mikrobiyal büyüme reaktivasyonu riski yüksek.
Kurutma ve Marine yöntemlerinin yanı sıra, tüketicilerin gıda kalite16,17geliştirmeye katkı maddeleri alternatif olarak doğal ürünler kullanmak için yüksek bir talep vardır. Doğal Gıda katkı maddeleri, et yerine klasik Sentetik koruyucu18,19,20,21için uygulama özel bir ilgi oluştu. Orada olsa bile esansiyel yağların kullanımı yeterli deneysel kanıt eksikliği ne zaman et kurutma, bu alanda erken araştırma zaten olumlu sonuçlar22,23gösterir.
Orta çağlardan beri insanların kendi antimikrobiyal, böcek ve antiparaziter chracteristics24,25,26için esans bileşikler (EOCs) tanımış. Bugün, EOCs biyoaktif doğal bileşiklerin en önemli grup yer almaktadır. Arasında farklı EOCs, thymol en iyi bilinen biridir. TEO%2385'den fazla oluşur. Bu fenol gıda için eklendiğinde mikrobiyal ve kimyasal bozulma engeller. Ayrıca, antibakteriyel özellikleri diğer doğal koruyucu2,27,28,29,30ile birlikte geliştirilmiş. Günümüzde, kekik (Thymus vulgaris), bir lezzet ajan olarak hem de bir çok etkili et koruyucu31 Ballıbabagiller ailesine ait bir ot kabul. García Díez ve arktarafından yapılan bir çalışma. et ürünleri 30 TEO diğer uçucu yağlar için karşılaştırıldığında gıda kaynaklı patojenlere karşı daha geniş bir inhibisyon desen görüntülenen buldum. Bu nedenle, kurutulmuş et değerini artırmak ve kurutma işlemi sırasında temel yağlar uygulayarak gıda kaynaklı hastalıkların riskini azaltmak için bir fırsat vardır.
Bu iletişim kuralı, biz TEO et kurutma sırasında uygulama roman yöntemi mevcut, özellikle buharı formunda doğrudan kullanarak bir kurutma odası. Değerlendirme için tedavi örneklerinde ham olanlarla karşılaştırıldığında patojen bakteri yokluğu belirlemek için mikrofon kullanın. İlk sonuçları göster: Bu yöntem Sentetik koruyucu için son derece etkili bir alternatiftir ve kurutulmuş et mikrobiyal yükü önemli ölçüde azaltır.

<table><tbody><tr><td>Meat cutter</td><td>Kalorik</td><td>KP 3530</td><td>from Miami Gardens, FL, USA</td></tr><tr><td>Laminar safety cabinet</td><td>Faster s.r.l</td><td></td><td>from Italy</td></tr><tr><td>Squeeze bottle of 500 mL</td><td>Merci</td><td>632 524 325 025</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Standard laboratory drier UFE 400</td><td>Memmert</td><td>DE 66812464</td><td>from Germany</td></tr><tr><td>Incubator</td><td>BT 120</td><td>N/A</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Refrigerator and Freezer</td><td>Bosch</td><td>KGN34VW20G</td><td>from DE</td></tr><tr><td>Densitometer</td><td>Biosan</td><td>220 000 050 122</td><td>Latvia; supplier Merci, CZ</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Escherichia coli&lt;/em&gt; ATCC 25922</td><td>Oxoid</td><td>CL7050</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Chromservis</td><td>22008013</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Sterilized plastic tubes 15 mL</td><td>Gama</td><td>331 000 020 115</td><td>from CZ, supplier Merci</td></tr><tr><td>20 mL injection vial</td><td>Healthy vial</td><td>hvft169</td><td>from China</td></tr><tr><td>20 mm sterile butyl rubber stopper</td><td>Merci</td><td>22008013</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>20 mm aluminum cap</td><td>Healthy vial</td><td>N/A</td><td>from China</td></tr><tr><td>Thyme essential oil</td><td>Sigma Aldrich</td><td>W306509</td><td>from St Louis, MO, USA</td></tr><tr><td>Mueller Hinton Broth</td><td>Oxoid</td><td>CM0337</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Penta</td><td>16610-31000</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Oxoid</td><td>LP0034</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P4417</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Polysorbate 80 (Tween 80)</td><td>Roth</td><td>T 13502</td><td>from DE, supplier P-lab</td></tr><tr><td>Shaker SHO-1D</td><td>Verkon</td><td>DH.WSR04020</td><td>from CZ,&amp;nbsp; 10 - 300 rpm. 350 x 350 mm with a platform for flasks</td></tr><tr><td>Ethanol 70%</td><td>Bioferm</td><td>N/A</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>MacConkey Agar</td><td>Oxoid</td><td>CM007</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Plate Count Agar</td><td>Oxoid</td><td>CM0325</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Filter paper</td><td>Merci</td><td>480 622 080 040</td><td>from CZ</td></tr><tr><td>Erlenmeyer flasks 250 mL</td><td>Simax</td><td>610 002 122 636</td><td>from CZ; supplier Merci CZ</td></tr><tr><td>Multichannel pipette</td><td>Socorex</td><td>S852820</td><td>from Switzerland; supplier P lab, CZ</td></tr><tr><td>Microtiter plate</td><td>Gamma</td><td>V400916</td><td>CZ</td></tr><tr><td>Microlitre pipette 100-1000 &amp;mu;L</td><td>Eppendorf</td><td>333 120 000 062</td><td>from Germany; supplier Merci, CZ</td></tr></tbody></table>

the effect of the application of thyme essential oil on microbial load during meat drying

Et korunması ve güvenliği önemli nerede sarsıntılı, popüler gıda atıştırmak hazırlanmasında kullanılan bir yüksek protein yemek 's. Gıda güvenliğini sağlamak üzere ve et ve et ürünleri raf ömrünü uzatmak için sentetik veya doğal koruyucu kullanımını denetime uygulanan ve gıda kaynaklı bakterilerin ortadan kaldırmak. Doğal Gıda katkı maddeleri, et için uygulama büyüyen bir ilgi arttı. Mikroorganizmalar, Escherichia coligibi et ve et ürünleri, gıda kaynaklı hastalıklara neden kontamine. Bu nedenle, et koruma sürecini geliştirmek gereklidir. Ancak, ne zaman et kurutulmuş esansiyel yağların kullanımı derinden araştırılmamıştır. Bu bağlamda, kurutulmuş et değerini artırmak ve kurutma işlemi sırasında temel yağlar uygulayarak gıda kaynaklı hastalıkların riskini azaltmak için bir fırsat vardır. Bu protokol için et, özellikle de buharı formu doğrudan bir kurutma odası kurutma sırasında kekik esans (TEO) uygulama roman yöntemi mevcut. Değerlendirme için zararlı bakteri sayısı için ham örnekleri karşılaştırıldığında tedavi örneklerinde algılamak için minimum inhibitör konsantrasyonu (MIC) kullanır. İlk sonuçları göster: Bu yöntem bir kalıcı ve alternatif seçenek için Sentetik koruyucu ve kurutulmuş et mikrobiyal yükü önemli ölçüde azaltır.

Biz ilk daha önce bu yöntem gıda güvenliği artırmak ve kurutulmuş et değerini artırmak için kekik esans (OEO) kullanarak geliştirmişti. Genel olarak, önceki deneyler E. coli bir hayatta kalma stratejisi olarak kurutma sırasında VBNC durumuna geçer gösterdi. Bu kurutma22bitirdikten sonra culturable bakteri olduğu gerçeğini tarafından gösterilmiştir. Bu nedenle, 6 h ön zenginleştirme işlemi suşu sayma izin vermek gerekli. Daha kıs...

Watch this Scientific Journal Video about The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying at JoVE.com

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Kekik esans uygulama etkisi et kurutma sırasında mikrobiyal yükü

Mikroorganizmaların Escherichia coli gibi et ürünleri kontamine gıda kaynaklı hastalıklara neden. Et kurutma işlemi esansiyel yağların kullanımı derinden araştırılmamıştır. Burada, kurutulmuş et mikrobiyal yükü azaltmak için kurutma sırasında et için kekik esans uygulama roman yöntemi mevcut.

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

the-effect-application-thyme-essential-oil-on-microbial-load-during

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Environment

9.2K Görüntüleme.  Czech University of Life Sciences Prague. Mikroorganizmaların Escherichia coli gibi et ürünleri kontamine gıda kaynaklı hastalıklara neden. Et kurutma işlemi esansiyel yağların kullanımı derinden araştırılmamıştır. Burada, kurutulmuş et mikrobiyal yükü azaltmak için kurutma sırasında et için kekik esans uygulama roman yöntemi mevcut.

Video: The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Preparation of Homogeneous MALDI Samples for Quantitative Applications

This protocol demonstrates a simple sample preparation to reduce spatial heterogeneity in ion signals during matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry. The heterogeneity of ion signals is a severe problem in MALDI, which results in poor data reproducibility and makes MALDI unsuitable for quantitative analysis. By regulating sample plate temperature during sample preparation, thermal-induced hydrodynamic flows inside droplets of sample solution are able to reduce the heterogeneity problem. A room-temperature sample preparation chamber equipped with a temperature-regulated copper base block that holds MALDI sample plates facilitates precise control of the sample drying condition. After drying of sample droplets, the temperature of sample plates is returned to room temperature and removed from the chamber for subsequent mass spectrometric analysis. The areas of samples are examined with MALDI-imaging mass spectrometry to obtain the spatial distribution of all components in the sample. In comparison with the conventional dried-droplet method that prepares samples under ambient conditions without temperature control, the samples prepared with the method demonstrated herein show significantly better spatial distribution and signal intensity. According to observations using carbohydrate and peptide samples, decreasing substrate temperature while maintaining the surroundings at ambient temperature during the drying process can effectively reduce the heterogeneity of ion signals. This method is generally applicable to various combinations of samples and matrices.

A protocol for reducing spatial heterogeneities of ion signals in MALDI mass spectrometry by regulating substrate temperature during sample drying processes is demonstrated.

Kantitatif Uygulamalar için Homojen MALDI Örneklerin Hazırlanması

This protocol demonstrates a simple sample preparation to reduce spatial heterogeneity in ion signals during matrix-assisted laser desorption/ionization ...

Biyokimya

Sample Preparation of Mycobacterium tuberculosis Extracts for Nuclear Magnetic Resonance Metabolomic Studies

Mycobacterium tuberculosis is a major cause of mortality in human beings on a global scale. The emergence of both multi- (MDR) and extensively-(XDR) drug-resistant strains threatens to derail current disease control efforts. Thus, there is an urgent need to develop drugs and vaccines that are more effective than those currently available. The genome of M. tuberculosis has been known for more than 10 years, yet there are important gaps in our knowledge of gene function and essentiality. Many studies have since used gene expression analysis at both the transcriptomic and proteomic levels to determine the effects of drugs, oxidants, and growth conditions on the global patterns of gene expression. Ultimately, the final response of these changes is reflected in the metabolic composition of the bacterium including a few thousand small molecular weight chemicals. Comparing the metabolic profiles of wild type and mutant strains, either untreated or treated with a particular drug, can effectively allow target identification and may lead to the development of novel inhibitors with anti-tubercular activity. Likewise, the effects of two or more conditions on the metabolome can also be assessed. Nuclear magnetic resonance (NMR) is a powerful technology that is used to identify and quantify metabolic intermediates. In this protocol, procedures for the preparation of M. tuberculosis cell extracts for NMR metabolomic analysis are described. Cell cultures are grown under appropriate conditions and required Biosafety Level 3 containment,1 harvested, and subjected to mechanical lysis while maintaining cold temperatures to maximize preservation of metabolites. Cell lysates are recovered, filtered sterilized, and stored at ultra-low temperatures. Aliquots from these cell extracts are plated on Middlebrook 7H9 agar for colony-forming units to verify absence of viable cells. Upon two months of incubation at 37 &deg;C, if no viable colonies are observed, samples are removed from the containment facility for downstream processing. Extracts are lyophilized, resuspended in deuterated buffer and injected in the NMR instrument, capturing spectroscopic data that is then subjected to statistical analysis. The procedures described can be applied for both one-dimensional (1D) 1H NMR and two-dimensional (2D) 1H-13C NMR analyses. This methodology provides more reliable small molecular weight metabolite identification and more reliable and sensitive quantitative analyses of cell extract metabolic compositions than chromatographic methods. Variations of the procedure described following the cell lysis step can also be adapted for parallel proteomic analysis.

Sample Preparation of Mycobacterium tuberculosis Extracts for Nuclear Magnetic Resonance Metabolomic Studies

The metabolomic profile of Mycobacterium tuberculosis is determined after growth in broth cultures. Conditions can be varied to test the effects of nutritional supplements, oxidants, and anti-tuberculosis agents on the metabolic profile of this microorganism. Procedure for extract preparation is applicable for both 1D 1H and 2D 1H-13C NMR analyses.

Numune Hazırlama<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</emNükleer Manyetik Rezonans metabolomik Araştırmaları&gt; özler

Mycobacterium tuberculosis is a major cause of mortality in human beings on a global scale. The emergence of both multi- (MDR) and extensively-(XDR) ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Measuring Volatile and Non-volatile Antifungal Activity of Biocontrol Products

The protocol described is based on a plug-transfer technique that allows accurate determination of microorganism quantities and their developmental stages. A specified number of spores are spread on an agar plate. This agar plate is incubated for a defined period to allow the fungi to reach the expected developmental stage, except for spores where incubation is not required. Agar plugs covered by spores, hyphae, or mycelium are next withdrawn and transferred onto agar media containing the antifungal compound to be tested either placed at a distance from the fungi or in contact. This method is applicable to test both liquid extracts and solid samples (powders). It is particularly well suited for quantifying the relative contributions of volatile and non-volatile agents in bioactive mixtures and for determining their effects, specifically on spores, early hyphae, and mycelium.
The method is highly relevant for the characterization of the antifungal activity of biocontrol products, notably plant-derived products. Indeed, for plant treatment, the results can be used to guide the choice of mode of application and to establish the trigger thresholds.

We describe a modified agar-based method designed to quantify the antifungal effects of plant-derived products. Both volatile and non-volatile contributions to the antifungal activity can be assessed through this protocol. In addition, efficacy against fungi can be measured at key developmental stages in a single experimental setup.

Biyokontrol Ürünlerin Uçucu ve Uçucu Olmayan Antifungal Aktivitesinin Ölçülmesi

The protocol described is based on a plug-transfer technique that allows accurate determination of microorganism quantities and their developmental ...

Çevre

Investigation of Microbial Cooperation via Imaging Mass Spectrometry Analysis of Bacterial Colonies Grown on Agar and in Tissue During Infection

Understanding the metabolic consequences of microbial interactions that occur during infection presents a unique challenge to the field of biomedical imaging. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) imaging mass spectrometry represents a label-free, in situ imaging modality capable of generating spatial maps for a wide variety of metabolites. While thinly sectioned tissue samples are now routinely analyzed via this technology, imaging mass spectrometry analyses of non-traditional substrates, such as bacterial colonies commonly grown on agar in microbiology research, remain challenging due to the high water content and uneven topography of these samples. This paper demonstrates a sample preparation workflow to allow for imaging mass spectrometry analyses of these sample types. This process is exemplified using bacterial co-culture macrocolonies of two gastrointestinal pathogens: Clostridioides difficile and Enterococcus faecalis. Studying microbial interactions in this well-defined agar environment is also shown to complement tissue studies aimed at understanding microbial metabolic cooperation between these two pathogenic organisms in mouse models of infection. Imaging mass spectrometry analyses of the amino acid metabolites arginine and ornithine are presented as representative data. This method is broadly applicable to other analytes, microbial pathogens or diseases, and tissue types where a spatial measure of cellular or tissue biochemistry is desired.

Investigation of Microbial Cooperation via Imaging Mass Spectrometry Analysis of Bacterial Colonies Grown on Agar and in Tissue During Infection

A novel sample preparation method is demonstrated for the analysis of agar-based, bacterial macrocolonies via matrix-assisted laser desorption/ionization imaging mass spectrometry.

Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi

Understanding the metabolic consequences of microbial interactions that occur during infection presents a unique challenge to the field of biomedical ...

Therapeutic Effectiveness of a Dietary Supplement for Management of Halitosis in Dogs

Halitosis is a common complaint involving social and communicational problems in humans and also affects the pet-owner relationship. In this randomized placebo-controlled crossover clinical evaluation, we assessed&#160;the effectiveness of a dedicated dietary supplement to improve chronic halitosis in 32 dogs of different breeds and ages. This protocol describes how to evalute the presence of oral volatile suphur compunds, e.g. methyl mercaptan, hydrogen sulfide and dimethyl sulfide, by means of a portable gas chromatograph device coupled with a syringe, which was used to collect the breath, and a dedicated software, which allows the operator to monitor each compound concentration during each measurement, in a relatively short time (8 min).
A significant modification of halitosis parameters was observed after 30 days since the beginning of treatment (p &#60;0.05), while a long-lasting effect was still observed even 20 days after the suspension of the treatment. Portable gas chromatograph, which is also widely used in clinical practice, can be therefore used to confirm&#160;and control halitosis in humans and animals. Even though human and animal species present some differences,&#160;this innovative and alternative therapy for halitosis management might be extended to human clinical practice as an adjuvant dietary approach.

We describe a simple approach for diagnosis of halitosis in dogs as well as a dietary approach for its management. This protocol may be extended to the management of halitosis in humans in the near future.

Köpeklerde Ağız kokusunun Yönetimi için Diyet Supplement Terapötik Etkinliği

Halitosis is a common complaint involving social and communicational problems in humans and also affects the pet-owner relationship. In this randomized ...

Tıp

Metabolic Profiling to Determine Bactericidal or Bacteriostatic Effects of New Natural Products using Isothermal Microcalorimetry

Due to the global threat of rising antimicrobial resistance, novel antibiotics are urgently needed. We investigate natural products from Myxobacteria as an&#160;innovative source of such new compounds. One bottleneck in the process is typically the elucidation of their mode-of-action. We recently established isothermal microcalorimetry as part of a routine profiling pipeline. This technology allows for investigating the effect of antibiotic exposure on the total bacterial metabolic response, including processes that are decoupled from biomass formation. Importantly, bacteriostatic and bactericidal effects are easily distinguishable without any user intervention during the measurements. However, isothermal microcalorimetry is a rather new approach and applying this method to different bacterial species usually requires pre-evaluation of suitable measurement conditions. There are some reference thermograms available of certain bacteria, greatly facilitating interpretation of results. As the pool of reference data is steadily growing, we expect the methodology to have increasing impact in the future and expect it to allow for in-depth fingerprint analyses enabling the differentiation of antibiotic classes.

The elucidation of the mode-of-action of a novel antibiotic is a challenging task in the drug discovery process. The goal of the method described here is the application of isothermal microcalorimetry using calScreener in antibacterial profiling to provide additional insight into drug-microbe interactions.

Isothermal Mikrocalorimetri Kullanarak Yeni Doğal Ürünlerin Bakterisidal veya Bakteriyostatik Etkilerini Belirlemek Için Metabolik Profilleme

Due to the global threat of rising antimicrobial resistance, novel antibiotics are urgently needed. We investigate natural products from Myxobacteria as ...

Biyomühendislik

A Tuberculosis Molecular Bacterial Load Assay (TB-MBLA)

Tuberculosis is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), a pathogen classified by the United Nations (UN) as a dangerous category B biological substance. For the sake of the workers&#8217; safety, handling of all samples presumed to carry Mtb must be conducted in a containment level (CL) 3 laboratory. The TB molecular bacterial load assay (TB-MBLA) test is a reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) test that quantifies Mtb bacillary load using primers and dual-labelled probes for 16S rRNA. We describe the use of heat inactivation to render TB samples noninfectious while preserving RNA for the TB-MBLA. A 1 mL aliquot of the sputum sample in tightly closed 15 mL centrifuge tubes is boiled for 20 min at either 80 &#176;C, 85 &#176;C, or 95 &#176;C to inactivate Mtb bacilli. Cultivation of the heat inactivated and control (live) samples for 42 days confirmed the death of TB. The inactivated sample is then spiked with 100 &#181;L of the extraction control and RNA is extracted following the standard RNA isolation procedure. No growth was observed in the cultures of heat treated samples. The isolated RNA is subjected to real-time RT-qPCR, which amplifies a specific target in the Mtb 16S rRNA gene, yielding results in the form of quantification cycles (Cq). A standard curve is used to translate Cq into bacterial load, or estimated colony forming units per mL (eCFU/mL). There is an inverse relationship between Cq and the bacterial load of a sample. The limitation is that heat inactivation lyses some cells, exposing the RNA to RNases that cause a loss of &#60;1 log10eCFU/mL (i.e., &#60;10 CFU/mL). Further studies will determine the proportion of very low burden patients that cause false negative results due to heat inactivation.

A Tuberculosis Molecular Bacterial Load Assay TB-MBLA

We describe a tuberculosis molecular bacterial load assay test performed after heat inactivation of sputum. Heat inactivation renders sputum samples noninfectious and obviates the need for containment level 3 laboratories for tuberculosis molecular tests.

Tüberküloz Moleküler Bakteriyel Yük Analizi (TB-MBLA)

Tuberculosis is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), a pathogen classified by the United Nations (UN) as a dangerous category B biological ...

Preparation of Prokaryotic and Eukaryotic Organisms Using Chemical Drying for Morphological Analysis in Scanning Electron Microscopy (SEM)

Scanning electron microscopy (SEM) is a widely available technique that has been applied to study biological specimens ranging from individual proteins to cells, tissues, organelles, and even whole organisms. This protocol focuses on two chemical drying methods, hexamethyldisilazane (HMDS) and t-butyl alcohol (TBA), and their application to imaging of both prokaryotic and eukaryotic organisms using SEM. In this article, we describe how to fix, wash, dehydrate, dry, mount, sputter coat, and image three types of organisms: cyanobacteria (Toxifilum mysidocida, Golenkina sp., and an unknown sp.), two euglenoids from the genus Monomorphina (M. aenigmatica and M. pseudopyrum), and the fruit fly (Drosophila melanogaster). The purpose of this protocol is to describe a fast, inexpensive, and simple method to obtain detailed information about the structure, size, and surface characteristics of specimens that can be broadly applied to a large range of organisms for morphological assessment. Successful completion of this protocol will allow others to use SEM to visualize samples by applying these techniques to their system.

Preparation of Prokaryotic and Eukaryotic Organisms Using Chemical Drying for Morphological Analysis in Scanning Electron Microscopy SEM

SEM analysis is an effective method to aid in species identification or phenotypic discrimination. This protocol describes the methods for examining specific morphological details of three representative types of organisms and would be broadly applicable to examining features of many organismal and tissue types.

Elektron mikroskobu (SEM) tarama morfolojik analiz için kimyasal kurutma kullanarak prokaryotik ve ökaryotik organizmaların hazırlanması

Scanning electron microscopy (SEM) is a widely available technique that has been applied to study biological specimens ranging from individual proteins to ...

Biyoloji

Nano Bitki Kaplı Kumaşların Antimikrobiyal Etkinliği

An Antimicrobial Fabric Using Nano-Herbal Encapsulation of Essential Oils

Lab coats are widely used in biohazard laboratories and healthcare facilities as protective garments to prevent direct exposure to pathogens, spills, and burns. These cotton-based protective coats provide ideal conditions for microbial growth and attachment sites due to their porous nature, moisture-holding capacity, and retention of warmth from the user&#39;s body. Several studies have demonstrated the survival of pathogenic bacteria on hospital garments and lab coats, acting as vectors of microbial transmission.
A common approach to fix these problems is the application of antimicrobial agents in textile finishing, but concerns have been raised due to the toxicity and environmental effects of many synthetic chemicals. The ongoing pandemic has also opened a window for the investigation of effective antimicrobials and eco-friendly and toxic-free formulations. This study uses two natural bioactive compounds, carvacrol and thymol, encapsulated in chitosan nanoparticles, which guarantee effective protection against four human pathogens with up to a 4-log reduction (99.99%). These pathogens are frequently detected in lab coats used in biohazard laboratories.
The treated fabrics also resisted up to 10 wash cycles with 90% microbial reduction, which is sufficient for the intended use. We made modifications to the existing standard fabric tests to better represent the typical scenarios of lab coat usage. These refinements allow for a more accurate evaluation of the effectiveness of antimicrobial lab coats and for the simulation of the fate of any accidental microbial spills that must be neutralized within a short time. Further studies are recommended to investigate the accumulation of pathogens over time on antimicrobial lab coats compared to regular protective coats.

Yazar Spotlight: Esansiyel Yağların Nano-Bitkisel Kapsüllemesini Kullanan Antimikrobiyal Bir Kumaş  

Antimicrobial lab coats prevent the cross-contamination of pathogen accumulation and accidental bio-spills. Here, we describe the protocol for developing a skin-friendly antimicrobial fabric using nano-herbal encapsulation and modified standard tests to precisely evaluate the efficacy and suitability for typical usage of the lab coat.

Uçucu yağların nano-bitkisel kapsüllemesini kullanan bir antimikrobiyal kumaş

Lab coats are widely used in biohazard laboratories and healthcare facilities as protective garments to prevent direct exposure to pathogens, spills, and ...

Kekik esans uygulama etkisi et kurutma sırasında mikrobiyal yükü

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Kantitatif Uygulamalar için Homojen MALDI Örneklerin Hazırlanması

Numune Hazırlama

Biyokontrol Ürünlerin Uçucu ve Uçucu Olmayan Antifungal Aktivitesinin Ölçülmesi

Enfeksiyon Sırasında Agar ve Dokuda Yetişen Bakteri Kolonilerinin Görüntüleme Kütle Spektrometrisi Analizi Yoluyla Mikrobiyal İşbirliğinin İncelenmesi

Köpeklerde Ağız kokusunun Yönetimi için Diyet Supplement Terapötik Etkinliği

Isothermal Mikrocalorimetri Kullanarak Yeni Doğal Ürünlerin Bakterisidal veya Bakteriyostatik Etkilerini Belirlemek Için Metabolik Profilleme

Tüberküloz Moleküler Bakteriyel Yük Analizi (TB-MBLA)

Elektron mikroskobu (SEM) tarama morfolojik analiz için kimyasal kurutma kullanarak prokaryotik ve ökaryotik organizmaların hazırlanması

Uçucu yağların nano-bitkisel kapsüllemesini kullanan bir antimikrobiyal kumaş

Uçucu yağların nano-bitkisel kapsüllemesini kullanan bir antimikrobiyal kumaş