Name: horizontal whole mount: a novel processing and imaging protocol for thick, three-dimensional tissue cross-sections of skin
Uploaded: 2017-08-02T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 31 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin at JoVE.com

Yazarlar, Thermo-Fisher Scientific&#39;in sponsorluğunu onaylıyor ve konfokal görüntü edinimi sırasında destek için Kings College London&#39;daki Nikon Görüntüleme Merkezi&#39;ne teşekkür ediyoruz.

Tüm hayvan deneyleri, yerel etik onaya tabi tutuldu ve Birleşik Krallık hükümeti Ev Ofisi lisansı koşulları altında gerçekleştirildi. 1. Deri Hasat ve Kriyoprezervasyon <ol><li> Hazırlıklar. <ol><li> 25 mL% 4 PFA içeren 100 mm&#39;lik bir kültür çanağı ve 25 mL&#39;lik 1x fosfat tamponlu salin (PBS) ile iki adet 100 mm&#39;lik kültür çanağı hazırlayın. </li><li> En uygun kesme sıcaklığı bileşiğiyle (OCT) üçte ikisi kadar dikdörtgen soyulmuş kristal kutuları doldurun. </li><li> Kriyokokarların sonraki adımına yerleştirilebileceği bir metal plakayı -80 ° C derin dondurucuya yerleştirin. </li></ol></li><li> Cilt hasadı, fiksasyon ve kriyoprezervasyon. <ol><li> Hayvan kadavranın dorsal bölgesini kuru bir elektrikli tıraş makinesiyle kırpın. NOT: Bu örnekte, doğum sonrası gün 21 vahşi fareler kullanılmıştır. </li><li> Cilt üzerinde ilgi alanları toplayın. NOT: Fare derisinin dorsomedial bölgesi ( <stronŞekil 1a) eşit olarak aralıklı ve hizalanan, kesitleme için en iyi yönlendirmeyi sağlayan kıl foliküllerinin en yüksek yüzdesini içerir. Altta yatan dermal olmayan dokunun çıkarılması gerekli değildir, ancak gerekirse yapılabilir. </li><li> Hasat gören cildi, saç kökü tanesinin yönsel büyümesini hesaba katarak, kriyormoldun tabanına uyacak şekilde uygun boyutta dikdörtgen parçalara bölün. NOT: Küçük deri dilimleri, yeni başlayanlar için kuluçka ve montaj işlemi sırasında birbirine çarpma ihtimalleri daha düşük olduğu için işlenmesi daha kolay olabilir. Burada gösterilen örnek, bir 22 x 30 x 20 mm cryomold (Şekil 2a) içine uyan dorsal deri, bir yaklaşık 1 cm2 alandır. </li><li> Deri numunelerinin kalınlığına bağlı olarak ( Şekil 1b ) 10-30 dakika, 25 mL% 4 PFA içinde oda sıcaklığında cildi düzeltin. </li><li> Cilt örneklerini 25 mL PBS içinde iki kez yıkayınEn az 5 dakika boyunca ( Şekil 1b ). </li><li> Dondurma işlemi sırasında kristalleşmeye neden olan ve cryosectioning sonuçlarını etkileyebilecek aşırı PBS dokusunu dikkatlice boşaltmak için cilt örneklerini kağıt havlu üzerine koyun. NOT: Standart bir sukroz gradyan gerekli değildir. Bununla birlikte, bu ayrıca kullanıcının takdirine bağlı olarak protokole dahil edilebilir. </li><li> Her cilt örneği için saç köklerinin yöneliminin farkında olun. Görsel yardım için diseksiyon mikroskopu kullanın (özellikle ilk kez protokolü uygulayan herkes). Cilt örneğini OCT dolu dondurma ağzına yerleştirin ve forseps kullanarak kırpılmış saç yüzeyine yapışmış hava kabarcıkları çıkartarak cildin tüm alanlarını OCT ile dengeye getirin ( Şekil 2a ve 2b ). </li><li> Cildi, OCT dolgulu bloğun altına iterek alt kısımyla aynı hizada olacak şekilde itin. NOT: Cilt herhangi bir yönde,Saç folikülü tanecikleri uygun kesim prosedürleri için belirtildiği sürece. Bloklar, kriyoterapi için kriyosataya tutturuldukça, cryomolds yeniden yönlendirilir. Bu adım, kriyostat kesiminin sonraki yönlendirmesini belirlediği için saç kökü yönlendirmesini cryomold üzerinde işaretleyin. </li><li> Dondurucu blokları, dokunun yüzüp çıkmasını önlemek için -80 ° C derin dondurucunun metal plakasına aktarın. </li><li> Görülmeyen hava kabarcığı cildin dondurucu yüzeyine yükselmesine neden olabileceğinden, cryomold&#39;un altında cildin yönünü korumak için dondurma işlemini izleyin. NOT: Dondurulmuş dokuya sahip olan krison kapsülleri -80 ° C&#39;de bir yıldan fazla saklanabilir ve ek bölümler için tekrar kullanılabilir. </li></ol></li></ol><img alt="Şekil 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56106/56106fig1.jpg" /> Şekil 1. Fare derisinin hasat edilmesi ve fiksasyonu. </strong&gt; ( A ) Deri dokusu, hayvan kadaverinin dorsomedial bölgesinden hasat edildi. Bu bölgedeki kıl folikülleri eşit aralıklarla hizalanır ve bu nedenle oklarla gösterildiği gibi bölümleme esnasında optimum yönlendirme sağlar. ( B ) Kriyomole uyan uygun bir boyuttaki kareleri kestikten sonra, cilt dokusu 15 dakika% 4 PFA içinde sabitlenmiş ve her biri 5 dakika PBS&#39;de iki kez yıkanmıştır. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56106/56106fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.</a> 2. Kalın Doku Kesitleri <ol><li> Kriyostat üzerine monte edilecek hazırlık ve doku yönlendirmesi. <ol><li> 15 mL PBS ile 100 mm&#39;lik bir kültür çanağı hazırlayın. Kriyostatın üzerinde kolayca erişilebilen bir alana koyun. Buna ek olarak, oyuk başına 2.5 mL PBS ile 12 oyuklu bir plaka hazırlayın; S uzun süreli saklama için örneklere göre etiket4 ° C sıcaklıkta. Bölümleri tutmak için forseps kullanın. </li><li> Kriyostatın sıcaklığını -20 ° C&#39;ye ayarlayın. NOT: Sıcaklık kesitlemeyi etkileyebilir, ancak iyi bir kılavuz -20 ° C&#39;de başlamaktır. </li><li> Yaklaşık iki folikül kalınlığına sahip bölümler elde etmek için kriyostatın kesitlerini 150 μm kalınlığa ayarlayın. NOT: Kesitin kalınlığı, kullanıcının ihtiyaçlarına ve analiz için kullanılacak mikroskop sınırlamalarına bağlı olarak değişebilir. NOT: Örneğin yönü, saç follikülleri ile uygun yönde cilt bölümleri elde etmek için kritiktir. Bu, kriyostat bloğuna düzgün şekilde monte edilerek gerçekleştirilir. Kesit düzleminin saç follikülü yönüne paralel olduğundan emin olun ( Şekil 2c ). Daha önce de belirtildiği gibi, cilt örneğinde kesit düzleminin doğru yönlendirilmesi, elde edilen görüntülerin kalitesini belirlemek için çok önemli bir adımdır.Daha sonraki bir adım. </li></ol></li></ol><img alt="şekil 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56106/56106fig2.jpg" /> Şekil 2. Gömme, kriyoprezervasyon ve kesit alma. ( A ) Siyah oklarla belirtilen cryomold&#39;da saç kökü (HF) yönünün işaretlenmesi, kriyoteksiyon sırasında doğru yönlendirme için önemlidir. ( B ) Kesit düzlemi, saç foliküllerinin tam uzunluğunun bozulmadığı bölümler oluşturmak için kıl folikül yönelimi ile hizalanmalıdır. ( C ) Kesitler, saç kökü yönünde siyah oklarla gösterilen kıl folikülü yönüne göre kesilmiştir. cryomold. ( D ) Kalın doku kesitleri metal forsepslerle toplandı ve ( e ) 1x PBS içeren 100 mm&#39;lik bir kültür çanağına aktarıldı. ( F ) Oda sıcaklığında, PBS OC&#39;yi uzaklaştırır.T. Beyaz oklarla gösterildiği gibi kalın doku kesitlerini çevreleyen bileşik. Bölümler daha sonra PBS&#39;de serbestçe yüzerler. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56106/56106fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.</a> <ol start="2"><li> Cryosectioning. <ol><li> Kriyostatı kullanarak bir kesit kesin. Gömülü deriyi içeren OCT&#39;yi toplamak için forseps kullanın ( Şekil 2d ). NOT: Optimum numune konumlandırması için X, Y ve Z eksenlerinde bağımsız hareket ve ayarlama olanağı sağlayan bir kriyostat kullanın. Bu, ideal hizalı doku kesitlerinin oluşturulmasını sağlar. </li><li> Kriyostatın bölümünü PBS ile dolu 100 mm&#39;lik kültür çanağına aktarın ve bir sonraki dilimle devam edin. Örnekleri bir slaytta toplamayın ( Şekil 2e ). NOT: Oda sıcaklığında, PBS çözülürForseps ile ele alınması kolay deri dilimleri bırakarak ( Şekil 2f ) OCT. NOT: 100 mm kalınlığındaki birçok doku kesitini çözdükten sonra 100 mm&#39;lik kültür çanağında taze PBS gerekli olabilir ve buna göre değiştirilebilir. </li><li> Yüzen cilt bölümlerini 2.5 mL&#39;lik PBS ile dolu 12 çukurlu bir kâğıda doğru şekilde etiketlenmiş kuyuya aktarmak için forseps kullanın ( Şekil 3a , solda). NOT: 4 ° C&#39;de, numuneler en az iki gün boyunca depolanabilir. Kesitten sonra deri içeren OCT bloklarının uzun süre depolanması için, kesme yüzeyini yeni OCT damlacıklarıyla sızdırmaz kılın OCT damlasının dondurulmasından sonra kullanılan OCT bloğunu parafilm içine sarın ve tekrar -80 ° C dondurucuya yerleştirin . </li></ol></li></ol> 3. İmmünofloresan etiketleme. <ol><li> PB tamponunu (% 0.5 yağsız süt tozu,% 0.25 balık cilt jelatin ve% 0.5 Triton X-100 ile takviye edilmiş PBS) leas&#39;ta hazırlayınT 2 saat önce, daha önce tarif edildiği gibi 5 . NOT: Boyama tamponunun tekrar tekrar kullanılması için antikor koruması için PB tamponuna sodyum azid eklenebilir. </li><li> 1.5 mL&#39;lik mikrosantrifüj tüplerine etiketleyin ve tüp başına 500 PB&#39;lik PB tampon ekleyin. Deri dilimlerini PBS&#39;den bloke etmek için PB tamponu içeren ayrı tüplere aktarmak için dikkatle forseps kullanın ( Şekil 3a , sağ). Tüm deri dilimlerinin tamamen suya daldığından emin olun. Mikro santrifüj tüplerini oda sıcaklığında 1 saat süreyle doku bütünlüğünü bozmamak için dakikada 10 osilasyondan daha yüksek olmayan bir hızda bir testere kulakçığı üzerine yerleştirin. NOT: Hızın, testere kulakçığı üzerinde dakika başına 10 salınımı aşmaması kritiktir, çünkü sıkışma meydana getirecektir. <ol><li> Her ne kadar mikrosantrifüj tüpü başına birden fazla dilim eklemek, antikorları kurtarmak mümkün olsa da, tüp başına sadece bir dilim yerleştirin. Antikor kullanımını azaltmak için, bir hacim kullanın250 uL. NOT: Gerekirse, örneğin 96 oyuklu plakalar ile mikro santrifüj tüplerini değiştirin. Bununla birlikte, kalın doku kesitlerinin 1.5 mL&#39;lik mikrosantrifüj tüplerine yerleştirilmesi, sıvı pertürbasyonunun artması nedeniyle dokuda en etkili antikor penetrasyonuna olanak tanır. </li></ol></li><li> Her bir cilt dilimi için ayrı 1.5 mL&#39;lik mikrosantrifüj tüplerini etiketleyin ve 500 uL PB tampon ve uygun birincil antikor miktarı ekleyin. 1 saatlik bloke olduktan sonra cilt dilimlerini, antikorları içeren taze hazırlanmış tüplere aktarın. Dilimleri gece boyunca 4 ° C&#39;de inkübe edin. NOT: Bu örnekte, aşağıdaki primer antikorlar kullanılmıştır: 1: 50&#39;lik bir konsantrasyonda FITC sıçan anti-insan CD49f&#39;si ve 1: 100&#39;lük bir konsantrasyonda keçi anti-fare / sıçan integrin alfa 8. </li><li> Ertesi gün, örnek başına 500 μL PBS içeren iki ayrı 1.5 mL mikrosantrifüj tüpü hazırlayın. Cilt dilimleri oda sıcaklığında 1 saat boyunca iki kez yıkanır.e. </li><li> Uygulanabilir sekonder antikorların ve 4 &#39;, 6-diamidino-2-fenilindolün (DAPI) uygun konsantrasyonu ile 500 uL PB tampon içeren ayrı 1.5 mL mikrosantrifüj tüpleri hazırlayın. NOT: Bu örnekte kullanılan sekonder antikorlar Alexa Fluor 488 eşek anti-sıçan IgG ve Alexa Fluor 555 eşek anti-keçi IgG&#39;dir ve 1: 500&#39;lük bir konsantrasyonda bulunur. DAPI, 1: 100 konsantrasyonda kullanıldı. </li><li> Cilt örneklerini, ikincil antikor ve DAPI içeren PB tamponuna dikkatlice aktarın ve cilt dilimleri oda sıcaklığında 1 saat boyunca düşük bir hızda rotator veya çalkalayıcıda inkübe edin. </li><li> Dilimleri 4 ° C&#39;de ikincil antikor ve DAPI içeren PB tamponuna dört güne kadar saklayın ve sodyum azid PBS&#39;ye ilave edilirse muhtemelen daha uzun süre saklayın. </li></ol><img alt="Şekil 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56106/56106fig3.jpg" /> Şekil 3. İmmunofluoreskopEtiketleme ve montaj. ( A ) Yüzen doku kesitleri 12 yuvalı plakalarda en az iki gün boyunca 4 ° C&#39;de saklanabilir. İmmünoflöresan (IF) etiketlemeden önce, ilgilenilen doku kesitlerini, okla gösterildiği gibi bloke etmek için PB tamponu içeren 1.5 mL&#39;lik mikrosantrifüj tüplerine aktarın. IF etiketi için, 3. adımda ayrıntılı olarak hazırlanan çok adımlı işleme dikkat edin. Basamak 3&#39;ün bir kısmı, ok 2 ile gösterilen birincil antikor çözeltisi, ikincil antikor çözeltisi veya yıkama tamponu içeren yeni hazırlanmış mikrosantrifüj tüplerine doku kesitlerinin dikkatle aktarılmasını gerektirir. ( B ) IF etiketi sonrasında, doku çapraz kesitleri, Kesit mikroskop yardımı ile gliserol damlasında çözülür ve düzleştirilir. ( C ) Doku kesiti, bir kapak kaymasının tabanına tamamen düzleştirildiğinde, bölümün monte edilmesi için düzenli bir mikroskop lamı kullanılır. <aHref = &quot;http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56106/56106fig3large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot;&gt; Bu figürde daha büyük bir versiyon görmek için lütfen tıklayınız. 4. Mikroskopik Görselleştirme için Montaj <ol><li> Görüntülemeden önce, cilt dilimlerini, ikincil antikorları ve DAPI&#39;yı uzaklaştırmak için 500 μL PBS içeren ayrı mikrosantrifüj tüplerine aktarın. </li><li> 1000 μL&#39;lik bir pipet kullanın, ancak son derece yapışkan gliserolün uygun pipetlenmesini sağlamak için pipet ucunun ilk 0,5 cm&#39;ini kesin. Bir diseksiyon mikroskop ( Şekil 3b ) altında koyu bir arka plan üzerine bir 22 x 50 mm lamel yerleştirin. </li><li> Kaplama kağıdına bir damla% 100 gliserol ekleyin ( Şekil 3b ). Cilt dilimini mikrosantrifüj tüpünden gliserol damla üzerine aktarın. Düzeltici mikroskopu kullanın ve kıvrılmış olan cilt dilimlerini özenle çözmek için forsepsleri işaretleyin. NOT: Dilim glifte yüzerkenSerum damlacıklarında dokunun doğal görünümünü normal şekline geri döndürerek dengelenebilir. Dilimin doğal olmayan düzleştirmesini zorlamayın çünkü bu dokuya zarar verebilir. </li><li> Deri bölümünün tüm uzunluğu kapak kayma düzeneğine uygun şekilde yönlendirilip düzleştirildiğinde dokuyu monte edin; Düzenli bir mikroskop slayt kullanın. Bu adım cilt dilimini daha da düzleştirir. NOT: Hava sızıntısından kaçının ( Şekil 3c ). </li><li> Önümüzdeki iki gün içinde gliserole monte cilt bölgelerindeki görüntüsünü alın. NOT: Uzun süreli saklama doku ve görüntüleme kalitesini olumsuz etkileyecektir. Bu örnekte, tüm görüntüler 20x&#39;lik bir objektif kullanılarak dik bir konfokal mikroskop kullanılarak elde edildi. </li></ol>

<ol>
	<li>Plikus, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyclic+dermal+BMP+signalling+regulates+stem+cell+activation+during+hair+regeneration.">Cyclic dermal BMP signalling regulates stem cell activation during hair regeneration.</a> Nature. 451 (7176), 340-344 (2008).</li><li>Zhang, Y. V., Cheong, J., Ciapurin, N., McDermitt, D. J., Tumbar, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+self-renewal+and+differentiation+phases+in+the+niche+of+infrequently+dividing+hair+follicle+stem+cells.">Distinct self-renewal and differentiation phases in the niche of infrequently dividing hair follicle stem cells.</a> Cell Stem Cell. 5 (3), 267-278 (2009).</li><li>Jensen, U. B., Lowell, S., Watt, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+spatial+relationship+between+stem+cells+and+their+progeny+in+the+basal+layer+of+human+epidermis:+a+new+view+based+on+whole-mount+labelling+and+lineage+analysis.">The spatial relationship between stem cells and their progeny in the basal layer of human epidermis: a new view based on whole-mount labelling and lineage analysis.</a> Development. 126 (11), 2409-2418 (1999).</li><li>Braun, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Manipulation+of+stem+cell+proliferation+and+lineage+commitment:+visualisation+of+label-retaining+cells+in+wholemounts+of+mouse+epidermis.">Manipulation of stem cell proliferation and lineage commitment: visualisation of label-retaining cells in wholemounts of mouse epidermis.</a> Development. 130 (21), 5241-5255 (2003).</li><li>Driskell, R. R., Giangreco, A., Jensen, K. B., Mulder, K. W., Watt, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sox2-positive+dermal+papilla+cells+specify+hair+follicle+type+in+mammalian+epidermis.">Sox2-positive dermal papilla cells specify hair follicle type in mammalian epidermis.</a> Development. 136 (16), 2815-2823 (2009).</li><li>Niculescu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conditional+ablation+of+integrin+alpha-6+in+mouse+epidermis+leads+to+skin+fragility+and+inflammation.">Conditional ablation of integrin alpha-6 in mouse epidermis leads to skin fragility and inflammation.</a> Eur J Cell Biol. 90 (2-3), 270-277 (2011).</li><li>Fujiwara, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+basement+membrane+of+hair+follicle+stem+cells+is+a+muscle+cell+niche.">The basement membrane of hair follicle stem cells is a muscle cell niche.</a> Cell. 144 (4), 577-589 (2011).</li><li>Desciak, E. B., Maloney, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artifacts+in+frozen+section+preparation.">Artifacts in frozen section preparation.</a> Dermatol Surg. 26 (5), 500-504 (2000).</li><li>Driskell, R., Jahoda, C. A., Chuong, C. M., Watt, F., Horsley, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+dermal+adipose+tissue.">Defining dermal adipose tissue.</a> Exp Dermatol. 23 (9), 629-631 (2014).</li><li>Driskell, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+fibroblast+lineages+determine+dermal+architecture+in+skin+development+and+repair.">Distinct fibroblast lineages determine dermal architecture in skin development and repair.</a> Nature. 504 (7479), 277-281 (2013).</li><li>Snippert, H. J., Schepers, A. G., Delconte, G., Siersema, P. D., Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide+preparation+for+single-cell-resolution+imaging+of+fluorescent+proteins+in+their+three-dimensional+near-native+environment.">Slide preparation for single-cell-resolution imaging of fluorescent proteins in their three-dimensional near-native environment.</a> Nat Protoc. 6 (8), 1221-1228 (2011).</li><li>Sada, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+cellular+lineage+hierarchy+in+the+interfollicular+epidermis+of+adult+skin.">Defining the cellular lineage hierarchy in the interfollicular epidermis of adult skin.</a> Nat Cell Biol. 18 (6), 619-631 (2016).</li><li>Chung, K., Deisseroth, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLARITY+for+mapping+the+nervous+system.">CLARITY for mapping the nervous system.</a> Nat Methods. 10 (6), 508-513 (2013).</li><li>Tetteh, P. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replacement+of+Lost+Lgr5-Positive+Stem+Cells+through+Plasticity+of+Their+Enterocyte-Lineage+Daughters.">Replacement of Lost Lgr5-Positive Stem Cells through Plasticity of Their Enterocyte-Lineage Daughters.</a> Cell Stem Cell. 18 (2), 203-213 (2016).</li></ol>

Yazarlar, bu yazının yayınlanmasının Thermo-Fisher Scientific Inc. tarafından finanse edildiğini açıklamak istiyorlar.

Here, we present the "horizontal whole mount" technique, which has several advantages over classical frozen sections. One advantage of our technique is that it can easily be performed with standard histology equipment and a confocal microscope. Second, the tissue integrity is preserved in a superior manner when compared to standard cryosections. For example, adipocytes within the hypodermal layer (i.e., dermal white adipocytes (DWAT))9 are severely disrupted in standard cryosections, which makes studying tissues that are adipose-laden impossible. Our technique allows for the full analysis of the adipocytes in this layer and may be adapted to other tissues with high adipocyte contents. Furthermore, this allows for the improved detection of mesenchymal cells in lineage-tracing studies 2,10. 
Standard cryosections, by their very nature, can never reveal the true 3D aspects of a tissue through confocal microscopy. This means that thicker sections are advantageous in the analysis of skin, since hair follicles, as well as their substructures, can traverse a depth that exceeds the standard thickness of 10 &#181;m used in classical crysosections. We are intrigued that other tissues, such as the intestine and brain, for example, possess similar challenges with regard to viewing the tissue as a 3D structure2,7,11,12,13. Intriguingly, our technique has already been shown to be beneficial for use in certain applications in the intestines14. We believe that our horizontal whole-mount protocol has the potential be applied to any other tissue requiring 3D analysis.

Mikroskobik görüntüleme ekipmanının devrimi sofistike, yüksek çözünürlüklü görüntüleme aletleri sağlar. Bununla birlikte, komple bir üç boyutlu (3D) doku kesitinin mikroskobik bir görüntüsünü elde ederken, numune hazırlama önemli zorluklar sunar ve görüntü kalitesini tanımlamada sınırlayıcı faktör olabilir. Her ayrı adım, doku morfolojisini ve hedef proteinlerin antijenikliğini korumak, işleme neden olan eserleri en aza indirgemek ve nihai görüntü kalitesini en üst düzeye çıkarmak için dikkatle düşünmeyi hak ediyor. Örneğin, cildin geleneksel analizi, kök hücre bölmesinin cilt homeostazına katkılarını anatomik olarak analiz etmeye olanak tanıyan saç folikülleri düzgün şekilde yönlendirilmiş epidermis ve dermis manzaralı bir görüntü gerektirir 1 , 2 . Bu, cildin gömülü ve kesit üzerine nasıl yoğunlaşıldığını gerektirir. Önemlisi, saç follikülleri daha kalın olabilirStandart parafin veya dondurulmuş kesit kalınlığını büyük ölçüde aşan 100 μm&#39;den daha büyüktür ve tüm montaj parçaları veya kalın kesitler 3 , 4 , 5&#39;e kıyasla daha düşük bir analiz standardı sağlar. Birlikte ele alındığında, mikroskopik analiz için numune hazırlamanın her bir adımı, görüntü analizini etkileyen kritik bir belirleyicidir. Burada, &quot;yatay bütün montaj&quot; olarak adlandırdığımız kalın, 3D doku kesit analizi için yeni bir işleme protokolü sunuldu. Protokol, antijenikliği oldukça korur ve standart konfokal görüntüleme ekipmanı kullanarak cildin kalın bölümlerinin tam olarak kullanılmasını sağlar. Bu, doku hasadı ve paraformaldehit (PFA) ile desteklenmiş kriyoprezervasyon (1. adım), bir kriyostatla 100 μm kalınlıkta doku kesitlerinin oluşturulması da dahil olmak üzere kalın doku kesiti işleme ve görüntüleme için cildi kullanmanın tam bir rehberidir (basamak 2) Ve immünofloresan etiketleme ve montaj (adım 3 ve 4). Temsilci sonuçlar, bu protokolün potansiyel kullanıcısı için &quot;yatay tüm montajların&quot; avantajlarını vurgulayan iki farklı histolojik hazırlama tekniğinin (klasik cryosectioning ve kalın, 3D doku kesit kesitleri) konfokal görüntülerini karşılaştırır.

<table><tbody><tr><td>PBS</td><td></td><td></td><td>homemade</td></tr><tr><td>Gelatin, from cold water fish skin</td><td>Sigma</td><td>G7765</td><td>250ML</td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>BDH Laboratory Supplies</td><td>444482V</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. compound</td><td>VWR chemicals</td><td>361603E</td><td></td></tr><tr><td>Peel-A-Way embedding molds</td><td>Sigma</td><td>E6032-1CS</td><td>Square S-22</td></tr><tr><td>Non-Fat Powdered Milk</td><td>Bio Basic Inc.</td><td>NB0669</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma</td><td>T9284</td><td>500ML</td></tr><tr><td>4&amp;prime;,6-Diamidino-2-phenylindole, dilactate (DAPI)</td><td>Invitrogen</td><td>D3571</td><td></td></tr><tr><td>FITC Rat Anti-Human CD49f</td><td>BD Pharmingen</td><td>555735</td><td></td></tr><tr><td>Mouse/Rat Integrin alpha 8 Antibody</td><td>R&amp;amp;D Systems</td><td>AF4076</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 488 donkey anti-rat IgG</td><td>Life Technologies</td><td>A21208</td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 555 donkey anti-goat IgG</td><td>Life Technologies</td><td>A21432</td><td></td></tr><tr><td>CryoStar NX70</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>100mm Culture dishes</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Disposable scalpels</td><td>Swann-Morton</td><td>Ref 0501</td><td></td></tr><tr><td>pointed metal forceps</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1.5 ml microcentrifuge tubes</td><td>VWR</td><td>211-2130</td><td></td></tr><tr><td>12 Well plates</td><td>Sigma</td><td>CLS3513</td><td></td></tr><tr><td>Dissecting microscope</td><td>Nikon</td><td></td><td></td></tr><tr><td>20 ul and 1000 ul Pipette</td><td>Gilson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1000&amp;micro;l XL Graduated TipOne Filter Tip (Sterile)</td><td>Star Lab</td><td>S1122-1830</td><td></td></tr><tr><td>20&amp;micro;l Bevelled TipOne Filter Tip (Sterile)</td><td>Star Lab</td><td>S1120-1810</td><td></td></tr><tr><td>Rocking shaker plate</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microscope slides, menzel Glaeser</td><td>Thermos Scientific</td><td>631-9483</td><td>Superfrost Plus</td></tr><tr><td>Cover Glasses, Menzel Glaeser</td><td>Thermos Scientific</td><td>MENZBB024060AB</td><td>24 x 60 mm</td></tr><tr><td>Confocal microscope</td><td>Nikon</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

horizontal whole mount: a novel processing and imaging protocol for thick, three-dimensional tissue cross-sections of skin

Bilimsel bir argümanı destekleyen mikroskopik bir görüntü oluşturmak için bir ilgi dokusu işleme zorlu olabilir. Yüksek kaliteli mikroskobik görüntülerin elde edilmesi tamamen mikroskop kalitesine değil aynı zamanda çoklu kritik eylem veya basamakları içeren doku işleme yöntemlerine de bağlıdır. Dahası, derideki ve diğer dokulardaki mezenkimal hücre türleri, doku hazırlama ve görüntüleme için yeni bir mücadeleyi temsil eder. Burada, doku hasatından mikroskobiye kadar eksiksiz bir süreç sunuyoruz. &quot;Yatay tüm montaj&quot; olarak adlandırılan tekniğimiz, acemilerin hızlı bir şekilde yetkinleşebildikleri ve bir kriyostatla kesilen 60-300 μm kalınlıktaki kesitlerde antijenlerin korunması ve algılanmasına izin veren tekniğidir. Bu kalınlığın kesitleri, üç boyutlu bir çevrede doku mikro mimarisinin gelişmiş görselleştirilmesini sağlar. Buna ek olarak, protokol, mezenkimal hücreleri, görüntü kalitesini arttıran bir şekilde korur.Standart kriyostat veya parafin kesitlerine kıyasla azaltılır, böylece immün boyamanın etkililiği ve güvenilirliği artar. Bu protokolün deri ve muhtemelen diğer doku ve organları görselleştiren tüm laboratuvarlara fayda sağlayacağına inanıyoruz.

Tekniğimizin avantajlarını vurgulamak için, kalın, 3D doku kesit tekniğini &quot;yatay tüm montaj&quot;, klasik dondurulmuş kesitlerle karşılaştırdık. Klasik dondurulmuş kesitler daha önce tarif edildiği gibi kesildi 5 . Te mikroskobik görüntüleri epidermis için görsel bir yapı temin etmek için, temel bazal membran 6 epidermal hücreleri bağlayan bir bileşeni olan alfa-6 (Itga6), integrin immunohistokimyasal. Ayrıca piloerection (ayrıca &quot;goosebumps&quot; olarak da bilinir) sorumlu arrector pili kas (APM), integrin alfa-8 7 ile etiketlendi. Klasik dondurulmuş kesitlerde, Itga6 ile görülen çoğu saç follikülü, tüm uzunluk boyunca kesitlendirilmedi ve kesit başına tam olarak eksik kıl follikülleri üretildi ( Şekil 4a- 4d) </strong&gt;). Kalın doku kesitleri, geleneksel 10 um kesitlere kıyasla daha Z-yığın katmanları elde etmeyi mümkün kılar ve daha eksiksiz bir 3D görüntüsünü sağlar. Bu, saç follikülleri ve üzerinde bulunan bazal membran ile bağlantılı olan APM&#39;lerin bütünlüğünü incelerken daha belirgindir. Klasik kriyoteksiyonlarda APM&#39;lerin büyük kısmı kesir ( Şekil 4a- 4d ). Ek olarak, hipodermal bölmenin doku bütünlüğü, dondurma bölmeleri, iyi bilinen bir dondurarak eriten eser olan ılık cam slaytlara tutturulduğunda adipositlerin tahrip edilmesine kıyasla yatay tüm montajlarda korunur ( Şekil 4a -b , hipodermal Bölgeler) 8 . <img alt="Şekil 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56106/56106fig4.jpg" /> Şekil 4. Yatay bütün mouNt, klasik bir kriyoseksiyonla karşılaştırılmıştır. ( A ) Klasik olarak elde edilen 10 μm kalınlığındaki deri cryosections ve ( b ) 100 μm kalınlıkta 3D doku kesitleri, epidermal bölmeyi ve arrektör pili kaslarını görselleştirmek için integrin alfa-6 (Itga6) ve integrin alfa-8 (Itga8) ile etiketlendi , sırasıyla. Kalın doku kesitlerinin görüntüleri büyük bir Z istifinin maksimum projeksiyonları olarak gösterilir. Beyaz çerçeveler, ( c ) klasik ve ( d ) yatay tüm montaj bölümlerinde görüntülenen, büyütülen alanları göstermektedir. ( E ) Sağlam kıl follikülleri ve ( f ) bozulmamış arrector pilori kasları hem klasik hem de yatay tüm montaj bölümlerinde nicelendirildi. Ölçek çubukları 100 μm&#39;yu gösterir. Veriler, Ortalama ± Ortalama Ortalama Hata Ortalaması (SEM) olarak gösterilir. Biyolojik çoğaltım başına bir bölüm ( n = 3) nicelendirildi. Eşlenmemiş t-testi * P &lt;0.05, *** P &lt;0.0005. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56106/56106fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin at JoVE.com

Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin

Yatay Dağ Dağı: Derinin kalın, üç boyutlu doku kesitleri için yeni bir İşleme ve Görüntüleme Protokolü

Bu çalışma, konfokal görüntüleme yöntemlerinin tam olarak kullanılmasını sağlayan kalın, üç boyutlu doku kesiti analizi için yeni bir işleme ve görüntüleme protokolü sunmaktadır. Bu protokol antijenliği korur ve cilt histolojisini ve potansiyel olarak diğer doku tiplerini analiz etmek için sağlam bir sistemi temsil eder.

Processing a tissue of interest to generate a microscopic image that supports a scientific argument can be challenging. The acquisition of high-quality ...

horizontal-whole-mount-novel-processing-imaging-protocol-for-thick

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

15.0K Görüntüleme.  King's College London.  Bu çalışma, konfokal görüntüleme yöntemlerinin tam olarak kullanılmasını sağlayan kalın, üç boyutlu doku kesiti analizi için yeni bir işleme ve görüntüleme protokolü sunmaktadır. Bu protokol antijenliği korur ve cilt histolojisini ve potansiyel olarak diğer doku tiplerini analiz etmek için sağlam bir sistemi temsil eder. 

Video: Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin

High-resolution Episcopic Microscopy (HREM) - Simple and Robust Protocols for Processing and Visualizing Organic Materials

We provide simple protocols for generating digital volume data with the high-resolution episcopic microscopy (HREM) method. HREM is capable of imaging organic materials with volumes up to 5 x 5 x 7 mm3 in typical numeric resolutions between 1 x 1 x 1 and 5 x 5 x 5 &#181;m3. Specimens are embedded in methacrylate resin and sectioned on a microtome. After each section an image of the block surface is captured with a digital video camera that sits on the phototube connected to the compound microscope head. The optical axis passes through a green fluorescent protein (GFP) filter cube and is aligned with a position, at which the bock holder arm comes to rest after each section. In this way, a series of inherently aligned digital images, displaying subsequent block surfaces are produced. Loading such an image series in three-dimensional (3D) visualization software facilitates the immediate conversion to digital volume data, which permit virtual sectioning in various orthogonal and oblique planes and the creation of volume and surface rendered computer models. We present three simple, tissue specific protocols for processing various groups of organic specimens, including mouse, chick, quail, frog and zebra fish embryos, human biopsy material, uncoated paper and skin replacement material.

High-resolution Episcopic Microscopy HREM - Simple and Robust Protocols for Processing and Visualizing Organic Materials

We provide simple and robust protocols for processing biopsy material of various species, embryos of biomedical model organisms and samples of other organic tissues in order to permit digital volume data generation with the high-resolution episcopic microscopy method.

Yüksek Çözünürlüklü Episkopik Mikroskopi (HREM) - Organik Malzemelerin İşlenmesi ve Görselleştirilmesi için Basit ve Sağlam Protokoller

We provide simple protocols for generating digital volume data with the high-resolution episcopic microscopy (HREM) method. HREM is capable of imaging ...

Gelişim Biyolojisi

Three-dimensional Imaging of Nociceptive Intraepidermal Nerve Fibers in Human Skin Biopsies

A punch biopsy of the skin is commonly used to quantify intraepidermal nerve fiber densities (IENFD) for the diagnosis of peripheral polyneuropathy 1,2. At present, it is common practice to collect 3 mm skin biopsies from the distal leg (DL) and the proximal thigh (PT) for the evaluation of length-dependent polyneuropathies 3. However, due to the multidirectional nature of IENFs, it is challenging to examine overlapping nerve structures through the analysis of two-dimensional (2D) imaging. Alternatively, three-dimensional (3D) imaging could provide a better solution for this dilemma.
In the current report, we present methods for applying 3D imaging to study painful neuropathy (PN). In order to identify IENFs, skin samples are processed for immunofluorescent analysis of protein gene product 9.5 (PGP), a pan neuronal marker. At present, it is standard practice to diagnose small fiber neuropathies using IENFD determined by PGP immunohistochemistry using brightfield microscopy 4. In the current study, we applied double immunofluorescent analysis to identify total IENFD, using PGP, and nociceptive IENF, through the use of antibodies that recognize tropomyosin-receptor-kinase A (Trk A), the high affinity receptor for nerve growth factor 5. The advantages of co-staining IENF with PGP and Trk A antibodies benefits the study of PN by clearly staining PGP-positive, nociceptive fibers. These fluorescent signals can be quantified to determine nociceptive IENFD and morphological changes of IENF associated with PN. The fluorescent images are acquired by confocal microscopy and processed for 3D analysis. 3D-imaging provides rotational abilities to further analyze morphological changes associated with PN. Taken together, fluorescent co-staining, confocal imaging, and 3D analysis clearly benefit the study of PN.

In order to study the changes of nociceptive intraepidermal nerve fibers (IENFs) in painful neuropathies (PN), we developed protocols that could directly examine three-dimensional morphological changes observed in nociceptive IENFs. Three-dimensional analysis of IENFs has the potential to evaluate the morphological changes of IENF in PN.

İnsan Cilt Biyopsiler içinde Nosiseptif İntraepidermal Sinir Elyaf üç boyutlu görüntüleme

A punch biopsy of the skin is commonly used to quantify intraepidermal nerve fiber densities (IENFD) for the diagnosis of peripheral polyneuropathy 1,2. ...

Tıp

Whole-mount Confocal Microscopy for Adult Ear Skin: A Model System to Study Neuro-vascular Branching Morphogenesis and Immune Cell Distribution

Here, we present a protocol of a whole-mount adult ear skin imaging technique to study comprehensive three-dimensional neuro-vascular branching morphogenesis and patterning, as well as immune cell distribution at a cellular level. The analysis of peripheral nerve and blood vessel anatomical structures in adult tissues provides some insights into the understanding of functional neuro-vascular wiring and neuro-vascular degeneration in pathological conditions such as wound healing. As a highly informative model system, we have focused our studies on adult ear skin, which is readily accessible for dissection. Our simple and reproducible protocol provides an accurate depiction of the cellular components in the entire skin, such as peripheral nerves (sensory axons, sympathetic axons, and Schwann cells), blood vessels (endothelial cells and vascular smooth muscle cells), and inflammatory cells. We believe this protocol will pave the way to investigate morphological abnormalities in peripheral nerves and blood vessels as well as the inflammation in the adult ear skin under different pathological conditions.

Here, we describe a high resolution whole-mount imaging method in the entire adult mouse ear skin, which enables us to visualize branching morphogenesis and patterning of peripheral nerves and blood vessels, as well as immune cell distribution.

Bütün-Confocal mikroskobu yetişkin kulak cilt için mount: nöro-vasküler dallanma morfogenez ve bağışıklık hücre dağıtım modeli sistemi

Here, we present a protocol of a whole-mount adult ear skin imaging technique to study comprehensive three-dimensional neuro-vascular branching ...

Flat Mount Imaging of Mouse Skin and Its Application to the Analysis of Hair Follicle Patterning and Sensory Axon Morphology

Skin is a highly heterogeneous tissue. Intra-dermal structures include hair follicles, arrector pili muscles, epidermal specializations (such as Merkel cell clusters), sebaceous glands, nerves and nerve endings, and capillaries. The spatial arrangement of these structures is tightly controlled on a microscopic scale - as seen, for example, in the orderly arrangement of cell types within a single hair follicle - and on a macroscopic scale - as seen by the nearly identical orientations of thousands of hair follicles within a local region of skin. Visualizing these structures without physically sectioning the skin is possible because of the 2-dimensional geometry of this organ. In this protocol, we show that mouse skin can be dissected, fixed, permeabilized, stained, and clarified as an intact two dimensional object, a flat mount. The protocol allows for easy visualization of skin structures in their entirety through the full thickness of large areas of skin by optical sectioning and reconstruction. Images of these structures can also be integrated with information about position and orientation relative to the body axes.

Mammalian skin contains a diverse array of structures - such as hair follicles and nerve endings - that exhibit distinctive patterns of spatial organization. Analyzing skin as a flat mount takes advantage of the 2-dimensional geometry of this tissue to produce full-thickness high-resolution images of skin structures.

Fare Cilt ve Saç Folikül Desenlendirme ve Duyusal Akson Morfoloji Analizi Uygulanması Düz ​​Görüntüleme Dağı

Skin is a highly heterogeneous tissue. Intra-dermal structures include hair follicles, arrector pili muscles, epidermal specializations (such as Merkel ...

Nörobilim

3D Whole-heart Myocardial Tissue Analysis

Cardiac regenerative therapies aim to protect and repair the injured heart in patients with ischemic heart disease. By injecting stem cells or other biologicals that enhance angio- or vasculogenesis into the infarct border zone (IBZ), tissue perfusion is improved, and the myocardium can be protected from further damage. For maximum therapeutic effect, it is hypothesized that the regenerative substance is best delivered to the IBZ. This requires accurate injections and has led to the development of new injection techniques. To validate these new techniques, we have designed a validation protocol based on myocardial tissue analysis. This protocol includes whole-heart myocardial tissue processing that enables detailed two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) analysis of the cardiac anatomy and intramyocardial injections. In a pig, myocardial infarction was created by a 90-min occlusion of the left anterior descending coronary artery. Four weeks later, a mixture of a hydrogel with superparamagnetic iron oxide particles (SPIOs) and fluorescent beads was injected in the IBZ using a minimally-invasive endocardial approach. 1 h after the injection procedure, the pig was euthanized, and the heart was excised and embedded in agarose (agar). After the solidification of the agar, magnetic resonance imaging (MRI), slicing of the heart, and fluorescence imaging were performed. After image post-processing, 3D analysis was performed to assess the IBZ targeting accuracy. This protocol provides a structured and reproducible method for the assessment of the targeting accuracy of intramyocardial injections into the IBZ. The protocol can be easily used when the processing of scar tissue and/or validation of the injection accuracy of the whole heart is desired.

This protocol describes a novel method for the 3D comparison of whole-heart myocardial tissue with MRI. This is designed for the accurate assessment of intramyocardial injections in the infarct border zone of a chronic porcine model of myocardial infarction.

3D Tüm kalp Miyokard Doku Analizi

Cardiac regenerative therapies aim to protect and repair the injured heart in patients with ischemic heart disease. By injecting stem cells or other ...

Generation of Self-assembled Vascularized Human Skin Equivalents

Human skin equivalents (HSEs) are tissue engineered constructs that model epidermal and dermal components of human skin. These models have been used to study skin development, wound healing, and grafting techniques. Many HSEs continue to lack vasculature and are additionally analyzed through post-culture histological sectioning which limits volumetric assessment of the structure. Presented here is a straightforward protocol utilizing accessible materials to generate vascularized human skin equivalents (VHSE); further described are volumetric imaging and quantification techniques of these constructs. Briefly, VHSEs are constructed in 12 well culture inserts in which dermal and epidermal cells are seeded into rat tail collagen type I gel. The dermal compartment is made up of fibroblast and endothelial cells dispersed throughout collagen gel. The epidermal compartment is made up of keratinocytes (skin epithelial cells) that differentiate at the air-liquid interface. Importantly, these methods are customizable based on needs of the researcher, with results demonstrating VHSE generation with two different fibroblast cell types: human dermal fibroblasts (hDF) and human lung fibroblasts (IMR90s). VHSEs were developed, imaged through confocal microscopy, and volumetrically analyzed using computational software at 4- and 8-week timepoints. An optimized process to fix, stain, image, and clear VHSEs for volumetric examination is described. This comprehensive model, imaging, and analysis techniques are readily customizable to the specific research needs of individual labs with or without prior HSE experience.

The goal of this protocol is to describe the generation and volumetric analysis of vascularized human skin equivalents using accessible and simple techniques for long term culture. To the extent possible, the rationale for steps is described to allow researchers the ability to customize based on their research needs.

Kendi Kendine Monte Edilmiş Vaskülerleştirilmiş İnsan Derisi Eşdeğerlerinin Üretimi

Human skin equivalents (HSEs) are tissue engineered constructs that model epidermal and dermal components of human skin. These models have been used to ...

Biyomühendislik

Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands

Histology volume reconstruction facilitates the study of 3D shape and volume change of an organ at the level of macrostructures made up of cells. It can also be used to investigate and validate novel techniques and algorithms in volumetric medical imaging and therapies. Creating 3D high-resolution atlases of different organs1,2,3 is another application of histology volume reconstruction. This provides a resource for investigating tissue structures and the spatial relationship between various cellular features. We present an image registration approach for histology volume reconstruction, which uses a set of optical blockface images. The reconstructed histology volume represents a reliable shape of the processed specimen with no propagated post-processing registration error. The Hematoxylin and Eosin (H&#38;E) stained sections of two mouse mammary glands were registered to their corresponding blockface images using boundary points extracted from the edges of the specimen in histology and blockface images. The accuracy of the registration was visually evaluated. The alignment of the macrostructures of the mammary glands was also visually assessed at high resolution.
This study delineates the different steps of this image registration pipeline, ranging from excision of the mammary gland through to 3D histology volume reconstruction. While 2D histology images reveal the structural differences between pairs of sections, 3D histology volume provides the ability to visualize the differences in shape and volume of the mammary glands.

We present an image registration approach for 3-dimensional (3D) histology volume reconstruction, which facilitates the study of the changes of an organ at the level of macrostructures made up of cells . Using this approach, we studied the 3D changes between wild-type and Igfbp7-null mammary glands.

3-Boyutlu Histoloji hacmi ve Fare meme bezlerinin Eğitim için onun Uygulama İmar

Histology volume reconstruction facilitates the study of 3D shape and volume change of an organ at the level of macrostructures made up of cells. It can ...

Biyoloji

Floresan Reporter miktar tayini ile tüm organ patojen takibi

High&#45;Resolution Three&#45;Dimensional Whole&#45;Organ Tomography of Microbial Infections

Most infections take place within three-dimensional host tissues with intricate anatomy and locally varying host physiology. The positioning of pathogen cells within this diverse environment significantly affects their stress levels, responses, fate, and contribution to the overall progression of the disease and treatment failure. However, due to the technical difficulties in locating &#181;m-sized pathogen cells within cm-sized host organs, this area of research has been relatively unexplored. Here, we present a method for addressing this challenge. We employ serial two-photon tomography and AI-enhanced image analysis to locate individual Salmonella cells throughout the entire spleen, liver lobes, and whole lymph nodes of infected mice. Using fluorescent reporters and in vivo antibody administration, the replication rate of single Salmonella cells, their local interaction with specific immune cells, and bacterial responses to antibiotics can be determined. These methodologies open avenues for a comprehensive examination of infections, their prevention, and treatment within the three-dimensional tissue context.

Yazar Spotlight: Dokularda Antibiyotiklere ve Bağışıklık Sistemine Bakteriyel Tepkilerin Çözülmesi

Here, we describe a procedure that enables organ-wide detection of pathogenic bacteria during infection and quantification of fluorescent reporter activities.

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Most infections take place within three-dimensional host tissues with intricate anatomy and locally varying host physiology. The positioning of pathogen ...

Yatay Dağ Dağı: Derinin kalın, üç boyutlu doku kesitleri için yeni bir İşleme ve Görüntüleme Protokolü

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Yüksek Çözünürlüklü Episkopik Mikroskopi (HREM) - Organik Malzemelerin İşlenmesi ve Görselleştirilmesi için Basit ve Sağlam Protokoller

İnsan Cilt Biyopsiler içinde Nosiseptif İntraepidermal Sinir Elyaf üç boyutlu görüntüleme

Bütün-Confocal mikroskobu yetişkin kulak cilt için mount: nöro-vasküler dallanma morfogenez ve bağışıklık hücre dağıtım modeli sistemi

Fare Cilt ve Saç Folikül Desenlendirme ve Duyusal Akson Morfoloji Analizi Uygulanması Düz Görüntüleme Dağı

3D Tüm kalp Miyokard Doku Analizi

Kendi Kendine Monte Edilmiş Vaskülerleştirilmiş İnsan Derisi Eşdeğerlerinin Üretimi

3-Boyutlu Histoloji hacmi ve Fare meme bezlerinin Eğitim için onun Uygulama İmar

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Yatay Dağ Dağı: Derinin kalın, üç boyutlu doku kesitleri için yeni bir İşleme ve Görüntüleme Protokolü

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Yüksek Çözünürlüklü Episkopik Mikroskopi (HREM) - Organik Malzemelerin İşlenmesi ve Görselleştirilmesi için Basit ve Sağlam Protokoller

İnsan Cilt Biyopsiler içinde Nosiseptif İntraepidermal Sinir Elyaf üç boyutlu görüntüleme

Bütün-Confocal mikroskobu yetişkin kulak cilt için mount: nöro-vasküler dallanma morfogenez ve bağışıklık hücre dağıtım modeli sistemi

Fare Cilt ve Saç Folikül Desenlendirme ve Duyusal Akson Morfoloji Analizi Uygulanması Düz ​​Görüntüleme Dağı

3D Tüm kalp Miyokard Doku Analizi

Kendi Kendine Monte Edilmiş Vaskülerleştirilmiş İnsan Derisi Eşdeğerlerinin Üretimi

3-Boyutlu Histoloji hacmi ve Fare meme bezlerinin Eğitim için onun Uygulama İmar

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Mikrobiyal enfeksiyonların yüksek çözünürlüklü üç boyutlu tüm organ tomografisi

Fare Cilt ve Saç Folikül Desenlendirme ve Duyusal Akson Morfoloji Analizi Uygulanması Düz Görüntüleme Dağı