Yazarlar değerli yardım için Dr Jumpei Morimoto ve Dr Todd Doran teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma enstitünün (No1-YG-00242) bir sözleşme ile desteklenmiştir.

1.. Split-ve-havuz Synthesis Temelleri Etkili bir katı faz üzerinde bileşiklerin büyük bir sayı üretmek için, iki-ve-pool sentez genellikle genel bir strateji olarak kullanılır. Şekil 4&#39;te gösterildiği gibi, TentaGel boncuk üç porsiyon halinde birinci bölünmüş bulunmaktadır. Her bölüm, boncuklar üzerinde ilk tortu üreten, farklı bir tepkin madde ile reaksiyona sokulur. Birinci reaksiyon sonra, tüm üç bölümlerini, bir araya toplanmış karıştırılmış ve daha sonra üç kısım halinde tekrar bölünür. Her bölüm bir daha boncuklar üzerinde ikinci bir tortu üreten, farklı bir tepkin maddesi ile reaksiyona girer. Iki bölünmüş ve-havuz adımlardan sonra, dokuz bileşikler oluşturulur. Alt monomer sentezinde, boncuklar, birinci birleştirme reaktifi varlığında, farklı bromo asitlerle tepkimeye birkaç kısım ayrılır. Çözücü ile yıkandıktan sonra, her boncuklar daha sonra tekrar farklı ile tepkimeye birkaç parçaya bölünür, bir araya toplanmış ve karışık olacaktırbirincil aminlerdir. Aminasyon sonra tüm taneler bir araya toplanmış ve her bir tane üzerinde tam bir monomer tamamlayan, iyice yıkanmıştır. İstenen çeşitlilik ulaşana kadar bu işlem tekrar edilebilir. Doğal amino asitler Asit Bromid 2. Hazırlanması .. Asit bromür ve primer aminler ile aminasyon 2 (Şekil 2) 1 birleştirme: alt monomer sentezi, her monomerin sentezi iki ayrı aşamaya ayrılır. Bir peptit üçüncü derece amid sentezlemek amacıyla, alfa karbon üzerinde yan zincirleri olan bir kiral asit bromürler doğal amino asitlerden hazırlanacaktır. Burada yüksek stereo aslına uygunluk ile birlikte uygun asit bromür içine doğal bir amino asidin dönüştürme yöntemini tarif etmektedir. Biz örnek olarak alanin kullanmak; serin, treonin, aspartik asit, glutamik asit, asparagin, glutamin, glisin, valin, izolösin dahil olmak üzere diğer amino asitler, fenilalanin da benzer conditio altında bromo asitlere dönüştürülebilirns. Fenol, guanidin ve amin gibi fonksiyonel grupları olan amino asitlerin bir dönüşüm daha önce korunması gereken unutmayın. Reaksiyon, ayar, Şekil 3 &#39;de gösterilmiştir. Güvenlik Önlemleri: HBr&#39;nin, Nano 2 ve diğer korozif / toksik kimyasallar, koruyucu gözlük, laboratuvar önlüğü, ve kimyasal maddelere dayanıklı eldiven gibi uygun güvenlik ekipmanları içeren aşağıdaki reaksiyonlar ihtiyaç vardır için. Bütün reaksiyonlar tecrübeli bir kimyager tarafından, bir çeker ocak içinde yapılmalıdır. <ol><li> Bir 1 L,% 30 HBr çözeltisi hazırlamak için 630 ml% 48 HBr çözeltisi içine 370 ml su ilave edilir. Bir 1 L banyo kabı içine 500 ml etilen glikol ekleme; -10 ° C&#39;de sıcaklığı korumak için kuru buz ilave Dikkat:% 48 HBr çözelti dikkatle ele, kuvvetli asidik ve aşındırıcı olduğunu. Kullanmadan önce MSDS okuyun. </li><li> Manyetik bir karıştırma çubuğuna sahip olan bir 250 ml&#39;lik üç boyunlu yuvarlak dipli bir şişeye D-alanin (8.9 g, 0.1 mol) ve KBr (11.9 g, 0.1 mol) ilave edin. 100 ml, ve t de hazırlanan HBr% 30 eklemeo önceki adım. Adım 2.1 &#39;de hazırlanan etilen glikol banyosu içinde şişeyi koyun ve -10 ° C sıcaklıkta tutmaya Şekil 3&#39;de gösterildiği gibi, 10 dakika boyunca, şişenin tabanından, bir uzun iğne vasıtasıyla kabarcık argon. 300 rpm&#39;de bir manyetik karıştırma çubuğu ile çözüm karıştırın. </li><li> 20 ml su ile 100 ml&#39;lik bir beher içinde Nano 2 (8.28 g, 0.12 mol) içinde çözülür. Damlatma hunisi basınç dengeleme içine solüsyonu ekleyin ve bir septum ile damlatma hunisi mühür. Yavaş yavaş damlatma hunisi vana açmak ve NaNO 2 solüsyon şişesi içine bırakalım. Saniye başına yaklaşık 2 damla damlatma hızını ayarlamak için kontrol valfi. 300 rpm&#39;de karıştırmaya devam edin ve şişenin tabanından köpüren argon tutun. Tüm NaNO 2 ilave edilir kadar Şişe, -10 ° C &#39;de etilen glikol banyosu içinde tutulmalıdır. Dikkat: Bu adım NaNO 2 çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ısı ve gaz üretir. Damlama oranı con dikkatli olmalıkontrollü ve tüm sistem argon çıkış yoluyla açık olmalıdır. </li><li> 3 saat boyunca daha karıştırıldıktan Ol ve sıcaklık, oda sıcaklığına kadar -10 ° C ila ısınmasına izin verin. Elde edilen çözelti, açık sarı bir açık olmalıdır; rengi çok koyu ise, aşırı azot oksitleri ve reaksiyon sırasında oluşan olası Br 2 kaldırmak için vakum uygulanır. </li><li> Bir ekstre etme hunisi kullanılarak, 3x 35 mi dietil eter ile çözeltiden ürünü ekstrakte edin. Organik fazı birleştirin ve doymuş tuzlu su ile yıkayın. Organik faz, ayrıca önceki karanlık ise rengi yok etmek için tuzlu su ile yıkanması için NaHCO 3 arasında az bir miktar ile yıkanabilir. SO 4 ila 6 saat boyunca, Na 2 üzerinde organik faz kurutulur. </li><li> SO 4 Na2 filtreleyin ve vakum altında çözücüyü buharlaştırmak, ham ürün, soluk sarı bir yağ halinde elde için açık olmalıdır. Ham ürün, bir daha 115 ° C&#39;de damıtma yoluyla saflaştırılabilir, 3 mm Hg ya da by03:01 heksan ile silika kolon: etil asetat. </li><li> Saf ürün, berrak bir yağ, 6.6 g (verim% 74), yoğunluğu = 1.69 g / ml, [α] D20 = +24 ° (metanol), 4.41 (q δ 1H NMR (400 MHz, CDCI3) olarak elde edilmektedir J = 7.0 Hz, 1 H), 1.86 (d, J = 7.0 Hz, 3H). (S)-2-bromopropanoik durumunda, (d 4-L-alanin) asit-d4, saf ürün berrak bir yağ olarak elde edildi, verim% 78, yoğunluğu = 1.72 g / ml, [α] D20 = -19 ° (metanol). 1H NMR anlamlı H sinyal görülmektedir. ESI-MS - [M-1] - = 155.1 (154,97 beklenen). Için, (S)-2-bromo-4-metilpentanoik Saf ürün,% 89 verim, berrak bir yağ halinde [α] D20 = +37 ° (metanol), 1H elde edilir (aynı prosedür kullanılarak L-lösin ile hazırlanır) asidi NMR δ 4.30 (400 MHz, CDCI3) (t, J = 7.7 Hz, 1 H), 1.94 (dd, J = 10.8, 3.9 Hz, 2H), 1.81 (tt, J = 13.2, 6.5 Hz, 1 H), 0.96 (dd, J = 18.2, 6.6 Hz, 7H). (S)-2-bromo-3-phe durumundanylpropanoic asit (aynı yöntem kullanılarak L-fenilalaninden hazırlandı) saf ürün soluk sarı bir yağ olarak elde edilir, verim% 72, [α] D20 = +17 ° (metanol), 1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.38 - 7.19 (m, 5H), 4.42 (dd, J = 8.1, 7.3 Hz, 1 H), 3.47 (dd, J = 14.2, 8.2 Hz, 1 H), 3.25 (dd, J = 14.2, 7.2 Hz, 1 H). </li></ol> Transaminaz alanin 3. Izotopik etiketleme Kombinatoryal kütüphane sentezi olarak, özellikle bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kütüphanelerinin iki-ve-havuz sentezinde, her bir boncuk elde edilebilir bileşik miktarı nispeten küçüktür. (Genellikle 1 pmol nmol 10). Ayrıca, kütle spektrometrisi çok yüksek olması nedeniyle duyarlılığı, nihai bileşiğin tanımlanması ve karakterizasyonu için kullanılmıştır. Nihai PTA ürünlerinin kiral merkezlerde mutlak stereo-belirlenmesi için kütle spektrometresi kullanmak için, bromo asit enantiomerleri isoto olmalıdırpically Kullanmadan önce etiketlenmiş. Burada, etiket L-alanine transaminaz ve D 2 O kullanma yöntemi tarif eder. <ol><li> 50 ml&#39;lik bir polietilen tüp içinde D 2 O 10 ml L-alanin (300 mg, 3.36 mmol) çözülür. Ko-substrat olarak α-ketoglutarat (10 mg, 0.068 mmol) ilave edin. 37 ° C&#39;ye ısıtın ve tüp, bir 1 M NaOD SOUTION kullanarak 8,5-8,7 için pL ayarlayın. Not: pD pH test şeritleri tarafından belirlenir. Geleneksel elektro pH metre H + için seçici cam elektrodu ile donatılmış verebilir yanlış D + için okuma. </li><li> , 8.7 önceki adımda hazırlanan 37 ° C çözümü - pD 8.5 (domuz kalbi, Roche Diagnostics, Indianapolis, IN 0.1 mg, EC 2.6.1.2) alanin transaminaz ekleyin. Bir 37 ° C kuluçka makinesi içinde tüp koyun ve hafif çalkalama ile gece boyunca inkübe, 10-30 rpm tercih edilir. </li><li> Gece boyunca inkübasyondan sonra, D 2 O çözeltisi 0.5 ml alır ve 1H-NMR ile reaksiyon, ilerleme kontrol edin. Bir bütün proton sinyallerilanine, δ 3.76 (q, J = 7.2 Hz, 1 H), 1.46 (d, J = 7.3 Hz, 3H), 1H NMR 400 MHz, büyük ölçüde bağlı döteryumlanma bastırılır olmalıdır. 23, daha önce tarif edildiği gibi protonun fazla% 98 döteryum için değiştirilmesi gerekir. Not: D 2 reaksiyon, büyük ölçekte gerçekleştirilir ise O, kısmen (&gt; 200 mi D 2 O) damıtma ile elde edilebilir. Normal olarak, D 2 O% 80% 60 solüsyondan damıtılabilir. </li><li> Sıvı nitrojen ile yukarıdaki çözelti dondurularak beyaz dötere L-alanin toz elde etmek üzere bir toz haline kullanarak liyofilize edilir. </li></ol> Peptoit Bağlayıcı Region 4. Sentezi Bağlayıcı bölge PTA kütüphane sentezi için gerekli değildir. Bununla birlikte, MALDI kütle spektroskopisi ve düşük molekül ağırlığı aralığı (100-600) &#39;de, yüksek bir arka plan önlemek ve bileşiklerin iyonlaşma geliştirmek amacıyla, çok sayıda polar artıkları ile bir peptoid bağlayıcı sıklıkla kullanılmaktadır. Bu lin peptoitker standart peptoid sentez prosedürü ile sentezlenebilir. (Şekil 5&#39;de gösterildiği gibi) Burada bağlayıcı olarak N-metoksietil glisin oluşan bir pentamerik halka sentez olacaktır. <ol><li> Hafif çalkalama ile 12 ml şırınga reaktör içinde, 3 saat boyunca 10 ml DMF içindeki bir bağlayıcı RAM (1 g, 0.27 mmol / g) ile 90 um TentaGel Boncukları şişirmek. </li><li> Reaktörden DMF boşaltın ve Rink amid bağlayıcısı arasındaki Fmoc grubunun korumasının kaldırılması için 10 ml% 20 piperidin DMF çözeltisi ilave edilir. 30 dakika boyunca% 20 piperidin çözeltisi ile boncuk çalkalayın. Tüm piperidin kaldırmak için DMF 5x ile yıkayın. </li><li> Şırınga bir kaç boncuk almak ve kloranil testi ile test. Fmoc başarıyla koruması kaldırılır ise Boncuk koyu kahverengi (birincil amin pozitif kloranil testi) çevirmek gerekir. </li><li> . Aşağıdaki çözümleri hazırlayın: 1, 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi; 2. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi.; 3.. 10 mi, 1 M methoxylethylamine / DMF çözeltisi. </li><li> 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi 5 mlboncuklar, hafifçe sallayın. Daha sonra 5 eklemek boncuklara 2 M DIC / DMF çözeltisi mi; pistonu ile şırınga mühür ve çalkalayıcı üzerine koydu. 10 dakika boyunca çalkalayın. </li><li> DMF ile iyice boncuk yıkayın. Boncuklara aşama 4.4 hazırlanabilir 1 M metoksietilamin / DMF çözeltisi 2 ml ilave edilir. Plançer ile şırınga Seal ve 30 dakika boyunca bir karıştırıcı üzerinde sallayın. </li><li> DMF 5x ile boncuk yıkayın. Pozitif (mavi boncuk dönüş) ise, kloranil testi ile bir kaç boncuk kontrol edin, ardından bir sonraki adıma devam edin. Aksi halde, adım 4.6 tekrarlayın. </li><li> Tekrarlayın 4,5-4,7 adımları, pentamer tamamlamak için 4x. </li></ol> . (R) ile PTA Kütüphanesi&#39;nin 5 Split-ve-havuz Sentezi - ve (S)-2-bromopropionik Asitler Burada adım 4,8 boncuk 1 g kadar 9261 bileşiklerinin teorik çeşitliliği ile küçük PTA kütüphanenin sentezini tarif eder. 90 mikron TentaGel boncuk gram başına yaklaşık 2.9 milyon boncuk içerdiğini unutmayın; Bu nedenle artıklıkKütüphane 2.9 x 10 6/9261 = 312 kopya olacaktır. Biz aminasyon için (ayrıntılar için bakınız Şekil 5, A1-A7) asitleri ve 7 farklı aminler gibi (S)-etiketli bromoasetik asit, (R)-2-bromopropanoik ve izotopik-2-bromopropanoik asit-d4 kullanır. Şırınga reaktörler ve bir vakum manifoldu sentezini gerçekleştirmek için kullanılacaktır. <ol><li> Adım 4,8 şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme Üç 5 ml şırınga reaktörlere eşit hepsi 1 g boncuk bölmek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. ((S)-2-bromopropanoik asit-d4) B (bromoasetik asit), R ((R)-2-bromopropanoik) ve S olarak etiketleyin. DCM 3x 3 şırınga yıkayın ve susuz THF 3x ile R ve S ile etiketlenmiş şırıngalar yıkama, DMF 3x B ile işaretlenmiş şırınga yıkayın. </li><li> Şırınga R ve S. Bromopropanoik asit BTC kavrama. <ol><li> Taze BTC / THF çözeltisi hazırlayın. Bir eklemepproximately bir çeker ocak içinde bir şişe içine BTC 200 mg, kapaklı mühür. Şişede BTC miktarı tartılır. Gerekli çözücü miktarını hesaplayın ve 20 mg / ml BTC / THF solüsyon yapmak için, şişeye susuz THF ilave edin. </li><li> Bromo asitler / BTC karışım hazırlayın. (R)-2-bromopropanoik asit (89 ul, 0.95 mmol) ilave edin ve (S)-2-bromopropanoik ayrı ayrı iki küçük şişeler içinde asit-d4 (89 ul, 0.95 mmol) eklenmiştir. Her bir şişeye, yukarıda belirtilen 20 mg / ml BTC / THF çözeltisi 5 ml ekleyin. Iki şişeleri Seal ve 20 dakika boyunca -20 ° C derin dondurucuya koyun. </li><li> Ayrı ayrı R ve S şırınga için 1.125 ul, 2:1 THF / DIPEA (750 ul THF, 375 ul DIPEA, 2.2 mmol) ilave edin. Pipet ucu ile boncuk karıştırın. Onlara 5 dakika boyunca bekletin. </li><li> Iki aşama 5.2.2 ikinci bromo asitler / BTC karışımları soğutuldu al her şişelerine 2,4,6-trimetilpiridin (356 ul, 2.7 mmol) ekleyin. Beyaz çökeltiler hemen meydana gelir. Doğrudan ilgili süspansiyonunuen kısa sürede ve daha sonra 2 saat boyunca 120 rpm&#39;de sallamak altında bir karıştırıcı üzerine koyun bazlaştınldı boncuklar (aşama 5.2.3 şırınga R ve S). Not: şırınga reaktörlerde Çözelti, reaksiyonun tamamı sırasında bir soluk sarı süspansiyon olmalıdır. Bir koyu bir renk asit klorür çözeltisinin ilave edilmesi sırasında, ilk serbest aşırı ısı bir göstergesidir. Bu da soğuma çözülebilir veya bromo asitler / BTC karışımını seyreltmek olabilir. </li></ol></li><li> Şırınga B. , DIC Bromoasetik asit birleştirme <ol><li> Taze 20 ml, 2 M bromoasetik asit / DMF çözeltisi hazırlayın. 20 ml, 2 M DIC / DMF çözeltisi hazırlayın. </li><li> 2 M bromoasetık asit / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. 2 M DIC / DMF ml B şırınga 2 eklemek, hafifçe sallayın. </li><li> Şırınga R ve S ile aynı karıştırıcı üzerinde şırınga B koyun </strong&gt;, 2 saat için sallayın. Bromoasetik asit / DIC birleştirme reaksiyonu, 30 dakika içinde yapılır dikkat edin; uzun reaksiyon süresi bölünmüş ve-havuz sentez kolaylık içindir. </li></ol></li><li> 2 saat sonra, sallantýyý şırınga R, S ve B alır. DCM 5x ile iyice üç şırınga yıkayın. Daha sonra DMF 5x ile yıkayın. Bu şırınga R ve S, birinci, DCM ya da THF ile yıkanmadan önce, DMF ile yıkandı edilemez edin. </li><li> Havuz şırınga R, S ve B&#39;den her boncuk bir 12 ml şırınga reaktöre. DMF 5x tüm boncuk yıkayın. </li><li> Şırınga DMF;: DCM 01:01 10 ml ekleme , 7 ayrı 2 ml şırınga içine eşit tüm boncuklar bölünmüş A1-A7 olarak etiketlemek için kesilmiş bir pipet ile 1.000 ul pipet kullanın. </li><li> Aminasyon. 10 ml, Şekil 5&#39;te listelenen aminler 7 her biri için 2 M birincil amin / DMF solüsyonları hazırlayın. EAC 5 mLkarşılık gelen şırınga A1-A7 h amin çözeltisi. Bir gece boyunca çalkalama ile 60 ° C kuluçka makinesi içinde 7 şırınga inkübe edin. </li><li> İnkübasyondan sonra, DMF ile iyice her boncuk yıkayın. Her şırınga boncuk birkaç alın ve kloranil testi ile kontrol edin. Boncuklar 3 dakika içinde yeşil (pozitif) açarsanız, bir sonraki adıma geçin. Negatif ise, negatif şırıngalar için adım 5.7 tekrarlayın. </li><li> Tekrar trimerini tamamlamak için 5.1 2x 5.8 için yineleyin. İsteğe bağlı adım: Her döngüsünden sonra, aşağıda açıklandığı gibi kütle spektroskopisi tarafından sentez kalitesini kontrol etmenizi öneririz. Tüm bileşikler, hemen 9261 OBOC kütüphanesi olarak TentaGel taneleri üzerinde sentezlenir. </li><li> PTA kütle spektroskopik onay. PTAs oldukça yapılandırılmış oligomerleri ve N-metillenmiş peptidlerin birçok ortak özelliklere sahiptir. N-metillenmiş peptidler katı faz sentezi ortak sorunlarından biri, TFA bölünmesi sırasında asit kayıplardır. Asit bozulmalarını, siklosporin gibi moleküllerinin bölünmesini engellemek için ikinciKatı destek, genellikle düşük sıcaklık altında gerçekleştirilir. Bu katı destekten farklı PTA moleküllerinin parçalanması için çeşitli parçalama koşulları karşılaştırdık. Biz genellikle, düşük sıcaklık ve düşük TFA konsantrasyon etkili asit bozulmasını bastırmak ve saf bileşikler sağlayabilir, bulundu. <ol><li> 10 ml, 15 ml bir tüp içinde 1:01 TFA / DCM çözeltisi hazırlayın. Tüpü kapatın ve 20 dakika boyunca -20 ° C dondurucuda koydu. </li><li> DCM 5x ile yarılır gereken boncuk yıkayın. 15 dakika boyunca DCM içinde boncuk çalkalanır ve DCM ile tekrar 5x boncuk yıkayın. </li><li> Şırıngadan DCM boşaltın. Oyuk başına 96 oyuklu bir plaka, bir boncuk halinde, her bir boncuk aktarmak için kesik ucu bir ışık mikroskobu ve bir pipet kullanın. </li><li> Örtücü bir kılıfla 96 oyuklu plaka örtün. 15 dakika süre ile, -20 ° C dondurucu içinde plaka koyun. </li><li> Adım 5.10.1 gelen soğutulmuş 01:01 TFA / DCM çözeltisi alın ve bir boncuk içeren bölümlerinin her birine 20 ul ekle. Sırt ve pu kapak kayma koyunt -20 ° C buzdolabında bir çalkalayıcı üzerinde 96 oyuklu plaka. </li><li> 20 dakika boyunca çalkalayın. Çıkış 96-iyi plaka almak ve kapak kayma soyulabilir. Püskürtmeli kuru üzerine hava ya da argon üfleme her kuyudan TFA / DCM. 10&#39;dan fazla boncuk ayrılmaktadır ise, SpeedVac bütün plakadan TFA / DCM kurutmak için kullanılabilir. Bu noktada, tüm bileşiklerin boncuklar kesilir, ancak bileşikler yarılmış kütle spektroskopisi analizi gerçekleştirmek için yeterince fazla olması gerektiğine dikkat edin. </li><li> H 2 O çözeltisi, her kuyudan yarılmış bileşikleri eritmek için: 20 ul 6:04 ACN ekleyin. Birlikte MALDI plaka üzerinde 0.6 ul CHCA MALDI matris her bileşik çözeltisi, 0.6 ul nokta. </li><li> Her bir bileşiğin molekül ağırlığı ve sırasını (MS / MS) tespit etmek üzere MALDI kütle spektrometresi kullanarak. </li></ol></li></ol> 6.. Kloranil Testi <ol><li> Her bir test için aşağıdaki reaktifler Taze hazırlayın. Çözelti A:% 2 Kloranil (CAS: 118-75-2) DMF. ÇözümB:% 2 asetaldehid (CAS: 75-07-0), DMF. </li><li> Bir 1.5 ml bir tüp içinde test öncesi çözelti B, 100 ul çözelti A, 100 ul karıştırın; boncuk bırakın ve hafifçe sallayın. Boncuklar 5 dakika içinde maviye döner, bu boncukların yüzeyinde ikincil amin varlığını gösterir. Birincil aminler yerine Mavileşmeye koyu kahverengi bir renk verir. </li></ol>

<ol>
	<li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -. S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic.">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li><li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers.">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li><li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds.">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li><li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+[oligo(N-substituted+glycines)]+by+submonomer+solid-phase+synthesis.">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li><li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries.">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li><li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=beta-peptides:+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin.">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li><li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity.">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li><li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery.">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li><li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins:+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly.">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li><li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries.">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li><li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle.">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li><li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection.">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li><li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+&amp;#34;one-bead+one-compound&amp;#34;+combinatorial+libraries.">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &amp;#34;one-bead one-compound&amp;#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li><li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Peptoid+&#8220;Antibody+Surrogate&#8221;+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity.">A Peptoid &#8220;Antibody Surrogate&#8221; That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li><li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oligo(+N-aryl+glycines):+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids.">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li><li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoids+that+mimic+the+structure,+function,+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides.">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li><li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism.">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li><li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+peptoid+ribbon+secondary+structure.">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li><li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems.">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li><li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains.">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li><li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers.">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li><li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids.">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li><li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides.">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li><li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage.">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li><li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target.">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li><li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids&#8212;total+synthesis+of+cyclosporin+O.">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids&#8212;total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li><li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A.">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li><li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis.">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li><li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission.">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li><li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient,+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A.">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li><li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seamless+Bead+to+Microarray+Screening:+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries.">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li><li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mMass+3:+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data.">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li></ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Peptid üçüncül amidler (PTAs) peptidomimetik oligomerlerin bir süper ailesidir. Iyi çalışılmış peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptitlerin yanı sıra, bu aile içinde bileşiklerin büyük bir kısmı büyük oranda nedeniyle genel olarak N-alkile peptidler ulaşmak için sentetik yöntemin eksikliği, ilgili yeterli kalmaktadır. Burada amino asitlerden türetilen kapsamındaki şiral yapı birimleri ile PTA sentezlenmesi için etkili bir yöntem tarif eder. Daha önce, PTA moleküllerin 23</su...

Peptidomimetikler, doğal peptidlerin yapısını taklit eden bileşiklerdir. Bunlar, proteoliz 1-3 karşı hücre geçirgenliği ve stabilitesi de dahil olmak üzere, doğal peptidler ile ilişkili problemlerin bazılarının üstesinden ise biyoaktiviyeyi korumak için tasarlanmıştır. Nedeniyle bu bileşiklerin oligomerik doğası, geniş sentetik kütüphaneler kolayca monomerik ya da alt-tek moleküllü sentetik yollar 4-7 üzerinden erişilebilir. Peptidomimetiklerin en çok çalışılan sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler bir alt monomer strateji 8, 9 ile kolayca sentezlenebilir N-alkillenmiş glisin oligomerleridir. Birçok yararlı protein ligandlan başarılı bir şekilde protein hedefleri 1, 10-14 karşı geniş sentetik peptoid kütüphanelerinin taranması ikinci tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoit kütüphanelerden tanımlanan &quot;hit&quot; nadiren protein hedefleri 1,10-14,22 karşı çok yüksek bir yakınlık arşiv. Bir mamajör peptoidler ve doğal peptidler arasındaki fark peptoidler en kaynaklanmaktadır şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar olmadığı için sekonder yapı oluşturmak üzere yeteneğinden yoksun olmasıdır. Bu sorunu çözmek amacıyla, birden çok stratejileri büyük ölçüde ana zincir nitrojen atomu 15-22 üzerinde yer alan yan zincirlerinin modifikasyonu odaklanarak, son on yıl içinde geliştirilmiştir. Son zamanlarda, peptid üçüncül amidler 23 oluşturmak için bir peptoid omurgası üzerine doğal bir amino asit yan zincirlerine katılması için bir yeni bir sentetik yol geliştirdik. Peptid üçüncül amidler (PTAs) kapsamaktadır fakat peptidler (R 2 = H), peptoidler (R1 = H) ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir (R1 ≠ H, R2 = Me) . Bizim sentetik yol doğal olarak üzerinde kiralliği ve yan zincirlerinin kaynağı olarak oluşmayan amino asitler uygulama (Bakınız Şekil 1)45,-C-ve N-yer değiştirmeli sağlamak için ticari olarak temin edilebilen birincil aminlerdir. Bu nedenle, basit peptitler, peptoidler veya N-metillenmiş peptidlerin daha büyük bir kimyasal boşluk keşfedilebilir. Dairesel çift taraflı spektra PTA bu moleküllerin yüksek çözelti içinde yapılandırılmıştır göstermiştir. PTA-protein komplekslerinden biri karakterizasyonu açıkça PTA yapısal kısıtlamalar bağlanma için gerekli olduğunu göstermektedir. Son zamanlarda, daha da PTA moleküllerin bazıları peptoid ve peptit göre daha gelişmiş hücre geçirgenliğini sahip olduğunu keşfettiler. Biz bu PTA kütüphaneler protein hedefleri için yüksek afinite ligandları iyi bir kaynak olabilir inanıyoruz. Bu çalışmada, bir numunenin, bu bileşiklerin bağlanması ve ayrılması için bazı gelişmiş koşulları ile birlikte ayrıntılı olarak bir boncuk bir-bileşik (OBOC) PTA kütüphane sentezini tartışılacaktır.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimethylpyridine</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morpholinoethanamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&amp;nbsp;&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>48% HBr water solution</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>Acetaldehyde</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS:75-07-0&amp;nbsp;&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>Acetonitrile</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS:75-05-8</td></tr><tr><td>Anhydrous tetrahydrofuran (THF)</td><td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS:109-99-9</td></tr><tr><td>Benzylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS:100-46-9</td></tr><tr><td>bis(Trichloromethyl) carbonate (BTC)</td><td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS:32315-10-9</td></tr><tr><td>Bromoacetic acid</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS:79-08-3</td></tr><tr><td>Chloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS:118-75-2</td></tr><tr><td>Cyclohexanemethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS:3218-02-8</td></tr><tr><td>D&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Cambridge Isotope</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS:7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS:338-69-2</td></tr><tr><td>Dichloromethane (DCM)</td><td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS:75-09-2</td></tr><tr><td>Dimethylformamide (DMF)</td><td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS:68-12-2</td></tr><tr><td>Ethylene glycol</td><td>Oakwood</td><td>44710</td><td>CAS:107-21-1</td></tr><tr><td>Isopentylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS:107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS:7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanine</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS:56-41-7</td></tr><tr><td>3-Methoxypropylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS:5332-73-0</td></tr><tr><td>2-Methoxyethylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS:109-85-3</td></tr><tr><td>N-(3-Aminopropyl)-2-pyrrolidinone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS:7663-77-6&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>N,N&#039;-Diisopropylcarbodiimide (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD 40% solution in water</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidine</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS:110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS:2620-50-0</td></tr><tr><td>Propylamine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS:107-10-8</td></tr><tr><td>Trifluoroacetic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS:76-05-1</td></tr><tr><td>&amp;alpha;-Cyano-4-hydroxycinnamic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS:28166-41-8&amp;nbsp;&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>&amp;alpha;-Ketoglutarate</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS:328-50-7</td></tr><tr><td>Tentagel Resin with RINK linker</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanine transaminase</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)</td></tr><tr><td>Incubator</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>MALDI mass spectrometer</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Lyophilizer</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis benchtop K</td><td></td></tr><tr><td>Syringe reactor</td><td>INTAVIS</td><td>Reaction Column</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Vacuum manifold</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

split-and-pool synthesis and characterization of peptide tertiary amide library

Peptidomimetics protein ligandların büyük kaynaklarıdır. Bu bileşiklerin yapısı oligomerik kombinasyon kimyası kullanılarak katı faz üzerinde büyük bir sentetik kütüphaneler erişim sağlamaktadır. Peptidomimetiklerin en iyi okudu sınıflardan biri peptoidler olduğunu. Peptoidler sentez kolaydır ve proteolize dirençli ve hücre-geçirgen olduğu gösterilmiştir. Geçtiğimiz on yıl içinde, birçok yararlı protein ligandlar peptoit kütüphanelerin tarama yoluyla tespit edilmiştir. Bununla birlikte, peptoid kütüphanelerden tespit ligandların en nadir istisnalar dışında, yüksek afinite gösteren yoktur. Bu peptoid moleküllerin şiral merkezleri ve yapısal kısıtlamalar eksikliği, kısmen, bağlı olabilir. Son zamanlarda, biz peptid üçüncül amidler (PTAs) erişmek için yeni bir sentetik rota nitelendirdi. PTAs arasında, ancak peptidler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Α-karbon ve nitrojen atomları ana zincir her iki yan zincirleri ile,Bu moleküllerin yapı büyük ölçüde sterik engel ve Alilik 1,3 zorlanma tarafından kısıtlanır. (Şekil 1) Bu çalışma, bu moleküllerin yüksek PTA çözeltisi içinde yapılandırılmıştır ve protein ligandları belirlemek için kullanılabileceğini göstermektedir. Biz, bu moleküllerin yüksek afiniteli bir protein ligandlan, gelecekteki bir kaynak olabilir inanıyoruz. Burada bir örnek PTA bir boncuk bir-bileşik (OBOC) kitaplığı sentezlemek için iki-ve-havuzu ve alt monomer stratejilerinin her ikisi de gücünü birleştirerek sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Burada bağlayıcı ile bir PTA trimer üç temsil MALDI spektrumlarını göstermektedir. Şekil 6A&#39;da gösterildiği gibi,% 50 TFA / DCM çözeltisi kullanılarak oda sıcaklığında ayrıldı zaman, önemli bir bozulma gözlenir. Şekil 6A&#39;da, 593 ve tepe 484, bütün molekül başarılı bir kordon üzerinde sentezlenen ancak bölünme sırasında bozulmuş olduğunu göstermektedir, sırası ile, bağlayıcı ve PTA trimer karşılık gelir. Yukarıda tarif edildiği gibi ...

Watch this Scientific Journal Video about Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library at JoVE.com

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır.

Split-ve-havuz Sentezi ve Peptit Tersiyer Amid Kütüphanesi Karakterizasyonu

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

split-pool-synthesis-characterization-peptide-tertiary-amide

Universidad de Cartagena UDEC

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Organic Chemistry

Chemistry

Unit 1

Carboxylic Acid Derivatives

SCIENTISTS IN ACTION

18.0K Görüntüleme.  The Scripps Research Institute.  Peptid üçüncül amidler (PTAs) gibi peptitler, peptoidler ve N-metillenmiş peptidlere sınırlı değildir peptidomimetik bir süper ailesidir. Burada PTA bir tek tane tek bileşik kütüphanesi sentezlenmesi için iki-ve-havuz ve alt monomer stratejileri hem de birleştiren bir sentetik yöntem açıklanmaktadır. 

Video: Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity

This protocol describes the manual solid-phase synthesis of linear peptoids that contain two differently functionalized cationic monomers. In this procedure amino functionalized 'lysine' and guanido functionalized 'arginine' peptoid monomers can be included within the same peptoid sequence. This procedure uses on-resin (N-(1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohexylidene)ethyl) or Dde protection, orthogonal conditions to the Boc protection of lysine monomers. Subsequent deprotection allows an efficient on-resin guanidinylation reaction to form the arginine residues. The procedure is compatible with the commonly used submonomer method of peptoid synthesis, allowing simple peptoids to be made using common laboratory equipment and commercially available reagents. The representative synthesis, purification and characterization of two mixed peptoids is described. The evaluation of these compounds as potential anti-infectives in screening assays against Leishmania mexicana is also described. The protozoan parasite L. mexicana is a causative agent of cutaneous leishmaniasis, a neglected tropical disease that affects up to 12 million people worldwide.

A protocol to synthesize peptoids with mixed cationic functionality in the same sequence is presented (lysine- and arginine-type monomers). Subsequent testing of these compounds against Leishmania mexicana, the protozoan parasites that cause cutaneous leishmaniasis, is also described.

Bunların Anti layişmanya Faaliyet karışık Lizin tipi / Arjinin-monomerleri ve Değerlendirilmesi peptoidler Sentezi için etkili bir yöntem

This protocol describes the manual solid-phase synthesis of linear peptoids that contain two differently functionalized cationic monomers. In this ...

Biyokimya

Solid-phase Submonomer Synthesis of Peptoid Polymers and their Self-Assembly into Highly-Ordered Nanosheets

Peptoids are a novel class of biomimetic, non-natural, sequence-specific heteropolymers that resist proteolysis, exhibit potent biological activity, and fold into higher order nanostructures. Structurally similar to peptides, peptoids are poly N-substituted glycines, where the side chains are attached to the nitrogen rather than the alpha-carbon. Their ease of synthesis and structural diversity allows testing of basic design principles to drive de novo design and engineering of new biologically-active and nanostructured materials.
Here, a simple manual peptoid synthesis protocol is presented that allows the synthesis of long chain polypeptoids ( up to 50mers) in excellent yields. Only basic equipment, simple techniques (e.g. liquid transfer, filtration), and commercially available reagents are required, making peptoids an accessible addition to many researchers' toolkits. The peptoid backbone is grown one monomer at a time via the submonomer method which consists of a two-step monomer addition cycle: acylation and displacement. First, bromoacetic acid activated in situ with N,N'-diisopropylcarbodiimide acylates a resin-bound secondary amine. Second, nucleophilic displacement of the bromide by a primary amine follows to introduce the side chain. The two-step cycle is iterated until the desired chain length is reached. The coupling efficiency of this two-step cycle routinely exceeds 98% and enables the synthesis of peptoids as long as 50 residues. Highly tunable, precise and chemically diverse sequences are achievable with the submonomer method as hundreds of readily available primary amines can be directly incorporated.
 
Peptoids are emerging as a versatile biomimetic material for nanobioscience research because of their synthetic flexibility, robustness, and ordering at the atomic level. The folding of a single-chain, amphiphilic, information-rich polypeptoid into a highly-ordered nanosheet was recently demonstrated. This peptoid is a 36-mer that consists of only three different commercially available monomers: hydrophobic, cationic and anionic. The hydrophobic phenylethyl side chains are buried in the nanosheet core whereas the ionic amine and carboxyl side chains align on the hydrophilic faces. The peptoid nanosheets serve as a potential platform for membrane mimetics, protein mimetics, device fabrication, and sensors. Methods for peptoid synthesis, sheet formation, and microscopy imaging are described and provide a simple method to enable future peptoid nanosheet designs.

A simple and general manual peptoid synthesis method involving basic equipment and commercially available reagents is outlined, enabling peptoids to be easily synthesized in most laboratories. The synthesis, purification and characterization of an amphiphilic peptoid 36mer is described, as well as its self-assembly into highly-ordered nanosheets.

Yüksek Sıralı Nanosheets Peptoid Polimerler ve Self-Meclis Solid-faz Submonomer Sentezi

Peptoids are a novel class of biomimetic, non-natural, sequence-specific heteropolymers that resist proteolysis, exhibit potent biological activity, and ...

Biyomühendislik

Development of a Backbone Cyclic Peptide Library as Potential Antiparasitic Therapeutics Using Microwave Irradiation

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is a major effort to target PPIs in basic research and in the pharmaceutical industry. Protein-protein interfaces are usually large, flat, and often lack pockets, complicating the discovery of small molecules that target such sites. Alternative targeting approaches using antibodies have limitations due to poor oral bioavailability, low cell-permeability, and production inefficiency.
Using peptides to target PPI interfaces has several advantages. Peptides have higher conformational flexibility, increased selectivity, and are generally inexpensive. However, peptides have their own limitations including poor stability and inefficiency crossing cell membranes. To overcome such limitations, peptide cyclization can be performed. Cyclization has been demonstrated to improve peptide selectivity, metabolic stability, and bioavailability. However, predicting the bioactive conformation of a cyclic peptide is not trivial. To overcome this challenge, one attractive approach it to screen a focused library to screen in which all backbone cyclic peptides have the same primary sequence, but differ in parameters that influence their conformation, such as ring size and position.
We describe a detailed protocol for synthesizing a library of backbone cyclic peptides targeting specific parasite PPIs. Using a rational design approach, we developed peptides derived from the scaffold protein Leishmania receptor for activated C-kinase (LACK). We hypothesized that sequences in LACK that are conserved in parasites, but not in the mammalian host homolog, may represent interaction sites for proteins that are critical for the parasites&#39; viability. The cyclic peptides were synthesized using microwave irradiation to reduce reaction times and increase efficiency. Developing a library of backbone cyclic peptides with different ring sizes facilitates a systematic screen for the most biological active conformation. This method provides a general, fast, and facile way to synthesize cyclic peptides.

A simple and general method for the synthesis of cyclic peptides using microwave irradiation is outlined. This procedure enables the synthesis of backbone cyclic peptides with a collection of different conformations while retaining the side chains and the pharmacophoric moieties., and therefore, allows to screen for the bioactive conformation.

Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Protein-protein interactions (PPIs) are intimately involved in almost all biological processes and are linked to many human diseases. Therefore, there is ...

Kimya

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have been thought of as a type of molecular information storage. Mass spectrometry analysis has been considered the method of choice for sequencing peptoids. Peptoids can be synthesized via solid phase chemistry using a repeating two-step reaction cycle. Here we present a method to manually synthesize oligo-peptoids and to analyze the sequence of the peptoids using tandem mass spectrometry (MS/MS) techniques. The sample peptoid is a nonamer consisting of alternating N-(2-methyloxyethyl)glycine (Nme) and N-(2-phenylethyl)glycine (Npe), as well as an N-(2-aminoethyl)glycine (Nae) at the N-terminus. The sequence formula of the peptoid is Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, where Ac is the acetyl group. The synthesis takes place in a commercially available solid-phase reaction vessel. The rink amide resin is used as the solid support to yield the peptoid with an amide group at the C-terminus. The resulting peptoid product is subjected to sequence analysis using a triple-quadrupole mass spectrometer coupled to an electrospray ionization source. The MS/MS measurement produces a spectrum of fragment ions resulting from the dissociation of charged peptoid. The fragment ions are sorted out based on the values of their mass-to-charge ratio (m/z). The m/z values of the fragment ions are compared against the nominal masses of theoretically predicted fragment ions, according to the scheme of peptoid fragmentation. The analysis generates a fragmentation pattern of the charged peptoid. The fragmentation pattern is correlated to the monomer sequence of the neutral peptoid. In this regard, MS analysis reads out the sequence information of the peptoids.

A protocol is described for the manual synthesis of oligo-peptoids followed by sequence analysis by mass spectrometry.

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

Constructing Thioether/Vinyl Sulfide-tethered Helical Peptides Via Photo-induced Thiol-ene/yne Hydrothiolation

Here, we describe a detailed protocol for the preparation of thioether-tethered peptides using on-resin intramolecular/intermolecular thiol-ene hydrothiolation. In addition, this protocol describes the preparation of vinyl-sulfide-tethered peptides using in-solution intramolecular thiol-yne hydrothiolation between amino acids that possess alkene/alkyne side chains and cysteine residues at i, i+4 positions. Linear peptides were synthesized using a standard Fmoc-based solid-phase peptide synthesis (SPPS). Thiol-ene hydrothiolation is carried out using either an intramolecular thio-ene reaction or an intermolecular thio-ene reaction, depending on the peptide length. In this research, an intramolecular thio-ene reaction is carried out in the case of shorter peptides using on-resin deprotection of the trityl groups of cysteine residues following the complete synthesis of the linear peptide. The resin is then set to UV irradiation using photoinitiator 4-methoxyacetophenone (MAP) and 2-hydroxy-1-[4-(2-hydroxyethoxy)-phenyl]-2-methyl-1-propanone (MMP). The intermolecular thiol-ene reaction is carried out by dissolving Fmoc-Cys-OH in an N,N-dimethylformamide (DMF) solvent. This is then reacted with the peptide using the alkene-bearing residue on resin. After that, the macrolactamization is carried out using benzotriazole-1-yl-oxytripyrrolidinophosphonium hexafluorophosphate (PyBop), 1-hydroxybenzotriazole (HoBt), and 4-Methylmorpholine (NMM) as activation reagents on the resin. Following the macrolactamization, the peptide synthesis is continued using standard SPPS. In the case of the thio-yne hydrothiolation, the linear peptide is cleaved from the resin, dried, and subsequently dissolved in degassed DMF. This is then irradiated using UV light with photoinitiator 2,2-dimethoxy-2-phenylacetophenone (DMPA). Following the reaction, DMF is evaporated and the crude residue is precipitated and purified using high-performance liquid chromatography (HPLC). These methods could function to simplify the generation of thioether-tethered cyclic peptides due to the use of the thio-ene/yne click chemistry that possesses superior functional group tolerance and good yield. The introduction of thioether bonds into peptides takes advantage of the nucleophilic nature of cysteine residues and is redox-inert relative to disulfide bonds.

We present a protocol for the construction of thioether/vinyl sulfide-tethered helical peptides using photo-induced thiol-ene/thiol-yne hydrothiolation.

Thioether/vinil sülfür-gergin helisel peptidler fotoğraf yolu ile indüklenen Thiol-KD/yne Hydrothiolation oluşturmak

Here, we describe a detailed protocol for the preparation of thioether-tethered peptides using on-resin intramolecular/intermolecular thiol-ene ...

Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) and Related Biomaterials

Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) are a new class of self-assembling amphiphilic biomaterials-related to the peptide amphiphiles (PAs). Traditional PAs possess charged amino acids as solubilizing groups (lysine, arginine), which are directly connected to a lipid segment or can contain a linker region made of neutral amino acids. Tuning the peptide sequence of PAs can yield diverse morphologies. Similarly, PPAs possess a hydrophobic segment and neutral amino acids, but also contain polyamine molecules as water solubilizing (hydrophilic) groups. As is the case with PAs, PPAs can also self-assemble into diverse morphologies, including small rods, twisted nano-ribbons, and fused nano-sheets, when dissolved in water. However, the presence of both primary and secondary amines on a single polyamine molecule poses a significant challenge when synthesizing PPAs. In this paper, we show a simple protocol, based on literature precedents, to achieve a facile synthesis of PPAs using solid phase peptide synthesis (SPPS). This protocol can be extended to the synthesis of PAs and other similar systems. We also illustrate the steps that are needed for cleavage from the resin, identification, and purification.

Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles PPAs and Related Biomaterials

The synthesis of polyamine-based peptide amphiphiles (PPAs) is a significant challenge due to the presence of multiple amine nitrogens, which requires judicious use of protecting groups to mask these reactive functionalities. In this paper, we describe a facile method for the preparation of these new class of self-assembling molecules.

Polyamine tabanlı peptid Amphiphiles (PPAs) ve ilgili Biyomalzeme kendi kendine montaj sentezi için facile iletişim kuralı

Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) are a new class of self-assembling amphiphilic biomaterials-related to the peptide amphiphiles (PAs). ...

Synthesis and Characterization of 1,2-Dithiolane Modified Self-Assembling Peptides

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting self-assembled supramolecular structures. The synthetic route takes advantage of solid-phase peptide synthesis with the on-resin coupling of the dithiolane precursor molecule, 3-(acetylthio)-2-(acetylthiomethyl)propanoic acid, and the microwave-assisted thioacetate deprotection of the peptide N-terminus before final cleavage from the resin to yield the 1,2-dithiolane modified peptide. After the high-performance liquid chromatography (HPLC) purification of the 1,2-dithiolane peptide, derived from the nucleating core of the A&#946; peptide associated with Alzheimer&#39;s disease, the peptide is shown to self-assemble into cross-&#946; amyloid fibers. Protocols to characterize the amyloid fibers by Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), circular dichroism spectroscopy (CD) and transmission electron microscopy (TEM) are presented. The methods of N-terminal modification with a 1,2-dithiolane moiety to well-characterized self-assembling peptides can now be explored as model systems to develop post-assembly modification strategies and explore dynamic covalent chemistry on supramolecular peptide nanofiber surfaces.

A protocol for the synthesis of a 1,2-dithiolane modified peptide and the characterization of the supramolecular structures resulting from the peptide self-assembly.

1,2-Dithiolane malzemelerin ve kendi kendine montaj peptidler değiştirilme tarihi

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting ...

Synthesis and Structure Determination of &#181;-Conotoxin PIIIA Isomers with Different Disulfide Connectivities

Peptides with a high number of cysteines are usually influenced regarding the three-dimensional structure by their disulfide connectivity. It is thus highly important to avoid undesired disulfide bond formation during peptide synthesis, because it may result in a completely different peptide structure, and consequently altered bioactivity. However, the correct formation of multiple disulfide bonds in a peptide is difficult to obtain by using standard self-folding methods such as conventional buffer oxidation protocols, because several disulfide connectivities can be formed. This protocol represents an advanced strategy required for the targeted synthesis of multiple disulfide-bridged peptides which cannot be synthesized via buffer oxidation in high quality and quantity. The study demonstrates the application of a distinct protecting group strategy for the synthesis of all possible 3-disulfide-bonded peptide isomers of &#181;-conotoxin PIIIA in a targeted way. The peptides are prepared by Fmoc-based solid phase peptide synthesis using a protecting group strategy for defined disulfide bond formation. The respective pairs of cysteines are protected with trityl (Trt), acetamidomethyl (Acm), and tert-butyl (tBu) protecting groups to make sure that during every oxidation step only the required cysteines are deprotected and linked. In addition to the targeted synthesis, a combination of several analytical methods is used to clarify the correct folding and generation of the desired peptide structures. The comparison of the different 3-disulfide-bonded isomers indicates the importance of accurate determination and knowledge of the disulfide connectivity for the calculation of the three-dimensional structure and for interpretation of the biological activity of the peptide isomers. The analytical characterization includes the exact disulfide bond elucidation via tandem mass spectrometry (MS/MS) analysis which is performed with partially reduced and alkylated derivatives of the intact peptide isomer produced by an adapted protocol. Furthermore, the peptide structures are determined using 2D nuclear magnetic resonance (NMR) experiments and the knowledge obtained from MS/MS analysis.

Cysteine-rich peptides fold into distinct three-dimensional structures depending on their disulfide connectivity. Targeted synthesis of individual disulfide isomers is required when buffer oxidation does not lead to the desired disulfide connectivity. The protocol deals with the selective synthesis of 3-disulfide-bonded peptides and their structural analysis using NMR and MS/MS studies.

Sentez ve μ-Conotoxin PIIIA izomerler farklı disülfür Connectivities ile yapı belirlenmesi

Peptides with a high number of cysteines are usually influenced regarding the three-dimensional structure by their disulfide connectivity. It is thus ...

Synthesis of Information-bearing Peptoids and their Sequence-directed Dynamic Covalent Self-assembly

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded oligomeric strands mediated by paired dynamic covalent interactions in a manner mimicking the thermal cycling commonly employed for the self-assembly of complementary nucleic acid sequences. Primary amine monomers bearing aldehyde and amine pendant moieties are functionalized with orthogonal protecting groups for use as dynamic covalent reactant pairs. Using a modified automated peptide synthesizer, the primary amine monomers are encoded into oligo(peptoid) strands through solid-phase submonomer synthesis. Upon purification by high-performance liquid chromatography (HPLC) and characterization by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS), sequence-specific oligomers are subjected to high-loading of a Lewis acidic rare-earth metal triflate which both deprotects the aldehyde moieties and affects the reactant pair equilibrium such that strands completely dissociate. Subsequently, a fraction of the Lewis acid is extracted, enabling annealing of complementary sequence-specific strands to form information-encoded molecular ladders characterized by matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). The simple procedure outlined in this report circumvents kinetic traps commonly experienced in the field of dynamic covalent assembly and serves as a platform for the future design of robust, complex architectures.

A protocol is presented for the synthesis of information-encoded peptoid oligomers and for the sequence-directed self-assembly of these peptoids into molecular ladders using amines and aldehydes as dynamic covalent reactant pairs and Lewis acidic rare-earth metal triflates as multi-role reagents.

Bilgi taşıyan Peptoidlerin sentezi ve Dizi yönelimli Dinamik Kovalent Öz-montaj

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded ...

Constructing Cyclic Peptides Using an On-Tether Sulfonium Center

In recent years, cyclic peptides have attracted increasing attention in the field of drug discovery due to their excellent biological activities, and, as a consequence, they are now used clinically. It is, therefore, critical to seek effective strategies for synthesizing cyclic peptides to promote their application in the field of drug discovery. This paper reports a detailed protocol for the efficient synthesis of cyclic peptides using on-resin or intramolecular (intermolecular) bisalkylation. Using this protocol, linear peptides were synthesized by taking advantage of solid-phase peptide synthesis with cysteine (Cys) and methionine (Met) coupled simultaneously on the resin. Further, cyclic peptides were synthesized via bisalkylation between Met and Cys using a tunable tether and an on-tether sulfonium center. The whole synthetic route can be divided into three major processes: the deprotection of Cys on the resin, the coupling of the linker, and the cyclization between Cys and Met in a trifluoroacetic acid (TFA) cleavage solution. Furthermore, inspired by the reactivity of the sulfonium center, a propargyl group was attached to the Met to trigger thiol-yne addition and form a cyclic peptide. After that, the crude peptides were dried and dissolved in acetonitrile, separated, and then purified by high-performance liquid chromatography (HPLC). The molecular weight of the cyclic peptide was confirmed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS), and the stability of the cyclic peptide combination with the reductant was further confirmed using HPLC. In addition, the chemical shift in the cyclic peptide was analyzed by 1H nuclear magnetic resonance (1H NMR) spectra. Overall, this protocol aimed to establish an effective strategy for synthesizing cyclic peptides.

This protocol presents the synthesis of cyclic peptides via bisalkylation between cysteine and methionine and the facile thiol-yne reaction triggered by the propargyl sulfonium center.

On-Tether Sülfonyum Merkezi Kullanarak Döngüsel Peptitlerin Oluşturulması

In recent years, cyclic peptides have attracted increasing attention in the field of drug discovery due to their excellent biological activities, and, as ...