Улучшенный метод «М/ММ» преодолевает простые проблемы при обычном моделировании М/ММ. Метод «Шесть М/ММ» ускоряет отбор сборки для региона ЗМ и может зафиксировать пути химической реакции, что приводит к определению координат реакции. С помощью этого протокола мы успешно зафиксировали химические реакционной пути двойной передачи протонов и выявили эффект замещения дейтерия на механизм переноса доказанной в воде.
Протокол может быть использован для изучения галогена или замены дейтерия при тепловой идентификации при обнаружении лекарств. Основным преимуществом метода «Шесть М/ММ» является то, что нам не нужно, чтобы он определил координаты реакции рассола или ввел устройство для пути химической реакции при изучении механизма реакции. позволяют нам определить возможные пути реакции, которые в от реакции.
Метод, который может быть использован и расширен до высокого уровня метода ЗМ, и он может стать важным инструментом для исследования механизма реакции для химической реакции в растворе. Чтобы начать эту процедуру, инициировать пресетов, установив runtype как 100, temp0 как 300, templow как 260, temphigh как 1300, и шаг, как 120000 в файле ввода. Затем выдать соответствующую команду, как показано здесь.
На предустановленной стадии отслеживайте энергию каждого термина для расчета средних значений. Используйте команды grep Linux для извлечения энергии. Чтобы изменить средние энергии в файле md-input, вычислите средние энергии на основе вывода предыдущей командной строки и измените линию v-shift в файле ввода с новыми средними.
Инициировать смещения в программе «M4D», введя команду для начала шага оптимизации. Затем подключите распространение энергии с помощью программы благодати и убедитесь, что колебания энергии могут покрыть самые низкие и самые высокие концы диапазона температур. После оптимизации сохраните окончательные значения смещения шага в новый файл, который называется nk.
DAT в этом протоколе. Чтобы подготовить файл md-input, установите runtype как один в новом файле ввода, чтобы начать этап производственного моделирования. Укажите имя файла с сохраненным файлом nk как nkfile nk.
DAT в файле ввода. Количество шагов времени было установлено как 6, 400,000 в нынешних системах. Счетчик моделирования зависит от системы, поэтому измените статистику моделирования на основе вашего конкретного спроса.
Выберите правильный шаг времени для использования для маргинального перехода между различными состояниями для вашей собственной системы. Первоначальная постановка в этих симуляциях, путем выдачи соответствующей команды для запуска моделирования MD. Для мониторинга процесса формирования и разрыва облигаций на этапе производства используйте команду grep для проверки изменений расстояния H1N1 и H1N2 в течение времени моделирования.
Такая же операция может быть проведена для H2N3 и H2N4. Затем подключите распространение расстояния, используя накопленное значение расстояния во время моделирования производства. Извлекайте координаты реакции и энергетические термины из файла вывода производства, генерируемого командой grep.
Организуйте данные в четырех столбцах и запишите их в файл данных на каждом таймфрейме. Рассчитайте свободную энергию, выдав соответствующую команду. Наконец, чтобы проецировать свободную энергию на двумерный ландшафт, ввеми соответствующую команду.
В текущем протоколе было изучено однодеменное действие на процесс двойной передачи протонов в порфицене. Потенциальная энергия подсистемы ЗМ и вода в ходе предварительных этапов равновесия и оптимизации были проверены, чтобы убедиться, что энергия региона ЗМ была расширена до более широкого энергетического диапазона, без воздействия энергии окружающей среды. Для характеристики эффекта замещения дейтерия на геометрию и процесс передачи протонов порфицена использовались репрезентативные изменения расстояния и угла, а также прогнозируемые изменения свободной энергии.
Метод «Шесть М/ММ» достигает улучшенной сборки в энергетическом пространстве. Указанный диапазон слияний должен позволить расширить распределение энергии. Этот метод не только захватить верхнюю часть канала реакции вы получили может передать, но он также имеет потенциал выявления реакции продуктов из нормы реакции состояний в результате механизма реакции.
Этот протокол служит отправной точкой для исследования механизмов химической реакции в сжатой среде. Методы более высокого уровня можно легко комбинировать с методом Six qM/MM для изучения более сложных систем в будущем.
