As sequências de regulação cis são fragmentos curtos de DNA não codificante que estão presentes nos mesmos cromossomas que os genes que regulam. Estes fragmentos servem como locais de ligação para reguladores transcricionais, proteínas responsáveis pelo controlo da transcrição genética e da expressão genética diferencial pelos tipos de células em eucariotas. As sequências de regulação cis podem estar próximas do gene de interesse ou a milhares de bases de distância na sequência de DNA; no entanto, as sequências que estão mais distantes estão muitas vezes espacialmente localizadas perto do gene que regulam devido à compactação apertada do DNA no cromossoma. As que estão próximas na sequência regulam o início da transcrição genética, enquanto que as que estão mais afastadas, aumentam ou silenciam a transcrição genética. Os efeitos de várias sequências de regulação cis regulam transcricionalmente a maioria dos genes; no entanto, ocasionalmente, uma única sequência de regulação cis regula a transcrição de um gene.

Os factores de transcrição ligam-se às sequências de regulação cis quando o DNA está na sua forma helicoidal dupla. Os reguladores transcricionais ligam-se a sequências específicas, mas também são capazes de se ligar a sequências estreitamente relacionadas.A hélice dupla temdois tipos de sulcos:o mais pequeno, sulco menor, e o maior, sulco maior.Os factores de regulação são mais susceptíveis de se ligarem aos sulcos maiores do DNA devidoao seu tamanho. Os reguladores de transcrição reconhecem sequências de regulação cis específicas pelas características químicas presentes nas extremidades dos pares de bases nitrogenadas.Por exemplo, as bases têm diferentes dadores e aceitadores de ligações de hidrogénio expostos ao longo do sulco que podem formar ligações de hidrogénio com os reguladores transcricionais. Como muitas interações não covalentes também estão envolvidas nesta ligação, a associação é altamente estável.