Bei einer SN2-Reaktion erfolgt der nukleophile Angriff auf das Substrat und die Abspaltung der Abgangsgruppe gleichzeitig über einen Übergangszustand. Wenn sich das Nukleophil dem Substrat von der Rückseite nähert, ändert sich die Konfiguration des Substratkohlenstoffs von tetraedrisch zu trigonal-bipyramidal und dann zurück zu tetraedrisch, was zu einer Inversion der Konfiguration des Produkts führt.
Wenn das Substrat ein achirales Molekül am α-Kohlenstoff ist, wird die Konfigurationsumkehr nicht beobachtet.
Wenn das Substrat jedoch ein chirales Molekül ist, ist die Konfigurationsumkehr stärker ausgeprägt. Wenn der zu substituierende α-Kohlenstoff chiral ist, ist die Stereochemie des Produkts umgekehrt. Moleküle mit R-Konfiguration führen zu Produkten mit S-Stereochemie und umgekehrt. In ähnlicher Weise wird im Fall eines cyclischen Substrats eine Umkehrung der Konfiguration des Produkts beobachtet. Substrate in cis-Form werden zu Produkten mit einer trans-Form. Daher werden SN2-Reaktionen als stereospezifische Reaktionen bezeichnet.
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