利用多个可公开访问的数据库对乳腺癌生物标志物进行数据挖掘和综合分析

在这里，我们提出了一个协议，在分析各种公共可访问数据库的基础上，探索乳腺癌的生物标志物和生存预测器。该方法可以提高结论的可信度和代表性，从而对感兴趣的基因提供翔实的视角。这种方法的优点是，它允许快速可视化和解释基因在乳腺癌中的潜在作用。

此外，通过此过程获得的所有结果都可以立即测试和重复，只需查询相应的网站。我们在研究中选择了乳腺癌来检验这种方法的可行性。由于乳腺癌是一种异质疾病，乳腺癌不同分子亚型的诊断、治疗和预后可能会有所不同。

因此，找到有效的在线工具或数据库来反映乳腺癌的不同亚型尤为重要。要开始此过程，请转到 ONCOMINE Web 界面。在搜索框中键入 ID1，以获取各种恶性肿瘤中基因 ID1 的相对表达水平。

在主过滤器菜单中选择分析类型，然后选择癌症与正常分析。在其他视图菜单中选择基因摘要视图。

将 P 值的阈值设置为 0.01。将折叠更改的阈值设置为 2。将基因等级的阈值设置为"全部"。

将数据类型设置为"全部"。下载数字。首先，转到 BC 基因表达式矿工 Web 界面。

在分析菜单中，选择相关性，然后按"详尽"按钮。在搜索框中键入 ID1，然后按"提交"按钮和"开始分析"按钮。有关 BC 基因表达式矿工中的子组分析，请转到 BC 基因表达式矿工接口。

在分析菜单中，选择表达式并按下"详尽"按钮。在搜索框中键入 ID1，然后按提交按钮和开始分析按钮。单击节点状态和 Scarff 布鲁姆理查森等级状态缩略图查看完整图像。

在 Scarff Bloom Richardson 图像中，按下面的按钮以可视化图形的 P 值。然后，下载数字。有关通过基于基因表达的乳腺癌在线结果进行子组分析，请转到 GOBO Web 界面。

类型 ID1 为感兴趣的基因符号并上传基因集。将定义基因/探针标识符的搜索范围设置为基因符号。全部设置在肿瘤选择中，并在多变量参数中选择节点状态和等级分层。

其他项目保持默认值。现在，提交查询并下载数字。有关 BC 基因表达式矿工的生存分析，请转到 BC 基因表达矿工 Web 界面。

在分析菜单中，选择预测，然后按"详尽"按钮。在搜索框中键入 ID1，然后按提交按钮，然后按"开始分析"按钮。在详尽的预后分析中，在总体和事件标准中选择 Nm、ERm、MR，然后按提交按钮以获取更多信息。

之后单击卡普兰-迈尔曲线缩略图导出完整的图形。有关人类蛋白质图集中的生存分析，请转到人类蛋白质图集 Web 界面。键入 ID1 到搜索框，然后单击搜索按钮。

接下来，选择病理学子图集。单击乳腺癌的标签，将显示一个详细的页面，显示交互式生存散点图和生存分析。下载这些数字。

有关卡普兰-迈尔绘图仪生存中的生存分析，请转到卡普兰-迈尔绘图仪 Web 界面。在 mRNA 基因芯片区，单击启动乳腺癌的 KM 绘图仪。在搜索栏中键入 ID1，并在候选菜单中选择绿色项目。

然后，选择 RFS 作为生存类型，将其他项目保留到默认设置。点击绘制卡普兰-迈尔图并下载数字。在这项研究中，使用抑制剂的DNA结合家庭成员ID1对乳腺癌生物标志物进行数据挖掘和综合分析的代表性结果。

首先使用 ONCOMINE 数据库分析肿瘤和正常组织 ID1 mRNA 表达的差异，该数据库共包含 445 个独特的分析。只有5项研究显示，在正常组织中，ID1的MRNA表达水平明显高于乳腺癌组织，这表明乳腺癌中存在ID1的表达失调。然后使用BC基因表达矿工来识别ID1的mRNA表达与乳腺癌患者的临床病理参数之间的相关性。

与淋巴结转移的患者相比，没有淋巴结转移的乳腺癌患者的ID1 mRNA水平显著增加。GOBO的分析表明，ID1的mRNA水平增加与较低的肿瘤等级相关。这些结果表明，ID1的表达增加与乳腺癌中转移电位降低和病理等级降低有关。

BC基因表达矿工数据库的分析表明，ID1的mRNA水平较高与乳腺癌患者较远无转移的存活率相关。人类蛋白质图集的分析还表明，ID1的蛋白质水平升高与乳腺癌患者更好的生存结果有关。卡普兰-迈尔绘图仪的生存分析与这些发现一致，并表明，ID1表达的mRNA水平较高，预测乳腺癌患者更好的无复发存活率。

越来越多的在线数据库将可供研究人员使用或访问。该协议可能为研究人员提供一种有效的方法来识别潜在的靶基因和相关信号通路。