المعلوماتية الحيوية هي طريقة مفيدة لاستخراج المعلومات من مجموعات البيانات. والتجريب مهم بنفس القدر للتحقق من الصحة. نحن نجمع بين كلا النهجين للتحقيق في دور الإشارة إلى الدرجة في سرطان المبيض.
والميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أن الباحثين يمكنهم استخدام المعلومات من قواعد البيانات المعلوماتية الحيوية لتخطيط اتجاه أبحاثهم قبل إجراء التجربة. مع تراكم البيانات المعلوماتية الحيوية من الأمراض البشرية، والعلماء لم يعد معصوب العينين. يمكن إجراء التجارب للتحقق من صحة نتائج محددة، والتي يمكن أن تؤدي إلى تحسين العلاجات أو تشخيص الأمراض.
لتحليل الفوقية من الاقتران جين من مصلحة مع نوع معين من السرطان، إنشاء حساب مع عنوان البريد الإلكتروني الأكاديمية التابعة للوصول إلى قاعدة بيانات PRECOG وإدخال عنوان البريد الإلكتروني وكلمة المرور المرتبطة الحساب في محطة تسجيل الدخول. انقر على عرض التفاصيل وإدخال الجين الذي يهمك في شريط البحث. ثم استخدم شريط التمرير للحصول على نقاط البقاء على قيد الحياة Z لنوع السرطان محددة من الفائدة.
للتحقيق في العلاقة بين مستويات التعبير الجيني ومراحل سرطان المبيض، انتقل إلى صفحة الويب CSIOVDB وإدخال اسم الجين الذي يهمك في شريط البحث. ثم انقر على علامة التبويب البقاء على قيد الحياة. لتقييم بيانات التعبير الجيني عبر أنسجة الورم المتنوعة والطبيعية، انتقل إلى مدخل GENT وانقر على علامة التبويب بحث.
في قسم الكلمة الرئيسية، حدد رمز الجينات للمصطلحات من القائمة المنسدلة، وقم بإدخال رمز الجين للجين الذي يهمك، وحدد الأنسجة لخيّر النوع. انقر فوق الزر بحث. سيتم عرض رسوم بيانية موجزة للتعبير الجيني في أنسجة الورم العادي وأنواع السرطان المختلفة، استنادًا إلى منصات U133A وU122 Plus 2.
ثم انقر على رابط تنزيل بيانات النتائج للوصول إلى المعلومات التفصيلية حول قيم التعبير الجيني وأنواع الأنسجة ومصادر البيانات. للبحث عن التعديلات الجينية وشبكات الإشارات، افتح صفحة ويب مدخل CBIO، واستخدام الاستعلام في الصفحة المقصودة، انقر فوق الأعضاء أو الأنسجة ذات الأهمية ضمن قسم تحديد الدراسات، وحدد دراسة معينة للاهتمام، وانقر فوق الاستعلام حسب الجين. في قسم تحديد ملفات التعريف الجينية، حدد الطفرات، أو تغييرات رقم النسخة المفترضة من GISTIC، أو خيار تعبير mRNA.
حدد البيانات المقابلة من القائمة تحديد المريض/مجموعة الحالات، وأدخل رموز الجينات المستهدفة في مربع الاستعلام الخاص بإدخال الجينات. انقر فوق الزر إرسال استعلام، ثم افتح علامة التبويب الشبكة لاسترداد شبكة الجينات المطلوبة. ثم انقر فوق علامة التبويب ملف، وحدد حفظ باسم PNG صورة لتحميل صورة الشبكة.
لإنشاء الذباب مع NICD أو NICD وفرط التعبير عن المام ، وإعداد مخزونات الذباب المناسبة ، وتطبيق تقنية استهداف التعبير الجيني الزمني والإقليمي للتحكم في التعبير الجيني الزماني ، وفقًا للبروتوكولات القياسية. رفع الذباب في 18 درجة مئوية حتى سن البلوغ، قبل التحول إلى 29 درجة مئوية مع الخميرة لمدة 48 ساعة. في نهاية حضانة 29 درجة مئوية، إضافة ثلاثة ملليلتر من برنامج تلفزيوني إلى طبق جمع الأجنة، وتخدير ثقافة الذبابة مع وسادة ثاني أكسيد الكربون.
استخدام المجهر تشريح لتحديد ذبابة أنثى تخدير، واستخدام زوج من ملقط تشريح للاستيلاء بعناية على الصدر السفلي من الذبابة. غمر الذبابة في برنامج تلفزيوني داخل طبق جمع الأجنة ، واستخدم زوجًا ثانيًا من ملقط لقرص أسفل البطن ، وسحب بلطف لإطلاق الأعضاء الداخلية. تحديد مكان وفصل زوج من المبيضين من الجسم ذبابة, وكسر مغد العضلات, تقع في الطرف الخلفي للمبايض, لفصل ovarials.
ثم ضع المبيضين المعزولين في أنبوب طرد مركزي 1.5 ملليلتر ، يحتوي على 500 ميكرولترات من PBS على الجليد. عندما تم جمع جميع المبيضين، استبدال برنامج تلفزيوني مع 500 ميكرولترات من 4٪ الفورمالديهايد، ووضع الأنبوب على nutator لمدة 10 دقائق. في نهاية الحضانة ، تخلص من المثبت وغسل المبيضين مع ثلاثة ، 15 دقيقة تشطف في ملليلتر واحد من PBT لكل غسل.
بعد الغسيل الأخير، قم بتسمية المبيضين بـ 150 ميكرولترات من 10 ميكروغرام لكل ملليلتر DAPI لمدة 10-15 دقيقة على المُجنة. في نهاية الحضانة ، وغسل المبايض مرة واحدة لمدة 10 دقائق مع ملليلتر واحد من PBT ، تليها اثنين من غسل 10 دقيقة في برنامج تلفزيوني. بعد الغسيل الثاني، وإزالة جميع ما عدا آخر 300 ميكرولترات من برنامج تلفزيوني، واستخدام 200 دقيق 200 تلميح ماصة لtriterate المبيضين عدة مرات لتحرير غرف البيض.
المقبل، رواسب بلطف أنسجة المبيض من خلال تدور سريعة في microcentrifuge، وإزالة أكبر قدر ممكن من برنامج تلفزيوني دون إزعاج بيليه المبيض. باستخدام 1،000 دقيق الماصات تلميح، نقل حوالي ثلاث قطرات من تصاعد حل للأنبوب، واستخدام 200 دقيق ماصة تلميح مع ما يقرب من 0.33 ملليمتر قلصت من نهاية لنقل كامل 120 ميكرولترات من محلول تصاعد المبيض التي تحتوي على شريحة المجهر الزجاجي. ضع زجاج الأغطية بلطف فوق حل التركيب، وختم الحواف بتلميع الأظافر الشفاف.
ثم استخدم مجهرًا اخلطي في تكبير 10x مع فتحة 0.8 للحصول على صور للمبايض الملطخة والمثبتة. باستخدام بوابة PRECOG كما هو موضح، يمكن الحصول على درجات Z-من NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 في سرطان المبيض. تشير قيم نقاط Z السلبية إلى سوء البقاء على قيد الحياة بشكل عام للمرضى الذين يعانون من مستويات تعبير عالية للجينات الثلاثة.
وباستخدام قاعدة بيانات CSIOVD لتأكيد هذه النتائج، يشير كذلك إلى أن التعبير العالي عن NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 يرتبط ببقائه على قيد الحياة بشكل عام وخالٍ من الأمراض. وتشير اختبارات التباديل الأخرى إلى أن NOTCH2 و NOTCH3 و MAML1 يتم التعبير عنها بشدة في أنسجة الورم. واستنادا إلى هذه الجينات الأساسية الثلاثة، يمكن إنشاء شبكة إشارات لتوفير الجينات المجاورة الأكثر تغيرا البالغ عددها 50 جينا التي هي أيضا في نفس المسار مع أعلى معدلات الطفرات.
من الفائدة، والإفراط في التعبير عن جين الاتش دوزوفيليا ما يعادل، NICD، وحدها، لا تحفز الأورام في دروسوفيليا. في حين أن فرط التعبير عن NICD والثدي معا يحفز الأورام في ذباب الفاكهة ، كما يتضح من وجود طبقات ظهارية متعددة وخلايا متراكمة. ويمكن أن يمهد مزيد من التحقق من التجارب الطريق أمام تحديد أهداف جديدة محتملة للعلاج بالعقاقير، و المؤشرات البيولوجية للأمراض، والعلاجات الشخصية.
