الأرقام 1 و 2 ونشرت سابقا في علم الأحياء والطب الراديكالي الحرة (Queliconi وآخرون. 5) ولها حقوق الطبع والنشر التي عقدها إلسفير. وأيد هذا العمل من قبل فندجاو دي أمبارو à Pesquisa تفعل استادو دي ساو باولو (FAPESP) والمعهد الوطني للبحوث والتكنولوجيا Ciência ه دي Processos الأكسدة م Biomedicina، ونكليوتيد دي Apoio à Pesquisa دي Processos الأكسدة م Biomedicina، USPHS NS064945 (KN)، وUSPHS GM087483 (KN ). BBQ هو طالب دكتوراه بدعم من زمالة مؤسسة FAPESP.

1. C. ايليجانس النمو <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 35 ملم وسائط النمو الخيطية (NGM) لوحات أجار المصنف مع البكتيريا OP50، وفقا لأساليب زراعة القياسية 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مزامنة C. ايليجانس عن طريق وضع 6 البالغين حامل على لوحة NGM المصنفة. إزالة الكبار بعد أن وضعت 100 بيضة ~ (~ ساعة 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لوحات لمدة 3 أيام في 20 درجة مئوية، وعند هذه النقطة تكون قد وضعت الديدان إلى مرحلة الشباب والكبار هي الأمثل لهذه التجربة. بروتوكولات بديلة لمزامنة C. موصوفة ايليجانس مكان آخر 10. </li></ol> 2. المواد اللازمة لAS <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العازلة M9 (22 ملي KH 2 PO 4، 42 ملي نا 2 هبو 4، 86 مم كلوريد الصوديوم، 1 ملم MgSO 4) ينبغي تطهير من الأوكسجين من قبل توازنه مع N 2 (الأرجون يمكن أن تستخدم أيضا) خلال 30 دقيقة قبل التجربة وأبقى محاطة الجليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل ثقب صغير (3 ملمواسعة) في غطاء من 1.5 مل أنابيب microcentrifuge التي سيتم وضعها الديدان خلال AS. ثقب يسمح لتبادل الغاز دون الحفاظ على الغطاء مفتوحا، وهذا يمكن أن يؤدي إلى التبخر وسائل الإعلام المفرطة. </li></ol> 3. نقص الأكسجين / المجاعة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إجراء جميع التجارب على الأقل في ثلاث نسخ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 مل من RT، العازلة M9 المؤكسج إلى كل لوحة تحتوي على 35 مم الديدان الشباب البالغين نمت كما هو موضح أعلاه. توخي الحذر لتجنب إزالة البكتيريا من لوحة (M9 إضافة إلى حواف حيث لم المصنفة البكتيريا). بعد ~ 1 دقيقة الديدان ينبغي أن السباحة في M9. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معطف غيض ماصة 1 مل مع BSA من قبل pipetting وطرد العقيمة 1٪ حل جيش صرب البوسنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انحدر بعناية لوحة تحتوي على الديدان في M9 العازلة، وإزالة M9 من نفس المكان الذي تم إضافته، ووضع معلق في أنابيب microcentrifuge المعدة. اسمحوا الباقي في الجليد حتى انخفضت الديدان إلى أسفل أنابيب (~ 1-2 دقيقة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة أكبر قدر ممكن من M9 ممكن من دون إزعاج الديدان من الأنبوب (ترك حوالي 100 ميكرولتر)، إضافة 1 مل من M9 ومثلج-تطهير الأوكسجين ووضع أنبوب على الجليد حتى الديدان تستقر في قاع مرة أخرى. تكرار الخطوة الأخيرة 3X. في غسل الماضي، وإزالة M9 حتى يبقى ~ 100 ميكرولتر في الأنبوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع أنابيب مع الديدان في M9 غير المؤكسج داخل غرفة نقص الأكسجين / ميتة (انظر تعليمات أدناه، القسم 3.6.1) أو، بدلا من ذلك، في وعاء مخصص مختومة (انظر تعليمات أدناه، القسم 3.6.2). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان نقص الأكسجين / ميتة الغرفة التجارية لاستخدامه، وترك بعض تطهير M9 داخل الغرفة قبل البدء الخطوة 3.5 و 3.5 كرر الخطوة مرة واحدة الديدان الموجودة داخل الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا غرفة مخصصة لاستخدامه، وتقدم وصفا مفصلا لكيفية إنشاء جهاز منخفضة التكلفة في نهاية هذا البروتوكول ولقد وصفت من قبل مجموعة أخرى سابقا 11. باختصار: <ol&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل اثنين من الثقوب في غطاء 250 مل تثبرور من نوع الحاويات وإضافة وصلات أنبوب لهم. وسوف تستخدم واحدة لحقن خليط الغاز في حين أن الآخر سوف يكون خروج الغاز في حمام مائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الديدان في غرفة وختم الغرفة باستخدام غطاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الغاز مع ثابت N 2 تدفق (100 مل / دقيقة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الحاويات داخل حمام الماء عند 26 درجة مئوية. تأكد من أن أنبوب الخروج مغمورة جيدا في الماء حتى لا يعود الهواء وأن هناك أي تسرب في نظام (واضح من قبل فقاعات الناشئة من الغرفة نفسها). </li></ol></li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الديدان في 26 درجة مئوية لمدة 20 ساعة. </li></ol> 4. إعادة إشباع الخلايا محاكاة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد 20 ساعة تحت ظروف AS، وإزالة أنابيب من غرفة الحضانة في هواء الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة C. ايليجانس مع طرف BSA المغلفة (كما في الخطوة 3.3) على أحد OP50 المصنفة 35 ملم NGM وحة. احتضان لوحات عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.بعد هذا، فإن الديدان تكون جاهزة للسجل. </li></ol> 5. تحديد الميت مقابل لايف الديدان <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام معول البلاتين، مسة خفيفة الجزء العلوي من رأس الدودة. سوف الديدان الحية تتحرك إلى الوراء بعد أن لمسها. إذا كانت الديدان هي مستجيبة، يسجل في عداد الموتى. في بعض الأحيان، ودودة لا تتحرك إلى الوراء، ولكن قد يحمل حركة طفيفة الرأس جنبا إلى جنب. وإن لم يكن ميتا من الناحية الفنية، وهذه الديدان من شبه المؤكد أن تنتهي في غضون ساعات، وينبغي وسجل في عداد الموتى. إذا كان أحد ينتظر وقتا طويلا ليسجل الديدان، ويمكن أن يحدث الفقس الداخلية للذرية ويمكن لهذه &quot;أكياس من بين الديدان&quot; تمزق، مما يجعل الكشف عن جثث صعبة للغاية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة كل الديدان الحية والميتة من لوحة كما أنها تحسب لتجنب اتهامات مكررة. يمكن نقل الديدان الحية إلى لوحة منفصلة لأداء المقايسات السلوكية. ويمثل المبلغ من الديدان تعيش نسبة إلى مجموع باسم٪ من الديدان على قيد الحياة (الشكل 1A </stرونغ&gt;). </li></ol> 6. تلمس الفحص الاستجابة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد قدم وصفا مفصلا لهذا البروتوكول في هارت، آن C.، أد. السلوك (3 يوليو 2006)، WormBook، أد. وC. ايليجانس البحوث المجتمعية، WormBook، doi/10.1895/wormbook.1.87.1، http://www.wormbook.org. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للتسجيل للاستجابة اللمس، وتحديد الديدان التي تتحرك بخفة وتلمس الجانب من الرأس والدودة (بالقرب من الجزء الأوسط من البلعوم) مع اختيار رمش (الشكل 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا تحرك الدودة إلى الخلف، والنتيجة كما تستجيب، إن لم يكن، والنتيجة كما مستجيبة (الشكل 1B). كرر هذه الخطوة 10-15X لكل دودة مع 10 فترات ثانية. بحث لا يقل عن 10 الديدان في كل مجموعة لديها بيانات دقيقة. نفس الفحص يمكن استخدامها لتقييم التغيرات إلى الأمام الحركي التالية مسة خفيفة لجدار الجسم الخلفي. تأكد من عدم لمس الرأس أو الذيل من دودة، لأن هذا يحفز سلوك متميزة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخيرا، فيسلالات السيطرة الوراثية الشركات [N2 بريستول البرية من نوع لإيجابية، MEC (ميكانيكية حسية) متحولة لالسلبية - على سبيل المثال CB1338 MEC-3 (e1338) رابعا] لمعايرة القوة التي للمس الديدان. قاسية جدا لتحفيز واستثارة استجابة السلوكية في المسوخ MEC، والقليل جدا لا تثير لها تأثير في الضوابط N2 wildtype. </li></ol></li></ol> 7. العصبية التعديلات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتصور آخر AS التعديلات العصبية، واستخدام الضغط الذي يعبر عن GFP في الخلايا العصبية MEC-الاستجابة التي تعمل باللمس 4،5. هذه الخلايا العصبية لديها عمليات طويلة التي تعمل على طول جدار الجسم ويسجل الهدف بسهولة لتشوهات شكلية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تكون متكاملة مع المعلومات المورفولوجي التدابير السلوكية وظيفة الخلايا العصبية، كما هو موضح أعلاه. سلالة واحدة والتي يمكن استخدامها لهذا الغرض هو TU2583، والذي يتوفر من C. مركز علم الوراثة ايليجانس ويحتوي على uIs25 متكاملة التحوير معربا عن GFP جيئة وذهابام المروج MEC-18، أو بدلا من ذلك TU2562، والذي يحتوي على متكاملة MEC-3 :: GFP الانصهار. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد لوحة الاغاروز. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تذوب 2٪ الاغاروز في المياه، وجلب ل1x أخرى M9 مع مخزون 10X، والحفاظ على الحل عند 70 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع قطرة (~ 20 ميكرولتر) من هذا الحل على شريحة زجاجية (25 ملم × 75 ملم) التي تم وضعها بين اثنين من الشرائح الأخرى، كل واحدة منها لديها قطعة واحدة من الشريط الى جانبهم السفلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع شريحة زجاجية النهائي عمودي على الأول على رأس الحل الاغاروز 2٪، واتركها تبرد في RT. هذا ينبغي أن تشكل وسادة هذا هو سمك الشريط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة الشريحة العليا وإضافة 10 ميكرولتر من M9 تحتوي على 0.1٪ تتراميزول، والتي سوف شل الديدان. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل بعض (~ 10) الديدان تعيش على 2٪ الاغاروز الشريحة. وضع ساترة عليها وتصور GFP باستخدام المجهر مضان تحت الهدف 100X مع الإضاءة المناسبة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التالفةسوف تظهر الخلايا العصبية سلسلة عصاري خلوي غشاء نمط اللؤلؤ في العمليات، وتتألف من تنقط متعددة (الشكل 2A)، و / أو شذوذ حيث يبدو أن كسر (الشكل 2B) العمليات. عد تنقط وتشوهات في كل من الخلايا العصبية لكل دودة، وذلك باستخدام ما مجموعه 10 على الأقل الديدان. </li></ol> 8. صنع مختبر غرفة ميتة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> A-نمط تثبرور، قابل للغلق، عاء محكم يمكن التحديثية باعتبارها غرفة نقص الأكسجين. الحرص على تحديد الحاويات التي هي صغيرة قدر الإمكان. وعاء صغير يخلق بيئة ميتة أسرع وأسهل لتناسب في حمام الماء (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل اثنين من الثقوب على غطاء (يمكن القيام به مع مفك البراغي أو عن طريق تسخين ملقط واضطر في غطاء) وإدراج موصل البلاستيك أو المعدن الذي يناسب الأنابيب (الشكل 5A). استخدام الغراء التي يمكن وضعها تحت الماء، وأيضا يحصل الثابت بعد التجفيف، وتجنب حركةموصل، وبالتالي الحد من إمكانية تسرب (الشكل 5B). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب وضع الحاوية في حمام مائي بحيث يتم مغمورة تماما (الشكل 4). أن تزج الحاوية، استخدم زجاجة الوزن أو الوزن الغوص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وسوف تستخدم واحدة من وصلات أنبوب لإدخال خليط الغاز وسوف أنبوب الأخرى بمثابة تخفيف الضغط، وبالتالي فإنه ينبغي أن يترك تحت الماء بحيث يتم ختم الحاويات الخروج من البيئة الخارجية (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تكوين الهواء يمكن التضمين باستخدام الغاز العرف، وحدات تحكم تدفق الشامل أو أي جهاز الذي يمزج الغازات المطلوب. يجب السيطرة على تدفق الغاز، وتدفق عالية يمكن أن تخلق التبخر المفرط. على سبيل المثال، في وعاء مل 250، و100 مل / دقيقة من الغاز توفير مساحة جيدة للديدان وتدفق مناسبة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب أن تبقى طول الأنبوب إلى الحد الأدنى، كما أنها يمكن أن تكون قابلة للاختراق إلى الغاز، والنماذج التالية مدخل O 2. من المهم تجنب استخدام السيليكون، Tygon أنابيب لأن هذه المواد هي منفذة لتبادل الغازات. نحن نفضل البولي بروبلين أو النايلون الأنابيب. الزجاج أو أنابيب معدنية حفاظ على الغازات بشكل جيد، ولكن أيضا من الصعب التعامل معها. </li></ol>

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Maine, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+gene+function+in+Caenorhabditis+elegans+using+RNA-mediated+interference.">Studying gene function in Caenorhabditis elegans using RNA-mediated interference.</a> Briefings Funct. Genom. Proteom. 7 (3), 184-194 (2008).</li><li>Vanden Hoek, ., L, T., Shao, Z., Li, C., Zak, R., Schumacker, P. T., Becker, L. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reperfusion+injury+on+cardiac+myocytes+after+simulated+ischemia.">Reperfusion injury on cardiac myocytes after simulated ischemia.</a> Am. J. Physiol. 270 (4), 1334-1341 (1996).</li><li>Ba Scott, ., Avidan, M. S., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+hypoxic+death+in+C.+elegans+by+the+insulin/IGF+receptor+homolog+DAF-2.">Regulation of hypoxic death in C. elegans by the insulin/IGF receptor homolog DAF-2.</a> Science. 296 (5577), 2388-2391 (2002).</li><li>Queliconi, B. B., Marazzi, T. B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bicarbonate+modulates+oxidative+and+functional+damage+in+ischemia-reperfusion.">Bicarbonate modulates oxidative and functional damage in ischemia-reperfusion.</a> Free Rad. Biol. Med. 55, 46-53 (2013).</li><li>Wojtovich, A. P., DiStefano, P., Sherman, T., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+ATP-sensitive+potassium+channel+activity+and+hypoxic+preconditioning+are+independent+of+an+inwardly+rectifying+potassium+channel+subunit+in+Caenorhabditis+elegans.">Mitochondrial ATP-sensitive potassium channel activity and hypoxic preconditioning are independent of an inwardly rectifying potassium channel subunit in Caenorhabditis elegans.</a> FEBS Lett. 586 (4), 428-434 (2012).</li><li>Dasgupta, N., Patel, A. M., Scott, B. A., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypoxic+Preconditioning+Requires+the+Apoptosis+Protein+CED-4+in+C.+elegans.">Hypoxic Preconditioning Requires the Apoptosis Protein CED-4 in C. elegans.</a> Curr. Biol. 17 (22), 1954-1959 (2007).</li><li>Jia, B., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volatile+anesthetic+preconditioning+present+in+the+invertebrate+Caenorhabditis+elegans.">Volatile anesthetic preconditioning present in the invertebrate Caenorhabditis elegans.</a> Anesthesiology. 108 (3), 426-433 (2008).</li><li>Wojtovich, A. P., Sherman, T. A., Nadtochiy, S. M., Urciuoli, W. R., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLO-2+is+cytoprotective+and+contributes+to+mitochondrial+potassium+transport.">SLO-2 is cytoprotective and contributes to mitochondrial potassium transport.</a> PloS One. 6 (12), e28287 (2011).</li><li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cer&#243;n, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Caenorhabditis+elegans+methods:+synchronization+and+observation.">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> J. Vis. Exp. (64), e4019 (2012).</li><li>Fawcett, E. M., Horsman, J. W., Miller, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creating+defined+gaseous+environments+to+study+the+effects+of+hypoxia+on+C.+elegans.">Creating defined gaseous environments to study the effects of hypoxia on C. elegans.</a> J. Vis. Exp. (65), e4088 (2012).</li><li>Butler, J. A., Mishur, R. J., Bokov, A. F., Hakala, K. W., Weintraub, S. T., Rea, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+the+anaerobic+response+of+C.+elegans+using+GC-MS.">Profiling the anaerobic response of C. elegans using GC-MS.</a> PLoS One. 7 (9), 10-1371 (2012).</li><li>Padilla, P. A., Nystul, T. G., Zager, R. A., Johnson, A. C., Roth, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dephosphorylation+of+cell+cycle-regulated+proteins+correlates+with+anoxia-induced+suspended+animation+in+Caenorhabditis+elegans.">Dephosphorylation of cell cycle-regulated proteins correlates with anoxia-induced suspended animation in Caenorhabditis elegans.</a> Mol. Biol. Cell. 13 (5), 1473-1483 (2002).</li><li>Jiang, H., Guo, R., Powell-Coffman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+hif-1+gene+encodes+a+bHLH-PAS+protein+that+is+required+for+adaptation+to+hypoxia.">The Caenorhabditis elegans hif-1 gene encodes a bHLH-PAS protein that is required for adaptation to hypoxia.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (14), 7916-7921 (2001).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Wang, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+age-dependent+reversal+in+the+protective+capacities+of+JNK+signaling+shortens+Caenorhabditis+elegans+lifespan.">An age-dependent reversal in the protective capacities of JNK signaling shortens Caenorhabditis elegans lifespan.</a> Aging Cell. 11 (4), 659-667 (2012).</li><li>Wang, Y., Chen, J., Wei, G., He, H., Zhu, X., Xiao, T., Yuan, J., Dong, B., He, S. S. k. o. g. e. r. b. &. #. 2. 4. 8. ;. G., Chen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+intermediate-size+transcriptome+shows+high+degree+of+stage-specific+expression.">The Caenorhabditis elegans intermediate-size transcriptome shows high degree of stage-specific expression.</a> Nucleic Acids Res. 39 (12), 5203-5214 (2011).</li><li>Perry, C. N., Huang, C., Liu, W., Magee, N., Carreira, R. S., Gottlieb, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenotransplantation+of+mitochondrial+electron+transfer+enzyme,+Ndi1,+in+myocardial+reperfusion+injury.">Xenotransplantation of mitochondrial electron transfer enzyme, Ndi1, in myocardial reperfusion injury.</a> PloS One. 6 (2), e16288 (2011).</li><li>Chai, Y., Li, W., Feng, G., Yang, Y., Wang, X., Ou, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+Imaging+of+Cellular+Dynamics+During+Caenorhabditis+elegans+Postembryonic+Development.">Live Imaging of Cellular Dynamics During Caenorhabditis elegans Postembryonic Development.</a> Nature Protoc. 7 (12), 2090-2102 (2012).</li><li>Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reduction+in+intestinal+cell+pHi+due+to+loss+of+the+Caenorhabditis+elegans+Na+/H++exchanger+NHX-2+increases+life+span.">A reduction in intestinal cell pHi due to loss of the Caenorhabditis elegans Na+/H+ exchanger NHX-2 increases life span.</a> J. Biol. Chem. 278 (45), 44657-44666 (1074).</li></ol>

والكتاب ليس لديهم ما يكشف.

AS قد استخدمت على نطاق واسع في C. ايليجانس لنموذج إصابة الأشعة تحت الحمراء. وينبغي إبراز بعض النقاط الرئيسية لهذا البروتوكول: C. ايليجانس هي مقاومة للمجموعة واسعة من الإصابات، التي تبرر الحاجة لمدة 3 الشتائم يصاحب ذلك (الحرارة والجوع ونقص الأكسجين) لتحقيق الموت باستخدام هذا النظام. نقص الأكسجين وحده لا يقتل الديدان في هذا الإطار من الوقت 14. علاوة على ذلك، ارتفاع درجة الحرارة هو الإجهاد إضافية، لذلك من المهم أن ترصد عن كثب. بالمعنى الدقيق للكلمة، لا يسهم المجاعة إلى حد كبير في درجة وفيات وحظ 7، في حد ذاتها، ولكن يبدو للحد من التباين بين مكررات التجريبية. بالنظر إلى أن يمكن أن يكون هناك تباين كبير من يوم إلى يوم، من المهم للغاية لمقارنة عينات تشغيلها مباشرة في موازاة ذلك، وتكرار التجارب على مدى عدة أيام. بشكل عام، يتم قياس النتائج لمدة ثلاث لوحات منفصلة من 50-100 الديدان / حالة تجريبية وهذه هين المتوسط ​​ويعتبر تكرار التجريبية واحد. عموما، تظهر ما بين سبعة وتسعة مكررات أن تكون كافية لتحقيق أو استبعاد دلالة إحصائية. تحتاج المرحلة التنموية من الديدان التي استخدمت في التجربة أيضا أن يتم رصدها بعناية كما قابلية مراحل مختلفة لAS الضرر يختلف اختلافا كبيرا 15،16. استخدام الشباب هو المعيار، وتظهر مرحلة اليرقات (L3 L4 و) الديدان لتكون أكثر قدرة على مقاومة الآثار الضارة للAS (بيانات غير منشورة). ويعرض هذا البروتوكول طريقتان لإجراء التجارب، واحد باستخدام جهاز من صنع مختبر (باستخدام تثبرور من نوع الحاويات وإدخال الغاز 11) وغيرها باستخدام غرفة ميتة التجارية 4،6. لا يمكن أن يتحقق بوسائل أخرى نقص الأكسجين التي تستهلك الأوكسجين، كما هو موضح في أماكن أخرى 13،17. استخدام تقنيات بديلة لخلق بيئة ميتة قد تغيير الوقت AS الحضانة اللازمةلإنشاء المبلغ المطلوب من الموت. استهداف بقاء ~ 20٪ هو نقطة انطلاق مثالية لدراسة تدخلات وقائية، في حين أن 80٪ مثالية بالمثل لالتدخلات التي تؤدي إلى تفاقم الآثار الضارة للAS. تحذير هام آخر هو الوقت الذي عشرات القتلى مراقب الديدان / على قيد الحياة. إذا تم تمديد الوقت لتحليل ما وراء مدار 24 ساعة، قد تكون البيانات مضللة منذ الديدان الميتة يصبح من الصعب على نحو متزايد لتحديد. قد يكون هذا بسبب جثث دودة تصبح شفافة نسبيا مع مرور الوقت، ولكن أيضا إلى حقيقة أن الأجنة المخصبة يمكن أن تتطور إلى ذرية بعد الوفاة داخل أطر وتعطيل لهم لأنها تظهر. يمكن تعديل تحليل مورفولوجيا الخلايا العصبية للنظر في أنماط التعبير البروتين 18، تجزئة النووية (4) وغيرها من المعالم 19 عن طريق استبدال سلالة دودة التي تعبر عن المناسبة علامة المشفرة وراثيا. واحد التحذير النهائي هو أن التصور للالعمليات العصبية ينبغي القيام به أقل من 30 دقيقة بعد وضع الديدان على الشريحة. أبقى حيوانات تحت التخدير على الشرائح لفترات أطول يمكن أن يحمل الضرر AS-مستقلة. ضبط كمية من الحيوانات لكل شريحة وفقا للوقت اللازم لتتبع وتحليلها.

C. ايليجانس هو الخيطية التي اعتمد على نطاق واسع متعددة الخلايا حقيقية النواة النموذج الحي منذ بدء العمل به من قبل برينر 1. بل هو، نموذج بسيط، وتنوعا رخيصة، والذي يسمح روابط سهلة بين تغيرات جينية والمظهري يتغير 2. يتميز نقص التروية بسبب نقص المواد الغذائية والأوكسجين إلى الأنسجة، تليها ضخه، وعندما يتم إنتاج وابلا من أنواع الاكسجين التفاعلية (3) ومعظم الضرر يحدث. في عام 2002، وهذا نموذج من نقص التروية / ضخه (IR) في C. وقد وضعت ايليجانس 4 تنطوي على تقديم دودة كاملة لنقص الأكسجين، والحرمان من المواد الغذائية والإجهاد الحراري لحوالي 20 ساعة تليها 24 ساعة في ظل ظروف طبيعية. على الرغم من أن هذا النموذج من الناحية التقنية لنقص الأكسجين المجاعة (AS) حالة، يحدث موت الخلايا من خلال الآليات التي يتم حفظها في الثدييات، بما في ذلك الضرر الناجم عن الأكسدة خلال ضخه &lt;سوب&gt; 5. وعلاوة على ذلك، على غرار الثدييات الأشعة تحت الحمراء، والضرر الناجم عن AS في C. ايليجانس يمكن منعها من خلال شروط مسبقة الدماغية 6،7 أو 8،9 مخدر شروط مسبقة. شرح بروتوكولات أدناه كيفية تقليد IR في C. ايليجانس باستخدام نموذج AS، وكيفية تسجيل الشذوذات الشكلية والسلوكية التي تنتج عن AS، وكيفية التكيف مع البروتوكول بطريقة تسمح التجربة التي ستجرى مع الاستثمار الأولي أقل باستخدام حسب الطلب، شيدت بسهولة بديلة الغرفة .

<table><tbody><tr><td>N2&amp;nbsp; strain</td><td>CGC</td><td></td><td>Wild type strain.&lt;p&gt; http://www.cbs.umn.edu/CGC/&lt;/p&gt;</td></tr><tr><td>TU2583 uIs25 (P&lt;em&gt;mec-18&lt;/em&gt;::GFP)</td><td>CGC</td><td>TU2583</td><td>integrated fluorescent transgene used to label touch neurons.&lt;p&gt;
http://www.cbs.umn.edu/CGC/&lt;/p&gt;</td></tr><tr><td>CB1338 &lt;em&gt;mec-3&lt;/em&gt; (&lt;em&gt;e1338&lt;/em&gt;)IV</td><td>CGC</td><td>CB1338</td><td>canonical mec-3 mutant that is touch insensitive.&lt;p&gt;
http://www.cbs.umn.edu/CGC/&lt;/p&gt;</td></tr><tr><td>Microcentrifuge Tube</td><td>Eppendorf</td><td>0030 120.086</td><td></td></tr><tr><td>Nikon Eclipse TE2000-U Microscope&amp;nbsp;</td><td>Nikon USA</td><td>TE2000-U</td><td></td></tr><tr><td>Low Temperature Incubator</td><td>Sheldon Manufacturing Inc.</td><td>Model 2005</td><td></td></tr><tr><td>Eyelash Pick</td><td></td><td></td><td>An eyelash pick can be prepared by attaching&amp;nbsp; an eyelash onto a wooden toothpick, then attaching the toothpick in a glass Pasteur pipette (&lt;strong&gt;Figure 3&lt;/strong&gt;).</td></tr><tr><td>Hypoxic Chamber</td><td>Coy</td><td>8307030</td><td>Hypoxic Glove box equipped with paladium catalyst and CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt; controller.</td></tr></tbody></table>

an anoxia-starvation model for ischemia/reperfusion in c. elegans

بروتوكولات لنقص الأكسجين / المجاعة في الجينية النموذج الحي C. ايليجانس محاكاة نقص التروية / ضخه. يتم فصل الديدان من المواد الغذائية البكتيرية وضعت تحت نقص الأكسجين لمدة 20 ساعة (نقص التروية محاكاة)، وبعد ذلك انتقلت إلى أجواء طبيعية مع الغذاء (ضخه محاكاة). يتم عرض هذه النتائج النموذج التجريبي في زيادة الوفيات والأضرار العصبية، وتقنيات لتقييم الجدوى الحي، تعديلات على التشكل من العمليات العصبية التي تعمل باللمس، فضلا عن حساسية اللمس، والذي يمثل الناتج السلوكية وظيفة الخلايا العصبية. أخيرا، وصفت طريقة لبناء حاضنات ميتة باستخدام حاويات تخزين المطبخ المشترك. إضافة وحدة التحكم في التدفق الجماعي يسمح للتعديلات المطلوب ادخالها على خليط الغاز في حاضنات مخصصة، وحمام مائي تعميم يسمح لكلا التحكم في درجة الحرارة ويجعل من السهل التعرف على تسرب. وهذه الطريقة توفر بديلا منخفض التكلفة لأسس تجاريةالوحدات المتاحة.

إخضاع C. ايليجانس إلى 20 ساعة من AS في 26 درجة مئوية في صنع مختبر غرفة الحضانة المخصصة كما أدى صفها (القسم 3.6.2) في وفيات كبيرة (الشكل 1A) 5. التصوير الفلورسنت اللاحقة تنقط وفواصل في GFP المسمى العمليات العصبية من الناجين أكدت وجود شذوذ المورفولوجية (الشكل 2). كما وردت الناجين سيئة لمسة خفيفة جدار الجسم (الشكل 1B). وقد استخدم هذا النموذج من قبل مجموعات متعددة لدراسة كيفية الاستعداد الوراثي، والتدخل الصيدلانية، واللدونة التمثيل الغذائي يؤثر على نتائج AS تعتمد 4-6،8،9،12،13. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1.jpg" /> الشكل 1. C. ايليجانس البقاء واستجابة لمسة بعدAS. A) نسبة الديدان التي تظهر 24 ساعة بعد AS البقاء على قيد الحياة. سلالة N2 هي الخلفية الوراثية النوع البري، وKWN85 يحتوي على التحوير المتكاملة التي تصف الخلايا العصبية MEC مع GFP. ب) الاستجابة للمس من المحفزات C. يعيشون ايليجانس (N2 سلالة) بعد AS. <a href="https://jove.unicartagenaproxy.elogim.com/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الرقم 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2.jpg" /> الشكل 2. تم رصد الخلايا العصبية بعد لمس التعديلات AS. الخلايا العصبية التي تعمل باللمس (PLML وPLMR) تشوهات مثل عمليات مضنية وفواصل (A) أو تراكم الركام GFP في عمليات (B) في قيد الحياة تخدير C. eleg<html> الجواب بعد AS. <img alt="الرقم 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3.jpg" /> الرقم 3. اختيار رمش. معول رمش تجميعها. في أقحم، والتفاصيل من رمش لصقها على الخشب مسواك. <img alt="الرقم 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4.jpg" /> الشكل 4. غرفة ميتة داخل حمام مائي من صنع المختبر. حاوية مغلقة على استعداد لبدء التجربة. تبين الأسهم مدخل الغاز والخروج ووزن زجاجة تستخدم لمنعها من العائمة. 231fig5.jpg &quot;/&gt; الرقم 5. تفاصيل الجانب الداخلي والخارجي للغطاء الحاوية. أ) الجانب الخارجي للغطاء حاوية، مما يدل على أنبوب موصل والتي تعلق على التي سبق حفرة. ب) الجانب الخارجي للغطاء حاوية، مما يدل على موصل أنبوب تعلق على ثقب التي سبق.

Watch this Scientific Journal Video about An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans at JoVE.com

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

يوصف بروتوكول يستخدم نقص الأكسجين / المجاعة في C. ايليجانس لنموذج نقص التروية / ضخه. وتشمل النتائج الفنية زيادة معدل الوفيات، تشوهات واضحة في العمليات العصبية GFP المسمى، وضعف الاستجابات السلوكية التي تتطلب وظيفة الخلايا العصبية.

نموذج نقص الأكسجين المجاعة لنقص التروية / ضخه في<em&gt; C. ايليجانس</em

Protocols for anoxia/starvation in the genetic model organism C. elegans simulate ischemia/reperfusion. Worms are separated from bacterial food and placed ...

an-anoxia-starvation-model-for-ischemiareperfusion-in-c-elegans

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Biology

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

9.8K Views.  Universidade de São Paulo.  يوصف بروتوكول يستخدم نقص الأكسجين / المجاعة في C. ايليجانس لنموذج نقص التروية / ضخه. وتشمل النتائج الفنية زيادة معدل الوفيات، تشوهات واضحة في العمليات العصبية GFP المسمى، وضعف الاستجابات السلوكية التي تتطلب وظيفة الخلايا العصبية. 

Video: An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

The Nematode Caenorhabditis Elegans - A Versatile In Vivo Model to Study Host-microbe Interactions

We demonstrate a method using Caenorhabditis elegans as a model host to study microbial interaction. Microbes are introduced via the diet making the intestine the primary location for disease. The nematode intestine structurally and functionally mimics mammalian intestines and is transparent making it amenable to microscopic study of colonization. Here we show that pathogens can cause disease and death. We are able to identify microbial mutants that show altered virulence. Its conserved innate response to biotic stresses makes C. elegans an excellent system to probe facets of host innate immune interactions. We show that hosts with mutations in the dual oxidase gene cannot produce reactive oxygen species and are unable to resist microbial insult. We further demonstrate the versatility of the presented survival assay by showing that it can be used to study the effects of inhibitors of microbial growth. This assay may also be used to discover fungal virulence factors as targets for the development of novel antifungal agents, as well as provide an opportunity to further uncover host-microbe interactions. The design of this assay lends itself well to high throughput whole-genome screens, while the ability to cryo-preserve worms for future use makes it a cost-effective and attractive whole animal model to study.

The Nematode Caenorhabditis Elegans - A Versatile In Vivo Model to Study Host-microbe Interactions

Here, we present the nematode Caenorhabditis elegans as a versatile host model to study microbial interaction.

ايليجانس كاينورهابديتيس السلكية-نموذج تنوعاً في فيفو لدراسة التفاعلات بين الميكروبات والمضيف

We demonstrate a method using Caenorhabditis elegans as a model host to study microbial interaction. Microbes are introduced via the diet making the ...

Genetics

Studying Oxidative Stress Caused by the Mitis Group Streptococci in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans (C. elegans), a free-living nematode, has emerged as an attractive model to study host-pathogen interactions. The presented protocol uses this model to determine the pathogenicity caused by the mitis group streptococci via the production of H2O2. The mitis group streptococci are an emerging threat that cause many human diseases such as bacteremia, endocarditis, and orbital cellulitis. Described here is a protocol to determine the survival of these worms in response to H2O2 produced by this group of pathogens. Using the gene skn-1 encoding for an oxidative stress response transcription factor, it is shown that this model is important for identifying host genes that are essential against streptococcal infection. Furthermore, it is shown that activation of the oxidative stress response can be monitored in the presence of these pathogens using a transgenic reporter worm strain, in which SKN-1 is fused to green fluorescent protein (GFP). These assays provide the opportunity to study the oxidative stress response to H2O2 derived by a biological source as opposed to exogenously added reactive oxygen species (ROS) sources.

Studying Oxidative Stress Caused by the Mitis Group Streptococci in Caenorhabditis elegans

The nematode Caenorhabditis elegans is an excellent model to dissect host-pathogen interactions. Described here is a protocol to infect the worm with members of the mitis group streptococci and determine activation of the oxidative stress response against H2O2 produced by this group of organisms.

دراسة "عنصر مؤكسد الإجهاد الناجم عن العقديّات المجموعة ميتس" في ايليجانس كاينورهابديتيس

Caenorhabditis elegans (C. elegans), a free-living nematode, has emerged as an attractive model to study host-pathogen interactions. The presented ...

Developmental Biology

Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans

During the aging process, many cells accumulate high levels of damage leading to cellular dysfunction, which underlies many geriatric and pathological conditions. Post-mitotic neurons represent a major cell type affected by aging. Although multiple mammalian models of neuronal aging exist, they are challenging and expensive to establish. The roundworm Caenorhabditis elegans is a powerful model to study neuronal aging, as these animals have short lifespan, an available robust genetic toolbox, and well-cataloged nervous system. The method presented herein allows for seamless isolation of specific cells based on the expression of a transgenic green fluorescent protein (GFP). Transgenic animal lines expressing GFP under distinct, cell type-specific promoters are digested to remove the outer cuticle and gently mechanically disrupted to produce slurry containing various cell types. The cells of interest are then separated from non-target cells through fluorescence-activated cell sorting, or by anti-GFP-coupled magnetic beads. The isolated cells can then be cultured for a limited time or immediately used for cell-specific ex vivo analyses such as transcriptional analysis by real time quantitative PCR. Thus, this protocol allows for rapid and robust analysis of cell-specific responses within different neuronal populations in C. elegans.

Isolation of Specific Neuron Populations from Roundworm Caenorhabditis elegans

Here, we present a protocol for simple isolation of specific groups of live neuronal cells expressing green fluorescent protein from transgenic Caenorhabditis elegans lines. This method enables a variety of ex vivo studies focused on specific neurons and has the capacity to isolate cells for further short-term culturing.

عزل مجموعات الخلايا العصبية المحددة من الدودة المستديرة Caenorhabditis elegans

During the aging process, many cells accumulate high levels of damage leading to cellular dysfunction, which underlies many geriatric and pathological ...

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

Oxygen is essential for all metazoans to survive, with one known exception1. Decreased O2 availability (hypoxia) can arise during states of disease, normal development or changes in environmental conditions2-5. Understanding the cellular signaling pathways that are involved in the response to hypoxia could provide new insight into treatment strategies for diverse human pathologies, from stroke to cancer. This goal has been impeded, at least in part, by technical difficulties associated with controlled hypoxic exposure in genetically amenable model organisms.
The nematode Caenorhabditis elegans is ideally suited as a model organism for the study of hypoxic response, as it is easy to culture and genetically manipulate. Moreover, it is possible to study cellular responses to specific hypoxic O2 concentrations without confounding effects since C. elegans obtain O2 (and other gasses) by diffusion, as opposed to a facilitated respiratory system6. Factors known to be involved in the response to hypoxia are conserved in C. elegans. The actual response to hypoxia depends on the specific concentration of O2 that is available. In C. elegans, exposure to moderate hypoxia elicits a transcriptional response mediated largely by hif-1, the highly-conserved hypoxia-inducible transcription factor6-9. C .elegans embryos require hif-1 to survive in 5,000-20,000 ppm O27,10. Hypoxia is a general term for "less than normal O2". Normoxia (normal O2) can also be difficult to define. We generally consider room air, which is 210,000 ppm O2 to be normoxia. However, it has been shown that C. elegans has a behavioral preference for O2 concentrations from 5-12% (50,000-120,000 ppm O2)11. In larvae and adults, hif-1 acts to prevent hypoxia-induced diapause in 5,000 ppm O212. However, hif-1 does not play a role in the response to lower concentrations of O2 (anoxia, operational definition &lt;10 ppm O2)13. In anoxia, C. elegans enters into a reversible state of suspended animation in which all microscopically observable activity ceases10. The fact that different physiological responses occur in different conditions highlights the importance of having experimental control over the hypoxic concentration of O2.
Here, we present a method for the construction and implementation of environmental chambers that produce reliable and reproducible hypoxic conditions with defined concentrations of O2. The continual flow method ensures rapid equilibration of the chamber and increases the stability of the system. Additionally, the transparency and accessibility of the chambers allow for direct visualization of animals being exposed to hypoxia. We further demonstrate an effective method of harvesting C. elegans samples rapidly after exposure to hypoxia, which is necessary to observe many of the rapidly-reversed changes that occur in hypoxia10,14. This method provides a basic foundation that can be easily modified for individual laboratory needs, including different model systems and a variety of gasses.

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

This paper details how to use continuous-flow hypoxia chambers to generate atmospheres with defined concentrations of O2 to understand biological responses to decreased O2. This system is easy to setup and maintain, and flexible enough to suit a wide range of O2 concentrations and model systems

خلق بيئات الغازية محددة لدراسة تأثير نقص الأكسجة في<em&gt; C. ايليجانس</em

Oxygen is essential for all metazoans to survive, with one known exception1. Decreased O2 availability (hypoxia) can arise during states of disease, ...

Use of Time Lapse Microscopy to Visualize Anoxia-induced Suspended Animation in C. elegans Embryos

Caenorhabdits elegans has been used extensively in the study of stress resistance, which is facilitated by the transparency of the adult and embryo stages as well as by the availability of genetic mutants and transgenic strains expressing a myriad of fusion proteins1-4. In addition, dynamic processes such as cell division can be viewed using fluorescently labeled reporter proteins. The study of mitosis can be facilitated through the use of time-lapse experiments in various systems including intact organisms; thus the early C. elegans embryo is well suited for this study. Presented here is a technique by which in vivo imaging of sub-cellular structures in response to anoxic (99.999% N2; &lt;2 ppm O2) stress is possible using a simple gas flow through setup on a high-powered microscope. A microincubation chamber is used in conjunction with nitrogen gas flow through and a spinning disc confocal microscope to create a controlled environment in which animals can be imaged in vivo. Using GFP-tagged gamma tubulin and histone, the dynamics and arrest of cell division can be monitored before, during and after exposure to an oxygen-deprived environment. The results of this technique are high resolution, detailed videos and images of cellular structures within blastomeres of embryos exposed to oxygen deprivation.

Use of Time Lapse Microscopy to Visualize Anoxia-induced Suspended Animation in C. elegans Embryos

Described here is an in vivo technique to image sub-cellular structures in animals exposed to anoxia using a gas flow through microincubation chamber in conjunction with a spinning disc confocal microscope. This method is straightforward and flexible enough to suit a variety of experimental parameters and model systems.

استخدام الميكروسكوب الفاصل الزمني لتصور نقص الأكسجين الناجم عن تعطل الحركة في<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; الأجنة

Caenorhabdits elegans has been used extensively in the study of stress resistance, which is facilitated by the transparency of the adult and embryo stages ...

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the function and regulation of protein folding was studied in vitro, in isolated tissue culture cells and in unicellular organisms. Recent studies have uncovered links between protein homeostasis (proteostasis), metabolism, development, aging, and temperature-sensing. These findings have led to the development of new tools for monitoring protein folding in the model metazoan organism Caenorhabditis elegans. In our laboratory, we combine behavioral assays, imaging and biochemical approaches using temperature-sensitive or naturally occurring metastable proteins as sensors of the folding environment to monitor protein misfolding. Behavioral assays that are associated with the misfolding of a specific protein provide a simple and powerful readout for protein folding, allowing for the fast screening of genes and conditions that modulate folding. Likewise, such misfolding can be associated with protein mislocalization in the cell. Monitoring protein localization can, therefore, highlight changes in cellular folding capacity occurring in different tissues, at various stages of development and in the face of changing conditions. Finally, using biochemical tools ex vivo, we can directly monitor protein stability and conformation. Thus, by combining behavioral assays, imaging and biochemical techniques, we are able to monitor protein misfolding at the resolution of the organism, the cell, and the protein, respectively.

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

To study the relationship between protein homeostasis, stress and aging, we monitored changes in protein folding by following protein dysfunction, protein localization in the cell and protein stability at the organismal, cellular and protein levels, using the genetically tractable metazoan Caenorhabditis elegans as a model system.

The folding and assembly of proteins is essential for protein function, the long-term health of the cell, and longevity of the organism. Historically, the ...

Live Animal Imaging and Cell Sorting Methods for Investigating Neurodegeneration in a C. elegans Excitotoxic Necrosis Model

Excitotoxic necrosis is a leading form of neurodegeneration. This process of regulated necrosis is triggered by the synaptic accumulation of the neurotransmitter glutamate, and the excessive stimulation of its postsynaptic receptors. However, information on the subsequent molecular events that culminate in the distinct neuronal swelling morphology of this type of neurodegeneration is lacking. Other aspects, such as changes in specific subcellular compartments, or the basis for the differential cellular vulnerability of distinct neuronal subtypes, remain under-explored. Furthermore, a range of factors that come into play in studies that use in vitro or ex vivo preparations might modify and distort the natural progression of this form of neurodegeneration. It is therefore important to study excitotoxic necrosis in live animals by monitoring the effects of interventions that regulate the extent of neuronal necrosis in the genetically amenable and transparent&#160;model system of the nematode Caenorhabditis elegans. This protocol describes methods of studying excitotoxic necrosis in C. elegans neurons, combining optical, genetic, and molecular analysis. To induce excitotoxic conditions in C. elegans, a&#160;knockout of a glutamate transporter gene (glt-3) is combined with a neuronal sensitizing genetic background (nuls5 [Pglr-1::G&#945;S(Q227L)]) to produce glutamate receptor hyperstimulation and neurodegeneration. Nomarski differential interference contrast (DIC), fluorescent, and confocal microscopy in live animals are methods used to quantify neurodegeneration, follow subcellular localization of fluorescently labeled proteins, and quantify mitochondrial morphology in the degenerating neurons. Neuronal Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) is used to distinctly sort at-risk neurons for cell-type specific transcriptomic analysis of neurodegeneration. A combination of live imaging and FACS methods as well as the benefits of the C. elegans model organism allow researchers to leverage this system to obtain reproducible data with a large sample size. Insights from these assays could translate to novel targets for therapeutic intervention in neurodegenerative diseases.

Live Animal Imaging and Cell Sorting Methods for Investigating Neurodegeneration in a C. elegans Excitotoxic Necrosis Model

In a C. elegans excitotoxicity model, this protocol employs in vivo imaging to analyze the regulation of necrotic neurodegeneration, the effect of genes encoding candidate mediators, and involvement of mitochondria. Cell dissociation and sorting is used to specifically obtain at-risk neurons for cell-specific transcriptomic analysis of neurodegeneration and neuroprotection mechanisms.

Excitotoxic necrosis is a leading form of neurodegeneration. This process of regulated necrosis is triggered by the synaptic accumulation of the ...

Neuroscience

Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

Oxidative stress, which is the result of an imbalance between production and detoxification of reactive oxygen species, is a major contributor to chronic human disorders, including cardiovascular and neurodegenerative diseases, diabetes, aging, and cancer. Therefore, it is important to study oxidative stress not only in cell systems but also using whole organisms. C. elegans is an attractive model organism to study the genetics of oxidative stress signal transduction pathways, which are highly evolutionarily conserved.
Here, we provide a protocol to measure oxidative stress resistance in C. elegans in liquid. Briefly, ROS-inducing reagents such as paraquat (PQ) and H2O2 are dissolved in M9 buffer, and solutions are aliquoted in the wells of a 96 well microtiter plate. Synchronized L4/young adult C. elegans animals are transferred to the wells (5-8 animals/well) and survival is measured every hour until most worms are dead. When performing an oxidative stress resistance assay using a low concentration of stressors in plates, aging might influence the behavior of animals upon oxidative stress, which could lead to an incorrect interpretation of the data. However, in the assay described herein, this problem is unlikely to occur since only L4/young adult animals are being used. Moreover, this protocol is inexpensive and results are obtained in one day, which renders this technique attractive for genetic screens. Overall, this will help to understand oxidative stress signal transduction pathways, which could be translated into better characterization of oxidative stress-associated human disorders.

Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

C. elegans is an attractive model organism to study signal transduction pathways involved in oxidative stress resistance. Here we provide a protocol to measure oxidative stress resistance of C. elegans animals in liquid phase, using several oxidizing agents in 96 well plates.

قياس مقاومة الاكسدة من<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em&gt; في 96-جيدا لوحات عيار مكروي

Oxidative stress, which is the result of an imbalance between production and detoxification of reactive oxygen species, is a major contributor to chronic ...

A Screenable In Vivo Assay for Mitochondrial Modulators Using Transgenic Bioluminescent Caenorhabditis elegans

The multicellular model organism Caenorhabditis elegans is a small nematode of approximately 1 mm in size in adulthood that is genetically and experimentally tractable. It is economical and easy to culture and dispense in liquid medium which makes it well suited for medium-throughput screening. We have previously validated the use of transgenic luciferase expressing C. elegans strains to provide rapid in vivo assessment of the nematode&#8217;s ATP levels.1-3 Here we present the required materials and procedure to carry out bioassays with the bioluminescent C. elegans strains PE254 or PE255 (or any of their derivative strains). The protocol allows for in vivo detection of sublethal effects of drugs that may identify mitochondrial toxicity, as well as for in vivo detection of potential beneficial drug effects. Representative results are provided for the chemicals paraquat, rotenone, oxaloacetate and for four firefly luciferase inhibitory compounds. The methodology can be scaled up to provide a platform for screening drug libraries for compounds capable of modulating mitochondrial function. Pre-clinical evaluation of drug toxicity is often carried out on immortalized cancerous human cell lines which derive ATP mostly from glycolysis and are often tolerant of mitochondrial toxicants.4,5 In contrast, C. elegans depends on oxidative phosphorylation to sustain development into adulthood, drawing a parallel with humans and providing a unique opportunity for compound evaluation in the physiological context of a whole live multicellular organism.

A Screenable In Vivo Assay for Mitochondrial Modulators Using Transgenic Bioluminescent Caenorhabditis elegans

A protocol is described for in vivo detection of effects of mitochondrial inhibitors in the model organism Caenorhabditis elegans and for identification of potential enhancing compounds. This protocol can be used to screen drug libraries for compounds modulating mitochondrial function.

A للمسح<em&gt; في فيفو</em&gt; الفحص للالميتوكوندريا المغيرون في الموجة الكهرومغناطيسية عن طريق المعدلة وراثيا للإضاءة الحيوية<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em

The multicellular model organism Caenorhabditis elegans is a small nematode of approximately 1 mm in size in adulthood that is genetically and ...

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their detrimental effects on the human life quality and the healthcare system, the majority of human neurodegenerative disorders still remain incurable and non-preventable. Therefore, the development of novel therapeutic interventions against such maladies is becoming a pressing urgency. Age-associated deterioration of neuronal circuits and function is evolutionarily conserved in organisms as diverse as the lowly worm Caenorhabditis elegans and humans, signifying similarities in the underlying cellular and molecular mechanisms. C. elegans is a highly malleable genetic model, which offers a well-characterized nervous system, body transparency and a diverse repertoire of genetic and imaging techniques to assess neuronal activity and quality control during ageing. Here, we introduce and describe methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis (e.g., deg-3(d) and mec-4(d)) and protein aggregate (e.g., &#945;-syunclein and poly-glutamate)-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-related neuronal breakdown. A combination of these animal neurodegeneration models, together with genetic and pharmacological screens for cell death modulators will lead to an unprecedented understanding of age-related breakdown of neuronal function and will provide critical insights with broad relevance to human health and quality of life.

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Here, we introduce and describe widely accessible methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis and protein aggregate-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-associated neurodegenerative diseases.

النمذجة العمر المرتبطة الأمراض العصبية في Caenorhabditis elegans

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their ...

نموذج نقص الأكسجين المجاعة لنقص التروية / ضخه في

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

ايليجانس كاينورهابديتيس السلكية-نموذج تنوعاً في فيفو لدراسة التفاعلات بين الميكروبات والمضيف

دراسة "عنصر مؤكسد الإجهاد الناجم عن العقديّات المجموعة ميتس" في ايليجانس كاينورهابديتيس

عزل مجموعات الخلايا العصبية المحددة من الدودة المستديرة Caenorhabditis elegans

خلق بيئات الغازية محددة لدراسة تأثير نقص الأكسجة في

استخدام الميكروسكوب الفاصل الزمني لتصور نقص الأكسجين الناجم عن تعطل الحركة في

Using Caenorhabditis elegans as a Model System to Study Protein Homeostasis in a Multicellular Organism

Live Animal Imaging and Cell Sorting Methods for Investigating Neurodegeneration in a C. elegans Excitotoxic Necrosis Model

قياس مقاومة الاكسدة من

A للمسح

النمذجة العمر المرتبطة الأمراض العصبية في Caenorhabditis elegans