Ökaryotik bir hücrede, çekirdek en karmaşık, aynı zamanda da son derece organize organellerden biridir. Her biri çekirdeğin içinde kendine has bir işleve hizmet eden birçok çekirdek altı yapının yardımıyla son derece dinamik bir ortamı sürdürür. Çekirdeğin en belirgin ve iyi çalışılmış organeli olan çekirdekçiğin yanı sıra, çekirdeğin içinde birçok çekirdek bölgesi ve çekirdek cisimciği vardır.

Cajal cisimcikleri ve kromatinler arası granül kümeleri, işlevsel olarak özelleşmiş bu tip bölgelerden ikisidir. Her ikisi de membransız yapılardır ve hücresel ortama veya hücre döngüsü aşamasına bağlı olarak görünümlerini değiştirebilir. Cajal cisimcikleri, proteinler ve RNA'larla zenginleştirilmiş küresel yapılardır.

Çekirdek sıvısında serbest halde bulunabilirler veya fiziksel olarak histonlar ve snRNA genlerine bağlanırlar. Bunlar, pre-mRNA birleştirmeden sorumlu olan küçük çekirdek ribonükleoproteinlerinin montajı için birincil yerlerdir. Ayrıca yine Cajal cisimciklerinin içinde, küçük Cajal cisimciğiyle ilişkili RNA'lar olarak adlandırılan kılavuz RNA molekülleri, bazı snRNA'lar üzerinde transkripsiyon sonrası modifikasyonlar gerçekleştirir.

Bu modifikasyonlar, pre-mRNA birleştirilmesinde snRNP'lerin doğru şekilde birleşmesi ve işlevi için gereklidir. Kromatinler arası granül kümeleri veya benekler bir omurgalı hücre çekirdeğinin çekirdek sıvısında dağılmış, düzensiz, amorf yapılardır. Benekler, tamamen olgunlaşmış snRNP'ler ve diğer RNA işleme bileşenleri için depo görevi görür.

Cajal cisimciklerindeki ve kromatinler arası granül kümelerindeki lokal RNA ve protein bileşenlerinin yüksek konsantrasyonu, ribonükleoprotein komplekslerinin hızlı bir şekilde birleştirilmesine ve çekirdek içindeki transkripsiyon ve RNA işleme bölgelerine taşınmasına yardımcı olur.