Os autores reconhecem que o consórcio Smart Design de materiais, análise e processamento (SMATDAP) financiado pela National Science Foundation sob acordo de cooperação IIA-1430280 e o LA placa de Regents para uma bolsa de pós-graduação (MEP). Amostras de polímero para estas experiências foram fornecidas por MilliporeSigma (Sigma-Aldrich).  Publicação de acesso aberta do presente artigo é patrocinada pela MilliporeSigma.

Atenção: Todas as reações foram executadas em uma coifa. Por favor, leia todo Material segurança dados folhas (MSDS) para qualquer produto químico usado e tomar as devidas precauções.
1. preparação da amostra
<ol><li>Preparação das soluções estoque matriz<ol>
<li>Dissolva 20 mg de ácido α-cyano-4-hidroxicinâmicos (HCCA) em 1 mL de tetrahidrofurano instabilizados (THF) e vórtice até dissolver.</li>
		<li>Dissolva 20 mg de ácido benzoico-2,5 (DHB) em 1 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Preparação da solução-mãe do alcaloide cação<ol>
<li>Dissolva 2 mg de sódio contra-íons (NaTFA) em 1 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
		<li>Dissolva 2 mg de potássio contra-íons (KTFA) em 1 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Preparação das soluções estoque de analito<ol>
<li>Exemplo 1: Dissolver 2 mg de poli (etileno glicol) 2-aminoetil éter acético (Mn = 5000) em 0,5 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
		<li>Exemplo 2: Dissolver 2 mg de bis(azide) de polioxietileno (Mn = 2000) em 0,5 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
		<li>Exemplo 3: Dissolver 2 mg de poly(L-lactide), tiol finalizado (Mn = 2500) em 0,5 mL de THF e vórtice até dissolver.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Preparação de misturas de amostra para análise<ol>
<li>Prepare uma série de soluções através da mistura de solução de matriz, o analito e o cátion enquanto variando as proporções relativas dos componentes, tal que as misturas de nove amostras originais são feitas. Por exemplo, manter a quantidade de constante de solução-mãe de matriz adicionado (EG., 10 µ l), variar a quantidade de solução de analito por um fator de três (EG., 45, 15 e 5 µ l), enquanto também, variando a quantidade de solução de cação por um fator de três (ex. ., 9, 3 e 1 µ l). Estas amostras efetivamente produzem uma grade de 3x3 de amostras com as duas variáveis de concentração diferente em x e y eixos (Figura 1).</li>
		<li>Para o exemplo representativo, combine 15 µ l da solução de poly(L-lactide), com 15 µ l da solução DHB e 1 µ l da solução NaTFA.</li>
		<li>Adicionar 1 μL de cada mistura de solução em uma amostra individual bem sobre a placa-alvo MALDI (Figura 2). Adicione as amostras incrementalmente em pequenas porções para evitar que a amostra fluindo para fora do poço de amostra, permitindo que cada alíquota evaporar a seco antes de adicionar a amostra adicional. Nota: Para maior ponto de ebulição de solventes, uma pistola de ar pode ser necessária para acelerar a evaporação do solvente, mas cuidado deve ser usado para evitar o aquecimento da placa da amostra, que pode causar a placa para dobra.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Preparação de amostras-padrão para calibração<ol>
<li>Prepare os padrões de calibração usando o protocolo fornecedor sugerido. Nota: Foram selecionados para este estudo dendrímeros calibrants e estão disponíveis como os puros dendrímeros ou pré-misturado com matrix, calibrant e cação em rácios otimizados.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. otimização de aquisição de dados
<ol><li>Iniciando a aquisição de dados<ol>
<li>Abra o software de aquisição de dados "FlexControl".</li>
		<li>Ejete a plataforma para permitir o carregamento da placa alvo pressionando o "<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/57174/57174eq1v2.jpg">" botão.</li>
		<li>Coloque delicadamente a placa-alvo com as amostras de calibrant e analito carregadas na plataforma na orientação adequada.</li>
		<li>Use o software de aquisição para injetar a placa-alvo na plataforma, pressionando o "<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/57174/57174eq1v2.jpg">" novo botão.</li>
		<li>Selecione um método de aquisição de dados apropriado (método de aquisição de modo positivo) pressionando arquivo | Selecione o método. Nota: Para a maioria das amostras de polímero, incluindo nossos representante analitos, ionização está prevista através de complexação com um cátion e, portanto, um método de aquisição de modo positivo é mais adequado. Dependendo do instrumento, para intervalos de massa inferiores (500-10.000 Da) ou quando a resolução maior é desejada, selecione um arquivo de método de modo reflector. Para maior peso molecular amostras ou quando a maior sensibilidade do sinal é necessária e baixa resolução é aceitável, selecione um arquivo de método de modo linear.</li>
		<li>Antes da aquisição de dados, certifique-se de um conjunto adequado de massa para a coleta de dados é selecionado-idealmente que o intervalo de massa metade da menor massa incluirá a distribuição esperada, bem como dobrar a massa mais alta na distribuição esperada. Verificar isso clicando na guia detecção e visualização Intervalo de massa. Nota: Isso ajuda a garantir aquele sinal de fragmentos de degradação de peso molecular mais baixos ou mais alto peso molecular agregados (dímero) que possam estar presentes na amostra estão incluídos no conjunto de dados. Além disso, observe que oligómeros de matriz são frequentemente notados com intensidades de sinal elevado na maioria dos espectros de massa MALDI-TOF, fornecendo o ruído de alta intensidade com massas tão altas quanto Da 1.000, complicando a análise abaixo esta massa. Embora a calibração será necessário antes de obter um conjunto de dados final, um arquivo de calibração precisa só pode ser adquirido se parâmetros de aquisição idênticos são usados como aqueles otimizado para o analito específico. Portanto, uma otimização preliminar do espectro de massa do analito é necessário antes da calibração, seguida pela reaquisição de um espectro de massa do analito calibrado.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aquisição de dados preliminares<ol>
<li>O software de aquisição, selecione a posição da placa de destino que corresponde ao analito desejado.</li>
		<li>Inicie a coleta de dados ao mover o alvo do laser ao redor da amostra para maximizar o sinal. Para iniciar a coleta de dados, pressione Iniciar. Nota: O laser pode esgotar a matriz em uma localidade específica após a amostragem repetida.</li>
		<li>Usando a barra deslizante no lado esquerdo da janela da câmera, ajuste a potência do laser, tal que a potência mínima necessária para obter uma resolução isotópica é alcançada. Nota: Ao analisar várias amostras para confirmar a proporção ideal de analito, cação e matriz, use a mesma potência do laser em cada uma das amostras de analito para determinar qual amostra apresenta a melhor relação sinal/ruído para os parâmetros de aquisição. Continue a otimização de aquisição futura com a amostra que aparece para expor o melhor sinal à relação de ruído.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Otimização de aquisição de dados<ol>
<li>Zoom em um pico individual no meio da faixa de massa de interesse, otimizar a resolução ajustando a diferença em tensões de aceleração (para os instrumentos neste estudo, isto envolve o ajuste o valor de "IS2"), que é o espectrômetro guia. Nota: Isto mais rapidamente é otimizado, variando o valor de IS2 em grandes passos, tomando nota de que o valor gera a melhor resolução (i. e., o menor completa a largura do pico a meia intensidade de sinal máximo) e em seguida, otimizando ainda mais em passos menores de o valor de IS2. Normalmente, o valor ideal de IS2 é maior (mais perto IS1) para polímeros de massa baixos e inferior para a massa de altos polímeros.</li>
		<li>Se desejar, aumente a resolução usando o modo reflectron. Nota: Reflectron modo permite a compensação de discrepâncias na velocidade inicial de íons do mesmo m/z , forçando os íons de velocidade mais elevados do mesmo valor m/z em um caminho mais longo para o detector. Este aumento no caminho para o detector permite que íons mais lentos do mesmo valor de m/z chegam ao detector simultaneamente, efetivamente, focando os íons para maior resolução. Embora reflectron modo tipicamente melhora a resolução do sinal, para amostras com intensidade de sinal fraco, modalidade linear pode ser necessário a fim de visualizar os dados.</li>
		<li>Finalmente, otimizar a potência do laser, reduzindo a potência do laser mais baixa possível enquanto ainda gerando um sinal razoável à relação de ruído (ex., o sinal à relação de ruído de aproximadamente 10). Nota: Porque maiores potências do laser, geralmente, reduzem a resolução e podem induzir a fragmentação, os espectros de massa com melhor qualidade são adquiridos usando o poder do laser reduzida, mas um número maior de exames.</li>
		<li>Uma vez que os parâmetros de aquisição são otimizados, salve os espectros de massa não calibrados, selecionando o arquivo e, em seguida, Salvar o espectro de arquivo como. Para calibração externa, uma nova aquisição do calibrant sob esses parâmetros idênticos, otimizados deve ser efectuada antes de uma nova aquisição é iniciada para gerar o espectro de massa calibrado do analito.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. MALDI calibração
<ol><li>Aquisição do espectro de massa de calibração<ol>
<li>Usando os parâmetros de aquisição já otimizados para o analito, adquira um espectro otimizado em massa da amostra de padrões em massa. Nota: Idealmente, o conjunto de calibração deve incluir um padrão acima da faixa de interesse, um abaixo e pelo menos um na faixa de interesse. A exatidão da calibração é melhor se todos os parâmetros de aquisição são idênticos para ambas as amostras.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Criar um arquivo de calibração<ol>
<li>Certifique-se que qualquer calibração existente é anulada ou em posição de ser sobrescritos pressionando Invalidar a calibração sob o espectrômetro guia.</li>
		<li>Usando os mesmos parâmetros de aquisição (EG., poder, tensão IS2 laser), passar o laser para o poço de amostra contendo o calibrant (EG., padrão, peptídeo dendrímeros) selecionando o correspondente bem com o cursor e adquirir um espectro, pressionando Iniciar.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Uma vez que adquiriu sinal suficiente, pressione começar para terminar a aquisição de dados.</li>
	<li>Uma vez que adquiriu um espectro de massa da calibrant, selecione o menu dropdown de Lista de controle de massa na guia de calibração que corresponde a esse padrão de calibração. A lista de controle de massa adequado terá as massas de referência do calibrant selecionado com o cátion apropriado. Nota: Estas devem estar disponíveis ao fornecedor de calibrant e certifique-se de usar os valores de massa monoisotópico quando resolução isotópica é alcançada (EG., modo reflector abaixo m/z = 5000), e uma massa média quando os valores isotópica resolução Não pode ser alcançado (por exemplo, o modo linear acima m/z = 5000),</li>
	<li>Antes de combinar o pico de referência correspondentes a cada pico de calibrant selecionado, certifique-se de que um pico apropriado escolher protocolo está sendo usado, selecionando a guia de processamento . Nota: Os protocolos de colheita do pico podem variar de acordo com resolução espectral. Para um cálculo da massa médio, o software deve tomar a massa média em toda a série dos picos isotópicas. Para um cálculo de monoisotópico em massa, o software deve ser definido para calcular a massa exata de somente o primeiro pico isotópica.</li>
	<li>Aplica a massa de referência de lista de controle de massa para o sinal correspondente para o espectro de massa calibrant selecionar a área à esquerda do pico de interesse e clicando sobre a massa correspondente na lista de controlo para aplicar. Continue o processo para os restantes picos de calibrant. Nota: Para a calibragem mais exata e precisa, coloque as amostras do analito e calibrant tão próximos quanto possível sobre a placa-alvo, porque sutis variações na altura do prato de destino podem afetar a exatidão da calibração.</li>
	<li>Readquirir o espectro da substância a analisar, uma vez que a escala de massa para os parâmetros de aquisição otimizada foram calibrados.</li>
</ol>4. interpretação e análise de dados
<ol><li>Pico de colheita<ol>
<li>Abra o espectro de analito do software de análise de dados (FlexAnalysis).</li>
		<li>Zoom em um pico para identificar se isotópica resolução foi conseguida, selecionando o botão de Zoom no intervalo de X .</li>
		<li>Pressione lista de massa | Encontrar para selecionar picos. Se o pico monoisotópico é resolvido, selecione este primeiro pico na distribuição isotópica para determinar sua massa usando um protocolo de pico-colheita monoisotópico. Se não for resolvido o pico monoisotópico, use um pico de massa médio, escolher o protocolo e determinar a massa média da distribuição isotópica inteira.</li>
		<li>Continue este pico escolhendo o processo para cada n-mer na distribuição do polímero.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Cálculos de análise caracterização e participante do grupo polímero Nota: Quando usado corretamente, MALDI-TOF MS pode fornecer dados valiosos, precisos para cálculos de distribuição em massa de polímeros. Note-se que dados de distribuição em massa só são precisos quando o dispersity da amostra do polímero é relativamente baixa (EG., aproximadamente Đ= 1.3 ou abaixo).<ol>
<li>Calcule o peso molecular médio número, a massa média em relação ao número de moles de cada fração em massa, usando a fórmula: <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/57174/57174eq2v2.jpg"> onde Neu = número de moléculas de peso molecular específico e Meu = o peso molecular específico dessas moléculas.</li>
		<li>Calcule o peso molecular médio do peso, a massa média em relação ao peso de cada fração em massa, usando a fórmula: <img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/57174/57174eq3v2.jpg"> onde N eu = número de moléculas de peso molecular específico e M eu = o peso molecular específico dessas moléculas.</li>
		<li>Uma vez que tanto a Mw e Mn foram calculados, quantificar a amplitude da distribuição do peso molecular, usando a relação Mw/mn que é chamado de dispersity, Đ.</li>
		<li>A característica mais única e poderosa de análise de dados de MALDI-TOF MS é a capacidade de determinar ou confirmar os grupos fim de homopolímeros. Determine o fim de grupo rearranjando-se a seguinte fórmula para a massa observada de um n-mer no espectro de massa (Mn-mer): M demer-n = n (MRU ) MEG1 + MEG2 + Míon onde n = grau de polimerização, MEG1 = massa do grupo α-fim, MEG2 = massa do grupo ω-fim, MRU = a massa da unidade de repetição do polímero, e Míon = massa do íon que complexos com o polímero.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Wu, K. J., Odom, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peer+Reviewed:+Characterizing+Synthetic+Polymers+by+MALDI+MS.">Peer Reviewed: Characterizing Synthetic Polymers by MALDI MS.</a> Anal. Chem. 70, 456A-461A (1998).</li><li>Lowe, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thiol-ene+&amp;#34;click&amp;#34;+reactions+and+recent+applications+in+polymer+and+materials+synthesis:+a+first+update.">Thiol-ene &amp;#34;click&amp;#34; reactions and recent applications in polymer and materials synthesis: a first update.</a> Polym. Chem. 5, 4820-4870 (2014).</li><li>Shi, Y., Cao, X., Gao, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+azide-alkyne+click+chemistry+in+recent+syntheses+and+applications+of+polytriazole-based+nanostructured+polymers.">The use of azide-alkyne click chemistry in recent syntheses and applications of polytriazole-based nanostructured polymers.</a> Nanoscale. 8, 4864-4881 (2016).</li><li>Lutz, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=1,3-dipolar+cycloadditions+of+azides+and+alkynes:+a+universal+ligation+tool+in+polymer+and+materials+science.">1,3-dipolar cycloadditions of azides and alkynes: a universal ligation tool in polymer and materials science.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 46, 1018-1025 (2007).</li><li>Montaudo, G., Samperi, F., Montaudo, M. 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D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+of+polymers+and+polymer+surfaces.">Mass spectrometry of polymers and polymer surfaces.</a> Chem. Rev. 101, 527-570 (2001).</li><li>Samperi, F., Montaudo, G., Montaudo, M. S., Montaudo, G., Lattimer, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix-assisted+laser+desorption/ionization+mass+spectrometry+of+polymers+(MALDI-MS).">Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of polymers (MALDI-MS).</a> Mass Spectrometry of Polymers. , 419-500 (2001).</li><li>Nielen, M. W. 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Os autores têm interesse financeiro relacionado com o esférico calibrants utilizado neste estudo.

Espectrometria de massa MALDI-TOF é uma ferramenta analítica inestimável para a caracterização do polímero devido à sua capacidade de gerar íons de polímero no estado isoladamente carregado e com mínima fragmentação. Esta técnica de ionização suave utiliza pulsos de laser curto para desorb estado sólidas amostras do analito polímero incorporado em uma matriz composto para gerar íons de polímero na fase gasosa. Normalmente, as macromoléculas são ionizadas por complexação com cátions são adicionados à matriz para permitir sua análise por espectrometria de massa. Estes íons macromoleculares são então acelerados por uma tensão de extração para trazê-los para a região de campo-livre do tubo do voo que pode habilitar seus m/z a ser determinado com base em seu tempo de voo entre a fonte de íon e o detector5 , 32.
Em comparação com outras técnicas de caracterização de polímeros, qualidade de espectros de MALDI-TOF MS é fortemente dependente de parâmetros de aquisição de dados e preparação da amostra. Embora não haja nenhuma fórmula definida para a preparação da amostra, compreendendo a função de cada componente da preparação amostra permite a otimização empírica mais rápida. O fator mais importante na preparação da amostra MALDI é seleção da matriz pois compatibilidade da matriz com o analito de polímero é fundamental para permitir que a matrix animado para gerar macromoléculas dessorvidas, única em um estado ionizado5, 15,17,19. Uma vez apropriado matriz e cationization agentes foram selecionados, deve ser determinada a relação correta de analito, matriz e cationization agente. Isto pode ser conseguido empiricamente, criando uma grade bidimensional de amostras (Figura 1) sobre a placa-alvo MALDI-TOF MS (Figura 2) com o aumento da concentração de matriz em um eixo e aumento da concentração do agente de cationization sobre o outros.
Semelhante à preparação da amostra MALDI, não há nenhuma fórmula definida para a determinação de parâmetros de aquisição de dados; no entanto, certas tendências devem ser consideradas para agilizar a otimização espectral. Modo de Reflectron, que aumenta a resolução, mas diminui o sinal global, normalmente é escolhido para baixa massa varia (nestes exemplos, abaixo Da 4.000) onde será possível resolução isotópica. Nestes casos, cálculos de massa monoisotópico e pico escolher métodos foram utilizados. Para amostras de polímero com massas acima Da 4.000, modalidade linear foi usada com cálculos de massa médios e pico de métodos de colheita. Para melhorar a resolução do sinal, as tensões de fonte do íon devem ser ajustadas em pequenos incrementos, com a tendência geral de maiores massa polímeros com maior tensão diferencial (IS1 contra IS2).
Tempo otimizado a preparação da amostra e aquisição parâmetros podem fornecer precisão, exatidão em massa só pode ser alcançado através da calibração eficaz. O tempo de voo para uma determinada massa pode variar sutilmente com relação a parâmetros de aquisição variável e posições de placa mesmo, portanto uma calibração deve ser efectuada para cada conjunto de parâmetros de aquisição otimizada para produzir massa exata determinações de5,30. Uma vez que os parâmetros de aquisição e preparação da amostra foram otimizadas, o espectro deve ser calibrado usando essas mesmas condições.
Por causa do excepcional resolução e precisão em massa observada nos espectros de massa MALDI-TOF otimizados de polímeros, essa técnica tornou-se uma valiosa ferramenta gratuita para a determinação de dados de distribuição em massa de polímero. No entanto, sua capacidade de resolver as unidades individuais de repetição dentro da distribuição em massa de polímero fornece uma vantagem específica para análise de grupo final em relação ao outro polímero técnicas de caracterização, como cromatografia de permeação de gel (GPC) e nuclear ressonância magnética (NMR). Isto é particularmente valioso para determinar a fidelidade de reações de functionalization grupo final e a natureza quantitativa de reacções de conjugações de grupo final. Este manuscrito tem demonstrado a capacidade de resolver a massa de repetir unidades individuais de polímero, com até dois pontos decimais de precisão em massa, permitindo a confirmação de modificações de grupo final com um elevado nível de confiança. Com os avanços substanciais que têm sido feitos recentemente no campo da síntese do polímero de precisão, MALDI-TOF MS está se tornando uma ferramenta cada vez mais importante para determinar a estrutura macromolecular e funcionalidade.

Com melhorias em visitas técnicas de polimerização, polímeros de precisão com grupos quantitativamente funcionalizados final são cada vez mais disponível1. O desenvolvimento simultâneo de azida-alquino e thiolene clique químicas permitiu o acoplamento quase quantitativo de macromoléculas para outras partes, fornecendo acesso a uma gama de híbridos materiais2,3,4 . No entanto, são necessárias técnicas de analíticas precisas para caracterizar tanto a partida materiais e produtos destas reações de conjugação de polímero. Tempo de dessorção/ionização do laser assistida por matriz de espectrometria de massa de voo (MALDI-TOF MS) é uma técnica analítica de ionização suave valioso para caracterizar polímeros porque pode gerar íons de polímero em um estado de carga única com mínimo fragmentação de5,6. MALDI-TOF MS tem grandes vantagens sobre outros métodos convencionais de caracterização de polímeros, porque pode fornecer espectros de massa com resolução da n-mers individuais dentro da distribuição em massa de polímero. Como consequência, tais espectros de massa pode fornecer informações precisas sobre o peso molecular médio, repita a unidade de massa e peso molecular dispersity7, que por sua vez pode elucidar mecanismos de polimerização concorrentes tais como transferência de cadeia8 . No entanto, MALDI-TOF MS é particularmente poderoso para fornecer informações sobre o polímero final grupos9,10, que pode ser usado para confirmar o final grupo modificações10,11 e outros transformações12 como polímero cyclizations11,13. Igualmente importante, a relativamente pequena quantidade do analito (submicrogramas) necessários para espectrometria de massa análise torna esta técnica útil para a caracterização, quando somente quantidades de traço de material estão disponíveis.
A análise de MALDI-TOF MS de polímeros pode ser dividida em quatro etapas distintas: preparação, calibragem, aquisição espectral e análise dos dados da amostra. Preparação da amostra é o mais essencial passo para gerar otimizado de espectros de massa MALDI-TOF e ocorre antes que a amostra é introduzida o instrumento14,15. A seleção de um apropriado matriz com parâmetros de solubilidade semelhantes como o analito de polímero é fundamental para obter espectros de massa MALDI-TOF da alta qualidade e diretrizes para a seleção da matriz têm sido relatados em outros lugares14,15, 16,17. Um banco de dados de polímero MALDI "receitas" para a preparação da amostra também foi publicado on-line18. Para polímeros romance, seleção de matriz pode ser abordada primeiro compreender a solubilidade do polímero e selecionando uma matriz com solubilidade similares parâmetros14,19. Polímeros com afinidade protônica alta podem ser protonados pela maioria das matrizes14 (que frequentemente contêm grupos carboxila), mas para outros polímeros, um agente de cationization é necessário14. Íons alcalinos aduto bem com oxigênio-contendo espécies (EG. poliésteres e poliéteres), Considerando que hidrocarbonetos insaturados (ex. poliestireno) aduto com metais de transição como íons de prata e cobre14, 19. porque as amostras de polímero neste experimento continham átomos de oxigênio na espinha dorsal, de sódio ou potássio contra-íons (TFA) foram usados como o agente cationization. Uma vez que os agentes de matrix e cationization foram selecionados, as proporções relativas de analito, agente cação e matriz devem ser cuidadosamente otimizadas para garantir alto sinal de ruído. Neste procedimento, os parâmetros para a preparação da amostra já foram otimizados, no entanto um procedimento de otimização de amostra empírica (passo 1.4.1., Figura 1) que varia sistematicamente as concentrações dos três componentes (analito, cações e matriz) é eficaz para determinar rapidamente suas proporções ideais.
Aquisição de dados também exige a otimização de um número de parâmetros. Os parâmetros mais importantes incluem o modo de íon positivo ou negativo do aparelho, o modo de operação do instrumento (linear versus refletor), a tensão de aceleração e o tempo de atraso de extração. Outra forma que a resolução pode ser aumentada é através da utilização de "reflectron" modo20,21,22,23. Reflectron modo essencialmente duplica a trajetória dos íons ao detector refletindo os íons na extremidade do tubo de voo para um detector perto da fonte enquanto reorientação íons com diferentes ímpetos, e, portanto, aumentando a resolução embora diminuindo a intensidade do sinal. Além disso, espectros de resolução mais elevados podem ser obtidos, diminuindo a potência do laser que minimiza a relação sinal-ruído, diminuindo o número e a energia das colisões e, portanto, reduzindo a fragmentação e heterogeneidades cinética24. Por tuning todos esses parâmetros, os íons podem ser focados para minimizar o efeito de qualquer homogeneidade na posição inicial ou a velocidade que ocorre durante o processo de dessorção do laser. Quando os parâmetros de aquisição são otimizados, resolução isotópica muitas vezes pode ser alcançada para íons com massas superiores a 10.000 Da, embora este também é dependente do comprimento do tubo de voo e o design do instrumento. Mais orgânicos compostos que contêm pelo menos um heteroátomo são propensos a complexantes com cátions alcalinos, tais como lítio, sódio e potássio. Muitos dos metais alcalinos são monoisotopes ou isótopos limitado e, portanto, não ampliar a distribuição.
Enquanto os parâmetros do instrumento podem ser ajustados para otimizar a precisão de dados, precisão dos dados só é alcançado com uma calibração adequada11. Proteínas e peptídeos foram originalmente usados como calibrants devido à sua monodispersity e disponibilidade, mas sofrem de estabilidade variável e a prevalência de impurezas25. Alternativas mais rentáveis e estáveis incluíram aglomerados inorgânicos e polydisperse polímeros26,,27,28,29. Infelizmente, estes apresentam alternativas dispersar massas, que complicam atribuições em massa, bem como massas menores, em geral, tornando-os úteis apenas para calibrações abaixo de 10.000 Da. Para combater estes problemas, Grayson et al. 25 desenvolveu um sistema de calibração MS baseado em dendrímeros, poliéster que é monodisperso e possui tanto ampla matriz e solvente compatibilidade, estabilidade de vida útil (> 8 anos) e menor custo de produção. Com base nos pontos fortes deste sistema, foi selecionado como o calibrant para estas experiências.
Existem dois tipos principais de calibração: interno e externo de30. Quando calibrar externamente, um padrão com massas que suporte isso do analito são colocados sobre a placa de destino MALDI numa posição diferente da amostra que o analito para gerar um espectro de massa separado do qual pode ser gerado um arquivo de calibração. Por outro lado, maior precisão, muitas vezes pode ser conseguido com uma calibração interna, que envolve a mistura de calibrant com o analito para obter um espectro de híbrido com sinais de calibrant e de analito. O procedimento descrito abaixo, foi implementada uma calibração externa. Após a calibração adequada da escala maciça, podem ser adquiridos em massa dados precisos do analito. Para garantir a calibragem mais precisa, é importante que a aquisição de dados ocorre logo após a calibração.
Finalmente, uma vez calibrado o otimizado, conjuntos de dados foram adquiridos, e os dados foram analisados para fornecer informações estruturais sobre os exemplos de polímero. O espaçamento entre n-mers dentro da distribuição do polímero pode fornecer uma medida exata da unidade de repetição em massa. O número de massa molecular média (Mn) e outros cálculos de distribuição de massa (por exemplo, Mw (peso molecular médio de peso) e Đ (dispersity)) também pode ser determinada a partir da distribuição do sinal no espectro de massa ( Passo 4.2 para cálculos). Talvez mais excepcionalmente, no caso de homopolímeros, a soma das massas do grupo da final pode ser confirmada por determinar o deslocamento da distribuição do polímero com relação a massa das unidades de repetição sozinhos. Os espectros de massa MALDI-TOF ricos em informação fornecem dados valiosos de caracterização que são complementares às técnicas de caracterização de polímeros mais tradicionais tais como cromatografia de exclusão, espectroscopia de infravermelho-transformada de Fourier, e ressonância nuclear magnética.

<table><tbody><tr><td>polyoxyethylene bis(azide) (Mn=2000)</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>689696</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/689696?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>poly(ethylene glycol) 2-amino-ethyl ether acetic acid (Mn= 5000)</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>757918</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/757918?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>poly(L-lactide), thiol terminated (Mn=2500)</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>747386</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/747386?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>SpheriCal&amp;reg;&amp;nbsp; peptide low</td><td>MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)</td><td>PFS20</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/pfs20?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>SpheriCal&amp;reg;&amp;nbsp; peptide medium</td><td>MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)</td><td>PFS21</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/pfs21?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>SpheriCal&amp;reg;&amp;nbsp; peptide high</td><td>MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)</td><td>PFS22</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/pfs22?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>2,4 dinitrofluorobenzene</td><td>TCI</td><td>A5512</td><td></td></tr><tr><td>maleimide</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>129585</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/129585?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>1-ethynylfluorobenzene&amp;nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>766-98-3</td><td></td></tr><tr><td>triethylamine</td><td>MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)</td><td>471283</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/471283?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>N,N,N&#039;,N&quot;,N&quot;-pentamethyldiethylenetriamine</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>369497</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/369497?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>Copper(I)Bromide</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>254185</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/254185?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>glacial acetic acid</td><td>Fisher Scientific</td><td>A38212</td><td></td></tr><tr><td>sodium metabisulfite</td><td>MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)</td><td>13459</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigald/13459?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>potassium trifluoroacetate</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>281883</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/281883?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>trans-2-[3-(tert-butylphenyl)-2-methyl-2-properylidene]malononitrile</td><td>MilliporeSigma (Aldrich)</td><td>727881</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/727881?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>a-cyano-4-hydroxycinnamic acid</td><td>MilliporeSigma (Sigma)</td><td>C8982</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/c8982?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>tetrahydrofuran</td><td>Fisher Scientific</td><td>T425-1</td><td></td></tr><tr><td>dichloromethane</td><td>VWR Analytical</td><td>BDH1113-4LG</td><td></td></tr></tbody></table>

characterization of synthetic polymers via matrix assisted laser desorption ionization time of flight (maldi-tof) mass spectrometry

Existem muitas técnicas que podem ser empregadas na caracterização de homopolímeros sintéticos, mas poucos fornecem tão útil de informações para análise de grupo final como tempo de ionização de dessorção do laser assistida por matriz de espectrometria de massa de voo (MALDI-TOF-MS). Este tutorial demonstra métodos para otimização da preparação amostra, aquisição espectral, e análise de dados de polímeros sintéticos, usando parâmetros críticos de MALDI-TOF MS. durante a preparação da amostra incluem a seleção da matriz, identificação de um sal de cationization apropriado e ajuste as proporções relativas da matriz, cação e analito. Os parâmetros de aquisição, tais como o modo (linear ou refletor), polarização (positiva ou negativa), tensão de aceleração e tempo de atraso, também são importantes. Espectros dado algum conhecimento da química envolvida na síntese do polímero e otimizando tanto os parâmetros de aquisição de dados e as condições de preparação de amostra, devem ser obtidos com precisão em massa e resolução suficiente para permitir a inequívoca determinação dos grupos final da maioria dos homopolímeros (massas abaixo de 10.000), além da unidade de repetição em massa e a distribuição de peso molecular geral. Embora demonstrado em um conjunto limitado de polímeros, estas técnicas gerais são aplicáveis a uma gama mais ampla de polímeros sintéticos para determinar a distribuição em massa, apesar de determinação de grupo final só é possível para homopolímeros com dispersity estreita.

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Characterization of Synthetic Polymers via Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight MALDI-TOF Mass Spectrometry

Um protocolo para o tempo de ionização de dessorção do laser assistida por matriz de caracterização de espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) de polímeros sintéticos é descrita, incluindo a otimização da preparação da amostra, espectral aquisição e análise de dados de voo.

Caracterização de Polímeros Sintéticos via Espectrometria de Massa por Ionização a Laser com Matriz Assistida por Tempo de Voo (MALDI-TOF)

There are many techniques that can be employed in the characterization of synthetic homopolymers, but few provide as useful of information for end group ...

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Characterization of Synthetic Polymers via Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight (MALDI-TOF) Mass Spectrometry

Synthetic Polymers

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24.8K visualizações.  Tulane University. Um protocolo para o tempo de ionização de dessorção do laser assistida por matriz de caracterização de espectrometria de massa (MALDI-TOF MS) de polímeros sintéticos é descrita, incluindo a otimização da preparação da amostra, espectral aquisição e análise de dados de voo.

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Improved Polymerase Chain Reaction-restriction Fragment Length Polymorphism Genotyping of Toxic Pufferfish by Liquid Chromatography/Mass Spectrometry

An improved version of a polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) method for genotyping toxic pufferfish species by liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry (LC/ESI-MS) is described. DNA extraction is carried out using a silica membrane-based DNA extraction kit. After the PCR amplification using a detergent-free PCR buffer, restriction enzymes are added to the solution without purifying the reaction solution. A reverse-phase silica monolith column and a Fourier transform high resolution mass spectrometer having a modified Kingdon trap analyzer are employed for separation and detection, respectively. The mobile phase, consisting of 400 mM 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol, 15 mM triethylamine (pH 7.9) and methanol, is delivered at a flow rate of 0.4 ml/min. The cycle time for LC/ESI-MS analysis is 8 min including equilibration of the column. Deconvolution software having an isotope distribution model of the oligonucleotide is used to calculate the corresponding monoisotopic mass from the mass spectrum. For analysis of oligonucleotides (range 26-79 nucleotides), mass accuracy was 0.62 &#177; 0.74 ppm (n = 280) and excellent accuracy and precision were sustained for 180 hr without use of a lock mass standard.

An improved polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method for genotyping pufferfish species by liquid chromatography/mass spectrometry is described. A reverse-phase silica monolith column is employed for separating digested amplicons. This method can elucidate the monoisotopic masses of oligonucleotides, which is useful for identifying base composition.

Melhoria Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism Genotipagem de Pufferfish Tóxico por Cromatografia Líquida / Espectrometria de Massa

An improved version of a polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) method for genotyping toxic pufferfish species by ...

Genética

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight (MALDI-TOF) Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

Effectively determining masses of proteins is critical to many biological studies (e.g. for structural biology investigations). Accurate mass determination allows one to evaluate the correctness of protein primary sequences, the presence of mutations and/or post-translational modifications, the possible protein degradation, the sample homogeneity, and the degree of isotope incorporation in case of labelling (e.g. 13C labelling).
Electrospray ionization (ESI) mass spectrometry (MS) is widely used for mass determination of denatured proteins, but its efficiency is affected by the composition of the sample buffer. In particular, the presence of salts, detergents, and contaminants severely undermines the effectiveness of protein analysis by ESI-MS. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) MS is an attractive alternative, due to its salt tolerance and the simplicity of data acquisition and interpretation. Moreover, the mass determination of large heterogeneous proteins (bigger than 100 kDa) is easier by MALDI-MS due to the absence of overlapping high charge state distributions which are present in ESI spectra.
Here we present an accessible approach for analyzing proteins larger than 100 kDa by MALDI-time of flight (TOF). We illustrate the advantages of using a mixture of two matrices (i.e. 2,5-dihydroxybenzoic acid and &#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid) and the utility of the thin layer method as approach for sample deposition. We also discuss the critical role of the matrix and solvent purity, of the standards used for calibration, of the laser energy, and of the acquisition time. Overall, we provide information necessary to a novice for analyzing intact proteins larger than 100 kDa by MALDI-MS.

Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight MALDI-TOF Mass Spectrometric Analysis of Intact Proteins Larger than 100 kDa

Accurate mass measurement represents an important step during the investigation of proteins. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry (MS) can be used for such determination and its key advantage is the tolerance to salts, detergents and contaminants. Here we illustrate an accessible approach for the analysis of proteins larger than 100 kDa by MALDI-MS.

Matrix-assisted laser dessorção / ionização Time of Flight (MALDI-TOF) espectrometria de massa Análise de proteínas intactas maior que 100 kDa

Effectively determining masses of proteins is critical to many biological studies (e.g. for structural biology investigations). Accurate mass ...

Química

Polymer Microarrays for High Throughput Discovery of Biomaterials

The discovery of novel biomaterials that are optimized for a specific biological application is readily achieved using polymer microarrays, which allows a combinatorial library of materials to be screened in a parallel, high throughput format1. Herein is described the formation and characterization of a polymer microarray using an on-chip photopolymerization technique 2. This involves mixing monomers at varied ratios to produce a library of monomer solutions, transferring the solution to a glass slide format using a robotic printing device and curing with UV irradiation. This format is readily amenable to many biological assays, including stem cell attachment and proliferation, cell sorting and low bacterial adhesion, allowing the ready identification of 'hit' materials that fulfill a specific biological criterion3-5. Furthermore, the use of high throughput surface characterization (HTSC) allows the biological performance to be correlated with physio-chemical properties, hence elucidating the biological-material interaction6. HTSC makes use of water contact angle (WCA) measurements, atomic force microscopy (AFM), X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and time-of-flight secondary ion mass spectrometry (ToF-SIMS). In particular, ToF-SIMS provides a chemically rich analysis of the sample that can be used to correlate the cell response with a molecular moiety. In some cases, the biological performance can be predicted from the ToF-SIMS spectra, demonstrating the chemical dependence of a biological-material interaction, and informing the development of hit materials5,3.

A description of the formation of a polymer microarray using an on-chip photopolymerization technique. The high throughput surface characterization using atomic force microscopy, water contact angle measurements, X-ray photoelectron spectroscopy and time of flight secondary ion mass spectrometry and a cell attachment assay is also described.

Microarrays de polímeros para Discovery High Throughput de Biomateriais

The discovery of novel biomaterials that are optimized for a specific biological application is readily achieved using polymer microarrays, which allows a ...

Bioengenharia

Low Molecular Weight Protein Enrichment on Mesoporous Silica Thin Films for Biomarker Discovery

The identification of circulating biomarkers holds great potential for non invasive approaches in early diagnosis and prognosis, as well as for the monitoring of therapeutic efficiency.1-3 The circulating low molecular weight proteome (LMWP) composed of small proteins shed from tissues and cells or peptide fragments derived from the proteolytic degradation of larger proteins, has been associated with the pathological condition in patients and likely reflects the state of disease.4,5 Despite these potential clinical applications, the use of Mass Spectrometry (MS) to profile the LMWP from biological fluids has proven to be very challenging due to the large dynamic range of protein and peptide concentrations in serum.6 Without sample pre-treatment, some of the more highly abundant proteins obscure the detection of low-abundance species in serum/plasma. Current proteomic-based approaches, such as two-dimensional polyacrylamide gel-electrophoresis (2D-PAGE) and shotgun proteomics methods are labor-intensive, low throughput and offer limited suitability for clinical applications.7-9 Therefore, a more effective strategy is needed to isolate LMWP from blood and allow the high throughput screening of clinical samples. 
Here, we present a fast, efficient and reliable multi-fractionation system based on mesoporous silica chips to specifically target and enrich LMWP.10,11 Mesoporous silica (MPS) thin films with tunable features at the nanoscale were fabricated using the triblock copolymer template pathway. Using different polymer templates and polymer concentrations in the precursor solution, various pore size distributions, pore structures, connectivity and surface properties were determined and applied for selective recovery of low mass proteins. The selective parsing of the enriched peptides into different subclasses according to their physicochemical properties will enhance the efficiency of recovery and detection of low abundance species. In combination with mass spectrometry and statistic analysis, we demonstrated the correlation between the nanophase characteristics of the mesoporous silica thin films and the specificity and efficacy of low mass proteome harvesting. The results presented herein reveal the potential of the nanotechnology-based technology to provide a powerful alternative to conventional methods for LMWP harvesting from complex biological fluids. Because of the ability to tune the material properties, the capability for low-cost production, the simplicity and rapidity of sample collection, and the greatly reduced sample requirements for analysis, this novel nanotechnology will substantially impact the field of proteomic biomarker research and clinical proteomic assessment.

We developed a technology based on mesoporous silica thin film for the selective recovery of low molecular weight proteins and peptides from human serum. The physico-chemical properties of our mesoporous chips were finely tuned to provide substantial control in peptide enrichment and consequently profile the serum proteome for diagnostic purposes.

Enriquecimento protéico de baixo peso molecular em filmes finos de sílica mesoporosa para a descoberta de biomarcadores

The identification of circulating biomarkers holds great potential for non invasive approaches in early diagnosis and prognosis, as well as for the ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have been thought of as a type of molecular information storage. Mass spectrometry analysis has been considered the method of choice for sequencing peptoids. Peptoids can be synthesized via solid phase chemistry using a repeating two-step reaction cycle. Here we present a method to manually synthesize oligo-peptoids and to analyze the sequence of the peptoids using tandem mass spectrometry (MS/MS) techniques. The sample peptoid is a nonamer consisting of alternating N-(2-methyloxyethyl)glycine (Nme) and N-(2-phenylethyl)glycine (Npe), as well as an N-(2-aminoethyl)glycine (Nae) at the N-terminus. The sequence formula of the peptoid is Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, where Ac is the acetyl group. The synthesis takes place in a commercially available solid-phase reaction vessel. The rink amide resin is used as the solid support to yield the peptoid with an amide group at the C-terminus. The resulting peptoid product is subjected to sequence analysis using a triple-quadrupole mass spectrometer coupled to an electrospray ionization source. The MS/MS measurement produces a spectrum of fragment ions resulting from the dissociation of charged peptoid. The fragment ions are sorted out based on the values of their mass-to-charge ratio (m/z). The m/z values of the fragment ions are compared against the nominal masses of theoretically predicted fragment ions, according to the scheme of peptoid fragmentation. The analysis generates a fragmentation pattern of the charged peptoid. The fragmentation pattern is correlated to the monomer sequence of the neutral peptoid. In this regard, MS analysis reads out the sequence information of the peptoids.

A protocol is described for the manual synthesis of oligo-peptoids followed by sequence analysis by mass spectrometry.

Síntese e análise de espectrometria de massa de Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

Dithranol as a Matrix for Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging on a Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer

Mass spectrometry imaging (MSI) determines the spatial localization and distribution patterns of compounds on the surface of a tissue section, mainly using MALDI (matrix&#160;assisted laser desorption/ionization)-based analytical techniques. New matrices for small-molecule MSI, which can improve the analysis of low-molecular weight (MW) compounds, are needed. These matrices should provide increased analyte signals while decreasing MALDI background signals. In addition, the use of ultrahigh-resolution instruments, such as Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometers, has&#160;the ability to resolve analyte signals from matrix signals, and this can partially overcome many problems associated with the background originating from the MALDI matrix. The reduction in the intensities of the metastable matrix clusters by FTICR MS can also help to overcome some of the interferences associated with matrix peaks on other instruments. High-resolution instruments such as the FTICR mass spectrometers are advantageous as they can produce distribution patterns of many compounds simultaneously while still providing confidence in chemical identifications. Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9,10-dihydroanthracen-9-one) has previously been reported as a MALDI matrix for tissue imaging. In this work, a protocol for the use of DT for MALDI imaging of endogenous lipids from the surfaces of mammalian tissue sections, by positive-ion MALDI-MS, on an ultrahigh-resolution hybrid quadrupole FTICR instrument has been provided.

Dithranol (DT; 1,8-dihydroxy-9,10-dihydroanthracen-9-one) has previously been reported as a MALDI matrix for tissue imaging of small molecules; protocols for the use of DT for the MALDI imaging of endogenous lipids on the surface of tissue sections&#160;by positive-ion MALDI-MS on an ultrahigh-resolution quadrupole-FTICR instrument are provided here.

Dithranol como Matrix Assisted Laser Matrix para dessorção / ionização de imagem em um Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer

Mass spectrometry imaging (MSI) determines the spatial localization and distribution patterns of compounds on the surface of a tissue section, mainly ...

Biologia

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the homogenization of the tissue of interest that could potentially cause changes in the metabolic pathways being studied1. Mass spectrometric imaging (MSI) is a powerful analytical tool that can provide spatial information of analytes within intact slices of biological tissue samples1-5. This technique has been used extensively to study various types of compounds including proteins, peptides, lipids, and small molecules such as endogenous metabolites. With matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI)-MSI, spatial distributions of multiple metabolites can be simultaneously detected. Herein, a method developed specifically for conducting untargeted metabolomics MSI experiments on legume roots and root nodules is presented which could reveal insights into the biological processes taking place. The method presented here shows a typical MSI workflow, from sample preparation to image acquisition, and focuses on the matrix application step, demonstrating several matrix application techniques that are useful for detecting small molecules. Once the MS images are generated, the analysis and identification of metabolites of interest is discussed and demonstrated. The standard workflow presented here can be easily modified for different tissue types, molecular species, and instrumentation.

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Mass spectrometric imaging (MSI) is a powerful tool that can be used to discover and identify various chemical species in intact tissues, preserving the compounds in their native environments, which can provide new insights into biological processes. Herein a MSI method developed for the analysis of small molecules is described.&#160;

MALDI por espectrometria de massa de imagens de Investigação de metabólitos em<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Os nódulos radiculares

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the ...

Introduction to Mass Spectrometry

Source: Laboratory of Dr. Khuloud Al-Jamal - King&#39;s College London

Mass spectrometry is an analytical chemistry technique that enables the identification of unknown compounds within a sample, the quantification of known materials, the determination of the structure, and chemical properties of different molecules.
A mass spectrometer is composed of an ionization source, an analyzer,&#160;and a detector. The process involves the ionization of chemical compounds to generate ions. When using inductively coupled plasma (ICP), samples containing elements of interest are introduced into argon plasma as aerosol droplets. The plasma dries the aerosol, dissociates the molecules, and then removes an electron from the components to be detected by the mass spectrometer. Other ionization methods such as electrospray ionization (ESI) and matrix assisted laser desorption ionization (MALDI) are used to analyze biological samples. Following the ionization procedure, ions are separated in the mass spectrometer according to their mass-to-charge ratio (m/z), and the relative abundance of each ion type is measured. Finally, the detector commonly consists in an electron multiplier where the collision of ions with a charged anode leads to a cascade of increasing number of electrons, which can be detected by an electrical circuit connected to a computer.
In this video, the procedure of ICP-MS analysis will be described by the detection of 56Fe as an example.

Mass Spectrometer: Principle, Operation, Applications

Introdução à Espectrometria de Massa

Source: Laboratory of Dr. Khuloud Al-Jamal - King&#39;s College London

Mass spectrometry is an analytical chemistry technique that enables the ...

JoVE Science Education

Química Analítica

Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)

Matrix-assisted laser desorption ionization (MALDI) is a powerful analytical technique used in mass spectrometry. It enables the identification and characterization of various biomolecules, including proteins, peptides, nucleic acids, and carbohydrates. MALDI spectrometry is widely employed in biological and medical research, as well as in fields like pharmacology and biochemistry.
The analyte of interest, a biomolecule or a mixture of biomolecules, is mixed with a suitable matrix material. The matrix is usually an organic compound, such as a small organic acid or a crystalline substance, that facilitates ionization. This analyte-matrix mixture is then deposited onto a target surface, inserted into the mass spectrometer, and dried. During drying, the matrix forms small crystals that incorporate the analyte molecules within their structure.
Once the sample is prepared, a pulsed laser is directed onto the target surface. The matrix molecules absorb the laser beam energy, causing them to heat up and vaporize rapidly. This process is known as laser desorption. As the matrix molecules vaporize, they carry the embedded analyte molecules. The vaporized analyte molecules become ionized through a process called proton transfer. The proton transfer occurs between the matrix and the analyte molecule. The matrix molecule donates a proton to the analyte molecule, resulting in the formation of protonated ions. The analyte ions are then accelerated by an electric field and further separated based on their mass-to-charge ratio in a time-of-flight mass analyzer.
The mass spectrum obtained from MALDI spectrometry provides valuable information about the mass and relative abundance of the analyzed biomolecules.

Ionização por Dessorção a Laser Assistida por Matriz (MALDI)

Matrix-assisted laser desorption ionization (MALDI) is a powerful analytical technique used in mass spectrometry. It enables the identification and ...

Caracterização de Polímeros Sintéticos via Espectrometria de Massa por Ionização a Laser com Matriz Assistida por Tempo de Voo (MALDI-TOF)

Resumo

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Melhoria Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism Genotipagem de Pufferfish Tóxico por Cromatografia Líquida / Espectrometria de Massa

Matrix-assisted laser dessorção / ionização Time of Flight (MALDI-TOF) espectrometria de massa Análise de proteínas intactas maior que 100 kDa

Microarrays de polímeros para Discovery High Throughput de Biomateriais

Enriquecimento protéico de baixo peso molecular em filmes finos de sílica mesoporosa para a descoberta de biomarcadores

Síntese e análise de espectrometria de massa de Oligo-peptoids

Dithranol como Matrix Assisted Laser Matrix para dessorção / ionização de imagem em um Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer

MALDI por espectrometria de massa de imagens de Investigação de metabólitos em

Introdução à Espectrometria de Massa

Ionização por Dessorção a Laser Assistida por Matriz (MALDI)

Ionização por Dessorção a Laser Assistida por Matriz (MALDI)