화학 가교 질량 분광법을 통한 사차 구조 모델링: TX-MS Jupyter 보고서 확장

이 방법은 Jupyter Notebook의 기능을 사용하여 유익하고 시각적으로 매력적인 보고서를 제공하는 동시에 사용자가 재현 가능하고 추적 가능한 방식으로 보고서를 확장하고 사용자 지정할 수 있도록 합니다. 이 유연한 기술을 통해 모든 사용자 수정을 나중에 또는 다른 사용자가 재현하기에 충분한 세부 사항으로 캡처할 수 있습니다. 이 방법은 일반적으로 모든 연구 분야에 적용 가능하지만 주로 복잡한 데이터를 생성 할 수있는 연구 영역 인 Mucor 생명 과학을 위해 설계되었습니다.

분석을 시작하기 전에 대상 가교 질량 분석법 웹 사이트를 엽니다. 웹 사이트를 탐색하면 TX MS.web 서비스에 대한 높은 수준의 설명을 제공하는 환영 화면이 나타납니다. 자습서 탭에서 서비스 사용 방법 및 결과 분석 방법에 대한 정보를 포함하여 제공된 서비스에 대한 자세한 설명을 관찰할 수 있습니다.

다운로드 탭에서 소프트웨어 및 리소스를 다운로드할 수 있습니다. 모든 소프트웨어는 오픈 소스 라이센스로 사용할 수 있습니다. 라이센스 탭에서 BSD 3clause 라이센스는 소프트웨어를 가능한 한 광범위하게 사용할 수 있도록 명시적으로 만듭니다.

연락처 탭에서는 질문이나 의견을 제출하기 위한 연락처 정보를 제공합니다. 사용자 자격 증명을 요청하는 전자 메일을 제출하려면 Cheetah 탭으로 돌아가서 페이지 아래쪽에 있는 전자 메일 주소 하이퍼링크를 클릭합니다. 이메일 본문의 제목 줄에 관련 정보를 입력합니다.

회신은 가능한 한 빨리 전송됩니다. 사용자 자격 증명이 포함된 확인 이메일을 받은 후 로그인하여 질량 분석 데이터를 웹 사이트에 업로드합니다. 워크플로 제출을 클릭하고 제목과 설명을 입력합니다.

그런 다음 워크플로 보기를 클릭하고 Cheetah 워크플로를 선택합니다. 마법사를 수행한 후 온라인 뷰어를 사용하여 Jupyter 노트북을 검사합니다. JupyterHub를 설치하려면 지시에 따라 Docker를 설치하고 Jupyter openBIS 확장을 사용하여 JupyterHub Docker 컨테이너를 다운로드합니다.

Docker를 시작한 후 P8171:8000 malmstroem/jove:latest 컨테이너를 실행합니다. 표시된 웹 주소로 이동하여 사용자 이름과 암호 사용자로 로그인합니다. 보고서를 다운로드하려면 Python 3에서 새로 만들기를 클릭하여 제목이 없는 전자 필기장이 있는 새 탭을 엽니다.

Jupyter 도구 메뉴에서 openBIS 연결 구성을 클릭하고 이름에 TX MS, URL의 TX MS 웹 주소, 사용자의 게스트 및 암호에 G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D를 입력합니다. 새 연결을 선택하고 연결 선택을 클릭하여 보고서를 검색합니다. 그런 다음 클릭하고 셀에서 다운로드 한 다음 all을 실행하여 보고서를 반환합니다.

보고서를 확장하려면 셀을 클릭하고 아래에 삽입하여 아래쪽에 새 셀을 추가합니다. 그런 다음 코드를 클릭하고 Shift 키를 누른 다음 Enter 키를 눌러 셀을 실행합니다. 보고서를 업로드하려면 업로드 단추를 클릭하여 새 데이터 세트를 만듭니다.

M1 및 알부민의 대표적인 구조가 구조물 상에 매핑된 상부 가교결합을 갖는 것이 여기에 도시되어 있다. 모든 가교결합은 고분해능 MS1 데이터 의존적이고 독립적인 획득 데이터를 파싱한 후 표적화된 가교결합 질량 분광법에 의해 얻어졌으며, 계산 모델은 RosettaDock 프로토콜에 의해 제공되었다. 단백질 단백질 상호 작용은 안정성 측면에서 다양하다는 것을 기억하는 것이 중요합니다.

따라서 결과는 다를 수 있습니다. 현재의 방법론은 이진 상호 작용으로 제한되므로 더 복잡한 단백질 사차 구조에 적용 할 수 없습니다. 그러나 개별 쌍을 모델링하면 더 복잡한 구조를 구축하기위한 좋은 기반을 제공 할 수 있습니다.

결합 계면에 대한 세부사항은 여러 가지 방법, 예를 들어 단백질 상호작용을 안정화 또는 불안정하게 할 수 있는 돌연변이를 제안하는 데 유용할 수 있다. 따라서 이것은 단백질 - 단백질 상호 작용의 역할을 더 잘 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다.