Name: plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean
Uploaded: 2017-12-23T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 58 s
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이 작품 전자 일반 드 Asuntos 델에 의해 부분적으로 지원 되었다 개인 Académico, DGAPA/PAPIIT-UNAM (no를 부여 합니다. M.L 하 M.에 IA205117 IN219916 A)와 Consejo 나시오날 드 많은 y Tecnològia (CONACYT 보조금 번호 240614 메이저 리그에).

1. 식별, 격리 및 피 Vulgaris 닌 발기인의 복제
<ol>
	<li>관심사의 유전자의 발기인 순서를 식별 합니다. 일부의 게놈 데이터베이스와 분석 도구 Phytozome, 합 식물, NCBI, 등 A 콩과 발기인 P. vulgaris 닌 (PvNIN; 식물에 사용할 수 있는 Phvul.009G115800)는이 연구20에 사용 되었다.</li>
	<li>디자인 oligos 게이트웨이 또는 벡터 시스템에 따라 복제 하는 전통적인 제한 효소 사용 (그림 1A). 참고: 표준 (25-35 bp), desalted 뇌관 작업 괜 찮 아 요. 발기인과 유전자 사이의 측면 역 올리고 시퀀스는 좋습니다.</li>
	<li>갓 격리 P. vulgaris 에서 PvNIN 발기인 지역 (또는 관심사의 유전자의 발기인 지구)를 증폭 발기인 특정 올리고 세트를 사용 하 여 게놈 DNA. 높은 중 합 효소를 사용 하 여 다음 PCR 조건: 95 ° C 5 분; 30 사이클 (95 ° C 30에 대 한 s, 55 ° C 30 초, 1 분에 72 ° C); 그리고 5 분 동안 72 ° C입니다.</li>
	<li>7 x 10 cm 젤 트레이에 60 V 1 %agarose 젤에 증폭된 한 파편을 실행 하 고 해당 amplicon elute (700 bp, 그림 1B) 및 제조업체의 지침에 따라 pENTR/D-이동 벡터에 클론.</li>
	<li>2 µ L 유능한 대장균 으로 반응의 변환 lysogeny 형제 (파운드) 50mg/L 대 (Kan50)와 보완에 제조업체의 지침과 변환 혼합물의 플레이트 150 µ L를 사용 하 여 셀. 밤새 37 ° C에서 도금된 세포 성장.</li>
	<li>선택 3-6 식민지 문화 그들 파운드 매체 포함 하는 Kan50에서에서 하룻밤. 플라스 미드의 선택 방법을 사용 하 여 DNA를 분리 하 고 벡터 특정 M13 oligos를 사용 하 여 PCR에 의해 플라스 미드 분석. PCR, 플라스 미드, oligos의 오후 0 3의 사용 100 ng에 대 한 10 X PCR 버퍼, 0.5 U Taq DNA 중 합 효소, 그리고 dNTPs 10 m m.</li>
	<li>사용 하는 PCR 증폭 다음과; 3 분;에 대 한 95 ° C 30 사이클 (95 ° C 30에 대 한 s, 58 ° C 30에 대 한 s, 75 72 ° C s); 그리고 7 분에 대 한 72 ° C 1 %agarose 젤에 PCR 제품을 시각화. 올바른 삽입 324 bp 밴드 (그림 1C) 밴드 1024 혈압과 삽입 지 없이 벡터에 있는지 확인 합니다.</li>
	<li>LR 반응 항목 벡터 (pENTR/D-이동-PvNIN)와 대상 벡터 pBGWFS7.021 제조업체의 지침에 따라 상업 효소 혼합을 사용 하 여 수행 합니다.</li>
	<li>유능한 대장균 으로 LR 반응의 2 µ L 변환 파운드 100 mg/L spectinomycin (Spe100)의 보충에 제조업체의 지침과 접시 150 µ L의 변환에 설명 된 대로 표준 기술을 사용 하 여 셀. 밤새 37 ° C에서 도금된 세포 성장.</li>
	<li>5 식민지 약을 선택 하 고 Spe100를 포함 하는 파운드 매체에 하룻밤 문화. 선택 방법을 사용 하 여 DNA 플라스 미드를 분리 하 고 발기인 특정 oligos를 사용 하 여 PCR에 의해 플라스 미드 분석.</li>
	<li>1.3 단계에서 PCR 상태를 사용 합니다. 증폭을 확인 하는 1 %agarose 젤에 PCR 제품을 시각화 합니다. Amplicons는 700 혈압.</li>
	<li>긍정적인 플라스 미드 pBGWFS7.0/PvNIN::GUS-GFP (그림 1D) 삽입의 진위를 확인 하기 위해 발기인 특정 oligos와 시퀀스.</li>
	<li>그러나 A. rhizogenes 긴장 K599 (, A. rhizogenes 의 다른 변종 사용할 수 있습니다)에 플라스 미드를 변환. 다음 설정으로 1mm 베트에 electroporate 및 electrocompetent 세포의 50 µ L를 플라스 미드 준비의 2 µ L를 추가: 1.8 kV, 25 µ F, 및 200 Ω.</li>
	<li>셀에 복구 ~ SOC 매체의 500 µ L 2 h. 접시 파운드 Spe100에 28 ° C에서 흔들어와 28 ° C에서 2 일 동안 성장.</li>
	<li>1.7 단계에서 언급 한 대로 식민지 심사를 수행 하 고 단계 1.3에서 PCR 조건을 사용 하 여. 긍정적인 복제품에서 글리세롤 주식을 확인 하 고-80 ° C에 저장</li>
	<li>A. rhizogenes 문화 은닉 부정적인 컨트롤로 빈 pBGWFS7.0 벡터를 사용 합니다.</li>
</ol>
2. A. Rhizogenes 는 일반 콩의 털이 뿌리 변형
<ol>
	<li>콩 (P. vulgaris cv. 흑인 Jamapa) 씨앗 (약 20)을 살 균 하십시오 1 분 96% 에탄올의 50 ml에서 및 에탄올; 삭제 층 류 두건에 지속적인 혼합과 10 분 동안 20% 표 백제 (염소) 50 mL를 추가 합니다. 표 백제를 제거 하 고 3 번 초과 살 균 물에 씻어. 참고: 다른 P. vulgaris cultivars 털이 루트 유도 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>브 로튼 적신 멸 균 필터 종이에 소독된 씨앗을 발 아 &#38; Dilworth (B &#38; D) 솔루션22 (표 1) 28 ° c.에 어둠 속에서 2 일 동안</li>
	<li>변환 하기 전에 하루 준비 다음.
	<ol>
		<li>A. rhizogenes 문화 (준비 단계 1.13 1.14) 이진 벡터 은닉의 150 µ L을 고체 파운드 Spe100에 streak 하룻밤 28 ° C에서 성장 하 고.</li>
		<li>B 15 mL 튜브를 채우기 &#38; D 솔루션 및 바꾸기 두 배 층이 된 알루미늄 호 일 나사 모자. B의 10 mL를 포함 하는 22 cm 유리 튜브에 이것을 조립 &#38; D 솔루션 (그림 2C) 및 고압 그것.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>변화의 날, 층 류 두건에 다음 메 마른 재료 조립: 2.2 단계에서 씨앗, 단계 2.3.1, 2.3.2 단계에서 튜브, 살 균 두 배 증류수 (10 mL), 펫 및 피 펫 팁, 살 균 겸 문화 접시를 출 아 했다 그리고 3 mL 주사기입니다.</li>
	<li>구부러진된 200 µ L 팁을 사용 하 여 microcentrifuge 튜브로 접시에서 A. rhizogenes 세포를 긁어와 이중 살 균 물의 1 mL에서 resuspend. 마찬가지로, 벡터 제어 셀 별도로 준비 합니다.
	<ol>
		<li>Resuspend을 부드럽게 세포를 혼합. 와 동 하지 마십시오.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>단계의 2.3.2 살 균 피 펫 팁을 사용 하 여 튜브의 알루미늄 호 일에 3mm 구멍을 확인 합니다.</li>
	<li>주사기와 2.5 단계에서 세포 (발기인 또는 벡터 제어)를 수집 하 고 약간 찌르는 바늘 팁 (그림 2G) 세균된 씨의 hypocotyls. 참고: 바늘 침투 (4-6 시간) 혈관 조직 다는 것을 확인 하 고 작은 주사 (~ 5 µ L)는 hypocotyl 주위에 다른 위치에서 상처에 셀의 삭제.</li>
	<li>신중 하 게 B를 포함 하는 15 mL 튜브의 3 m m 구멍에 삽입 된 묘 목의 뿌리를 삽입 &#38; D 솔루션. 유리 튜브 22 mL에 전체 설치를 반환 하 고 습도 유지 하기 위해 그들을 봉인.</li>
	<li>16 h 빛: 8 28 ° C 유지 성장 챔버에 튜브를 품 어 h 어두운 photoperiod. 참고: 3-4 일 후 부 화, 식물 성장 22 mL 유리 튜브의 가장자리에.</li></ol>이 단계에서 모자를 제거 하 고 그림2에서와 같이 줄기 주위 parafilm으로 가장자리를 밀봉 합니다.
	<li>5-7 일, 부상 사이트에서 굳은 살을 관찰 하 고 찾아 ~ 2 cm 털 뿌리 변환 후 10-12 일. 참고: 그것은 B를 유지 하는 것이 중요 &#38; 플라스틱 및 유리 튜브에 끊임없이 D 솔루션.</li>
	<li>2 주 후, 털 뿌리 아래 2 cm 줄기를 절단 하 여 기본 루트를 제거 하 고 살 균 질 석 포함 하는 남 비로 기본 뿌리를 이식 합니다. 성장 챔버 (16 빛: 8 시 28 ° C에서 어두운)에 식물을 유지 하 고 B와 관개 &#38; D 솔루션.</li>

3. 발기인 분석: 닌 발기인 식 일반 콩의 Rhizobial 혹
<ol>
	<li>뿌리 혹의 유도, 접종 Rhizobium tropici 또는 Rhizobium etli (일반 콩에 호환 되)는 PY 매체 (0.5 g 펩, 0.3 g 효 모 추출 물) 700 mM CaCl2 와 20 mg mL− 1 를 가진 보충의 100 ml nalidixic 산입니다. 300 rpm에서 떨고와 30 ° C 24 h에서 품 어. 참고: 어떤 특정 항생제 유전자 변형 Rhizobium경우 사용 될 수 있습니다.</li>
	<li>실 온에서 2800 x g에서 3 분 동안 원심 분리기에 셀 작은 고 10mm MgSO410 mL에 resuspend. 10mm MgSO4로 희석 하 여 세600 0.6 셀의 OD를 조정 합니다.</li>
	<li>문화 (3.2 단계에서 준비) 식물 (모두 발기인 및 벡터 제어) 털이 뿌리에 결 절 성장 유도 하 당 1-2 mL 접종 B 식물을 관개 &#38; D 솔루션 nodulation 홍보 제한 질소 (2mm 알 것3).</li>
	<li>실험 필요에 따라서 다른 시간 지점에서 털이 뿌리를 수집 합니다. 3-5 일 사이 감염 스레드 공부에 대 한 수집 샘플 게시물 접종 (dpi). 참고: 원시 결 절 및 젊은 혹 수 수에서 공부 6-9 dpi와 10-12 일 dpi, 각각. 마지막으로, 성숙 하 고 기능적인 혹 14-21 dpi, 및 senesced 혹에서 공부 될 수 있다 &#62; 28 dpi.</li>
	<li>거 스 (GFP) 리포터 유전자의 활동에 대 한 루트/작은 혹을 처리 합니다. 제퍼슨23에 의해 설명 하는 프로토콜에 따라 GUS 활동 분석. GFP 형광 현미경으로 관찰 합니다. GFP 형광 블루 아르곤 이온 레이저 자극 (488 nm), 510에서 540 내보낸된 형광을 수집 nm.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Hern&#225;ndez-Garcia, C. M., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+promoters+and+cis-actingregulatory+elements.">Identification and validation of promoters and cis-actingregulatory elements.</a> Plant Science. 217-218, 109-119 (2014).</li><li>Dhanapal, A. P., Govindaraj, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unlimited+Thirst+for+Genome+Sequencing,+Data+Interpretation,+and+Database+Usage+in+Genomic+Era:+The+Road+towards+Fast-Track+Crop+Plant+Improvement.">Unlimited Thirst for Genome Sequencing, Data Interpretation, and Database Usage in Genomic Era: The Road towards Fast-Track Crop Plant Improvement.</a> Genetics Research International. , 684321 (2015).</li><li>Nanjareddy, N., Arthikala, M. K., Blanco, L., Arellano, E. S., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protoplast+isolation,+transient+transformation+of+leaf+mesophyll+protoplasts+and+improved+Agrobacterium-mediated+leaf+disc+infiltration+of+Phaseolus+vulgaris:+Tools+for+rapid+gene+expression+analysis.">Protoplast isolation, transient transformation of leaf mesophyll protoplasts and improved Agrobacterium-mediated leaf disc infiltration of Phaseolus vulgaris: Tools for rapid gene expression analysis.</a> BMC Biotechnol. 16 (1), 53 (2016).</li><li>Pumplin, N., Zhang, X., Noar, R. D., Harrison, M. 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S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MtSWEET11,+a+Nodule-Specific+Sucrose+Transporter+of+Medicago+truncatula.">MtSWEET11, a Nodule-Specific Sucrose Transporter of Medicago truncatula.</a> Plant Physiol. 171 (1), 554-565 (2016).</li><li>Suzaki, T., Yano, K., Ito, M., Umehara, Y., Suganuma, N., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Positive+and+negative+regulation+of+cortical+cell+division+during+root+nodule+development+in+Lotus+japonicus+is+accompanied+by+auxin+response.">Positive and negative regulation of cortical cell division during root nodule development in Lotus japonicus is accompanied by auxin response.</a> Development. 139 (21), 3997-4006 (2012).</li><li>Suzaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endoreduplication-mediated+initiation+of+symbiotic+organ+development+in+Lotus+japonicus.">Endoreduplication-mediated initiation of symbiotic organ development in Lotus japonicus.</a> Development. 141 (12), 2441-2445 (2014).</li><li>Qin, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+high-affinity+phosphate+transporter+GmPT5+regulates+phosphate+transport+to+nodules+and+nodulation+in+soybean.">The high-affinity phosphate transporter GmPT5 regulates phosphate transport to nodules and nodulation in soybean.</a> Plant Physiol. 159 (4), 1634-1643 (2012).</li><li>Wang, Z., Panfeng, L., Yan, Y., Chi, Y., Fan, B., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+Functional+Analysis+of+a+Novel+Group+of+Legume-specific+WRKY+and+Exo70+Protein+Variants+from+Soybean.">Expression and Functional Analysis of a Novel Group of Legume-specific WRKY and Exo70 Protein Variants from Soybean.</a> Sci Rep. 6, 32090 (2016).</li><li>Montiel, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene+is+required+for+root+infection+by+Rhizobia.">A Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene is required for root infection by Rhizobia.</a> Plant Cell Physiol. 53 (10), 1751-1767 (2012).</li><li>Arthikala, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PvRbohB+negatively+regulates+Rhizophagus+irregularis+colonization+in+Phaseolus+vulgaris.">PvRbohB negatively regulates Rhizophagus irregularis colonization in Phaseolus vulgaris.</a> Plant Cell Physiol. 54 (8), 1391-1402 (2013).</li><li>Arthikala, M. K., S&#225;nchez-L&#243;pez, R., Nava, N., Santana, O., C&#225;rdenas, L., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RbohB+a+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene,+enhances+symbiosome+number,+bacteroid+size,+and+nitrogen+fixation+in+nodules+and+impairs+mycorrhizal+colonization.">RbohB a Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene, enhances symbiosome number, bacteroid size, and nitrogen fixation in nodules and impairs mycorrhizal colonization.</a> New Phytol. 202 (3), 886-900 (2014).</li><li>Barraza, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Down-regulation+of+PvTRE1+enhances+nodule+biomass+and+bacteroid+number+in+the+common+bean.">Down-regulation of PvTRE1 enhances nodule biomass and bacteroid number in the common bean.</a> New Phytol. 197 (1), 194-206 (2013).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+autophagy-related+kinase+is+essential+for+the+symbiotic+relationship+between+Phaseolus+vulgaris+and+both+rhizobia+and+arbuscular+mycorrhizal+fungi.">An autophagy-related kinase is essential for the symbiotic relationship between Phaseolus vulgaris and both rhizobia and arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Plant Cell. 28 (9), 2326-2341 (2016).</li><li>Nanjareddy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Legume+TOR+Protein+Kinase+Regulates+Rhizobium+Symbiosis+and+Is+Essential+for+Infection+and+Nodule+Development.">A Legume TOR Protein Kinase Regulates Rhizobium Symbiosis and Is Essential for Infection and Nodule Development.</a> Plant Physiol. 172 (3), 2002-2020 (2016).</li><li>Fr&#252;hling, M., Schr&#246;der, G., Hohnjec, N., P&#252;hler, A., Perlick, A. M., K&#252;ster, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promoter+of+the+Vicia+faba+L.+gene+VfEnod12+encoding+an+early+nodulin+is+active+in+cortical+cells+and+nodule+primordia+of+transgenic+hairy+roots+of+Vicia+hirsuta+as+well+as+in+the+prefixing+zone+II+of+mature+transgenic+V.+hirsuta+root+nodules.">The promoter of the Vicia faba L. gene VfEnod12 encoding an early nodulin is active in cortical cells and nodule primordia of transgenic hairy roots of Vicia hirsuta as well as in the prefixing zone II of mature transgenic V. hirsuta root nodules.</a> Plant Science. 160 (1), 67-75 (2000).</li><li>Szabados, L., Ratet, P., Grunenberg, B., de Bruijn, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+analysis+of+the+Sesbania+rostrata+leghemoglobin+glb3+gene+5'-upstream+region+in+transgenic+Lotus+corniculatus+and+Nicotiana+tabacum+plants.">Functional analysis of the Sesbania rostrata leghemoglobin glb3 gene 5'-upstream region in transgenic Lotus corniculatus and Nicotiana tabacum plants.</a> Plant Cell Online. 2 (10), 973-986 (1990).</li><li>Madsen, L. H., Tirichine, L., Jurkiewicz, A., Sullivan, J. T., Heckmann, A. B., Bek, A. S., Ronson, C. W., James, E. K., Stougaard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+network+governing+nodule+organogenesis+and+infection+in+the+model+legume+Lotus+japonicus.">The molecular network governing nodule organogenesis and infection in the model legume Lotus japonicus.</a> Nat Commun. 12, 1-10 (2010).</li><li>Montiel, J., Arthikala, M. K., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phaseolus+vulgaris+RbohB+functions+in+lateral+root+development.">Phaseolus vulgaris RbohB functions in lateral root development.</a> Plant Signal Behav. 8 (1), 1-3 (2013).</li><li>Nanjareddy, K., Arthikala, M. K., G&#243;mez, B. M., Blanco, L., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentially+expressed+genes+in+mycorrhized+and+nodulated+roots+of+common+bean+are+associated+with+defense,+cell+wall+architecture,+N+metabolism,+and+P+metabolism.">Differentially expressed genes in mycorrhized and nodulated roots of common bean are associated with defense, cell wall architecture, N metabolism, and P metabolism.</a> PLoS ONE. 12 (8), e0182328 (2017).</li><li>Karimi, M., Inz&#233;, D., Depicker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway+vectors+for+Agrobacterium-mediated+plant+transformation.">Gateway vectors for Agrobacterium-mediated plant transformation.</a> Trends Plant Sci. 7 (5), 193-195 (2002).</li><li>Broughton, W. J., Dilworth, M. 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B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+CRISPR+Vector+Construction+and+Characterization+of+DNA+Modifications+by+Generation+of+Tomato+Hairy+Roots.">High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots.</a> J. Vis. Exp. (110), e53843 (2016).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agrobacterium+rhizogenes-transformation+of+the+Phaseolus+spp.:+a+tool+for+functional+genomics.">Agrobacterium rhizogenes-transformation of the Phaseolus spp.: a tool for functional genomics.</a> Mol Plant Microbe Interact. 19 (12), 1385-1393 (2006).</li></ol>

저자는 공개 없다.

유전자의 기능 분석, 동안 유전자 식 패턴의 연구 vivo에서유전자의 공간과 일시적인 규칙 이해에 중요 한 역할을 하고있다. 진 식 패턴을 공부 하는 잘 알려진 방법 관심, 유전자 프로모터 영역을 복제 하는 것입니다 형광 표식 유전자 (GFP, RFP, 등) 등 β-glucuronidase 리포터 유전자를 업스트림. 여기, 우리는 루트 결 절 공생 (RNS) 특정 유전자의, RNS 동안 P. vulgaris spatio 시간적 식 패?...

발기인은 관심사의 유전자의 표현 규제 이해에 중요 한 역할을 하는 중요 한 분자 생물학적 도구. 프로모터는 상류에 있는 DNA 순서는 번역의 개시 코 돈 유전자의 순서 그리고 그들이 유전자;의 중앙 규제 정보 따라서, 그들의 올바른 주석 및 특성화는 유전자 기능을 이해 하는 중요 한. 식 패턴에 따라 공장 발기인 구성, 조직, 또는 개발 단계 관련 및 유도할 수 있는1으로 분류 됩니다. Transcriptomic 기술, 컴퓨터 모델링, 개선 및 다양 한 식물 종에 대 한 게놈 시퀀스의 수를 증가의 가용성 발기인 시퀀스2의 대규모 예측을 촉진 했습니다.
다른 한편으로, 그것은 또한 발기인 평가 도구와, 효율적으로, 신속 하 고 재현할 수 있는 유전자 변환 기술을 확립에 중요 한. 다른 모델 식물 달리 일반적인 콩 콩과 식물 (P. vulgaris) 유전자의 기능 특성의 안정적인 유전자 변환에 대 한 sp. Phaseolus 완강히 특성상 주로 장애가. 일시적인 변환 시스템 빠른 유전자 기능 분석 연구3에 대 한 대체 역할을 합니다. 콩과 공생 연구, 콩과 식물 호스트 공장 및 rhizobial 박테리아 사이의 상호 작용 발기인 연구 및 결 절 특정 유전자의 기능 분석에 대 한 가장 온순한 모델 시스템 중 하나입니다. 지금까지,이 공생에 관련 된 여러 가지 콩과 발기인 되었습니다 특징, 즉, 개자리속 truncatula PT44, SWEET115, 로터스 나무 키 클 롭 스, UBQ6, VAG17, 글리신 최대 PT5 8, Exo70J9, P. vulgaris RbohB10,11,12, TRE113, PI3K14, 토르15, 등. Cis 요소 직접 영향을 미치는 유전자 규칙. 녹음 방송 요인 ENBP1A의 초기 nodulin VfENOD12, Cis 규제 지역 (bp −692)에 한다이 얼 faba16의 결 절 primordia에서 취재 원 유전자의 표현을 용이 하 게 한다. Cis 규제 지역의 교체 (−48 bp −161) 결 절 특정 발기인의 leghemoglobin GLB3는 분리와 발기인 δ-p35S 및 δ-pNOS, 결 절 특이성의 손실 귀착되 었 다 잘리고 발기인 활동17 감소 .
이전 보고서 표시 녹음 방송 요인 닌 루트 머리 세포에 rhizobial 감염의 개시에 필요한 고도 결 절 organogenesis L. 나무18에 대 한 필수적 이다. 현재 연구에서 우리는 식별, 격리, 복제 및 일반적인 콩 털이 뿌리에 결 절 특정 발기인의 특성에 대 한 프로토콜을 설명 합니다. 이 위해 우리 P. vulgaris 의 rhizobial 공생 전용 닌 발기인을 선택 하 고 공상 기자 거 스 enhanced::GFP transcriptional 퓨전에 복제. 또한,이 프로토콜 P. vulgaris A. rhizogenes 유도 털 뿌리를 사용 하 여 유전자 변환의 신속 하 고 다양 한 시스템을 설명 합니다. 이 시스템은 변환 후 2 주 미만에 털이 뿌리를 생성합니다. 마지막으로, 우리는 거 스 얼룩에 의해 식민지 rhizobia 루트 혹에서 닌 발기인의 spatiotemporal 식 평가.
여기에 설명 된 절차는 콩과 식물 식물의 nodulation 및 mycorrhization11 의 연구 뿐만 아니라 뿌리19에서 발기인 식 패턴의 연구에 대 한 유용할 수 있습니다. 또한,이 프로토콜은 비 전문 실험실에서 사용 하기 쉬운입니다.

<table><tbody><tr><td>&lt;strong&gt;Primers for qRT-PCR assay&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>pNIN Forward</td><td>CACC ATA GCT CCC CAA AAT GGT AT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>pNIN Reverse</td><td>CAT CTT CCT TCC ACT AAC TAA C</td><td></td><td></td></tr><tr><td>M13 Forward</td><td>GTA AAA CGA CGG CCA G</td><td></td><td></td></tr><tr><td>M13 Reverse</td><td>CAG GAA ACA GCT ATG AC</td><td></td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;REAGENTS&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td><td>Invitrogen</td><td>K243520</td><td></td></tr><tr><td>Gateway LR Clonase II Enzyme Mix&amp;nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>11791100</td><td></td></tr><tr><td>pBGWFS7.0&amp;nbsp;</td><td>Plant systems biology</td><td>https://gateway.psb.ugent.be/vector/show/pBGWFS7/search/index/</td><td></td></tr><tr><td>Platinum Taq DNA Polymerase</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>10966018</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Plant Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69104</td><td></td></tr><tr><td>PureLink Quick Gel Extraction Kit</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>K210012</td><td></td></tr><tr><td>Platinum Pfx DNA Polymerase</td><td>Invitrogen</td><td>11708013</td><td></td></tr><tr><td>Certified Molecular Biology Agarose</td><td>Bio-Rad</td><td>1613102</td><td></td></tr><tr><td>One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli</td><td>Invitrogen</td><td>C404006</td><td></td></tr><tr><td>Nacl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Tryptone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T7293-250G</td><td></td></tr><tr><td>Yeast extract</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Y1625-250G</td><td></td></tr><tr><td>Bacteriological agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A5306-1KG</td><td></td></tr><tr><td>Kanamycin sulfate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60615-25G</td><td></td></tr><tr><td>Spectinomycin sulfate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>PHR1441</td><td></td></tr><tr><td>Ethyl alcohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>Bacteriological peptone</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P0556</td><td></td></tr><tr><td>Calcium chloride</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>Nalidixic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>N8878</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium sulfate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M7506</td><td></td></tr><tr><td>Gel loading solution</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G7654</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Name&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Company&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Catalog Number&lt;/strong&gt;</td><td>&lt;strong&gt;Comments&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;EQUIPMENT&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Thermocycler</td><td>Veriti Thermal Cycler</td><td>4375786</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Sigma</td><td>Sigma 1-14K</td><td></td></tr><tr><td>Gel documentation unit</td><td>Carestream</td><td>Gel Logic 212 PRO</td><td></td></tr><tr><td>MaxQ SHKE6000 6000 Shaking Incubator - 115VAC</td><td>Thermo scientific</td><td>EW-51708-70</td><td></td></tr><tr><td>Plant growth chamber</td><td>MRC</td><td>PGI-550RH</td><td></td></tr><tr><td>Horizantal laminarair flow cabinate</td><td>Lumistell</td><td>LH-120</td><td></td></tr><tr><td>Fluorescent microscope</td><td>Leica</td><td>DM4500 B</td><td></td></tr><tr><td>Petridish</td><td>sym laboratorios</td><td>90X15</td><td></td></tr><tr><td>Scalpel Blade</td><td>Fisher scientific</td><td>53223</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 15mL Conical Centrifuge Tubes</td><td>Fisher scientific</td><td>14-959-53A</td><td></td></tr><tr><td>22 mL glass tubes</td><td>Thomas scientific</td><td>45048-16150</td><td></td></tr></tbody></table>

plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean

업스트림 시퀀스 시퀀스를 코딩 하는 유전자의 발기인 시퀀스도 불린다. 발기인의 식 패턴을 공부 하는 것은 유전자 규정과 spatiotemporal 식 패턴 대상 유전자의 이해에 매우 중요 한입니다. 다른 한편으로, 그것은 또한 발기인 평가 도구와, 효율적으로, 신속 하 고 재현할 수 있는 유전자 변환 기술을 확립에 중요 한. 이 연구에서 우리는 유전자 변형 털 뿌리에 Phaseolus vulgaris 의 rhizobial 공생 특정 결 절 개시 (NIN) 발기인의 spatiotemporal 식 패턴 조사. 식물 게놈 데이터베이스와 식별, 분석 도구를 사용 하 여 격리, 그리고 복제 공상 기자 transcriptional 퓨전에 P. vulgaris 닌 발기인 β-glucuronidase (거 스) 거 스 enhanced::GFP. 또한,이 프로토콜 P. vulgaris Agrobacterium rhizogenes 유도 털 뿌리를 사용 하 여 유전자 변환의 신속 하 고 다양 한 시스템을 설명 합니다. 이 시스템은 변환 후 10 ~ 12 일에 ≥2 cm 털 뿌리를 생성합니다. 다음으로, 우리 Rhizobium 접종 후 접종의 정기적으로 털 뿌리에 닌 발기인의 spatiotemporal 식 평가. GUS 활동에 의해 묘사 된 우리의 결과 표시 닌 발기인 nodulation의 과정에서 활동적 이었다. 함께, 현재 프로토콜 식별, 격리, 복제, 그리고 일반적인 콩 털이 뿌리에서 식물 발기인을 특성화 하는 방법을 보여 줍니다. 또한,이 프로토콜은 비 전문 실험실에서 사용 하기 쉬운입니다.

이 연구의 목적은 결 절-특정 P. vulgaris 닌 spatiotemporal 식 패턴을 평가 했다. 이렇게 하려면 700 bp 지역 상류 닌 유전자의 번역 개시 코 돈에의 선정 되었다 고 그림 1A에서처럼 oligos의 집합 설계 되었습니다. 높은 중 합 효소를 사용 하 여, 닌 발기인 조각 증폭 되었다, (그림 1B), 절연 그리고에 transcriptional 퓨전을 생성 ...

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Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

식물 발기인 분석: 식별 및 일반적인 콩에서 루트 결 절 특정 발기인의 특성

발기인 식 분석은 유전자 규정의 이해 및 대상 유전자의 spatiotemporal 식 개선에 중요 한. 여기 우리는 식별, 격리, 식물 발기인을 복제 하는 프로토콜을 제시. 또한, 우리는 일반적인 콩 털이 뿌리에 결 절 특정 발기인의 특성을 설명합니다.

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

plant-promoter-analysis-identification-characterization-root-nodule

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Biology

11.8K 조회수.  Escuela Nacional de Estudios Superiores Unidad León- Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). 발기인 식 분석은 유전자 규정의 이해 및 대상 유전자의 spatiotemporal 식 개선에 중요 한. 여기 우리는 식별, 격리, 식물 발기인을 복제 하는 프로토콜을 제시. 또한, 우리는 일반적인 콩 털이 뿌리에 결 절 특정 발기인의 특성을 설명합니다.

비디오: Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

An Optimized Rhizobox Protocol to Visualize Root Growth and Responsiveness to Localized Nutrients

Roots are notoriously difficult to study. Soil is both a visual and mechanical barrier, making it difficult to track roots in situ without destructive harvest or expensive equipment. We present a customizable and affordable rhizobox method that allows the non-destructive visualization of root growth over time and is particularly well-suited to studying root plasticity in response to localized resource patches. The method was validated by assessing maize genotypic variation in plasticity responses to patches containing 15N-labeled legume residue. Methods are described to obtain representative developmental measurements over time, measure root length density in resource-containing and control patches, calculate root growth rates, and determine 15N recovery by plant roots and shoots. Advantages, caveats, and potential future applications of the method are also discussed. Although care must be taken to ensure that experimental conditions do not bias root growth data, the rhizobox protocol presented here yields reliable results if carried out with sufficient attention to detail.

Visualizing and measuring root growth in situ is extremely challenging. We present a customizable rhizobox method to track root development and proliferation over time in response to nutrient enrichment. This method is used to analyze maize genotypic differences in root plasticity in response to an organic nitrogen source.

루트 성장 및 지역화 된 양분에 응답을 시각화 하는 최적화 된 Rhizobox 프로토콜

Roots are notoriously difficult to study. Soil is both a visual and mechanical barrier, making it difficult to track roots in situ without destructive ...

연구

환경과학

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into the plant&#39;s genome. Here, we present two transformation systems to genetically modify potato (Solanum tuberosum) plants. In A. tumefaciens transformation, leaves are infected, the transformed cells are selected and a new complete transformed plant is regenerated using phytohormones in 18 weeks. In A. rhizogenes transformation, stems are infected by injecting the bacteria with a needle, the new emerged transformed hairy roots are detected using a red fluorescent marker and the non-transformed roots are removed. In 5-6 weeks, the resulting plant is a composite of a wild type shoot with fully developed transformed hairy roots. To increase the biomass, the transformed hairy roots can be excised and self-propagated. We applied both Agrobacterium-mediated transformation methods to obtain roots expressing the GUS reporter gene driven by a suberin biosynthetic gene promoter. The GUS staining procedure is provided and allows the cell localization of the promoter induction. In both methods, the transformed potato roots showed GUS staining in the suberized endodermis and exodermis, and additionally, in A. rhizogenes transformed roots the GUS activity was also detected in the emergence of lateral roots. These results suggest that A. rhizogenes can be a fast alternative tool to study the genes that are expressed&#160;in roots.

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Here, we present two protocols to transform potato plants. The Agrobacterium tumefaciens transformation leads to a complete transgenic plant while the Agrobacterium rhizogenes produces transgenic hairy roots in a wild type shoot that can be self-propagated. We then detect promoter activity by GUS staining in the transformed roots.

Agrobacterium tumefaciens 및 Agrobacterium rhizogenes-감자의 변환 중재와 거 스 얼룩에 의해 Suberin 유전자의 발기인 활동

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into ...

CcCIPK14 Gene Function Analysis to Illuminate the Efficient Root Transgenic System

An efficient and stable transformation system is fundamental for gene function study and molecular breeding of plants. Here, we describe the use of an Agrobacterium rhizogenes mediated transformation system on pigeon pea. The stem is infected with A. rhizogenes carrying a binary vector, which induced callus after 7 days and adventitious roots 14 days later. The generated transgenic hairy root was identified by morphological analysis and a GFP reporter gene.To further illustrate the application range of this system, CcCIPK14 (Calcineurin B-like protein-interacting protein kinases) was transformed into pigeon pea using this transformation method. The transgenic plants were treated with jasmonic acid (JA) and abscisic acid (ABA), respectively, for the purpose of testing whether CcCIPK14 responds to those hormones. The results demonstrated that (1) exogenous hormones could significantly upregulate the expression levelof CcCIPK14, especially in CcCIPK14 over-expression (OE) plants; (2) the content of Genistein in CcCIPK14-OE lines was significantly higher than the control; (3) the expression level of two downstream key flavonoid synthase genes, CcHIDH1 and CcHIDH2, were up-regulated in the CcCIPK14-OE lines; and (4) the hairy root transgenic system can be used to study metabolically functional genes in non-model plants.

CcCIPK14 Gene Function Analysis to Illuminate the Efficient Root Transgenic System

Here we present an efficient and stable transformation system for the functional analysis of the CcCIPK14 gene as an example, providing a technical basis for studying the metabolism of non-model plants.

An efficient and stable transformation system is fundamental for gene function study and molecular breeding of plants. Here, we describe the use of an ...

유전학

Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) to Investigate Arabidopsis thaliana Root Development at a Cell Type-Specific Scale

In this article, we give hands-on instructions to obtain translatome data from different Arabidopsis thaliana root cell types via the translating ribosome affinity purification (TRAP) method and consecutive optimized low-input library preparation.
As starting material, we employ plant lines that express GFP-tagged ribosomal protein RPL18 in a cell type-specific manner by use of adequate promoters. Prior to immunopurification and RNA extraction, the tissue is snap frozen, which preserves tissue integrity and simultaneously allows execution of time series studies with high temporal resolution. Notably, cell wall structures remain intact, which is a major drawback in alternative procedures such as fluorescence-activated cell sorting-based approaches that rely on tissue protoplasting to isolate distinct cell populations. Additionally, no tissue fixation is necessary as in laser capture microdissection-based techniques, which allows high-quality RNA to be obtained.
However, sampling from subpopulations of cells and only isolating polysome-associated RNA severely limits RNA yields. It is, therefore, necessary to apply sufficiently sensitive library preparation methods for successful data acquisition by RNA-seq.
TRAP offers an ideal tool for plant research as many developmental processes involve cell wall-related and mechanical signaling pathways. The use of promoters to target specific cell populations is bridging the gap between organ and single-cell level that in turn suffer from little resolution or very high costs. Here, we apply TRAP to study cell-cell communication in lateral root formation.

Translating Ribosome Affinity Purification TRAP to Investigate Arabidopsis thaliana Root Development at a Cell Type-Specific Scale

Translating ribosome affinity purification (TRAP) offers the possibility to dissect developmental programs with minimal processing of organs and tissues. The protocol yields high-quality RNA from cells targeted with a green fluorescent protein (GFP)-labeled ribosomal subunit. Downstream analysis tools, such as qRT-PCR or RNA-seq, reveal tissue and cell type-specific expression profiles.

세포 유형 별 척도에서 애기장대 뿌리 개발을 조사하기 위해 리보솜 친화성 정제 (TRAP) 번역

In this article, we give hands-on instructions to obtain translatome data from different Arabidopsis thaliana root cell types via the translating ribosome ...

발생학

Polysome Purification from Soybean Symbiotic Nodules

The aim of this protocol is to provide a strategy for studying the eukaryotic translatome of the soybean (Glycine max) symbiotic nodule. This paper describes methods optimized to isolate plant-derived polyribosomes and their associated mRNAs to be analyzed using RNA-sequencing. First, cytoplasmic lysates are obtained through homogenization in polysome- and RNA-preserving conditions from whole, frozen soybean nodules. Then, lysates are cleared by low-speed centrifugation, and 15% of the supernatant is used for total RNA (TOTAL) isolation. The remaining cleared lysate is used to isolate polysomes by ultracentrifugation through a two-layer sucrose cushion (12% and 33.5%). Polysome-associated mRNA (PAR) is purified from polysomal pellets after resuspension. Both TOTAL and PAR are evaluated by highly sensitive capillary electrophoresis to meet the quality standards of sequencing libraries for RNA-seq. As an example of a downstream application, after sequencing, standard pipelines for gene expression analysis can be used to obtain differentially expressed genes at the transcriptome and translatome levels. In summary, this method, in combination with RNA-seq, allows the study of the translational regulation of eukaryotic mRNAs in a complex tissue such as the symbiotic nodule.

This protocol describes a method for eukaryotic polysome purification from intact soybean nodules. After sequencing, standard pipelines for gene expression analysis can be used to identify differentially expressed genes at the transcriptome and translatome levels.

대두 공생 결절에서 폴리솜 정제

The aim of this protocol is to provide a strategy for studying the eukaryotic translatome of the soybean (Glycine max) symbiotic nodule. This paper ...

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) plasmid. A. rhizogenes can cause hairy root formation on plant tissues and form composite plants after transformation. On these composite plants, some of the regenerated roots are transgenic, carrying the wild type T-DNA and the engineered binary vector; while the shoots are still non-transgenic, serving to provide energy and growth support. These hairy root composite plants will not produce transgenic seeds, but there are a number of important features that make these composite plants very useful in plant research. First, with a broad host range,A. rhizogenes can transform many plant species, especially dicots, allowing genetic engineering in a variety of species. Second, A. rhizogenes infect tissues and explants directly; no tissue cultures prior to transformation is necessary to obtain composite plants, making them ideal for transforming recalcitrant plant species. Moreover, transgenic root tissues can be generated in a matter of weeks. For Medicago truncatula, we can obtain transgenic roots in as short as three weeks, faster than normal floral dip Arabidopsis transformation. Overall, the hairy root composite plant technology is a versatile and useful tool to study gene functions and root related-phenotypes. Here we demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species M. truncatula.

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

We demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species Medicago truncatula.

의 복합 식물의 생성 Medicago truncatula 유괴의 Assays 사용

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) ...

생물학

형질전환 대두 털 뿌리의 고효율 생산

Soybean Hairy Root Transformation for the Analysis of Gene Function

Soybean (Glycine max) is a valuable crop in agriculture that has thousands of industrial uses. Soybean roots are the primary site of interaction with soil-borne microbes that form symbiosis to fix nitrogen and pathogens, which makes research involving soybean root genetics of prime importance to improve its agricultural production. The genetic transformation of soybean hairy roots (HRs) is mediated by the Agrobacterium rhizogenes strain NCPPB2659 (K599) and is an efficient tool for studying gene function in soybean roots, taking only 2 months from start to finish. Here, we provide a detailed protocol that outlines the method for overexpressing and silencing a gene of interest in soybean HRs. This methodology includes soybean seed sterilization, infection of cotyledons with K599, and the selection and harvesting of genetically transformed HRs for RNA isolation and, if warranted, metabolite analyses. The throughput of the approach is sufficient to simultaneously study several genes or networks and could determine the optimal engineering strategies prior to committing to long-term stable transformation approaches.

저자 스포트라이트: 유전자 기능 분석을 위한 대두 털 뿌리 형질전환  

Here, we present a protocol for the high-efficiency production of transgenic soybean hairy roots.

유전자 기능 분석을 위한 콩 털이 뿌리 형질전환

Soybean (Glycine max) is a valuable crop in agriculture that has thousands of industrial uses. Soybean roots are the primary site of interaction with ...

생체공학

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is however tedious, because it occurs only in a few cells inside the root and in an unpredictable manner. To circumvent this problem, a Lateral Root Inducible System (LRIS) has been developed. By treating seedlings consecutively with an auxin transport inhibitor and a synthetic auxin, highly controlled lateral root initiation occurs synchronously in the primary root, allowing abundant sampling of a desired developmental stage. The LRIS has first been developed for Arabidopsis thaliana, but can be applied to other plants as well. Accordingly, it has been adapted for use in maize (Zea mays). A detailed overview of the different steps of the LRIS in both plants is given. The combination of this system with comparative transcriptomics made it possible to identify functional homologs of Arabidopsis lateral root initiation genes in other species as illustrated here for the CYCLIN B1;1 (CYCB1;1) cell cycle gene in maize. Finally, the principles that need to be taken into account when an LRIS is developed for other plant species are discussed.

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

The Lateral Root Inducible System (LRIS) allows for synchronous induction of lateral roots and is presented for Arabidopsis thaliana and maize.

의 측면 루트 유도 성 시스템<em&gt; 애기 장대</em&gt;과 옥수수

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

식물 발기인 분석: 식별 및 일반적인 콩에서 루트 결 절 특정 발기인의 특성

요약

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루트 성장 및 지역화 된 양분에 응답을 시각화 하는 최적화 된 Rhizobox 프로토콜

Agrobacterium tumefaciens 및 Agrobacterium rhizogenes-감자의 변환 중재와 거 스 얼룩에 의해 Suberin 유전자의 발기인 활동

CcCIPK14 Gene Function Analysis to Illuminate the Efficient Root Transgenic System

세포 유형 별 척도에서 애기장대 뿌리 개발을 조사하기 위해 리보솜 친화성 정제 (TRAP) 번역

대두 공생 결절에서 폴리솜 정제

의 복합 식물의 생성 Medicago truncatula 유괴의 Assays 사용

유전자 기능 분석을 위한 콩 털이 뿌리 형질전환

유전자 기능 분석을 위한 콩 털이 뿌리 형질전환

유전자 기능 분석을 위한 콩 털이 뿌리 형질전환

의 측면 루트 유도 성 시스템