모든 저자는 NHMRC CTC, 시드니, 청소년 당뇨병 연구 재단 (JDRF), 호주의 대학과 레베카 쿠퍼 재단, 호주에서 인프라 지원을 인정합니다. 이 연구는 WW, RJF을 아하기 위해 호주 연구 협의회 (FT110100254)와 JDRF, 호주 (CRN201314)에서 보조금을 통해 자금을 지원하고 MVJ 모든 젖은 실험실 실험을 실시, ASJ 데이터 분석을 수행 하였다. WW는 첫 번째 초안을 썼다. AAH는 연구를 계획하고 데이터를 분석했다. 모든 저자 읽고 게시를 위해 제출 된 원고, 그림 및 워크 시트의 최종 버전에 동의했다.

<ol>
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제 처리 / 출판 비용은 출판이 원고의 수락 다음, Life 기술이 적용되었다.

정확하고 재현성있는 결과를 얻기 위해 프로브 기반 qPCR의 프로토콜 내에서 중요한 단계는 RT-제품의 동일한 부피 및 농도는 각각 qPCR의 반응에로드되어) 있는지 일을한다, 2) 성분의 정확한 비율 및 볼륨에 필요한 qPCR의 반응은 제조 및 음, 3) 정확하고 일관된 볼륨 각각 qPCR의 반응에 첨가 혼합하고, 여전히 염두하면서 4) 각 샘플과 반응 혼합물의 제조 및 로딩, 가능한 한 짧은 시간에 완료된다 위의 중요한 단계는 앞에서 언급. 마이크로 유체 배열 카드는 적합한 원심 분리기 및 특정 버킷이 필요합니다. 각 버킷은 3 카드 (로드 / 빈)까지 저장할 수 있습니다. 항상 양동이의 3 슬롯을 점유하고 버킷 원심 분리기의 반대 슬롯에 비슷한 버킷 (이 양동이는 빈 또는 전체 중 3 카드를 포함한다) 배치로 균형되어 있는지 확인합니다. bucke에 카드를 배치하는 동안t 홀더, 8 저수지 위쪽으로 돌출 반응 우물이 원심 분리기의 외부 벽에 직면해야합니다. 실온에서 1 분 동안 331 XG에 카드 스핀. 제 1 스핀 후, 원심 분리기를 열고 시각적 반응 혼합물은 384 웰을 통해 분배 된 보장. 1 시간을 더 동일한 설정에서 스핀을 반복합니다. 양동이에서 카드를 제거하고 8 저수지의 각각에 반응 혼합물의 수준이 균일 있는지 확인하십시오. 저수지에 남아있는 액체 볼륨의 모든 불일치는 더 사용할 카드가 부적절합니다. RT-생성물의 동일한 농도가, 동일한 입력 RNA의 농도는 각각의 RT 반응에 첨가된다. 전체 RNA의 농도는 마이크로 volumespectrophotometer를 사용하여 측정된다. 260/280 비율이 관찰 혈장 / 혈청으로부터 분리 RNA 1.3 정도로 낮을 수있다; 다운 스트림 qPCR에 관련 프로세스 나 데이터 (30)를 생성에이 효과가 나타나지 않습니다. 마찬가지로, 260/280의 비율여기에 테스트 RNA 샘플을 관찰 qPCR에에서 더 이상 효과를 1.3 ~ 1.7 사이에 있었다. 이러한 biofluids시 그러한 낮은 함량 RNA 샘플을 사용할 때, 처리에 앞서 RNA을 정량화하기 어렵다. 우리는 RNA 분리에서 합성 스파이크에서의 사용뿐만 아니라, 역전사 단계가 추천. 우리의 경험, 애기 장대의 miRNA 후보 (ATH-은 miR-159A와 ATH-은 miR-172A)에서 우리의 경험에 더있을 수 있습니다 (예 : CEL-은 miR-39 또는 CEL-은 miR-54) 예쁜 꼬마 선충의 miRNA가 선호된다 A.에서보다 동성 장대. 이러한 특정 스테이지에서 스파이크의 사용은 서로 다른 시간에 복수의 샘플 분석 miRNA에 걸쳐 데이터의 정규화를 설명 할 수있다. cDNA 합성 반응에 고정 된 RNA의 양을 입력하여도 32, 33을 권장한다. miRNA의 정량화를위한​​ 세 가지 프로브 기반 프로토콜은 여기에 설명 된 다양한 양을 필요로총 RNA 입력, 다른 워크 플로우 및 비용. 워크 플로우의 각 miRNA의 타겟의 수와 분석 할 샘플의 수에 따라 서로 다른 스루풋에 맞추도록 설계된다. 처리량이 증가 (384 RXN 3072 RXN RXN 96)을, 반응 당 비용은 단위 시간에 걸쳐 얻어진 데이터의 양이 증가함에 따라 감소한다. 이러한 플랫폼 모두의 TaqMan 화학을 이용하기 때문에, 얻어진 데이터의 품질이 유사 할 것으로 예상 할 수있다. 의 TaqMan qPCR에 혈청 / 혈장 9,11,27에서의 miRNA의 풍부를 식별하기위한 잘 확립 된 방법이다. 여기서 설명하는 세 가지 플랫폼이 동일한 화학을 공유하지만, 반응 부피의 감소는 전 사체의 동적 검출 범위의 감소 (파르 RJ 외., 미발표)로 이끈다. 96 웰 qPCR의 플랫폼은 낮은 처리량,하지만 고감도 플랫폼이며, 우리의 관점에서, 모든 프로브 기반 (또는 기반 염료) PCR 플랫폼의 &quot;황금 표준&quot;. 그러나,이 월샘플의 수백 또는 수천 분석 및 여러 마이크로 RNA에 대한되는 경우 가장 경제적 또는 효율적인 플랫폼을 수 없습니다. 미세 유체 (TLDA)과 nanofluidics은 (OA) 플랫폼은 짧은 시간에 큰 데이터의 수집을 할 수 있도록 설계 높은 처리량 / 콘텐츠 플랫폼이다. 일괄 차이 TLDA 카드에서 관찰되었지만,이 같은 배치에서 TLDA 카드를 요청함으로써 최소화 될 수있다. 낮은 풍요의 miRNA를 TLDA 카드의 다른 배치에 동일한 샘플을 사용하여 테스트 할 때 - 우리는 TLDA 플랫폼 (그림 3) 중간의 17 %에 상당한 변화를 보여 주었다 관찰합니다. 따라서 우리는 TLDA 카드를 사용하여 분석을 위해 동일한 배치 번호를 사용하는 것이 좋습니다. 이 변화는 또한 잠재적 인로드 및 피펫 오류를 포함하여 기술 변화로 인해 수 있습니다. 그러나, 우리는 TLDA 카드의 동일한 배치를 요청 / 주문을 추천합니다. 유의 배치 변화는 OA 플랫폼에서 관찰되지 않았다. 그럼에도 불구하고,의 TaqMan experimen을 기반으로탈 qPCR의 혈장 / 혈청에서의 miRNA의 풍부를 측정하기 위해 제공 쉽게 접근한다. 여기서 설명 낮은, 중간 및 높은 처리량 접근법은 고도로 효율적이고 재현하고 깨끗한 (낮은 배경 잡음) 화학 제를 사용하여 샘​​플의 miRNAs의 범위를 분석 할 수있는 유연성을 제공한다.

마이크로 RNA (miRNA가)는 유전자 발현 1-3 조정기로서 기능 ~ 22 뉴클레오티드 비 코딩 (NC)의 RNA. 동물의 대부분의 miRNA는 유전자 발현 2-4의 부정적인 규제에 이르게 3 &#39;UTR을 대상으로, mRNA의 DNA 서열의 특정 염기 쌍을 통해 작동합니다. 이것은 일반적으로 mRNA의 번역의 억제를 통해 또는 리보솜 드롭 오프에 의해 발생합니다. 순환의 miRNAs는 당뇨병 5-7, 8, 난소, 전립선 및 유방암 구 (10,11), (12) B 형 간염 및 다른자가 면역 질환과 같은 질병 (13)의 다양한 연구 및 임상 분야에서 새로운 바이오 마커 인 것으로 밝혀졌다. 연구는 더 접근하고 9,11-15 덜 침습적 인 인간 혈장 및 혈청에서 순환뿐만 아니라 다른 세포 또는 조직에서의 miRNA 풍부한를 식별하기 위해 실시되었다. miRNA의 정량화의 다른 방법은 전자되었습니다이러한 표준 96 웰 플레이트 플랫폼 4,12,16-18, 마이크로 유체 카드 플랫폼 12,18-23과 nanofluidics 어레이 플랫폼 17,24 등 여러 플랫폼을 사용하여에 stablished. 정량 실시간 PCR (qPCR에)는 여러 (염료 - 또는 프로브 기반) 화학 물질을 사용하여 성적의 상대 또는 절대 숫자를 측정 할 수있는 기능을 제공합니다. 프로브 기반 실시간 PCR 화학은 단일 전 사체를 검출하기 위해 복사본 낮은 배경 형광 및 높은 감도의 장점을 제공한다. 그것은 상대적으로 정량화 된 miRNA 발현 (25)를 결정하는 그것을 선호하는 방법을, 효과적인 사용이 간단하고 재현성이 높은 비용이다. 전사 (RT) 및 qPCR에 4,26,27 역 : 프로브 기반 qPCR의 방법은 일반적으로 두 단계를 포함한다. 줄기 루프 RT 프라이머 성숙한 또는 기본 miRNA의 분자에 하이브리드 및 보완 (C) DNA로 변환되는 경우 RT이다. cDNA의 생성물의 정량은 miRNA에 특이 PCR 프라이머를 사용하여 수행26 ~ 28. 프로브 기반 qPCR에의 원리는 형광 표지 된 프로브의 가수 분해를 포함 실시간으로 보완 가닥 확장의 검출을 기반으로합니다. 이 프로브는 형광 기자와 FRET (형광 공명 에너지 전송)을 할 수 있도록 단지 떨어져있는 거​​제를 포함하도록 설계되었습니다. 형광 기자 (에미 터)에서 방출의 검출은 소광 분자의 근접에 의해 마스크 처리됩니다. 을 Taq 폴리머 라제 (POL)가 상류 프라이머로부터 연장 및 포크 (프로브의 5 &#39;말단)에 도달 할 때의 Taq의 POL 엑소 뉴 클레아 제 활성은 소광에서 형광 방출의 물리적 분리 / 분리 선도, 프로브 가수 분해한다. 형광 터의 단일 분자의 릴리스는 검출기에 의해 기록이 아니라 / 반응에서 형광 신호의 증분 증가로 제시됩니다. 형광의 증가는 정확한 숨어 있도록, 생성 된 PCR 산물의 양에 비례증폭 된 대상 (26, 28)의 antification. 정량화 된 miRNA의 수요 증가, 높은 처리량에 기술 매체는 더 많은 샘플을 짧은 시간 안에 처리 할 수​​ 있도록 개발되었다. 저밀도의 TaqMan 어레이 (TLDA)은 하나의 플레이트에서 분석의 miRNA의 수의 증가를 제공하고 프로브 기반 qPCR의 화학에 기초하여 중간 처리량 마이크로 유체 혁신적인 디자인이다. TLDA는 cDNA의 합성에 사용되는 프라이머를 RT-소정 풀의 사용을 포함한다. 이러한 cDNA를 다음의 qPCR 22,26,29을 사용하여 여러 miRNAs의 발현을 결정하기 위해 사용자 정의 된 384 웰 미세 유체 카드에 방사된다. 카드의 각 웰 따라서 단일 TLDA 카드 (26)에서 처리 될 수있다 (384)의 반응까지, 특정의 miRNA (들)을 증폭하는 프라이머 및 프로브를 포함 건조. nanofluidics 어레이 유전자 전 사체의 검출을 위해 사용되는 높은 처리량 플랫폼 <sup&gt; 24 같은 프로브 기반 화학 제를 사용하여. 이 관통 구멍 스테인리스 슬라이드 (24)에 3,072의 배열로 33 나노 리터 반응 혼합물의 쉽게 로딩을 용이하게하기 위해 소수성 - 친수성 상호 작용을 제공하는 고유 행렬을 이용한다. 이 문서에서는 혈청 / 플라즈마에서의 miRNA를 정량화 이러한 방법이 수행하고 수행하고 이러한 데이터를 해석 할 때 고려해야 할 중요한 요소 방법을 시연에 초점을 맞추고 있습니다. 계정으로 연결, 개별 장점과 한계는이 문서에서 논의 될 것이다.

<table><tbody><tr><td>96 well-platform</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>For Reverse transcription</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TaqMan MicroRNA Assays INV SM&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4427975</td><td>https://www.lifetechnologies.com/au/en/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-assays/mirna-ncrna-taqman-assays/single-tube-mirna-taqman-assays.html?ICID=search-4427975&lt;br/&gt; The assays comes as a pack of RT primers and PCR primer.</td></tr><tr><td>TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4366597 or 4366596</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4366597?ICID=search-4366597 or http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4366596?ICID=search-4366596&lt;br/&gt; The TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit is the same kit used for reverse transcription in all the threeTaqMan platform- 96-well platform, TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>For qPCR run on a 96-well platform</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>2x TaqMan Fast Universal PCR Master Mix, no AmpErase UNG&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4367846</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4367846?ICID=search-4367846&lt;br/&gt; The 2X TaqMan Fast Universal PCR Master Mix is used for qPCR on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms-96-well platform and TLDA.</td></tr><tr><td>MicroAmp Optical Adhesive Film</td><td>Applied Biosystems</td><td>4311971</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4311971?ICID=search-product</td></tr><tr><td>MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 ml&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems</td><td>4346907</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4346907?ICID=search-product</td></tr><tr><td>Microfluidics platform (TLDA)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>For Reverse transcription</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Refer to 96-well platform TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit kit (4366597 or 4366596) (as shown above).</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Megaplex RT Primers, Human Pool A v2.1</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4399966</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4399966?ICID=search-4399966&lt;br/&gt; The Megaplex RT Primers, Human Pool A v2.1 is used for RT on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>Megaplex RT Primers, Human Pool B v3.0</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4444281</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444281?ICID=search-4444281&lt;br/&gt; The Megaplex RT Primers, Human Pool B v3.0 is used for RT on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>OR</td><td></td><td></td><td>OR</td></tr><tr><td>Megaplex Primer Pools, Human Pools Set v3.0</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4444750</td><td>http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444750?ICID=search-4444750&lt;br/&gt; The Megaplex Primer Pools, Human Pools Set v3.0 is used for RT on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>For Pre-amplification</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TaqMan PreAmp Master Mix</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4391128 or 4488593</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4391128?ICID=search-4391128 or http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4488593&lt;br/&gt; The TaqMan PreAmp Master Mix is used for pre-amplification of qPCR on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>Megaplex PreAmp Primers, Human Pool B v3.0&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4444303</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444303?ICID=search-4444303&lt;br/&gt; The Megaplex PreAmp Primers, Human Pool B v3.0 is used for pre-amplification of qPCR on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>Megaplex PreAmp Primers, Human Pool A v2.1</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4399233</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4399233?ICID=search-4399233&lt;br/&gt; The Megaplex PreAmp Primers, Human Pool A v2.1 is used for pre-amplification of qPCR on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>1x TE Buffer (100 ml)</td><td>Invitrogen</td><td>12090-015</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/12090015?ICID=search-product&lt;br/&gt; The 1x TE Buffer is used for pre-amplification of qPCR on&amp;nbsp; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td></tr><tr><td>To load and run the 384 well microfluidics (TLDA) card</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TaqMan Array Human MicroRNA A+B Cards Set v3.0&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems</td><td>4444913</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444913</td></tr><tr><td>Nanofluidics platform (OpenArray)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>For Reverse transcription</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Refer to 96-well platform TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit kit (4366597 or 4366596) (as shown above).</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>For Pre-amplification</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Refer to TLDA pre-amplification reagents (as shown above)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>To load and run the slides</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TaqMan OpenArray Human MicroRNA Panel, QuantStudio 12K Flex (1 panel)</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4470187</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4470187?ICID=search-4470187</td></tr><tr><td>QuantStudio 12K Flex OpenArray Accessories Kit&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4469576</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4469576?ICID=search-4469576</td></tr><tr><td>OpenArray 384-well Sample Plates&amp;nbsp;&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4406947</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4406947?ICID=search-4406947</td></tr><tr><td>TaqMan OpenArray Real-Time PCR Master Mix</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4462159</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4462159?ICID=search-4462159</td></tr><tr><td>OpenArray AccuFill System Tips&amp;nbsp;</td><td>Applied Biosystems&lt;br/&gt; &amp;nbsp;</td><td>4457246</td><td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4457246?ICID=search-4457246</td></tr><tr><td>Others</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nuclease-Free Water</td><td>Qiagen</td><td>129117</td><td>http://www.qiagen.com/products/catalog/lab-essentials-and-accessories/nuclease-free-water</td></tr></tbody></table>

probe-based real-time pcr approaches for quantitative measurement of micrornas

이 정확하고 재현성있는 분석을 제공 가장 민감한 검출 방법 중 하나이기 때문에 프로브 계 정량적 PCR (qPCR에)는, 전 사체 존재비를 측정하는 선호 방법이다. 프로브 기반 화학 다른 (염료 기반) 화학에 비해 최소한의 배경 형광을 제공합니다. 현재, 성적 증명서 풍부을 정량하는 그 사용 프로브 기반 화학 사용할 수있는 여러 가지 플랫폼이 있습니다. 96 웰 플레이트 (96) 그러나 qPCR에 샘플 또는 miRNA에 단지 최대 하나의 실행이 시험 될 수있는 가장 통상적으로 사용되는 방법이다. 샘플들의 다수 / miRNA가 분석되어야한다면 이는 시간 소모적이고 지루한 작업이다. 이러한 미세 유체 (예를 들면의 TaqMan 어레이 카드) 및 nanofluidics 배열 (예 : OpenArray) 제공 용이성 높은 처리량 프로브 기반 플랫폼은 재현하고 효율적으로 짧은 시간에 많은 수의 샘플에서 여러 마이크로 RNA의 풍요 로움을 감지한다. 여기서 우리는 실험 설정을 보여차 처리량의 증가 수준을 제공하는 프로브 기반 화학, 세 가지 서로 다른 플랫폼 (96 웰 플레이트, 미세 유체 및 nanofluidics 배열)를 사용하여 혈청 또는 혈장-EDTA 샘플에서 miRNA의 정량을위한 프로토콜입니다.

miRNA의 프로브 기반 분석 qPCR의 반응에 권장되는 볼륨은 20 μL이다. 참고 : 5 μL의 반응 부피가 20 μL 부피 4,7,30을 사용하여 달성 된 것과 유사한 결과를 얻을 수 있다는 것을 확인했다. 5 μL로 반응 부피를 낮추면 감도의 상당한 손실없이 시약 비용의 75 % 감소를 허용한다. 그림 2에 제시된 바와 같이, 반응 20 μL의 볼륨과 5 μL 최대 (0.92 R 2, P = 0.0002)와 39 회까지 강력한 협력 관계를 보여줍니다. 마이크로 유체 어레이는 통상적 인 96 개의 웰 플레이트 PCR들에 비해 다수의 샘플을 분석하는 더 효율적인 방법이다 (카드, 카드 B의 경우) 약 5 시간에 시료에서 발현 754 miRNA에 대한 데이터를 획득하기위한 수단을 제공한다. &lt;B는 개성 - 알트 플롯을 (표시 - 우리는 같은 샘플에 대한 miRNA의 마이크로 유체 배열 카드 비교 (샘플 및 반복 샘플)도 3a를.강한&gt; 3A) 및 이들 샘플 테스트를 모든 754의 miRNA에 대한 상관 관계 플롯 (3B). 카드 (카드 A와 B) 여러 위치에서 모두 랜덤하게 배치 된 3 가지 제어 miRNA가 (U6, RNU44 및 RNU48)이 있습니다. U6주기 임계 값 (CT) 값이 2 실행 사이에 비교하면, 우리는 값 (표 4) 사이에 유의 한 차이가 관찰되지 않았다. 그것은 U6는 평가 샘플에서 더 풍부 (낮은 코네티컷 값)에서 표현되는 점에 유의하는 것이 중요하다. 우리는 전체 공동 효율 98 %의 결정 (그림 3C-D)와 miRNA가 유사한 표현했다 런 (N = 150) 모두에서 0-19.99 사이 코네티컷 값이 모두의 miRNA를 비교했다. betwee 상당한 차이가있는 miRNA의 수입니다. - 모두 실행 20과 29.99 사이에 코네티컷 값이있는 모든 277의 miRNAs 중 16 미르는 원래 반복 실행 (F 그림 3E) 사이에 크게 차이코네티컷 값이 모두 실행 (- H 그림 3G)에 대해 30 ~ 40 사이에서 선택했을 때 N 실행은 (327의 89) 증가했다. nanofluidics 어레이 플랫폼은도 4a에 나타낸 바와 같이 테스트 각 혈청 / 혈장 샘플로부터 754 miRNA에 대한 데이터를 제공하며 이러한 증폭 곡선을 검토하는 것이 중요 -. 그것은 모든 qPCR에와 같이 - 결과가 참 증폭 나타내는되도록. (48) 서브 어레이의 각 (그림 1) 또한 세 가지 가장 인기있는 &quot;가사&quot;ncRNAs에 대한 분석이 포함되어 있습니다. U6는 RNU44 및 RNU48도 4b는 U6의 전형적인 클러스터링이 하나의 샘플에서 복제 보여줍니다. 이러한 복제물 낮은 표준 편차 (SD &lt;0.5) 표시 등 안정성의 지표입니다. 대안 적으로,도 4C는 제 2 샘플에서 U6의 복제물 (SD&gt; 0.5)의 변동성이 증가 보여준다. 이 유효성 O를 부정하지 않습니다나머지 분석 f를, 비록 그것은보다 철저한 비판을 필요로한다. U6는 생체 액에서 가장 &quot;가사&quot;의 miRNAs와 같은 변수 표현을 할 수 있습니다. 이것은도 4c에 설명 된 샘플 중 하나는도 4b에 제시된 것 이상 U6 콘텐츠를 4 배 표시 주목해야한다. 도 4c에 제시된 샘플 U6의 레벨이 하나의 패널 (b)에 제시된보다 처음부터 75 % 이하이기 때문에, 큰 기술적 변동은 작은 반응 부피 (17)에 의해 악화된다 사체의 푸 아송 분포로 인해 예상된다. 실행이 완료되면 또 다른 유용한 도구는 수출에 사용할 수있는 품질 관리 (QC) 이미지입니다. 이들의 선택은 각각의 관통 구멍이 올바르게 (도 5)로드되었는지 확인 ROX, qPCR에 시약 믹스 검색된 패시브 염료의 형광을 사용한다. EN 관통 구멍, 또는 실제로<html> 타이어 부분 배열이 불충분 샘플 볼륨, 증발, 384 웰 샘플 플레이트, 완전히 Accufill 시스템 또는 끝에서 샘플 플레이트 씰, 또는 결함을 제거하기 위해 실패의 우물에 존재하는 거품 인해로드되지 않을 수 있습니다. 구멍을 통해 현실의 분석이로드되지 않을 때, &quot;탐지&quot;로 라벨의 miRNA를 방지하기 위해 확인해야하는 모든 언로드. 이런 문제가 발생하면, 샘플 / mastermix의 적어도 5 μL를 384- 웰 샘플 플레이트의 각 웰에로드되었는지 확인, 샘플 플레이트가 적절히 로딩 전에 원심 분리하여, 호일 시일을 완전히 제거하고,로드 OpenArray 슬라이드 밀​​봉 및 모든 연속적인 실행을 위해 할당 된 시간 내에서 실행됩니다. 로딩 문제가 여전히 지속되면, 이러한 가능성이 특정 배치 또는 배열의 많은 또는 관련 소모품 및 추가 지원에 관한 될 수있다 제조 업체를 찾아야한다. &quot;SRC =&quot;/ 파일 / ftp_upload / 52586 / 52586fig1.jpg &quot;/&gt; 그림 1 : Nanofluidics 배열 워크 플로우 샘플의 레이아웃 : (A) 각 384 웰 샘플 플레이트는 최대 8 nanofluidics 배열에 대한 샘플을 보유 할 수 있습니다. (B) 희석은 사전 증폭 된 cDNA를 인접한 8 웰 그룹에 수영장과 풀 B로, 8 우물 (4 행으로 2 열)에 배치됩니다. 각 원은 잘 하나를 나타냅니다. (C) 샘플 플레이트의 각 웰은 nanofluidics 어레이의 하나의 부분 배열에로드한다. 각각의 작은 사각형은 하나의 부분 배열을 나타냅니다. <img alt="그림 2" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig2.jpg" /> 그림 2 : 기존의 96 웰 PCR 플랫폼을위한 협력 관계 분석 : 20 μL와 CT 값 (39주기)의 표준 96 웰 플레이트 플랫폼을 사용의 TaqMan 실시간 qPCR에 5 μL 반응 볼륨 사이의 협력 관계. 우리는 4 개의 마이크로 RNA를 비교 (은 miR-375, 4 다른 인간의 혈청 및 혈장 샘플은 miR-30C 미르-30D 미르-7). 다른 사람들이 발견 할 때부터 만 11 데이터 포인트는 플롯됩니다. R 2 = 0.92, P = 0.0002. <img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig3.jpg" /> . 그림 3 : (- B) 마이크로 유체 배열 카드를 사용하여 miRNA의 프로파일 링을 순환 2 미세 유체 카드 (카드 및 카드-B)를 사용하여, 754의 miRNA의 프로파일이 생성됩니다. 여기에 도시 된 바와 같이, 우리는 2 미세 유체 배열에 대해 동일한 샘플을 사용은 마이크로 유체 카드 결과의 재현성을 확인하기 위해 실행됩니다. 우리는 0-19.99 사이 코네티컷 값으로, 전체의 miRNAs의 유사한 표현을 관찰 (C - D). 반복 실행 사이의 20-29.99과 유의 한 차이 (- F E) 사이의 코네티컷 값을 몇 가지의 miRNA (277의 16)이있다. (327)의 여든 아홉높은 코네티컷 값이 마이크로 RNA (30 ~ 40)은 모두 실행 (- H G) 사이에 유의 한 차이를 나타냈다. &#160; 데이터가 짝 T 테스트를 사용하여 분석 하였다. <a href="https://jove.unicartagenaproxy.elogim.com/files/ftp_upload/52586/52586fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 4" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig4.jpg" /> 그림 4 : PCR 제품 증폭 곡선의 대표 프로필 : 인간 혈장 샘플에 대한 모든 miRNA의 대상의 결합 (A) 증폭 곡선의 대표적인 그림입니다. U6에 대한 분석 (공통 제어 ncRNA)는 모든 부분 배열에 배치됩니다. (B)의 샘플은 &lt;(0.5 (C)가 높은 표준 편차 SD)를 보여줍니다 동안 (0.5 낮은 변동성 SD)&gt;을 U6는 복제 내을 보여줍니다. 두 샘플자는 tota 있습니다인간 혈장에서 분리 리터의 RNA. <a href="https://jove.unicartagenaproxy.elogim.com/files/ftp_upload/52586/52586fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 5" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig5.jpg" /> 그림 5 : Nanofluidics 배열의 QC 분석 : 올바르게로드 nanofluidics 배열 (왼쪽)와 잘못 넣었 nanofluidics 배열 (오른쪽)의 품질 관리 (QC) 이미지. (qPCR에 시약 믹스에 존재) 수동 염료, ROX는 올바르게로드 관통 구멍을 나타 내기 위해 형광. 오른쪽에 배열 통공 qPCR의 시약 믹스로드되지 이들은 위음성 PCR 반응으로 식별되어야 몇몇 하위 어레이 / 갖는다. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 구성 요소들 </td><td> 5 μL 반응 당 볼륨 (μL) </td></TR&gt; <tr><td> RT 완충액 (10 배) </td><td> 0.5 </td></tr><tr><td> 의 dNTPs (100 mM의) </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> 의 RNase 억제제 </td><td> 0.6 </td></tr><tr><td> 뉴 클레아없는 물 </td><td> 1.39 </td></tr><tr><td> 역전사 효소 </td><td> 0.33 </td></tr><tr><td> 총 볼륨 </td><td> 2.33 </td></tr></tbody></table> 표 A : 표준 96 웰 플레이트 플랫폼을 사용의 TaqMan 실시간 qPCR에 대한 5 μL RT 반응 준비 RT 시약 믹스 구성 요소. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 구성 요소들 </td><td> 5 μL 반응 당 볼륨 (μL) </td><td> 20 μL 반응 당 볼륨 (μL) </td></tr><tr><td> 고속 PCR의 mastermix (2 배) </td><td> 2.5 </td><td> (10) </td></tr><tr><td> 의 TaqMan qPCR의 분석 (20 배) * </td><td> 0.25 </td><td> (1) </td></tr><tr><td> 뉴 클레아 무료물 </td><td> 1.45 </td><td> 5.8 </td></tr><tr><td> 총 양 : </td><td> 4.2 </td><td> 16.8 </td></tr></tbody></table> * 테스트 선택한 miRNA를 기반​​으로 분석 구성 요소입니다. 표 1B : 표준 96 웰 플레이트 플랫폼을 사용의 TaqMan 실시간 qPCR에 대한 5 또는 20 μL qPCR의 반응 준비 qPCR에 시약 믹스 구성 요소. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 구성 요소들 </td><td> 반응 당 볼륨 (μL) </td></tr><tr><td> Megaplex의 RT 프라이머 (10 배) </td><td> 0.8 </td></tr><tr><td> dTTp (100 mM의)과의 dNTPs </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> Multiscribe 역전사 효소 (50 U / μL) </td><td> 1.5 </td></tr><tr><td> 10 배 RT 버퍼 </td><td> 0.8 </td></tr><tr><td> 의 MgCl 2 (25 mM의) </td><td> 0.9 </td></tr><tr><td> 의 RNase 억제제 &amp; #<html> (160); (20 U / μL) </td><td> 0.1 </td></tr><tr><td> 클레아없는 물 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> 합계 </td><td> 4.5 </td></tr></tbody></table> 표 2A : TLDA miRNA의 패널 5 μL RT 반응 준비 RT 시약 믹스 구성 요소. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 구성 요소들 </td><td> 반응 당 볼륨 (μL) </td></tr><tr><td> 의 TaqMan 프리 앰프 Mastermix (2 배) </td><td> 12.5 </td></tr><tr><td> Megaplex의 프리 앰프 프라이머 (10 배) </td><td> 2.5 </td></tr><tr><td> 뉴 클레아없는 물 </td><td> 7.5 </td></tr><tr><td> 합계 </td><td> 22.5 </td></tr></tbody></table> 표 2B : TLDA miRNA의 패널 용 25 μL 사전 amplication 반응 준비 프리 앰프 시약 믹스의 구성 요소. &quot;cellspacing =&quot;0 &quot;&gt; <tbody><tr><td> 구성 요소들 </td><td> 반응 당 볼륨 (μL) </td></tr><tr><td> Megaplex의 RT 프라이머 (10 배) </td><td> 0.75 </td></tr><tr><td> dTTp (100 mM의)과의 dNTPs </td><td> 0.15 </td></tr><tr><td> Multiscribe 역전사 효소 (50 U / μL) </td><td> 1.5 </td></tr><tr><td> 10 배 RT 버퍼 </td><td> 0.75 </td></tr><tr><td> 의 MgCl 2 (25 mM의) </td><td> 0.9 </td></tr><tr><td> 의 RNase 억제제 (20 U / μL) </td><td> 0.09 </td></tr><tr><td> 클레아없는 물 </td><td> 0.35 </td></tr><tr><td> 합계 </td><td> 4.5 </td></tr></tbody></table> 표 3A : 프로브 기반 nanofluidics의 miRNA의 패널 5 μL RT 반응 준비 RT 시약 믹스의 구성 요소. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 구성 요소에스 </td><td> 반응 당 볼륨 (μL) </td></tr><tr><td> 의 TaqMan 프리 앰프 Mastermix (2 배) </td><td> 12.5 </td></tr><tr><td> Megaplex의 프리 앰프 프라이머 (10 배) </td><td> 2.5 </td></tr><tr><td> 뉴 클레아없는 물 </td><td> 7.5 </td></tr><tr><td> 합계 </td><td> 22.5 </td></tr></tbody></table> 표 3B :. 프로브 기반 nanofluidics의 miRNA의 패널 25 μL 예비 amplication 반응 제제의 프리 앰프 시약 믹스 성분 NOTE : 쌍방향 보충은, 세 가지 플랫폼이 제공 스프레드 시트 엑셀 이미 에러 피펫 팅을 보상하기 위해 5 %의 첨가를 차지한다. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 샘플 </td><td> 반복 샘플 </td></tr><tr><td> 15.535 </td><td> 16.156 </td></tr><tr><td> 15.471 </td><td> 15.652 </td></tr><tr><td> 15.(623) </td><td> 16.063 </td></tr><tr><td> 15.963 </td><td> 15.889 </td></tr><tr><td> 14.006 </td><td> 13.993 </td></tr><tr><td> 14.502 </td><td> 14.623 </td></tr><tr><td> 14.907 </td><td> 14.384 </td></tr><tr><td> 13.732 </td><td> 14.946 </td></tr></tbody></table> 표 4 : 마이크로 유체 배열 카드를 사용의 miRNA U6 프로파일 링을 순환. 두 개의 마이크로 유체 어레이 카드 (A 및 B)를 사용. 샘플로부터 U6 제어의 miRNA의 CT-값 (총 = 8). 실행 사이에 관찰 일관된 U6 제어 miRNA의 풍부.

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Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

순환 마이크로 RNA는 최근 각종 암 및 기타 질환에 대한 유망한 새로운 바이오 마커로 등장했다. 이 문서의 목적은 세 가지 다른 프로브 기반의 실시간 PCR 플랫폼 및 정량화 및 마이크로 RNA 순환의 풍요 로움을 결정하는 데 사용할 수있는 방법을 논의하는 것입니다.

프로브 기반의 실시간 PCR은 마이크로 RNA의 정량 측정을위한 접근 방법

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

probe-based-real-time-pcr-approaches-for-quantitative-measurement

Universidad de Cartagena UDEC

Research

JoVE Journal

Biology

33.1K 조회수.  The University of Sydney.  순환 마이크로 RNA는 최근 각종 암 및 기타 질환에 대한 유망한 새로운 바이오 마커로 등장했다. 이 문서의 목적은 세 가지 다른 프로브 기반의 실시간 PCR 플랫폼 및 정량화 및 마이크로 RNA 순환의 풍요 로움을 결정하는 데 사용할 수있는 방법을 논의하는 것입니다. 

비디오: Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

High Throughput MicroRNA Profiling: Optimized Multiplex qRT-PCR at Nanoliter Scale on the Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCs

The broad involvement of miRNAs in critical processes underlying development, tissue homoeostasis and disease has led to a surging interest among the research and pharmaceutical communities. To study miRNAs, it is essential that the quantification of microRNA levels is accurate and robust. By comparing wild-type to small RNA deficient mouse embryonic stem cells (mESC), we revealed a lack of accuracy and robustness in previous published multiplex qRT-PCR techniques. Here, we describe an optimized method, including purifying away excessive primers from previous multiplex steps before singleplex real time detection, which dramatically increases the accuracy and robustness of the technique. Furthermore, we explain how performing the technique on a microfluidic chip at nanoliter volumes significantly reduces reagent costs and permits time effective high throughput miRNA expression profiling.

Here we describe an optimized multiplex reverse transcriptase quantitative PCR (qRT-PCR) protocol in combination with a microfluidic platform as a cost and time effective high-throughput screening tool for microRNA (miRNA) expression levels, especially when working with limited amounts of sample.

높은 처리량 MicroRNA의 프로파일 : 최적 멀티 플렉스 플루 동적 ArrayTM의 IFCs에 Nanoliter의 규모 qRT - PCR

The broad involvement of miRNAs in critical processes underlying development, tissue homoeostasis and disease has led to a surging interest among the ...

연구

생체공학

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR (qPCR)

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process including development1, apoptosis2, and cell cycle regulation3. MiRNAs are estimated to regulate the expression of 30% to 90% of human genes4 by binding to their target messenger RNAs (mRNAs)5. Widespread dysregulation of miRNAs has been reported in various diseases and cancer subtypes6. Due to their prevalence and unique structure, these small molecules are likely to be the next generation of biomarkers, therapeutic agents and/or targets.
Methods used to investigate miRNA expression include SYBR green I dye- based as well as Taqman-probe based qPCR. If miRNAs are to be effectively used in the clinical setting, it is imperative that their detection in fresh and/or archived clinical samples be accurate, reproducible, and specific. qPCR has been widely used for validating expression of miRNAs in whole genome analyses such as microarray studies7. The samples used in this protocol were from patients who underwent radical prostatectomy for clinically localized prostate cancer; however other tissues and cell lines can be substituted in. Prostate specimens were snap-frozen in liquid nitrogen after resection. Clinical variables and follow-up information for each patient were collected for subsequent analysis8.
Quantification of miRNA levels in prostate tumor samples. The main steps in qPCR analysis of tumors are: Total RNA extraction, cDNA synthesis, and detection of qPCR products using miRNA-specific primers. Total RNA, which includes mRNA, miRNA, and other small RNAs were extracted from specimens using TRIzol reagent. Qiagen's miScript System was used to synthesize cDNA and perform qPCR (Figure 1). Endogenous miRNAs are not polyadenylated, therefore during the reverse transcription process, a poly(A) polymerase polyadenylates the miRNA. The miRNA is used as a template to synthesize cDNA using oligo-dT and Reverse Transcriptase. A universal tag sequence on the 5' end of oligo-dT primers facilitates the amplification of cDNA in the PCR step. PCR product amplification is detected by the level of fluorescence emitted by SYBR Green, a dye which intercalates into double stranded DNA. Specific miRNA primers, along with a Universal Primer that binds to the universal tag sequence will amplify specific miRNA sequences. 
The miScript Primer Assays are available for over a thousand human-specific miRNAs, and hundreds of murine-specific miRNAs. Relative quantification method was used here to quantify the expression of miRNAs. To correct for variability amongst different samples, expression levels of a target miRNA is normalized to the expression levels of a reference gene. The choice of a gene on which to normalize the expression of targets is critical in relative quantification method of analysis. Examples of reference genes typically used in this capacity are the small RNAs RNU6B, RNU44, and RNU48 as they are considered to be stably expressed across most samples. In this protocol, RNU6B is used as the reference gene.

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR

Quantitative Real Time polymerase chain reaction (qPCR) is a rapid and sensitive method to investigate the expression levels of various microRNA (miRNA) molecules in tumor samples. Using this method expression of hundreds of different miRNA molecules can be amplified, quantified, and analyzed from the same cDNA template.

정량 실시간 PCR (qPCR)에 의한 전립선 종양에 MicroRNA 감지

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process ...

의학

An In Vitro Protocol for Evaluating MicroRNA Levels, Functions, and Associated Target Genes in Tumor Cells

MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs which are recognized to modulate numerous intracellular signaling pathways in several diseases including cancers. These small regulatory RNAs mainly interact with the 3&#8217; untranslated regions (3&#8217; UTR) of their target messenger RNAs (mRNAs) ultimately resulting in the inhibition of decoding processes of mRNAs and the augmentation of target mRNA degradations. Based on the expression levels and intracellular functions, miRNAs are able to serve as regulatory factors of oncogenic and tumor-suppressive mRNAs. Identification of bona fide target genes of a miRNA among hundreds or even thousands of computationally predicted targets is a crucial step to discern the roles and basic molecular mechanisms of a miRNA of interest. Various miRNA target prediction programs are available to search possible miRNA-mRNA interactions. However, the most challenging question is how to validate direct target genes of a miRNA of interest. This protocol describes a reproducible strategy of key methods on how to identify miRNA targets related to the function of a miRNA. This protocol presents a practical guide on step-by-step procedures to uncover miRNA levels, functions, and related target mRNAs using the probe-based real-time polymerase chain reaction (PCR), sulforhodamine B (SRB) assay following a miRNA mimic transfection, dose-response curve generation, and luciferase assay along with the cloning of 3&#8217; UTR of a gene, which is necessary for proper understanding of the roles of individual miRNAs.

This protocol uses a probe-based real-time polymerase chain reaction (PCR), a sulforhodamine B (SRB) assay, 3&#8217; untranslated regions (3&#8217; UTR) cloning, and a luciferase assay to verify the target genes of a miRNA of interest and to understand the functions of miRNAs.

종양 세포에서 MicroRNA 수준, 기능 및 관련 표적 유전자를 평가하기 위한 시험관 내 프로토콜

MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs which are recognized to modulate numerous intracellular signaling pathways in several diseases including ...

유전학

A Complete Pipeline for Isolating and Sequencing MicroRNAs, and Analyzing Them Using Open Source Tools

Half of all human transcripts are thought to be regulated by microRNAs. Therefore, quantifying microRNA expression can reveal underlying mechanisms in disease states and provide therapeutic targets and biomarkers. Here, we detail how to accurately quantify microRNAs. Briefly, this method describes isolating microRNAs, ligating them to adaptors suitable for high-throughput sequencing, amplifying the final products, and preparing a sample library. Then, we explain how to align the obtained sequencing reads to microRNA hairpins, and quantify, normalize, and calculate their differential expression. Versatile and robust, this combined experimental workflow and bioinformatic analysis enables users to begin with tissue extraction and finish with microRNA quantification.

Here, we describe a step-by-step strategy for isolating small RNAs, enriching for microRNAs, and preparing samples for high-throughput sequencing. We then describe how to process sequence reads and align them to microRNAs, using open source tools.

MicroRNAs를 격리하고 시퀀싱하고 오픈 소스 도구를 사용하여 분석하기 위한 완벽한 파이프라인

Half of all human transcripts are thought to be regulated by microRNAs. Therefore, quantifying microRNA expression can reveal underlying mechanisms in ...

Enrichment of Native Lipoprotein Particles with microRNA and Subsequent Determination of Their Absolute/Relative microRNA Content and Their Cellular Transfer Rate

Lipoprotein particles are predominately transporters of lipids and cholesterol in the bloodstream. Furthermore, they contain small amounts of strands of noncoding microRNA (miRNA). In general, miRNA alters the protein expression profile due to interactions with messenger-RNA (mRNA). Thus, knowledge of the relative and absolute miRNA content of lipoprotein particles is essential to estimate the biological effect of cellular particle uptake. Here, a quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR)-based protocol is presented to determine the absolute miRNA content of lipoprotein particles&#8212;exemplified shown for native and miRNA-enriched lipoprotein particles. The relative miRNA content is quantified using multiwell microfluidic array cards. Furthermore, this protocol allows scientists to estimate the cellular miRNA and, thus, the lipoprotein particle uptake rate. A significant increase of the cellular miRNA level is observable when using high-density lipoprotein (HDL) particles artificially loaded with miRNA, whereas incubation with native HDL particles yields no significant effect due to their rather low miRNA content. In contrast, the cellular uptake of low-density lipoprotein (LDL) particles&#8212;neither with native miRNA nor artificially loaded with it&#8212;did not alter the cellular miRNA level.

Here, a quantitative real-time polymerase chain reaction-based protocol is presented for the determination of the native micro-RNA content (absolute/relative) of lipoprotein particles. In addition, a method for increasing the micro-RNA level, as well as a method for determining the cellular uptake rate of lipoprotein particles, is demonstrated.

마이크로 로르 나를 사용한 네이티브 단백 입자의 농축과 그에 따른 절대/상대 미세 유 변 함량 및 셀룰러 전송 속도의 후속 측정

Lipoprotein particles are predominately transporters of lipids and cholesterol in the bloodstream. Furthermore, they contain small amounts of strands of ...

생화학

Cerebrospinal Fluid MicroRNA Profiling Using Quantitative Real Time PCR

MicroRNAs (miRNAs) constitute a potent layer of gene regulation by guiding RISC to target sites located on mRNAs and, consequently, by modulating their translational repression. Changes in miRNA expression have been shown to be involved in the development of all major complex diseases. Furthermore, recent findings showed that miRNAs can be secreted to the extracellular environment and enter the bloodstream and other body fluids where they can circulate with high stability. The function of such circulating miRNAs remains largely elusive, but systematic high throughput approaches, such as miRNA profiling arrays, have lead to the identification of miRNA signatures in several pathological conditions, including neurodegenerative disorders and several types of cancers. In this context, the identification of miRNA expression profile in the cerebrospinal fluid, as reported in our recent study, makes miRNAs attractive candidates for biomarker analysis.
There are several tools available for profiling microRNAs, such as microarrays, quantitative real-time PCR (qPCR), and deep sequencing. Here, we describe a sensitive method to profile microRNAs in cerebrospinal fluids by quantitative real-time PCR. We used the Exiqon microRNA ready-to-use PCR human panels I and II V2.R, which allows detection of 742 unique human microRNAs. We performed the arrays in triplicate runs and we processed and analyzed data using the GenEx Professional 5 software.
Using this protocol, we have successfully profiled microRNAs in various types of cell lines and primary cells, CSF, plasma, and formalin-fixed paraffin-embedded tissues.

We describe a protocol of real time PCR to profile microRNAs in the cerebrospinal fluid (CSF). With the exception of RNA extraction protocols, the procedure can be extended to RNA extracted from other body fluids, cultured cells, or tissue specimens.

정량 실시간 PCR을 사용하여 뇌척수액의 마이크로 RNA 프로파일

MicroRNAs (miRNAs) constitute a potent layer of gene regulation by guiding RISC to target sites located on mRNAs and, consequently, by modulating their ...

Profiling of Estrogen-regulated MicroRNAs in Breast Cancer Cells

Estrogen plays vital roles in mammary gland development and breast cancer progression. It mediates its function by binding to and activating the estrogen receptors (ERs), ER&#945;, and ER&#946;. ER&#945; is frequently upregulated in breast cancer and drives the proliferation of breast cancer cells. The ERs function as transcription factors and regulate gene expression. Whereas ER&#945;&#39;s regulation of protein-coding genes is well established, its regulation of noncoding microRNA (miRNA) is less explored. miRNAs play a major role in the post-transcriptional regulation of genes, inhibiting their translation or degrading their mRNA. miRNAs can function as oncogenes or tumor suppressors&#160;and are also promising biomarkers. Among the miRNA assays available, microarray and quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) have been extensively used to detect and quantify miRNA levels. To identify miRNAs regulated by estrogen signaling in breast cancer, their expression in ER&#945;-positive breast cancer cell lines were compared before and after estrogen-activation using both the &#181;Paraflo-microfluidic microarrays and Dual Labeled Probes-low density arrays. Results were validated using specific qPCR assays, applying both Cyanine dye-based and Dual Labeled Probes-based chemistry. Furthermore, a time-point assay was used to identify regulations over time. Advantages of the miRNA assay approach used in this study is that it enables a fast screening of mature miRNA regulations in numerous samples, even with limited sample amounts. The layout, including the specific conditions for cell culture and estrogen treatment, biological and technical replicates, and large-scale screening followed by in-depth confirmations using separate techniques, ensures a robust detection of miRNA regulations,&#160;and eliminates false positives and other artifacts. However, mutated or unknown miRNAs, or regulations at the primary and precursor transcript level, will not be detected. The method presented here represents a thorough investigation of estrogen-mediated miRNA regulation.

Molecular signaling through both estrogen and microRNAs are critical in breast cancer development and growth. Estrogen activates the estrogen receptors, which are transcription factors. Many transcription factors can regulate the expression of microRNAs, and estrogen-regulated microRNAs can be profiled using different large-scale techniques.

유방암 세포에서 에스트로겐 조절 마이크로 RNA의 프로파일

Estrogen plays vital roles in mammary gland development and breast cancer progression. It mediates its function by binding to and activating the estrogen ...

Circulating MicroRNA Quantification Using DNA-binding Dye Chemistry and Droplet Digital PCR

Circulating (of cell-free) microRNAs (miRNAs) are released from cells into the blood stream. The amount of specific microRNAs in the circulation has been linked to a disease state and has the potential to be used as disease biomarker. A sensitive and accurate method for circulating microRNA quantification using a dye-based chemistry and droplet digital PCR technology has been recently developed. Specifically, using Locked Nucleic Acid (LNA)-based miRNA-specific primers with a green fluorescent DNA-binding dye in a compatible droplet digital PCR system it is possible to obtain the absolute quantification of specific miRNAs. Here, we describe how performing this technique to assess miRNA amount in biological fluids, such as plasma and serum, is both feasible and effective.

A sensitive and accurate method for cell-free microRNAs quantification using a dye-based chemistry and droplet digital PCR technology is described.

마이크로 RNA 정량는 DNA 결합 염료 화학, 물방울 디지털 PCR을 사용하여 순환

Circulating (of cell-free) microRNAs (miRNAs) are released from cells into the blood stream. The amount of specific microRNAs in the circulation has been ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower detection limit compared to other methods of gene expression profiling while using smaller amounts of input for each assay.  Automated qPCR setup has improved this field by allowing for greater reproducibility.  Its convenient and rapid setup allows for high-throughput experiments, enabling the profiling of many different genes simultaneously in each experiment.  This method along with internal plate controls also reduces experimental variables common to other techniques.  
We recently developed a qPCR assay for profiling of pre-microRNAs  (pre-miRNAs) using a set of 186 primer pairs.  MicroRNAs have emerged as a novel class of small, non-coding RNAs with the ability to regulate many mRNA targets at the post-transcriptional level.  These small RNAs are first transcribed by RNA polymerase II as a primary miRNA (pri-miRNA) transcript, which is then cleaved into the precursor miRNA (pre-miRNA).  Pre-miRNAs are exported to the cytoplasm where Dicer cleaves the hairpin loop to yield mature miRNAs.  Increases in miRNA levels can be observed at both the precursor and mature miRNA levels and profiling of both of these forms can be useful.  There are several commercially available assays for mature miRNAs; however, their high cost may deter researchers from this profiling technique.  Here, we discuss a cost-effective, reliable, SYBR-based qPCR method of profiling pre-miRNAs.  Changes in pre-miRNA levels often reflect mature miRNA changes and can be a useful indicator of mature miRNA expression.  However, simultaneous profiling of both pre-miRNAs and mature miRNAs may be optimal as they can contribute nonredundant information and provide insight into microRNA processing.  Furthermore, the technique described here can be expanded to encompass the profiling of other library sets for specific pathways or pathogens.

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

We will demonstrate the setup and analysis of pre-microRNA 96-well arrays for QPCR using a robot as well as by hand with a Thermo Scientific Matrix multichannel pipette.

정량 실시간 PCR (qPCR) 배열을 사용하여 사전 마이크로 RNAS과 microRNAs의 프로 파일링

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

생물학

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide resolution. This technique captures miRNAs by attaching 3&#8217; and 5&#8217; oligonucleotide adapters to miRNA molecules and allows de novo miRNA discovery. Coupling with powerful next-generation sequencing platforms, miR-Seq has been instrumental in the study of miRNA biology. However, significant biases introduced by oligonucleotide ligation steps have prevented miR-Seq from being employed as an accurate quantitation tool. Previous studies demonstrate that biases in current miR-Seq methods often lead to inaccurate miRNA quantification with errors up to 1,000-fold for some miRNAs1,2. To resolve these biases imparted by RNA ligation, we have developed a small RNA ligation method that results in ligation efficiencies of over 95% for both 3&#8217; and 5&#8242; ligation steps. Benchmarking this improved library construction method using equimolar or differentially mixed synthetic miRNAs, consistently yields reads numbers with less than two-fold deviation from the expected value. Furthermore, this high-efficiency miR-Seq method permits accurate genome-wide miRNA profiling from in vivo total RNA samples2.

MicroRNAs (miRNAs) are a widely conserved class of regulatory molecules. Here we describe a miRNA cloning method that relies upon two potent ligation steps followed by high-throughput sequencing. Our method permits accurate genome-wide quantitation of miRNAs.

높은 처리량 시퀀싱에 의한 마이크로 RNA 정량을위한 작은 RNA 분자의 고효율 내고

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...