Automatisation du criblage par cryo-microscopie électronique sur plusieurs grilles à l’aide de Smart Leginon

Au Centre de microscopie électronique Simons, nous visons à fournir de superbes services, une expertise et une formation en microscopie électronique aux chercheurs locaux et nationaux, et à développer des méthodes innovantes pour optimiser les flux de travail. Notre champ d’action couvre les services, le développement, l’apprentissage automatique et la recherche biomédicale. Nous essayons de répondre à la question suivante : comment pouvons-nous mieux optimiser nos services ?

L’apprentissage automatique change le domaine de la microscopie électronique. La collecte de données s’automatise. Les outils d’analyse de données deviennent rapidement plus performants.

Cela comprend le débruitage des images, la sélection des particules, l’analyse de flexibilité 3G et la construction de modèles. Nous mettons régulièrement à jour les logiciels pour tenir compte de différentes situations, telles que différents trous de grille, une collecte inclinée ou des bogues identifiés par un logiciel de test bêta dans notre environnement de production. Nous intégrons également les commentaires de nos utilisateurs, de sorte que nous fournissons en permanence des fonctionnalités qui leur sont utiles.

Smart Leginon s’occupe des tâches fastidieuses et laborieuses de criblage d’une ou plusieurs grilles sur un cryoTEM. Il permet aux opérateurs et aux chercheurs de passer au crible et d’analyser plus rapidement les grilles, tout en libérant du temps pour optimiser les conditions de la grille et de l’échantillon en parallèle. Cela réduit également le temps et le coût du microscope.

L’écran automatique Smart Leginon offre un criblage multi-grilles entièrement sans surveillance, qui prend environ 10 minutes pour configurer le criblage pour 12 grilles. Par rapport au dépistage manuel, notre protocole permet de gagner plusieurs heures par jour. Depuis l’introduction de Smart Leginon, d’autres logiciels gratuits et commerciaux ont été développés pour une automatisation similaire.