Isolement de noyaux à partir de cellules progénitrices cardiaques de souris pour le profilage de l’épigénome et de l’expression génique à une résolution unicellulaire

L’objectif principal de ce protocole est d’étudier l’interaction des facteurs génétiques et environnementaux dans le contexte du développement cardiaque et leur contribution aux malformations cardiaques congénitales. Les approches mononoyaux telles que le séquençage de l’ARN à noyau unique et l’ataxique à noyau unique sont en train de devenir des méthodes clés pour étudier l’hétérogénéité cellulaire dans la santé et la maladie au cours du développement cardiaque. Une étape limitative de ces expériences est que tous les échantillons doivent être exécutés simultanément.

Tout en travaillant avec toutes les conditions expérimentales, la collecte de matériaux suffisamment frais pour toutes les conditions simultanément pourrait être difficile. Bien qu’il y ait eu des progrès significatifs dans le domaine de la cellule unique ces dernières années, la principale difficulté est le traitement des échantillons libres. Éviter la difficulté est extrêmement bénéfique pour identifier le mécanisme moléculaire sous-jacent aux malformations cardiaques congénitales.

Ce protocole décrit les étapes à suivre pour isoler avec succès des noyaux de haute qualité à partir de suspensions de cellules cardiaques congelées obtenues à partir d’embryons de souris. Et notre protocole est compatible avec le RNA-seq à noyaux simples en aval et les noyaux simples ataxiques. Nous espérons que cette procédure aidera les chercheurs intéressés et les encouragera à utiliser cette méthode puissante pour leurs recherches.