Modelado de estructuras cuaternarias a través de espectrometría de masas de reticulación química: ampliación de los informes de JUpyter TX-MS

Este método utiliza el poder de Jupyter Notebook para entregar informes informativos y visualmente atractivos, al tiempo que permite a los usuarios ampliar y personalizar el informe de una manera reproducible y rastreable. Esta técnica flexible permite que todas las modificaciones del usuario se capturen con un detalle suficiente para ser reproducidas en un período de tiempo posterior o por un usuario diferente. Aunque este método es generalmente aplicable en cualquier campo de investigación, está diseñado principalmente para las ciencias de la vida de Mucor, un área de investigación que puede producir datos complejos.

Antes de comenzar el análisis, abra el sitio web de espectrometría de masas de enlace cruzado dirigido. Al navegar al sitio web, aparecerá una pantalla de bienvenida que proporciona una descripción de alto nivel del servicio TX MS.web. En la pestaña tutorial se puede observar una descripción detallada de los servicios prestados que incluye información sobre cómo utilizar el servicio y cómo analizar los resultados.

En la pestaña de descarga, se puede descargar software y recursos. Todo el software está disponible bajo una licencia de código abierto. En la pestaña Licencia, la licencia BSD de 3 cláusulas hace que el software sea lo más ampliamente utilizable posible.

La pestaña Contacto proporciona información de contacto para enviar preguntas o comentarios. Para enviar un correo electrónico solicitando credenciales de usuario, vuelva a la pestaña Cheetah y haga clic en el hipervínculo de la dirección de correo electrónico en la parte inferior de la página. Ingrese la información relevante en la línea de asunto en el cuerpo del correo electrónico.

Se enviará una respuesta lo más rápido posible. Después de recibir un correo electrónico de confirmación con las credenciales del usuario, inicie sesión y cargue los datos de espectrometría de masas en el sitio web. Haga clic en Enviar flujo de trabajo e introduzca un título y una descripción.

Luego haga clic en ver flujo de trabajo y seleccione el flujo de trabajo cheetah. Después de seguir el asistente, utilice el visor en línea para inspeccionar Jupyter Notebook. Para instalar JupyterHub, instale Docker según las instrucciones y descargue el contenedor JupyterHub Docker con la extensión Jupyter openBIS.

Después de iniciar Docker, ejecute P8171: 8000 malmstroem / jove: latest container. Navegue hasta la dirección web indicada e inicie sesión con el nombre de usuario y la contraseña del usuario. Para descargar el informe, haga clic en nuevo en Python 3 para abrir una nueva pestaña con un bloc de notas sin título.

Haga clic en configurar conexiones openBIS en el menú de herramientas de Jupyter e ingrese TX MS para el nombre, la dirección web TX MS para la URL, Invitado para el usuario y G-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D para la contraseña. Seleccione la nueva conexión y haga clic en Elegir conexión para buscar el informe. Luego haga clic, descargue en la celda y ejecute todo para devolver el informe.

Para extender el informe, haga clic en la celda e inserte a continuación para agregar una nueva celda en la parte inferior. Luego haga clic en código y presione mayús e ingrese para ejecutar la celda. Para cargar el informe, haga clic en el botón de carga para crear un nuevo conjunto de datos.

Aquí se muestra una estructura representativa de M1 y albúmina con enlaces cruzados superiores mapeados en la estructura. Todos los enlaces cruzados se obtuvieron mediante espectrometría de masas de reticulación dirigida después de analizar datos de alta resolución MS1 dependientes y datos de adquisición independientes y los modelos computacionales fueron proporcionados por el protocolo RosettaDock. Es importante recordar que las interacciones de proteínas son diversas en términos de su estabilidad.

Por lo tanto, sus resultados pueden variar. La metodología actual se limita a las interacciones binarias y, por lo tanto, no se puede aplicar a estructuras cuaternarias de proteínas más complejas. Sin embargo, el modelado de pares individuales puede proporcionar una buena base para construir estructuras más complejas.

Los detalles sobre la interfaz de unión pueden ser útiles de muchas maneras, por ejemplo, para sugerir mutaciones que pueden estabilizar o desestabilizar las interacciones de las proteínas. Por lo tanto, esto puede ser útil para comprender mejor el papel de las interacciones proteína-proteína.