Organische Verbindungen derselben Molekülformel können unterschiedliche Strukturformeln haben, die als Konstitutionsisomere bezeichnet werden. Dieses Phänomen wird als Konstitutionsisomerie bezeichnet. Alkane mit vier oder mehr Kohlenstoffatomen, die mehrere Strukturen mit derselben Summenformel aufweisen, weisen daher eine Konstitutionsisomerie auf.
Dem linearen Isomer eines Alkans wird der Begriff „n“ vorangestellt; daher ist ein lineares Isomer von Pentan als n-Pentan bekannt. Abhängig von der Art der Verzweigung erhalten einige der verzweigten Isomere die Präfixe „iso“ und „neo“. Pentan hat beispielsweise zwei verzweigte Isomere, Isopentan und Neopentan. Isopentan hat eine gerade Kette mit vier Kohlenstoffatomen und einem einzigen Methylsubstituenten, während Neopentan eine gerade Kette mit drei Kohlenstoffatomen und zwei Methylgruppen als Substituenten hat.
Die Möglichkeit einer Verzweigung steigt mit der wachsenden Zahl von Kohlenstoffatomen in der Kette über das Homolog hinweg, was zu einem exponentiellen Anstieg der Zahl der Konstitutionsisomere führt. Beispielsweise weist das Alkan Hexan mit sechs Kohlenstoffatomen fünf Isomere auf, während sich die Anzahl der Isomere beim Alkan Decan mit zehn Kohlenstoffatomen auf 75 erhöht.
Trotz der gleichen Molekülformel weisen Isomere erhebliche Unterschiede in ihren physikalischen Eigenschaften auf, wie z. B. bei den Schmelzpunkten und Siedepunkten.
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