基于FDR对照的非靶向代谢组的鉴定和定量集成工作流程

该方案能够基于FDR质量控制对非靶向代谢组进行定性和定量分析，从而有效减少代谢物鉴定的假阳性。该工作流程集成了XY-Meta，该方法使用靶诱饵策略更准确地评估FDR，以便在定性分析模块中鉴定代谢组。该措施可以有效过滤非靶向代谢组鉴定的假阳性结果，从而提高发现生物标志物或关键分子的稳健性。

我们希望研究人员能够理解并掌握用于FDR控制的目标诱饵策略，并且应该尝试使用协议的默认参数多次严格运行该管道。首先转到 GNPS 数据库网页，然后单击浏览数据集。在标题列中搜索关键字，然后单击数据集 ID 号。

使用FTP下载数据集，并将原始数据保存在相应的文件夹中。要转换原始数据的格式，请首先安装保护顾问软件。在"保护向导"安装路径下，键入 msconvert。

exe，后跟将原始数据格式转换为 mzXML 格式的特定参数。同样，使用毫秒转换。exe 将此数据转换为 MGF 格式，并将其存储在 MGF 文件夹中。

要准备代谢物的参考光谱库，请转到GNPS网页。搜索关键字 NIST，单击查看详细信息并下载库。将库保存在数据库文件夹中。

下载扎伊元程序。在 config 文件夹下找到参数配置文件，并按照文本协议中所述更改其内容。将内收的类型设置为内收文件夹中的列表。

使用命令XY-Meta.exe执行代谢物鉴定和错误发现率控制。下载并安装 metaX 软件包。然后编辑示例列表。

txt文件指定样品及其相应的质谱数据，如文本协议中所述。使用随文本协议提供的 R 文件运行脚本，以使用 metaX 软件对模拟组和野生类型组进行定量。检查存储定量分析结果的输出文件夹，例如 PCA 图。

接下来，修改R脚本中的参数，以使用代谢物鉴定在定性和定量分析中注释峰，以便整合结果并运行R脚本。定量代谢物箱形图显示，健康样本和疾病样本的一般分布相似，均值波动较小。只有3.39%的代谢物具有超过30%的缺失值。

两组样品的主成分分析图均表明，metaX显著提高了CV小于0.3的代谢物比例。来自三种统计测试方法的差异检测代谢物的维恩图显示119种常见代谢物。所有注释代谢物的保留时间和电荷分布的质量绘制，错误发现率小于0.01，显示6种显着且差异检测的代谢物。

限制工作流测试的时间非常重要。请记住，不要选择太多样品进行分析，并在每组中至少保留两个样品。该技术能够从独立于数据的采集数据中对代谢鉴定进行质量控制，从而使用基于FDR控制的光谱匹配结果构建更强大的参考光谱谱库。