基于半导体的下一代测序平台上非整倍体的植入前基因检测

该协议介绍了从单细胞扩增到最终报告数据的过程，用于基于半导体的下一代测序平台上的非整倍性植入前基因检测。该程序可以帮助观察者很好地了解PGT-A测序的实验工作流程，并在具有基于半导体的NGS平台的诊断实验室中复制该技术。首先移取25微升全基因组扩增产物，并将其转移到预装有25微升无核酸酶水的1.5毫升离心管中。

涡旋并混合DNA纯化珠。将50微升该溶液等分到每个样品管中。涡旋并短暂离心五秒钟。

将试管在室温下放置五分钟以进行DNA结合过程。将1.5毫升离心管插入磁性架。然后，等到所有磁珠都被吸引到管的侧壁上。

小心地将上清液转移到新的1.5毫升离心管中。避免移出磁珠。按原样品体积。

移液30微升磁珠，涡旋并短暂离心五秒钟。将试管在室温下放置五分钟以进行DNA结合过程。将 1.5 毫米离心管插入磁性架。

然后，等到所有磁珠都被吸引到管的侧壁上。小心地除去并丢弃上清液。避免将磁珠移出。

将300微升70%乙醇移液到1.5毫升离心管中。然后以 180 度角轻轻旋转试管两次，并沿管壁移动珠子进行彻底清洗。移液并弃去上清液。

避免将磁珠移出。重复洗涤程序一次。清洁程序完成后，在系统中放置一个新的扩增板。

将收集管（每个收集管预装有 150 微升破碎溶液二）插入转子，然后将桥放在收集管上。将反应油加入管的一半，将乳化剂破碎溶液加入管的三分之一。将用于模板制备的新过滤器放在试管架上，样品入口朝上。

涡旋溶液五秒钟，短暂离心五秒钟。然后在移液800微升三次后将溶液转移到过滤器的样品通道中。在最后一次注射之前离心管以减少气泡。

避免将空气注入过滤器。注入200微升反应油二，按照混合溶液。向下转动过滤器的样品入口，并用过滤器更换洗涤适应装置。

将样品针插入转子盖的中心孔中，然后将针头压到底部。单击屏幕上的"运行"按钮，然后根据相应的套件选择程序。然后选择"辅助"以检查所有步骤。

单击"下一步"，直到运行开始。运行大约需要 4.5 小时才能完成。程序完成后选择"下一步"。

系统将开始10分钟的离心过程。离心后，单击"打开盖子"按钮并将收集管移动到架子上。如果该过程在 15 分钟内没有进入下一步，请按最终旋转以重新离心。

除去收集管中的上清液，在管中留下100微升溶液。通过移液混合剩余的样品，并将样品转移到标有OT的新1.5毫升离心管中。移取上清液时，避免沿侧面接触管底部。将100微升无核酸酶的水移液到每个收集管中，并将溶液转移到通过重复移液洗涤的OT管中。

向OT管中加入600微升无核酸酶的水，以构成一毫升的总体积。在离心机中以15， 500倍G涡旋30秒，持续8分钟。轻轻除去上清液，在OT管中留下100微升溶液。

使用吸头完全丢弃油层。加入900微升无核酸酶的水，涡旋30秒，以15， 500倍G离心8分钟。除去上清液直到保留20微升溶液，然后加入模板重悬溶液以弥补100微升的体积。

然后涡旋30秒，短暂离心两秒钟。在样品处理后 12 小时内进行下一步 将 100 微升稀释库、130 微升 C1 珠、300 微升三 x 模板洗涤溶液和 300 微升熔融脱落溶液加载到八个孔条中。将八个孔条安装在富集模块上，装入移液吸头，并将 200 微升离心管置于收集位置。

单击"开始"以运行该程序。吸取55微升样品溶液并将其注入芯片的样品孔中。将芯片放在离心机上。

将凹口朝向外部，将样品门户保持在内部。然后，将其与另一个用过的芯片平衡并离心 10 分钟。按照文本手稿中的说明准备加载溶液。

将100微升空气吹入发泡溶液中。反复移液，直到气泡处于致密的起泡状态，并将泡沫体积保持在约250微升。离心机后将芯片放在工作台上。

将 100 微升泡沫注入样品孔，然后将挤出的溶液取出到出入口中。然后，将芯片短暂离心 30 秒。重复此过程一次。

在50%洗涤缓冲液中注入100微升两次，并在每次注射后在出门口中除去挤出的溶液。然后在50%退火缓冲液中注入100微升三次，并在每次注射后在出门中除去挤出的溶液。在50%酶反应缓冲液中注入65微升，避免气泡，并在出门中除去挤出的溶液。

将加载的芯片在室温下稳定五分钟，然后将芯片安装在定序器芯片门户上。选择"计划"程序，检查信息并开始运行。代表性运行共获得17.6 GB的数据，离子球粒子在芯片总孔中的总加载率为88%。

热图确认了总芯片面积上的均匀样品加载。总读取量的 77% 可用。所有装有ISP的孔均显示出100%的模板富集，其中78%是克隆的。

在所有克隆模板中，97%有资格作为最终文库。读取的平均长度为177个碱基对，而中位数和模式分别为176和174个碱基对。模板中胸腺嘧啶、胞嘧啶和腺嘌呤的峰数在合格临界线50上约为76。

在所有具有活ISP的可寻址孔中，99.5%符合构建文库的资格，过滤掉20%的多克隆和低质量文库，而76.6%的ISP符合进一步分析的条件。单个样本的拷贝数方差结果描绘了 182.16 兆碱基对马赛克三体，即 P 16.3 至 Q 35.2 在 4 号染色体上，33 点 13 兆碱基对单体片段为 Q 11.1 至 Q 13.33 在 22 号染色体上。进行片段选择时，应根据同一批次样品的大小修改步骤之间的时间间隔，以防止前端和后端样品过度暴露和暴露不足。