OpenProt هي قاعدة البيانات الأولى التي تسمح بشرح متعدد الويكتروني للجينومات eukaryotic ، تعترف إمكانات الترميز من الجينات بروتو وتمكن من اكتشاف البروتينات التي لم يتم الكشف عنها من قبل. لقد صممنا هذا البروتوكول بحيث يكون في متناول جميع المستخدمين دون الحاجة إلى مهارات حيوية واسعة يضع أساسا الاكتشافات البروتيومية في متناول أي شخص. لفهم ومعالجة التحديات الحالية في الطب، نحن بحاجة إلى فهم كامل للمشهد البروتيومي وجميع الجهات الفاعلة وديناميكيتها.
OpenProt يوفر هذا الاحتمال. على الرغم من أن هنا، يستخدم OpenProt لتحليل التجارب الزبونومية، فإنه يمكن أيضا أن تستخدم مع أنظمة أخرى كما أنها ببساطة توفر تعريفا أكثر وضوحا من البروتيوم. ابدأ بفتح موقع OpenProt واستخدام الرابط من قائمة الصفحة العليا لفتح صفحة التنزيلات.
انقر على الأنواع ذات الاهتمام بناء على بيانات التحليلات التجريبية ونوع البروتين المطلوب. انقر فوق AllProts، Isoforms و RefProds لتوليد الملفات التي تحتوي على جميع أنواع البروتين المعروفة والرواية الموجودة في قاعدة بيانات OpenProt وإذا كان ذلك متاحا، انقر على الشرح الذي يتم رسمه تسلسل البروتين. انقر على مستوى الأدلة الداعمة اللازمة للنظر البروتين وفقا لهدف البحث.
ثم انقر فوق، كل المتوقع أن تولد الملفات التي تحتوي على جميع توقعات OpenProt وانقر فوق تنسيق الملف المطلوب لتحميل. بالنسبة إلى الأنايز البروتيومية، حدد ملف بروتين FASTA. سوف يحتوي الملف التمهيدي على كافة المعلومات الضرورية على تنسيق الملف.
لمعالجة قاعدة البيانات، قم بتسجيل الدخول إلى مثيل أداة proteomics المناسبة وإنشاء محفوظات جديدة. لاستيراد قاعدة بيانات OpenProt التي تم تنزيلها، انقر فوق تحميل. لإدخال سير عمل معالجة قاعدة البيانات، انتقل إلى صفحة سير العمل، وانقر فوق تحميل مرة أخرى وانقر فوق تشغيل سير العمل.
ثم حدد قاعدة بيانات OpenProt المستوردة كمدخل وإعادة تسمية الملف Fasta التي تم الحصول عليها إلى شيء ذي معنى. قاعدة البيانات جاهزة للاستخدام في تحليلات البروتيوميات. لإعداد ملف قياس الطيف الشامل، افتح أداة تحويل MS المتوفرة مجانًا من مجموعة المعالج proteo وتحميل ملف البيانات ليتم تحليله.
حدد الدليل لإخراج وتعيين تنسيق الملف المطلوب إلى mzML ثم استخدام خوارزمية الموجة على أساس مستويات الطيف الشامل واحد واثنين لتحديد مرشح التقاط الذروة وبدء التحويل. بالنسبة إلى كمي البروتين، قم بإنشاء تاريخ جديد واسحب وإسقاط قاعدة البيانات التي تم إنشاؤها سابقًا في التاريخ الجديد. انقر فوق تحميل لاستيراد ملف بيانات mzML المحولة.
افتح صفحة سير العمل، وانقر فوق تحميل مرة أخرى لاستيراد سير العمل المطلوب، وحدد تشغيل سير العمل لمراجعة المعلمات المختلفة. حدد ملف البيانات mzML المستوردة وإدخال قاعدة البيانات التي تم إنشاؤها مسبقاً كملف Fasta قاعدة البيانات. منذ سير العمل يستخدم X!
جنبا إلى جنب محرك البحث، انقر فوق تحميل لاستيراد X! ملف التكوين الافتراضي جنبا إلى جنب. لحساب الزيادة الكبيرة في الحجم عند استخدام البيانات OpenProt كله استخدام معدل اكتشاف كاذبة صارمة.
لمراقبة الجودة، قم بتشغيل أداة معلومات الملف على مخرجات مرشح المعرّف لتوفير مقاييس مشتركة للأداء، مثل عدد مطابقة طيف الببتيد أو عدد الببتيدات والبروتينات التي تم تحديدها. بالنسبة لتعدين قاعدة بيانات OpenProt، ارجع إلى موقع OpenProt على الويب وافتح صفحة البحث. انقر على الأنواع ذات الأهمية التي تم تحديد البروتين لها وأدخل رقم الانضمام إلى البروتين في مربع الاستعلام عن البروتين.
انقر فوق زيادة جدول يحتوي على معلومات أساسية للبروتين الاستعلام سوف تظهر. بعد ذلك، انقر فوق ارتباط التفاصيل. ستحتوي الصفحة التي تم فتحها حديثًا على متصفح الجينوم الذي يتمحور حول البروتين المُكَلَم، بالإضافة إلى معلومات أخرى.
للحصول على تسلسل البروتين أو الحمض النووي، انقر فوق وصلات البروتين أو الحمض النووي من علامات التبويب المعلومات، على التوالي ثم انقر فوق علامات التبويب لتصفح المعلومات التفصيلية حول الكشف عن التنميط الريبوسوم الريبوسي الشامل، والحفاظ على وتحديد مجالات البروتين. في هذا التحليل التمثيلي ، تم تحديد معظم البروتينات المحددة في الورقة الأصلية أيضًا باستخدام 2_pep OpenProt أو قاعدة بيانات OpenProt_all ، مما يظهر أن قواعد بيانات OpenProt قادرة على إنتاج تحديد البروتين وتحديد كمي مماثل لتلك الإجراءات الحالية استنادًا إلى قواعد بيانات InterPro KB. تم تحديد 11 بروتينًا مدعومًا جيدًا لم يتم بعد مشروحة في قواعد البيانات عبر جميع مجموعات البيانات باستخدام ببتيدات واثقة باستخدام قاعدة بيانات OpenProt 2_pep.
تم اكتشاف 29 بروتينًا جديدًا عبر جميع مجموعات البيانات باستخدام الببتيدات الواثقة باستخدام قاعدة بيانات OpenProt_all. لم يؤثر معدل الاكتشاف الزائف الصارم الموصى به على أكثر عمليات تحديد البروتين ثقة، على الرغم من أنه انخفض العدد الإجمالي للبروتينات المحددة. تم اكتشاف بروتين جديد واحد كمتفاعل لبروتين Raf-1.
ولم يسبق الكشف عن هذه البروتينات بواسطة قياس الطيف الكتلي أو التنميط الريبوزومي وأظهرت طيفاً جيداً. تذكر أن تضمن أن المعلمات المختارة كافية للتصميم التجريبي وتحقق دائمًا من جودة الأدلة الرياضية عند الإبلاغ عن اكتشافات البروتين الجديدة. هذا البروتوكول قابل للتكيف مع جميع التجارب البروتيوميات من أعلى إلى أسفل لا سيما عند استخدامها مع بروتيوميات وظيفية.
وهذا سيسمح بكثير من الفحص العميق وفهم التفاعلات البروتين والمسارات الخلوية. يسلط OpenProt الضوء على التقليل الكبير من المناظر الطبيعية البروتومية التي نقلتها السجلات الجينومية الحالية ويؤكد على الطبيعة البولي كترونيك للجينات eukaryotic. إنه طريق جديد تماما للبحث.
جمال هذا البروتوكول هو أنه لا يتطلب مهارات حيوية واسعة النطاق وأنه منذ أن يستخدم خوادم بعيدة، فإنه يمكن تشغيلها على أي جهاز كمبيوتر.
